| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,164,230 | C→A | 85.2% | R130S (CGT→AGT) | qseC → | quorum sensing sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with QseB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,164,230 | 0 | C | A | 85.2% | 361.3 / 66.5 | 161 | R130S (CGT→AGT) | qseC | quorum sensing sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with QseB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (12/12); new base A (68/69); total (80/81) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 161 total aligned reads displayed.
GATGACGATGCGCTGACCTTTGCCATCTTTACCCACGACGGCAGAATGGTCCTTAATGATGGCGATAACGGAGAAGATATTCCCTATAGCTATCAACGGGAAGGTTTTGCTGACGGGCAACTGGTCGGTGAAGACGATCCTTGGCGTTTTGTCTGGATGACCTCACCTGATGGCAAATATCGCATCGTTGTTGGCCAGGAATGGGAATACCGTGAAGACATGGCGCTGGCGATTGTTGCCGGGCAATTGATCCCGTGGCTGGTCGCACTGCCGATTATGTTAATCATCA > CP009273/3164086‑3164374 | gatgaCGATGCGCTGACCTTTGCCATCTTTACCCACGACGGCAGAATGGTCCTTAATGATGGCGATAACGGAGAAGATATTCCCTATAGCTATCAACGGGAAGGTTTTGCTGACGGGCAACTGGTCGGTGAAGACGATCCTTGGCGtt < 2:2834774/148‑1 (MQ=255)gatgaCGATGCGCTGACCTTTGCCATCTTTACCCACGACGGCAGAATGGTCCTTAATGATGGCGATAACGGAGAAGATATTCCCTATAGCTATCAACGGGAAGGTTTTGCTGACGGGCAACTGGTCGGTGAAGACGATCCTTGGAGtt < 1:301188/148‑1 (MQ=255) atgaCGATGCGCTGACCTTTGCCATCTTTACCCACGACGGCAGAATGGTCCTTAATGATGGCGATAACGGAGAAGATATTCCCTATAGCTATCAACGGGAAGGTTTTGCTGACGGGCAACTGGTCGGTGAAGACGATCCTTGGCGttt > 1:1633132/1‑148 (MQ=255) atgaCGATGCGCTGACCTTTGCCATCTTTACCCACGACGGCAGAATGGTCCTTAATGATGGCGATAACGGAGAAGATATTCCCTATAGCTATCAACGGGAAGGTTTTGCTGACGGGCAACTGGTCGGTGAAGACGATCCTTGGAGttt < 1:1590617/148‑1 (MQ=255) tgaCGATGCGCTGACCTTTGCCATCTTTACCCACGACGGCAGAATGGTCCTTAATGATGGCGATAACGGAGAAGATATTCCCTATAGCTATCAACGGGAAGGTTTTGCTGACGGGCAACTGGTCGGTGAAGACGATCCTTGGCGtttt > 1:372450/1‑148 (MQ=255) tgaCGATGCGCTGACCTTTGCCATCTTTACCCACGACGGCAGAATGGTCCTTAATGATGGCGATAACGGAGAAGATATTCCCTATAGCTATCAACGGGAAGGTTTTGCTGACGGGCAACTGGTCGGTGAAGACGATCCTTGGCGtttt > 1:372552/1‑148 (MQ=255) cGATGCGCTGACCTTTGCCATCTTTACCCACGACGGCAGAATGGTCCTTAATGATGGCGATAACGGAGAAGATATTCCCTATAGCTATCAACGGGAAGGTTTTGCTGACGGGCAACTGGTCGGTGAAGACGATCCTTGGCGTTTTGTc > 1:2174250/1‑148 (MQ=255) tGCGCTGACCTTTGCCATCTTTACCCACGACGGCAGAATGGTCCTTAATGATGGCGATAACGGAGAAGATATTCCCTATAGCTATCAACGGGAAGGTTTTGCTGACGGGCAACTGGTCGGTGAAGACGATCCTTGGAGTTTTGTCTgg < 2:1664457/148‑1 (MQ=255) gcgcTGACCTTTGCCATCTTTACCCACGACGGCAGAATGGTCCTTAATGATGGCGATAACGGAGAAGATATTCCCTATAGCTATCAACGGGAAGGTTTTGCTGACGGGCAACTGGTCGGTGAAGACGATCCTTGGAGTTTTGTCTGGa < 1:1965334/148‑1 (MQ=255) gcTGACCTTTGCCATCTTTACCCACGACGGCAGAATGGTCCTTAATGATCGCGATAACGGAGAAGATATTCCCTATAGCTATCAACGGGAAGGTTTTGCTGACGGGCAACTGGTCGGTGAAGACGATCCTTGGAGTTTTGTCTGGATg < 1:2374358/148‑1 (MQ=255) cTGACCTTTGCCATCTTTACCCACGACGGCAGAATGGTCCTTAATGATGGCGATAACGGAGAAGATATTCCCTATAGCTATCAACGGGAAGGTTTTGCTGACGGGCAACTGGTCGGTGAAGACGATCCTTGGCGTTTTGTCTGGATGa < 2:2704383/148‑1 (MQ=255) tGACCTTTGCCATCTTTACCCACGACGGCAGAATGGTCCTTAATGATGGCGATAACGGAGAAGATATTCCCTATAGCTATCAACGGGAAGGTTTTGCTGACGGGCAACTGGTCGGTGAAGACGATCCTTGGAGTTTTGTCTGGATGAc > 2:1316852/1‑148 (MQ=255) aCCTTTGCCATCTTTACCCACGACGGCAGAATGGTCCTTAATGATGGCGATAACGGAGAAGATATTCCCTATAGCTATCAACGGGAAGGTTTTGCTGACGGGCAACTGGTCGGTGAAGACGATCCTTGGAGTTTTGTCTGGATGACCt < 2:1995790/148‑1 (MQ=255) aCCTTTGCCATCTTTACCCACGACGGCAGAATGGTCCTTAATGATGGCGATAACGGAGAAGATATTCCCTATAGCTATCAACGGGAAGGTTTTGCTGACGGGCAACTGGTCGGTGAAGACGATCCTTGGAGTTTTGTCTGGATGACCt < 2:1995837/148‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |