| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 258,688 | 0 | C | A | 12.0% | 543.4 / 37.0 | 166 | intergenic (+31/+173) | thrW/ykfN | tRNA‑Thr/pseudogene, YdiA family |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (64/82); new base A (8/12); total (72/94) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.13e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 | |||||||||||
Only 100 of 169 total aligned reads displayed.
TTGTCCACCGTGATTCACGTTCGTGAACATGTCCTTTCAGGGCCGATATAGCTCAGTTGGTAGAGCAGCGCATTCGTAATGCGAAGGTCGTAGGTTCGACTCCTATTATCGGCACCATTAAAATCAAATTGTTACGTAAGATCTTATCATTCTCCCACCAAAAAATTATCTTAATGTAACAGCTGGTGTAAGTAAATTCTATCAACGAAGATCAATCTTATCTACTGACCAAAAAGGCCTGATAGGGCTTCGCTCACTATACATCCTTGGCTGCAGGTTTAGTTGTACACCACTC > CP009273/258541‑258835 | ttGTCCACCGTGATTCACGTTCGTGAACATGTCCTTTCAGGGCCGATATAGCTCAGTTGGTAGAGCAGCGCATTCGTAATGCGAAGGTCGTAGGTTCGACTCCTATTATCGGCACCATTAAAATCAAATTGTTACGTAAGATCTTATc < 2:1636504/148‑1 (MQ=255) tCCACCGTGATTCACGTTCGTGAACATGTCCTTTCAGGGCCGATATAGCTCAGTTGGTAGAGCAGCGCATTCGTAATGCGAAGGTCGTAGGTTCGACTCCTATTATCGGCACCATTAAAATCAAATTGTTACGTAAGATCTTATCAtt < 1:2689540/148‑1 (MQ=255) aCCGTGATTCACGTTCGTGAACATGTCCTTTCAGGGCCGATATAGCTCAGTTGGTAGAGCAGCGCATTCGTAATGCGAAGGTCGTAGGTTCGACTCCTATTATCGGCACCATTAAAATCAAATTGTTACGTAAGATCTTATCATtctc > 2:570532/1‑148 (MQ=255) ccGTGATTCACGTTCGTGAACATGTCCTTTCAGGGCCGATATAGCTCAGTTGGTAGAGCAGCGCATTCGTAATGCGAAGGTCGTAGGTTCGACTCCTCTTATCGGCACCATTAAAATCAAATTGTTACGTAAGATCTTATCATTCTcc > 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ttACGTAAGATCTTATCATTCTCCCACCAAAAAATTATCTTAATGTAACAGCTGGTGTAAGTAAATTCTATCAACGAAGATCAATCTTATCTACTGACCAAAAAGGCCTGATAGGGCTTCGCTCACTATACATCCTTGGCTGCAGGtt > 2:3117994/1‑148 (MQ=255) ttACGTAAGATCTTATCATTCTCCCACCAAAAAATTATCTTAATGTAACAGCTGGTGTAAGTAAATTCTATCAACGAAGATCAATCTTATCTACTGACCAAAAAGGCCTGATAGGGCTTCGCTCACTATACATCCTTGGCTGCAGGtt > 2:1027578/1‑148 (MQ=255) cGTAAGATCTTATCATTCTCCCACCAAAAAATTATCTTAATGTAACAGCTGGTGTAAGTAAATTCTATCAACGAAGATCAATCTTATCTACTGACCAAAAAGGCCTGATAGGGCTTCGCTCACTATACATCCTTGGCTGCAGGTTTAg < 1:3295602/148‑1 (MQ=255) cGTAAGATCTTATCATTCTCCCACAAAAAAATTATCTTAATGTAACAGCTGGTGTAAGTAAATTCTATCAACGAAGATCAATCTTATCTACTGACCAAAAAGGCCTGATAGGGCTTCGCTCACTATACATCCTTGGCTGCAGGTTTAg < 2:1737307/148‑1 (MQ=255) aGATCTTATCATTCTCCCACCAAAAAATTATCTTAATGTAACAGCTGGTGTAAGTAAATTCTATCAACGAAGATCAATCTTATCTACTGACCAAAAAGGCCTGATAGGGCTTCGCTCACTATACATCCTTGGCTGCAGGTTTAGTTGt < 1:614612/148‑1 (MQ=255) aGATCTTATCATTCTCCCACCAAAAAATTATCTTAATGTAACAGCTGGTGTAAGTAAATTCTATCAACGAAGATCAATCTTATCTACTGACCAAAAAGGCCTGATAGGGCTTCGCTCACTATACATCCTTGGCTGCAGGTTTAGTTGt > 2:2407074/1‑148 (MQ=255) tCTTATCATTCTCCCACCAAAAAATTATCTTAATGTAACAGCTGGTGTAAGTAAATTCTATCAACGAAGATCAATCTTATCTACTGACCAAAAAGGCCTGATAGGGCTTCGCTCACTATACATCCTTGGCTGCAGGTTTAGTTGTaca > 2:1363233/1‑148 (MQ=255) tataATTCTCCCACCAAAAAATTATCTTAATGTAACAGCTGGTGTAAGTAAATTCTATCAACGAAGATCAATCTTATCTACTGACCAAAAAGGCCTGATAGGGCTTCGCTCACTATACATCCTTGGCTGCAGGTTTAGTTGTAcacca > 1:2434709/1‑148 (MQ=255) tATCATTCTCCCACCAAAAAATTATCTTAATGTAACAGCTGGTGTAAGTAAATTCTATCAACGAAGATCAATCTTATCTACTGACCAAAAAGGCCTGATAGGGCTTCGCTCACTATACATCCTTGGCTGCAGGTTTAGTTGTAcacca < 1:1007004/148‑1 (MQ=255) aTCATTCTCCCACCAAAAAATTATCTTAATGTAACAGCTGGTGTAAGTAAATTCTATCAACGAAGATCAATCTTATCTACTGACCAAAAAGGCCTGATAGGGCTTCGCTCACTATACATCCTTGGCTGCAGGTTTAGTTGTAcaccac > 1:772551/1‑148 (MQ=255) tCATTCTCCCACCAAAAAATTATCTTAATGTAACAGCTGGTGTAAGTAAATTCTATCAACGAAGATCAATCTTATCTACTGACCAAAAAGGCCTGATAGGGCTTCGCTCACTATACATCCTTGGCTGCAGGTTTAGTTGTACACCACt > 1:766357/1‑148 (MQ=255) | TTGTCCACCGTGATTCACGTTCGTGAACATGTCCTTTCAGGGCCGATATAGCTCAGTTGGTAGAGCAGCGCATTCGTAATGCGAAGGTCGTAGGTTCGACTCCTATTATCGGCACCATTAAAATCAAATTGTTACGTAAGATCTTATCATTCTCCCACCAAAAAATTATCTTAATGTAACAGCTGGTGTAAGTAAATTCTATCAACGAAGATCAATCTTATCTACTGACCAAAAAGGCCTGATAGGGCTTCGCTCACTATACATCCTTGGCTGCAGGTTTAGTTGTACACCACTC > CP009273/258541‑258835 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |