Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 3,001,816 | T→A | 11.6% | V316V (GTT→GTA) | ygeX → | 2,3‑diaminopropionate ammonia lyase, PLP‑dependent |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 3,001,816 | 0 | T | A | 11.6% | 558.9 / 53.7 | 189 | V316V (GTT→GTA) | ygeX | 2,3‑diaminopropionate ammonia lyase, PLP‑dependent |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (77/90); new base A (11/11); total (88/101) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.22e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 |
Only 100 of 190 total aligned reads displayed.
CGCTCCGGCGTCAAAGGCGACATCGTCAACGTTGGCGGTGATATGGCCACCATCATGGCAGGCCTGGCCTGTGGCGAACCTAACCCGCTGGGCTGGGAAATCCTACGTAACTGCGCCACCCAATTCATCTCCTGCCAGGACAGCGTTGCCGCATTAGGTATGCGCGTGCTGGGTAATCCGTACGGCAACGACCCGCGCATCATCTCCGGTGAATCCGGCGCTGTCGGTTTGGGCGTTCTCGCAGCGGTTCATTATCACCCGCAACGTCAAAGCCTGATGGAAAAACTGGCGCT > CP009273/3001670‑3001962 | cGCTCCGGCGTCAAAGGCGACATCGTCAACGTTGGCGGTGATATGGCCACCATCATGGCAGGCCTGGCCTGTGGCGAACCTAACCCGCTGGGCTGGGAAATCCTACGTAACTGCGCCACCCAATTCATCTCCTGCCAGGACAGCGTTg < 2:3286882/148‑1 (MQ=255) cTCCGGCGTCAAAGGCGACATCGTCAACGTTGGCGGTGATATGGCCACCATCATGGCAGGCCTGGCCTGTGGCGAACCTAACCCGCTGGGCTGGGAAATCCTACGTAACTGCGCCACCCAATTCATCTCCTGCCAGGACAGCGTTGcc > 2:3116454/1‑148 (MQ=255) gTCAAAGGCGACATCGTCAACGTTGGCGGTGATATGGCCACCATCATGGCAGGCCTGGCCTGTGGCGAACCTAACCCGCTGGGCTGGGAAATCCTACGTAACTGCGCCACCCAATTCATCTCCTGCCAGGACAGCGTTGCCGCATTAg < 1:156087/148‑1 (MQ=255) gTCAAAGGCGACATCGTCAACGTTGGCGGTGATATGGCCACCATCATGGCAGGCCTGGCCTGTGGCGAACCTAACCCGCTGGGCTGGGAAATCCTACGTAACTGCGCCACCCAATTCATCTCCTGCCAGGACAGCGTTGCCGCATTAg < 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ctcCTGCCAGGACAGCGTAGCCGCATTAGGTATGCGCGTGCTGGGTAATCCGTACGGCAACGACCCGCGCATCATCTCCGGTGAATCCGGCGCTGTCGGTTTGGGCGTTCTCGCAGCGGTTCATTATCACCCGCAACGTCAAAGCCTg < 2:314856/148‑1 (MQ=255) ccTGCCAGGACAGCGTTGCCGCATTAGGTATGCGCGTGCTGGGTAATCCGTACGGCAACGACCCGCGCATCATCTCCGGTGAATCCGGCGCTGTCGGTTTGGGCGTTCTCGCAGCGGTTCATTATCACCCGCAACGTCAAAGCCTGAt < 2:2584506/148‑1 (MQ=255) ccAGGACAGCGTTGCCGCATTAGGTATGCGCGTGCTGGGTAATCCGTACGGCAACGACCCGCGCATCATCTCCGGTGAATCCGGCGCTGTCGGTTTGGGCGTTCTCGCAGCGGTTCATTATCACCCGCAACGTCAAAGCCTGATGGaa > 2:542952/1‑148 (MQ=255) ggACAGCGTTGCCGCATTAGGTATGCGCGTGCTGGGTAATCCGTACGGCAACGACCCGCGCATCATCTCCGGTGAATCCGGCGCTGTCGGTTTGGGCGTTCTCGCAGCGGTTCATTATCACCCGCAACGTCAAAGCCTGATGGaaaaa < 1:3116454/148‑1 (MQ=255) ggACAGCGTTGCCGCATTAGGTATGCGCGTGCTGGGTAATCCGTACGGCAACGACCCGCGCATCATCTCCGGTGAATCCGGCGCTGTCGGTTTGGGCGTTCTCGCAGCGGTTCATTATCACCCGCAACGTCAAAGCCTGATGGaaaaa < 1:1188473/148‑1 (MQ=255) 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cGTTGCCGCATTAGGTATGCGCGTGCTGGGTAATCCGTACGGCAACGACCCGCGCATCATCTCCGGTGAATCCGGCGCTGTCGGTTTGGGCGTTCTCGCAGCGGTTCATTATCACCCGCAACGTCAAAGCCTGATGGAAAAACTGgcg < 1:3135726/148‑1 (MQ=255) | CGCTCCGGCGTCAAAGGCGACATCGTCAACGTTGGCGGTGATATGGCCACCATCATGGCAGGCCTGGCCTGTGGCGAACCTAACCCGCTGGGCTGGGAAATCCTACGTAACTGCGCCACCCAATTCATCTCCTGCCAGGACAGCGTTGCCGCATTAGGTATGCGCGTGCTGGGTAATCCGTACGGCAACGACCCGCGCATCATCTCCGGTGAATCCGGCGCTGTCGGTTTGGGCGTTCTCGCAGCGGTTCATTATCACCCGCAACGTCAAAGCCTGATGGAAAAACTGGCGCT > CP009273/3001670‑3001962 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |