| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 3,068,690 | C→A | 7.6% | V284V (GTG→GTT) | yggF ← | fructose 1,6 bisphosphatase isozyme |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,068,690 | 0 | C | A | 7.6% | 605.2 / 17.6 | 165 | V284V (GTG→GTT) | yggF | fructose 1,6 bisphosphatase isozyme |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (56/96); new base A (6/7); total (62/103) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.58e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 171 total aligned reads displayed.
AGCGTCGCCATTGGTCTTCCGATAGATCACCATCAATGCAGGGAGTCTATTATATTACACGTTTGGTCCGCGCCGCCGATCAGTAATGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGTTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCGATTTTCCGTGTAATCCCCTTTAGCCTGG > CP009273/3068544‑3068837 | aGCGTCGCCATTGGTCTTCCGATAGATCACCATCAATGCAGGGAGTCTATTATATTACACGTTTGGTCCGCGCCGCCGATCAGTAATGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCa < 2:3137903/148‑1 (MQ=255) cGTCGCCATTGGTCTTCCGATAGATCACCATCAATGCAGGGAGTCTATTATATTACACGTTTGGTCCGCGCCGCCGATCAGTAATGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACg > 1:2742663/1‑148 (MQ=255) gTCGCCATTGGTCTTCCGATAGATCACCATCAATGCAGGGAGTCTATTATATTACACGTTTGGTCCGCGCCGCCGATCAGTAATGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGc < 2:1879265/148‑1 (MQ=255) ccATTGGTCTTCCGATAGATCACCATCAATGCAGGGAGTCTATTATATTACACGTTTGGTCCGCGCCGCCGATCAGTAATGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGt 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tCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGTTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCGATTTTCCGTGTAATccc < 1:302636/148‑1 (MQ=255) tCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGTTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCGATTTTCCGTGTAATccc < 1:1069487/148‑1 (MQ=255) cACCGCCCGTAACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGTTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCGATTTTCCGTGTAATcccc < 1:1298937/148‑1 (MQ=255) aCCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGTTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCGATTTTCCGTGTAATCCCCt < 1:1857940/148‑1 (MQ=255) ccGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGTTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCGATTTTCCGTGTAATCCCCtt < 2:9671/148‑1 (MQ=255) cGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGTTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCGATTTTCCGTGTAATCCCCttt < 2:2881824/148‑1 (MQ=255) cGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGTTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCGATTTTCCGTGTAATCCCCttt < 2:2881616/148‑1 (MQ=255) cGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGTTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCGATTTTCCGTGTAATCCCCttt < 1:1599724/148‑1 (MQ=255) cGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGTTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCGATTTTCCGTGTAATCCCCTTTAGcc > 1:544214/1‑148 (MQ=255) cGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGTTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCGATTTTCCGTGTAATCCCCTTTAGcc < 1:1249895/148‑1 (MQ=255) gTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGTTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCGATTTTCCGTGTAATCCCCTTTAGCCt < 2:2200325/148‑1 (MQ=255) cACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGTTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCGATTTTCCGTGTAATCCCCTTTAGCCTgg < 2:1764199/148‑1 (MQ=255) cACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGTTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCGATTTTCCGTGTAATCCCCTTTAGCCTgg < 2:1764025/148‑1 (MQ=255) cACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGTTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCGATTTTCCGTGTAATCCCCTTTAGCCTgg > 2:362428/1‑148 (MQ=255) cACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGTTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCGATTTTCCGTGTAATCCCCTTTAGCCTgg > 2:362481/1‑148 (MQ=255) | AGCGTCGCCATTGGTCTTCCGATAGATCACCATCAATGCAGGGAGTCTATTATATTACACGTTTGGTCCGCGCCGCCGATCAGTAATGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGTTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCGATTTTCCGTGTAATCCCCTTTAGCCTGG > CP009273/3068544‑3068837 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |