| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 263,112 | G→T | 7.8% | S202* (TCG→TAG) | yafZ ← | CP4‑6 prophage; conserved protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 263,112 | 0 | G | T | 7.8% | 600.5 / 17.3 | 173 | S202* (TCG→TAG) | yafZ | CP4‑6 prophage; conserved protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (90/68); new base T (8/7); total (98/75) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.92e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 176 total aligned reads displayed.
ATACCGCGAACGGCACGGGTATGTGACCGTCCTCCTTTGGCATTACGGCCACTGAGCCCGCCCTTAATCAGGTTCTCCTGAATACGCTGGTACGTGGTCCACAGGTCATTGCTCTCATCCTGCCAGCGGCGAGGGGAGAGGATCTGCGATTCAGTCACCGGCTGGTGGTCTTCACCAAAGCGGTATGTGAGGGCGGCTTTTGCCAGTGCCTGCTGTGCCGGGGGTGGCAACAGCAACGACTGCATGGCATCCCGTTTCTCCTCCACCCGGTCAAAAATCCCCAGCACCTCATA > CP009273/262965‑263257 | gcgAACGGCACGGGTATGTGACCGTCCTCCTTTGGCATTACGGCCACTGAGCCCGCCCTTAATCAGGTTCTCCTGAATACGCTGGTACGTGGTCCACAGGTCATTGCTCTCATCCTGCCAGCGGCGAGGGGAGAGGATCTGCGATTCa < 1:3308211/148‑1 (MQ=255) cgAACGGCACGGGTATGTGACCGTCCTCCTTTGGCATTACGGCCACTGAGCCCGCCCTTAATCTGGTTCTCCTGAATACGCTGGTACGTGGTCCACAGGTCATTGCTCTCATCCTGCCAGCGGCGAGGGGAGAGGATCTGCGATTCAg < 1:886796/148‑1 (MQ=255) cgAACGGCACGGGTATGTGACCGTCCTCCTTTGGCATTACGCCCACTGAGCCCGCCCTTAATCAGGTTCTCCTGAATACGCTGGTACGTGGTCCACAGGTCATTGCTCTCATCCTGCCAGCGGCGAGGGGAGAGGATCTGCGATTCAg < 1:1423229/148‑1 (MQ=255) gAACGGCACGGGTATGTGACCGTCCTCCTTTGGCATTACGGCCACTGAGCCCGCCCTTAATCAGGTTCTCCTGAATACGCTGGTACGTGGTCCACAGGTCATTGCTCTCATCCTGCCAGCGGCGAGGGGAGAGGATCTGCTATTCAGt < 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |