| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,106,685 | G→T | 85.5% | S51Y (TCT→TAT) | yghG ← | secretin (GspDbeta) OM localization lipoprotein pilotin |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,106,685 | 0 | G | T | 85.5% | 509.8 / 89.6 | 228 | S51Y (TCT→TAT) | yghG | secretin (GspDbeta) OM localization lipoprotein pilotin |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (20/14); new base T (83/111); total (103/125) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.46e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 233 total aligned reads displayed.
CACCGTCGGGTCAGCGCACATTTGTCGTTGATAGCTGGTTAAAAAGGCGTCAGGCGTCTGCGTGGTTTGTGTACCCGCTTCGCTGATAATGGTCATTTTTACCGTTGTGCCGCTACTTTGCGCCAGCACTAAGGTATATCCCGCAGATTTAATCGGCAGGTTTTGGCTGATATTTTGCGCCTGTTTTTTCGCCAGTAAACTGGCA‑TTTTCATTATGGCTGGCACAGCCACTTAATAATCCTGTAACGCTCAACAATAGCGATATTAATACCCTCCCTGGCATTTGTTTTAT > CP009273/3106540‑3106830 | cACCGTCGGGTCAGCGCACATTTGTCGTTGATAGCTGGTTAAAAAGGCGTCAGGCGTCTGCGTGGTTTGTGTACCCGCTTCGCTGATAATGGTCATTTTTACCGTTGTGCCGCTACTTTGCGCCAGCACTAAGGTATATCCCGCatat < 1:1030956/148‑1 (MQ=255)cACCGTCGGGTCAGCGCACATTTGTCGTTGATAGCTGGTTAAAAAGGCGTCAGGCGTCTGCGTGGTTTGTGTACCCGCTTCGCTGATAATGGTCATTTTTACCGTTGTGCCGCTACTTTGCGCCAGCACTAAGGTATATCCCGCatat < 1:4405/148‑1 (MQ=255) cGTCGGGTCAGCGCACATTTGTCGTTGATAGCTGGTTAAAAAGGCGTCAGGCGTCTGCGTGGTTTGTGTACCCGCTTCGCTGATAATGGTCATTTTTACCGTTGTGCCGCTACTTTGCGCCAGCACTAAGGTATATCCCGCATATTTa < 1:150729/148‑1 (MQ=255) tCGGGTCAGCGCACATTTGTCGTTGATAGCTGGTTAAAAAGGCGTCAGGCGTCTGCGTGGTTTGTGTACCCGCTTCGCTGATAATGGTCATTTTTACCGTTGTGCCGCTACTTTGCGCCAGCACTAAGGTATATCCCGCATATTTAAt > 2:1913988/1‑148 (MQ=255) cGGGTCAGCGCACATTTGTCGTTGATAGCTGGTTAAAAAGGCGTCAGGCGTCTGCGTGGTTTGTGTACCCGCTTCGCTGATAATGGTCATTTTTACCGTTGTGCCGCTACTTTGCGCCAGCACTAAGGTATATCCCGCAGATTTAATc > 2:1250942/1‑148 (MQ=255) gTCAGCGCACATTTGTCGTTGATAGCTGGTTAAAAAGGCGTCAGGCGTCTGCGTGGTTTGTGTACCCGCTTCGCTGATAATGGTCATTTTTACCGTTGTGCCGCTACTTTGCGCCAGCACTAAGGTATATCCCGCATATTTAATCGGc > 1:732689/1‑148 (MQ=255) gTCAGCGCACATTTGTCGTTGATAGCTGGTTAAAAAGGCGTCAGGCGTCTGCGTGGTTTGTGTACCCGCTTCGCTGATAATGGTCATTTTTACCGTTGTGCCGCTACTTTGCGCCAGCACTAAGGTATATCCCGCATATTTAATCGGc < 1:2193571/148‑1 (MQ=255) cgcACATTTGTCGTTGATAGCTGGTTAAAAAGGCGTCAGGCGTCTGCGTGGTTTGTGTACCCGCTTCGCTGATAATGGTCATTTTTACCGTTGTGCCGCTACTTTGCGCCAGCACTAAGGTATATCCCGCATATTTAATCGGCAGGtt < 1:1227307/148‑1 (MQ=255) gcACATTTGTCGTTGATAGCTGGTTAAAAAGGCGTCAGGCGTCTGCGTGGTTTGTGTACCCGCTTCGCTGATAATGGTCATTTTTACCGTTGTGCCGCTACTTTGCGCCAGCACTAAGGTATATCCCGCATATTTAATCGGCAGGttt < 1:1141457/148‑1 (MQ=255) caTTTGTCGTTGATAGCTGGTTAAAAAGGCGTCAGGCGTCTGCGTGGTTTGTGTACCCGCTTCGCTGATAATGGTCATTTTTACCGTTGTGCCGCTACTTTGCGCCAGCACTAAGGTATATCCCGCATATTTAATCGGCAGGTTTTgg > 2:609909/1‑148 (MQ=255) caTTTGTCGTTGATAGCTGGTTAAAAAGGCGTCAGGCGTCTGCGTGGTTTGTGTACCCGCTTCGCTGATAATGGTCATTTTTACCGTTGTGCCGCTACTTTGCGCCAGCACTAAGGTATATCCCGCATATTTAATCGGCAGGTTTTgg < 1:366749/148‑1 (MQ=255) caTTTGTCGTTGATAGCTGGTTAAAAAGGCGTCAGGCGTCTGCGTGGTTTGTGTACCCGCTTCGCTGATAATGGTCATTTTTACCGTTGTGCCGCTACTTTGCGCCAGCACTAAGGTATATCCCGCAGATTTAATCGGCAGGTTTTgg > 1:245774/1‑148 (MQ=255) aTTTGTCGTTGATAGCTGGTTAAAAAGGCGTCAGGCGTCTGCGTGGTTTGTGTACCCGCTTCGCTGATAATGGTCATTTTTACCGTTGTGCCGCTACTTTGCGCCAGCACTAAGGTATATCCCGCATATTTAATCGGCAGGTTTTGGc > 1:2074125/1‑148 (MQ=255) tttGTCGTTGATAGCTGGTTAAAAAGGCGTCAGGCGTCTGCGTGGTTTGTGTACCCGCTTCGCTGATAATGGTCATTTTTACCGTTGTGCCGCTACTTTGCGCCAGCACTAAGGTATATCCCGCATATTTAATCGGCAGGTTTTGGCt < 1:944475/148‑1 (MQ=255) tttGTCGTTGATAGCTGGTTAAAAAGGCGTCAGGCGTCTGCGTGGTTTGTGTACCCGCTTCGCTGATAATGGTCATTTTTACCGTTGTGCCGCTACTTTGCGCCAGCACTAAGGTATATCCCGCATATTTAATCGGCAGGTTTTGGCt < 1:944605/148‑1 (MQ=255) tttGTCGTTGATAGCTGGTTAAAAAGGCGTCAGGCGTCTGCGTGGTTTGTGTACCCGCTTCGCTGATAATGGTCATTTTTACCGTTGTGCCGCTACTTTGCGCCAGCACTAAGGTATATCCCGCATATTTAATCGGCAGGTTTTGGCt < 1:446247/148‑1 (MQ=255) ttGTCGTTGATAGCTGGTTAAAAAGGCGTCAGGCGTCTGCGTGGTTTGTGTACCCGCTTCGCTGATAATGGTCATTTTTACCGTTGTGCCGCTACTTTGCGCCAGCACTAAGGTATATCCCGCATATTTAATCGGCAGGTTTTGGCTg < 2:1854303/148‑1 (MQ=255) ttGTCGTTGATAGCTGGTTAAAAAGGCGTCAGGCGTCTGCGTGGTTTGTGTACCCGCTTCGCTGATAATGGTCATTTTTACCGTTGTGCCGCTACTTTGCGCCAGCACTAAGGTATATCCCGCATATTTAATCGGCAGGTTTTGGCTg > 2:2645315/1‑148 (MQ=255) ttGTCGTTGATAGCTGGTTAAAAAGGCGTCAGGCGTCTGCGTGGTTTGTGTACCCGCTTCGCTGATAATGGTCATTTTTACCGTTGTGCCGCTACTTTGCGCCAGCACTAAGGTATATCCCGCATATTTAATCGGCAGGTTTTGGCTg > 2:2539825/1‑148 (MQ=255) tGTCGTTGATAGCTGGTTAAAAAGGCGTCAGGCGTCTGCGTGGTTTGTGTACCCGCTTCGCTGATAATGGTCATTTTTACCGTTGTGCCGCTACTTTGCGCCAGCACTAAGGTATATCCCGCATATTTAATCGGCAGGTTTTGGCTGa < 2:2846194/148‑1 (MQ=255) tCGTTGATAGCTGGTTAAAAAGGCGTCAGGCGTCTGCGTGGTTTGTGTACCCGCTTCGCTGATAATGGTCATTTTTACCGTTGTGCCGCTACTTTGCGCCAGCACTAAGGTATATCCCGCATATTTAATCGGCAGGTTTTGGCTGata < 1:1430323/148‑1 (MQ=255) tCGTTGATAGCTGGTTAAAAAGGCGTCAGGCGTCTGCGTGGTTTGTGTACCCGCTTCGCTGATAATGGTCATTTTTACCGTTGTGCCGCTACTTTGCGCCAGCACTAAGGTATATCCCGCATATTTAATCGGCAGGTTTTGGCTGata < 1:168612/148‑1 (MQ=255) cGTTGATAGCTGGTTAAAAAGGCGTCAGGCGTCTGCGTGGTTTGTGTACCCGCTTCGCTGATAATGGTCATTTTTACCGTTGTGCCGCTACTTTGCGCCAGCACTAAGGTATATCCCGCAGATTTAATCGGCAGGTTTTGGCTGatat > 1:1661746/1‑148 (MQ=255) cGTTGATAGCTGGTTAAAAAGGCGTCAGGCGTCTGCGTGGTTTGTGTACCCGCTTCGCTGATAATGGTCATTTNTACCGTTGTGCCGCTACTTTGCGCCAGCACTAAGGTATATCCCGCATATTTAATCGGCAGGTTTTGGCTGatct > 1:1680447/1‑146 (MQ=255) ttGATAGCTGGTTAAAAAGGCGTCAGGCGTCTGCGTGGTTTGTGTACCCGCTTCGCTGATAATGGTCATTTTTACCGTTGTGCCGCTACTTTGCGCCAGCACTAAGGTATATCCCGCATATTTAATCGGCAGGTTTTGGCTGATAttt < 1:609909/148‑1 (MQ=255) gATAGCTGGTTAAAAAGGCGTCAGGCGTCTGCGTGGTTTGTGTACCCGCTTCGCTGATAATGGTCATTTTTACCGTTGTGCCGCTACTTTGCGCCAGCACTAAGGTATTTCCCGCATATTTAATCGGCAGGTTTTGGCTGATATTTTg < 1:696223/148‑1 (MQ=255) gATAGCTGGTTAAAAAGGCGTCAGGCGTCTGCGTGGTTTGTGTACCCGCTTCGCTGATAATGGTCATTTTTACCGTTGTGCCGCTACTTTGCGCCAGCACTAAGGTATATCCCGCATATTTAATCGGCAGGTTTTGGCTGATATTTTg < 1:2357777/148‑1 (MQ=255) tGGTTAAAAAGGCGTCAGGCGTCTGCGTGGTTTGTGTACCCGCTTCGCTGATAATGGTCATTTTTACCGTTGTGCCGCTACTTTGCGCCAGCACTAAGGTATATCCCGCATATTTAATCGGCAGGTTTTGGCTGATATTTTGCGCCTg < 1:1005160/148‑1 (MQ=255) gTTAAAAAGGCGTCAGGCGTCTGCGTGGTTTGTGTACCCGCTTCGCTGATAATGGTCATTTTTACCGTTGTGCCGCTACTTTGCGCCAGCACTAAGGTATATCCCGCATATTTAATCGGCAGGTTTTGGCTGATATTTTGCGCCTGtt > 2:2826060/1‑148 (MQ=255) aaaaGGCGTCAGGCGTCTGCGTGGTTTGTGTACCCGCTTCGCTGATAATGGTCATTTTTACCGTTGTGCCGCTACTTTGCGCCAGCACTAAGGTATATCCCGCATATTTAATCGGCAGGTTTTGGCTGATATTTTGCGCCTGtttttt > 1:2829800/1‑148 (MQ=255) aaaGGCGTCAGGCGTCTGCGTGGTTTGTGTACCCGCTTCGCTGATAATGGTCATTTTTACCGTTGTGCCGCTACTTTGCGCCAGCACTAAGGTATATCCCGCATATTTAATCGGCAGGTTTTGGCTGATATTTTgcgc < 2:783869/138‑1 (MQ=255) aaaGGCGTCAGGCGTCTGCGTGGTTTGTGTACCCGCTTCGCTGATAATGGTCATTTTTACCGTTGTGCCGCTACTTTGCGCCAGCACTAAGGTATATCCCGCATATTTAATCGGCAGGTTTTGGCTGATATTTTgcgc > 1:783869/1‑138 (MQ=255) aaaGGCGTCAGGCGTCTGCGTGGTTTGTGTACCCGCTTCGCTGATAATGGTCATTTTTACCGTTGTGCCGCTACTTTGCGCCAGCACTAAGGTATATCCCGCAGATTTAATCGGCAGGTTTTGGCTGATATTTTGCGCCTGTTTTTTc > 2:3106845/1‑148 (MQ=255) ggcgtcaggcgtcTGCGTGGTTTGTGTACCCGCTTCGCTGATAATGGTCATTTTTACCGTTGTGCCGCTACTTTGCGCCAGCACTAAGGTATATCCCGCATATTTAATCGGCAGGTTTTGGCTGATATTTTGCGCCTGTTTTTTCGcc < 2:1030355/148‑1 (MQ=255) ggcgtcaggcgtcTGCGTGGTTTGTGTACCCGCTTCGCTGATAATGGTCATTTTTACCGTTGTGCCGCTACTTTGCGCCAGCACTAAGGTATATCCCGCATATTTAATCGGCAGGTTTTGGCTGATATTTTGCGCCTGTTTTTTCGcc < 2:2682455/148‑1 (MQ=255) gcgtcaggcgtcTGCGTGGTTTGTGTACCCGCTTCGCTGATAATGGTCATTTTTACCGTTGTGCCGCTACTTTGCGCCAGCACTAAGGTATATCCCGCATATTTAATCGGCAGGTTTTGGCTGATATTTTGCGCCTGTTTTTTCGCCa < 1:472274/148‑1 (MQ=255) aggcgtcTGCGTGGTTTGTGTACCCGCTTCGCTGATAATGGTCATTTTTACCGTTGTGCCGCTACTTTGCGCCAGCACTAAGGTATATCCCGCATATTTAATCGGCAGGTTTTGGCTGATATTTTGCGCCTGTTTTTTCTCCAGTaaa > 2:1871448/1‑148 (MQ=255) ggcgtcTGCGTGGTTTGTGTACCCGCTTCGCTGATAATGGTCATTTTTACCGTTGTGCCGCTACTTTGCGCCAGCACTAAGGTATATCCCGCATATTTAATCGGCAGGTTTTGGCTGATATTTTGCGCCTGTTTTTTCGCCAGTAAAc < 2:1720111/148‑1 (MQ=255) tcTGCGTGGTTTGTGTACCCGCTTCGCTGATAATGGTCATTTTTACCGTTGTGCCGCTACTTTGCGCCAGCACTAAGGTATATCCCGCATATTTAATCGGCAGGTTTTGGCTGATATTTTGCGCCTGTTTTTTCGCCAGTAAACTGGc < 1:2599680/148‑1 (MQ=255) tcTGCGTGGTTTGTGTACCCGCTTCGCTGATAATGGTCATTTTTACCGTTGTGCCGCTACTTTGCGCCAGCACTAAGGTATATCCCGCATATTTAATCGGCAGGTTTTGGCTGATATTTTGCGCCTGTTTTTTCGCCAGTAAACTGGc > 2:2259279/1‑148 (MQ=255) tcTGCGTGGTTTGTGTACCCGCTTCGCTGATAATGGTCATTTTTACCGTTGTGCCGCTACTTTGCGCCAGCACTAAGGTATATCCCGCATATTTAATCGGCAGGTTTTGGCTGATATTTTGCGCCTGTTTTTTCGCCAGTAAACTGGc > 2:1742954/1‑148 (MQ=255) tcTGCGTGGTTTGTGTACCCGCTTCGCTGATAATGGTCATTTTTACCGTTGTGCCGCTACTTTGCGCCAGCACTAAGGTATATCCCGCATATTTAATCGGCAGGTTTTGGCTGATATTTTGCGCCTGTTTTTTCGCCAGTAAACTGGc < 1:1310621/148‑1 (MQ=255) cTGGGTGGTTTGTGTACCCGCTTCGCTGATAATGGTCATTTTTACCGTTGTGCCGCTACTTTGCGCCAGCACTAAGGTATATCCCGCATATTTAATCGGCAGGTTTTGGCTGATATTTTGCGCCTGTTTTTTCGCCAGTAAACTGGCa > 2:341012/1‑148 (MQ=255) cTGCGTGGTTTGTGTACCCGCTTCGCTGATAATGGTCATTTTTACCGTTGTGCCGCTACTTTGCGCCAGCACTAAGGTATATCCCGCATATTTAATCGGCAGGTTTTGGCTGATATTTTGCGCCTGTTTTTTCGCCAGTAAACTGGCa > 1:1944154/1‑148 (MQ=255) tGCGTGGTTTGTGTACCCGCTTCGCTGATAATGGTCATTTTTACCGTTGTGCCGCTACTTTGCGCCAGCACTAAGGTATATCCCGCATATTTAATCGGCAGGTTTTGGCTGATATTTTGCGCCTGTTTTTTCGCCAGTAAACTGGCA‑t < 2:2440380/148‑1 (MQ=255) tttGTGTACCCGCTTCGCTGATAATGGTCATTTTTACCGTTGTGCCGCTACTTTGCGCCAGCACTAAGGTATATCCCGCAGATTTAATCGGCAGGTTTTGGCTGATATTTTGCGCCTGTTTTTTCGCCAGTAAACTGGCA‑TTTTCAtt > 2:328194/1‑148 (MQ=255) ttGTGTACCCGCTTCGCTGATAATGGTCATTTTTACCGTTGTGCCGCTACTTTGCGCCAGCACTAAGGTATATCCCGCATATTTAATCGGCAGGTTTTGGCTGATATTTTGCGCCTGTTTTTTCGCCAGTAAACTGGCA‑TTTTCATTa < 1:106856/148‑1 (MQ=255) tgtgTACCCGCTTCGCTGATAATGGTCATTTTTACCGTTGTGCCGCTACTTTGCGCCAGCACTAAGGTATATCCCGCATATTTAATCGGCAGGTTTTGGCTGATATTTTGCGCCTGTTTTTTCGCCAGTAAACTGGCA‑TTTTCATTAt < 2:131021/148‑1 (MQ=255) tgtgTACCCGCTTCGCTGATAATGGTCATTTTTACCGTTGTGCCGCTACTTTGCGCCAGCACTAAGGTATATCCCGCATATTTAATCGGCAGGTTTTGGCTGATATTTTGCGCCTGTTTTTTCGCCAGTAAACTGGCA‑TTTTCATTAt < 2:302910/148‑1 (MQ=255) ccGCTTCGCTGATAATGGTCATTTTTACCGTTGTGCCGCTACTTTGCGCCAGCACTAAGGTATATCCCGCATATTTAATCGGCAGGTTTTGGCTGATATTTTGCGCCTGTTTTTTCGCCAGTAAACTGGCA‑TTTTCATTAtggctggc > 2:963241/1‑148 (MQ=255) cTGATAATGGTCATTTTTACCGTTGTGCCGCTACTTTGCGCCAGCACTAAGGTATATCCCGCATATTTAATCGGCAGGTTTTGGCTGATATTTTGCGCCTGTTTTTTCGCCAGTAAACTGGCA‑TTTTCATTATGGCTGGCACAGCCAc < 1:2185729/148‑1 (MQ=255) tGATAATGGTCATTTTTACCGTTGTGCCGCTACTTTGCGCCAGCACTAAGGTATATCCCGCATATTTAATCGGCAGGTTTTGGCTGATATTTTGCGCCTGTTTTTTCGCCAGTAAACTGGCA‑TTTTCATTATGGCTGGCACAGCCACt < 1:1038449/148‑1 (MQ=255) tGATAATGGTCATTTTTACCGTTGTGCCGCTACTTTGCGCCAGCACTAAGGTATATCCCGCAGATTTAATCGGCAGGTTTTGGCTGATATTTTGCGCCTGTTTTTTCGCCAGTAAACTGGCA‑TTTTCATTATGGCTGGCACAGCCACt > 2:510840/1‑148 (MQ=255) aTAATGGTCATTTTTACCGTTGTGCCGCTACTTTGCGCCAGCACTAAGGTATATCCCGCATATTTAATCGGCAGGTTTTGGCTGATATTTTGCGCCTGTTTTTTCGCCAGTAAACTGGCA‑TTTTCATTATGGCTGGCACAGCCACTta > 2:2714023/1‑148 (MQ=255) aTAATGGTCATTTTTACCGTTGTGCCGCTACTTTGCGCCAGCACTAAGGTATATCCCGCATATTTAATCGGCAGGTTTTGGCTGATATTTTGCGCCTGTTTTTTCGCCAGTAAACTGGCA‑TTTTCATTATGGCTGGCACAGCCACTta < 1:3124641/148‑1 (MQ=255) aTGGTCATTTTTACCGTTGTGCCGCTACTTTGCGCCAGCACTAAGGTATATCCCGCATATTTAATCGGCAGGTTTTGGCTGATATTTTGCGCCTGTTTTTTCGCCAGTAAACTGGCA‑TTTTCATTATGGCTGGCACAGCCACTtaata < 1:2645315/148‑1 (MQ=255) tGGTCATTTTTACCGTTGTGCCGCTACTTTGCGCCAGCACTAAGGTATATCCCGCATATTTAATCGGCAGGTTTTGGCTGATATTTTGCGCCTGTTTTTTCGCCAGTAAACTGGCA‑TTTTCATTATGGCTGGCACAGCCACTtaataa > 1:1968097/1‑148 (MQ=255) gTCATTTTTACCGTTGTGCCGCTACTTTGCGCCAGCACTAAGGTATATCCCGCAGATTTAATCGGCAGGTTTTGGCTGATATTTTGCGCCTGTTTTTTCGCCAGTAAACTGGCA‑TTTTCATTATGGCTGGCACAGCCACTTAATAATc > 2:1612527/1‑148 (MQ=255) tCATTTTTACCGTTGTGCCGCTACTTTGCGCCAGCACTAAGGTATATCCCGCATATTTAATCGGCAGGTTTTGGCTGATATTTTGCGCCTGTTTTTTCGCCAGTAAACTGGCA‑TTTTCATTATGGCTGGCACAGCCACTTAATAATcc > 1:1849060/1‑148 (MQ=255) tCATTTTTACCGTTGTGCCGCTACTTTGCGCCAGCACTAAGGTATATCCCGCATATTTAATCGGCAGGTTTTGGCTGATATTTTGCGCCTGTTTTTTCGCCAGTAAACTGGCA‑TTTTCATTATGGCTGGCACAGCCACTTAATAATcc < 2:2493124/148‑1 (MQ=255) aTTTTTACCGTTGTGCCGCTACTTTGCGCCAGCACTAAGGTATATCCCGCAGATTTAATCGGCAGGTTTTGGCTGATATTTTGCGCCTGTTTTTTCGCCAGTAAACTGGCA‑TTTTCATTATGGCTGGCACAGCCACTTAATAATCCTg < 1:1261477/148‑1 (MQ=255) tttttACCGTTGTGCCGCTACTTTGCGCCAGCACTAAGGTATATCCCGCATATTTAATCGGCAGGTTTTGGCTGATATTTTGCGCCTGTTTTTTCGCCAGTAAACTGGCA‑TTTTCATTATGGCTGGCACAGCCACTTAATAATCCTGt > 1:2502755/1‑148 (MQ=255) tttttACCGTTGTGCCGCTACTTTGCGCCAGCACTAAGGTATATCCCGCATATTTAATCGGCAGGTTTTGGCTGATATTTTGCGCCTGTTTTTTCGCCAGTAAACTGGCA‑TTTTCATTATGGCTGGCACAGCCACTTAATAATCCTGt > 1:770721/1‑148 (MQ=255) tttttACCGTTGTGCCGCTACTTTGCGCCAGCACTAAGGTATATCCCGCATATTTAATCGGCAGGTTTTGGCTGATAATTTGCGCCTGTTTTTTCGCCAGTAAACTGGCA‑TTTTCATTATGGCTGGCACAGCCACTTAATAATCCTGt > 1:845887/1‑148 (MQ=255) tACCGTTGTGCCGCTACTTTGCGCCAGCACTAAGGTATATCCCGCATATTTAATCGGCAGGTTTTGGCTGATATTTTGCGCCTGTTTTTTCGCCAGTAAACTGGCA‑TTTTCATTATGGCTGGCACAGCCACTTAATAATCCTGTAACg < 1:2411669/148‑1 (MQ=255) aCCGTTGTGCCGCTACTTTGCGCCAGCACTAAGGTATATCCCGCAGATTTAATCGGCAGGTTTTGGCTGATATTTTGCGCCTGTTTTTTCGCCAGTAAACTGGCA‑TTTTCATTATGGCTGGCACAGCCACTTAATAATCCTGTAACGc > 1:2834693/1‑148 (MQ=255) ccGTTGTGCCGCTACTTTGCGCCAGCACTAAGGTATATCCCGCATATTTAATCGGCAGGTTTTGGCTGATATTTTGCGCCTGTTTTTTCGCCAGTAAACTGGCATTTTTCATTATGGCTGGCACAGCCACTTAATAATCCTGTAACGc > 1:2470979/1‑148 (MQ=255) ccGTTGTGCCGCTACTTTGCGCCAGCACTAAGGTATATCCCGCATATTTAATCGGCAGGTTTTGGCTGATATTTTGCGCCTGTTTTTTCGCCAGTAAACTGGCA‑TTTTCATTATGGCTGGCACAGCCACTTAATAATCCTGTAACGCt > 1:1873148/1‑148 (MQ=255) ttGTGCCGCTACTTTGCGCCAGCACTAAGGTATATCCCGCATATTTAATCGGCAGGTTTTGGCTGATATTTTGCGCCTGTTTTTTCGCCAGTAAACTGGCA‑TTTTCATTATGGCTGGCACAGCCACTTAATAATCCTGTAACGCTcaa > 2:84332/1‑148 (MQ=255) ttGTGCCGCTACTTTGCGCCAGCACTAAGGTATATCCCGCATATTTAATCGGCAGGTTTTGGCTGATATTTTGCGCCTGTTTTTTCGCCAGTAAACTGGCA‑TTTTCATTATGGCTGGCACAGCCACTTAATAATCCTGTAACGCTcaa > 2:2266124/1‑148 (MQ=255) tgtgCCGCTACTTTGCGCCAGCACTAAGGTATATCCCGCATATTTAATCGGCAGGTTTTGGCTGATATTTTGCGCCTGTTTTTTCGCCAGTAAACTGGCA‑TTTTCATTATGGCTGGCACAGCCACTTAATAATCCTGTAACGCTcaac > 1:1166899/1‑148 (MQ=255) tgCCGCTACTTTGCGCCAGCACTAAGGTATATCCCGCATATTTAATCGGCAGGTTTTGGCTGATATTTTGCGCCTGTTTTTTCGCCAGTAAACTGGCA‑TTTTCATTATGGCTGGCACAGCCACTTAATAATCCTGTAACGCTcaacaa < 2:1385348/148‑1 (MQ=255) gCCGCTACTTTGCGCCAGCACTAAGGTATATCCCGCATATTTAATCGGCAGGTTTTGGCTGATATTTTGCGCCTGTTTTTTCGCCAGTAAACTGGCA‑TTTTCATTATGGCTGGCACAGCCACTTAATAATCCTGTAACGCTCAACAAt < 2:2130136/148‑1 (MQ=255) cGCTACTTTGCGCCAGCACTAAGGTATATCCCGCATATTTAATCGGCAGGTTTTGGCTGATATTTTGCGCCTGTTTTTTCGCCAGTAAACTGGCA‑TTTTCATTATGGCTGGCACAGCCACTTAATAATCCTGTAACGCTCAACAATAg > 2:1043773/1‑148 (MQ=255) cGCTACTTTGCGCCAGCACTAAGGTATATCCCGCATATTTAATCGGCAGGTTTTGGCTGATATTTTGCGCCTGTTTTTTCGCCAGTAAACTGGCA‑TTTTCATTATGGCTGGCACAGCCACTTAATAATCCTGTAACGCTCAACAATAg < 2:2914234/148‑1 (MQ=255) cTACTTTGCGCCAGCACTAAGGTATATCCCGCATATTTAATCGGCAGGTTTTGGCTGATATTTTGCGCCTGTTTTTTCGCCAGTAAACTGGCA‑TTTTCATTATGGCTGGCACAGCCACTTAATAATCCTGTAACGCTCAACAATAGCg > 2:910705/1‑148 (MQ=255) tACTTTGCGCCAGCACTAAGGTATATCCCGCATATTTAATCGGCAGGTTTTGGCTGATATTTTGCGCCTGTTTTTTCGCCAGTAAACTGGCA‑TTTTCATTATGGCTGGCACAGCCACTTAATAATCCTGTAACGCTCAACAATAGCGa < 2:671865/148‑1 (MQ=255) tACTTTGCGCCAGCACTAAGGTATATCCCGCAGATTTAATCGGCAGGTTTTGGCTGATATTTTGCGCCTGTTTTTTCGCCAGTAAACTGGCA‑TTTTCATTATGGCTGGCACAGCCACTTAATAATCCTGTAACGCTCAACAATAGCGa < 2:1661746/148‑1 (MQ=255) aCTTTGCGCCAGCACTAAGGTATATCCCGCATATTTAATCGGCAGGTTTTGGCTGATATTTTGCGCCTGTTTTTTCGCCAGTAAACTGGCA‑TTTTCATTATGGCTGGCACAGCCACTTAATAATCCTGTAACGCTCAACAATAGCGat < 1:657165/148‑1 (MQ=255) aCTTTGCGCCAGCACTAAGGTATATCCCGCATATTTAATCGGCAGGTTTTGGCTGATATTTTGCGCCTGTTTTTTCGCCAGTAAACTGGCA‑TTTTCATTATGGCTGGCACAGCCACTTAATAATCCTGTAACGCTCAACAATAGCGat < 1:1715437/148‑1 (MQ=255) cTTTGCGCCAGCACTAAGGTATATCCCGCATATTTAATCGGCAGGTTTTGGCTGATATTTTGCGCCTGTTTTTTCGCCAGTAAACTGGCA‑TTTTCATTATGGCTGGCACAGCCACTTAATAATCCTGTAACGCTCAACAATAGCGata > 2:952914/1‑148 (MQ=255) cTTTGCGCCAGCACTAAGGTATATCCCGCATATTTAATCGGCAGGTTTTGGCTGATATTTTGCGCCTGTTTTTTCGCCAGTAAACTGGCA‑TTTTCATTATGGCTGGCACAGCCACTTAATAATCCTGTAACGCTCAACAATAGCGata < 2:1481828/148‑1 (MQ=255) cTTTGCGCCAGCACTAAGGTATATCCCGCATATTTAATCGGCAGGTTTTGGCTGATATTTTGCGCCTGTTTTTTCGCCAGTAAACTGGCA‑TTTTCATTATGGCTGGCACAGCCACTTAATAATCCTGTAACGCTCAACAATAGCGata < 2:1968097/148‑1 (MQ=255) cTTTGCGCCAGCACTAAGGTATATCCCGCATATTTAATCGGCAGGTTTTGGCTGATATTTTGCGCCTGTTTTTTCGCCAGTAAACTGGCA‑TTTTCATTATGGCTGGCACAGCCACTTAATAATCCTGTAACGCTCAACAATAGCGata > 1:2868753/1‑148 (MQ=255) cTTTGCGCCAGCACTAAGGTATATCCCGCATATTTAATCGGCAGGTTTTGGCTGATATTGTGCGCCTGTTTTTTCGCCAGTAAACTGGCA‑TTTTCATTATGGCTGGCACAGCCACTTAATAATCCTGTAACGCTCAACAATAGCGata < 2:3079031/148‑1 (MQ=255) tttGCGCCAGCACTAAGGTATATCCCGCATATTTAATCGGCAGGTTTTGGCTGATATTTTGCGCCTGTTTTTTCGCCAGTAAACTGGCA‑TTTTCATTATGGCTGGCACAGCCACTTAATAATCCTGTAACGCTCAACAATAGCGatat < 2:2020754/148‑1 (MQ=255) tGCGCCAGCACTAAGGTATATCCCGCATATTTAATCGTCAGGTTTTGGCTGATATTTTGCGCCTGTTTTTTCGCCAGTAAACTGGCA‑TTTTCATTATGGCTGGCACAGCCACTTAATAATCCTGTAACGCTCAACAATAGCGATATTa < 2:2673203/148‑1 (MQ=255) gcgcCAGCACTAAGGTATATCCCGCATATTTAATCGGCAGGTTTTGGCTGATATTTTGCGCCTGTTTTTTCGCCAGTAAACTGGCA‑TTTTCATTATGGCTGGCACAGCCACTTAATAATCCTGTAACGCTCAACAATAGCGATATTaa < 1:1365093/148‑1 (MQ=255) ccAGCACTAAGGTATATCCCGCATATTTAATCGGCAGGTTTTGGCTGATATTTTGCGCCTGTTTTTTCGCCAGTAAACTGGCA‑TTTTCATTATGGCTGGCACAGCCACTTAATAATCCTGTAACGCTCAACAATAGCGATATTAATAc > 2:3016105/1‑148 (MQ=255) cAGCACTAAGGTATATCCCGCATATTTAATCGGCAGGTTTTGGCTGATATTTTGCGCCTGTTTTTTCGCCAGTAAACTGGCA‑TTTTCATTATGGCTGGCACAGCCACTTAATAATCCTGTAACGCTCAACAATAGCGATATTAATAcc < 2:1680467/148‑1 (MQ=255) cACTAAGGTATATCCCGCATATTTAATCGGCAGGTTTTGGCTGATATTTTGCGCCTGTTTTTTCGCCAGTAAACTGGCA‑TTTTCATTATGGCTGGCACAGCCACTTAATAATCCTGTAACGCTCAACAATAGCGATATTAATAccctc > 2:2427958/1‑148 (MQ=255) cACTAAGGTATATCCCGCATATTTAATCGGCAGGTTTTGGCTGATATTTTGCGCCTGTTTTTTCGCCAGTAAACTGGCA‑TTTTCATTATGGCTGGCACAGCCACTTAATAATCCTGTAACGCTCAACAATAGCGATATTAATAccctc > 1:3162350/1‑148 (MQ=255) aCTAAGGTATATCCCGCAGATTTAATCGGCAGGTTTTGGCTGATATTTTGCGCCTGTTTTTTCGCCAGTAAACTGGCA‑TTTTCATTATGGCTGGCACAGCCACTTAATAATCCTGTAACGCTCAACAATAGCGATATTAATAccctcc < 1:2712814/148‑1 (MQ=255) cTAAGGTATATCCCGCATATTTAATCGGCAGGTTTTGGCTGATATTTTGCGCCTGTTTTTTCGCCAGTAAACTGGCA‑TTTTCATTATGGCTGGCACAGCCACTTAATAATCCTGTAACGCTCAACAATAGCGATATTAATAccctccc < 1:1743891/148‑1 (MQ=255) tAAGGTATATCCCGCATATTTAATCGGCAGGTTTTGGCTGATATTTTGCGCCTGTTTTTTCGCCAGTAAACTGGCA‑TTTTCATTATGGCTGGCACAGCCACTTAATAATCCTGTAACGCTCAACAATAGCGATATTAATAccctccct > 1:2140717/1‑148 (MQ=255) atatCCCGCATATTTAATCGGCAGGTTTTGGCTGATATTTTGCGCCTGTTTTTTCGCCAGTAAACTGGCA‑TTTTCATTATGGCTGGCACAGCCACTTAATAATCCTGTAACGCTCAACAATAGCGATATTAATACCATCCATGGCAtt > 1:1390213/1‑148 (MQ=255) tCCCGCATATTTAATCGGCAGGTTTTGGCTGATATTTTGCGCCTGTTTTTTCGCCAGTAAACTGGCA‑TTTTCATTATGGCTGGCACAGCCACTTAATAATCCTGTAACGCTCAACAATAGCGATATTAATACCCTCCCTGGCATTTGt > 2:1330968/1‑148 (MQ=255) cccGCATATTTAATCGGCAGGTTTTGGCTGATATTTTGCGCCTGTTTTTTCGCCAGTAAACTGGCA‑TTTTCATTATGGCTGGCACAGCCACTTAATAATCCTGTAACGCTCAACAATAGCGATATTAATACCCTCCCTGGCATTTGtt < 2:2140717/148‑1 (MQ=255) ccGCATATTTAATCGGCAGGTTTTGGCTGATATTTTGCGCCTGTTTTTTCGCCAGTAAACTGGCA‑TTTTCATTATGGCTGGCACAGCCACTTAATAATCCTGTAACGCTCAACAATAGCTATATTAATACCCTCCCTGGCATTTGttt < 2:463411/148‑1 (MQ=255) gCAGATTTAATCGGCAGGTTTTGGCTGATATTTTGCGCCTGTTTTTTCGCCAGTAAACTGGCA‑TTTTCATTATGGCTGGCACAGCCACTTAATAATCCTGTAACGCTCAACAATAGCGATATTAATACCCTCCCTGGCATTTGTTTTa < 2:2319351/148‑1 (MQ=255) | CACCGTCGGGTCAGCGCACATTTGTCGTTGATAGCTGGTTAAAAAGGCGTCAGGCGTCTGCGTGGTTTGTGTACCCGCTTCGCTGATAATGGTCATTTTTACCGTTGTGCCGCTACTTTGCGCCAGCACTAAGGTATATCCCGCAGATTTAATCGGCAGGTTTTGGCTGATATTTTGCGCCTGTTTTTTCGCCAGTAAACTGGCA‑TTTTCATTATGGCTGGCACAGCCACTTAATAATCCTGTAACGCTCAACAATAGCGATATTAATACCCTCCCTGGCATTTGTTTTAT > CP009273/3106540‑3106830 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |