| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 3,168,668 | T→A | 6.8% | T30S (ACT→TCT) | parE ← | DNA topoisomerase IV, subunit B |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,168,668 | 0 | T | A | 6.8% | 707.9 / 31.9 | 230 | T30S (ACT→TCT) | parE | DNA topoisomerase IV, subunit B |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (132/82); new base A (6/10); total (138/92) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.72e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 230 total aligned reads displayed.
ATCCACCGGCATCCCGCGCCCATCGTCAATAACTTCTAACGACTGGTCAGCATGTAAAATAACGTCCACGCGTTTTGCGTGACCCGCCAGTGCTTCATCCACACTGTTATCAATGACTTCTTGCCCCAAATGGTTAGGGCGAGTGGTATCGGTATACATCCCCGGACGGCGGCGAACCGGCTCAAGCCCGGTGAGTACCTCAATGGCATCAGCGTTATAAGTTTGCGTCATGGTTTAAGTTAGTAATTCGAGTTGATCGTCAGAGATGGTGCAGACCAAGAAAATCGA > CP009273/3168525‑3168812 | tCCACCGGCATCCCGCGCCCATCGTCAATAACTTCTACCGACTGGTCAGCATGTAAAATAACGTCCACGCGTTTTGCGTGACCCGCCAGAGCTTCATCCACACTGTTATCAATGACTTCTTGCCCCAAATGGTTAGGGCGAGTGGTAt < 2:1886986/148‑1 (MQ=255) ccACCGGCATCCCGCGCCCATCGTCAATAACTTCTAACGACTGGTCAGCATGTAAAATAACGTCCACGCGTTTTGCGTGACCCGCCAGTGCTTCATCCACACTGTTATCAATGACTTCTTGCCCCAAATGGTTAGGGCGAGTGGTATc > 1:2343561/1‑148 (MQ=255) aCCGGCATCCCGCGCCCATCGTCAATAACTTCTAACGACTGGTCAGCATGTAAAATAACGTCCACGCGTTTTGCGTGACCCGCCAGTGCTTCATCCACACTGTTATCAATGACTTCTTGCCCCAAATGGTTAGGGCGAGTGGTATCgg > 1:2087419/1‑148 (MQ=255) ccGGCATCCCGCGCCCATCGTCAATAACTTCTAACGACTGGTCAGCATGTAAAATAACGTCCACGCGTTTTGCGTGACCCGCCAGTGCTTCATCCACACTGTTATCAATGACTTCTTGCCCCAAATGGTTAGGGCGAGTGGTATCGGt < 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gcgcCCATCGTCAATAACTTCTAACGACTGGTCAGCATGTAAAATAACGTCCACGCGTTTTGCGTGACCCGCCAGTGCTTCATCCACACTGTTATCAATGACTTCTTGCCCCAAATGGTTAGGGCGAGTGGTATCGGTATACATcccc < 1:1702243/148‑1 (MQ=255) cccATCGTCAATAACTTCTAACGACTGGTCAGCATGTAAAATAACGTCCACGCGTTTTGCGTGACCCGCCAGTGCTTCATCCACACTGTTATCAATGACTTCTTGCCCCAAATGGTTAGGGCGAGTGGTATCGGTATACATCCCCGGa > 2:2395072/1‑148 (MQ=255) cccATCGTCAATAACTTCTAACGACTGGTCAGCATGTAAAATAACGTCCACGCGTTTTGCGTGACCCGCCAGTGCTTCATCCACACTGTTATCAATGACTTCTTGCCCCAAATGGTTAGGGCGAGTGGTATCGGTATACATCCCCGGa > 1:136578/1‑148 (MQ=255) cccATCGTCAATAACTTCTAACGACTGGTCAGCATGTAAAATAACGTCCACGCGTTTTGCGTGACCCGCCAGTGCTTCATCCACACTGTTATCAATGACTTCTTGCCACAAATGGTTAGGGCGAGTGGTATCGGTATACATCCCCGGa > 1:2553111/1‑148 (MQ=255) cATCGTCAATAACTTCTAACGACTGGTCAGCATGTAAAATAACGTCCACGCGTTTTGCGTGACCCGCCAGTGCTTCATCCACACTGTTATCAATGACTTCTTGCCCCAAATGGTTAGGGCGAGTGGTATCGGTATACATCCCCGGAcg > 1:898200/1‑148 (MQ=255) cATCGTCAATAACTTCTAACGACTGGTCAGCATGTAAAATAACGTCCACGCGTTTTGCGTGACCCGCCAGTGCTTCATCCACACTGTTATCAATGACTTCTTGCCCCAAATGGTTAGGGCGAGTGGTATCGGTATACATCCCCGGAcg > 1:898326/1‑148 (MQ=255) cATCGTCAATAACTTCTAACGACTGGTCAGCATGTAAAATAACGTCCACGCGTTTTGCGTGACCCGCCAGTGCTTCATCCACACTGTTATCAATGACTTCTTGCCCCAAATGGTTAGGGCGAGTGGTATCGGTATACATCCCCGGAcg > 2:1648141/1‑148 (MQ=255) cGTCAATAACTTCTAACGACTGGTCAGCATGTAAAATAACGTCCACGCGTTTTGCGTGACCCGCCAGTGCTTCATCCACACTGTTATCAATGACTTCTTGCCCCAAATGGTTAGGGCGAGTGGTATCGGTATACATCCCCGGAcggcg > 2:1501990/1‑148 (MQ=255) tCAATAACTTCTAACGACTGGTCAGCATGTAAAATAACGTCCACGCGTTTTGCGTGACCCGCCAGTGCTTCATCCACACTGTTATCAATGACTTCTTGCCCCAAATGGTTAGGGCGAGTGGTATCGGTATACATCCCCGGACggcggc > 1:1326143/1‑148 (MQ=255) cAATAACTTCTAACGACTGGTCAGCATGTAAAATAACGTCCACGCGTTTTGCGTGACCCGCCAGTGCTTCATCCACACTGTTATCAATGACTTCTTGCCCCAAATGGTTAGGGCGAGTGGTATCGGTATACATCCCCGGACGgcggcg > 1:367932/1‑148 (MQ=255) 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aCTGGTCAGCATGTAAAATAACGTCCACGCGTTTTGCGTGACCCGCCAGTGCTTCATCCACACTGTTATCAATGACTTCTTGCCCCAAATGGTTAGGGCGAGTGGTATCGGTATACATCCCCGGACGGCGGCGAACCGGCTCAAGccc > 2:162562/1‑148 (MQ=255) tGGTCAGCATGTAAAATAACGTCCACGCGTTTTGCGTGACCCGCCAGTGCTTCATCCACACTGTTATCAATGACTTCTTGCCCCAAATGGTTAGGGCGAGTGGTATCGGTATACATCCCCGGACGGCGGCGAACCGGCTCAAGCCCgg < 1:1418461/148‑1 (MQ=255) gTCAGCATGTAAAATAACGTCCACGCGTTTTGCGTGACCCGCCAGTGCTTCATCCACACTGTTATCAATGACTTCTTGCCCCAAATGGTTAGGGCGAGTGGTATCGGTATACATCCCCGGACGGCGGCGAACCGGCTCAAGCCCGGTg > 1:1795080/1‑148 (MQ=255) tCAGCATGTAAAATAACGTCCACGCGTTTTGCGTGACCCGCCAGTGCTTCATCCACACTGTTATCAATGACTTCTTGCCCCAAATGGTTAGGGCGAGTGGTATCGGTATACATCCCCGGACGGCGGCGAACCGGCTCAAGCCCGGTGa > 2:324376/1‑148 (MQ=255) tCAGCATGTAAAATAACGTCCACGCGTTTTGCGTGACCCGCCAGTGCTTCATCCACACTGTTATCAATGACTTCTTGCCCCAAATGGTTAGGGCGAGTGGTATCGGTATACATCCCCGGACGGCGGCGAACCGGCTCAAGCCCGGTGa > 1:2184278/1‑148 (MQ=255) 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aTGGTTAGGGCGAGTGGTATCGGTATACATCCCCGGACGGCGGCGAACCGGCTCAAGCCCGGTGAGTACCTCAATGGCATCAGCGTTATAAGTTTGCGTCATGGTTTAAGTTAGTAATTCGAGTTGATCGTCAGAGATGGTGCAGAcc > 1:424650/1‑148 (MQ=255) aTGGTTAGGGCGAGTGGTATCGGTATACATCCCCGGACGGCGGCGAACCGGCTCAAGCCCGGTGAGTACCTCAATGGCATCAGCGTTATAAGTTTGCGTCATGGTTTAAGTTAGTAATTCGAGTTGATCGTCAGAGATGGTGCAGAcc > 2:1349384/1‑148 (MQ=255) gTTAGGGCGAGTGGTATCGGTATACATCCCCGGACGGCGGCGAACCGGCTCAAGCCCGGTGAGTACCTCAATGGCATCAGCGTTATAAGTTTGCGTCATGGTTTAAGTTAGTAATTCGAGTTGATCGTCAGAGATGGTGCAGACCAAg < 1:1882167/148‑1 (MQ=255) gTTAGGGCGAGTGGGATCGGTATACATCCCCGGACGGGGGCGAACCGGCTAAAGCCCGGTGAGTACCTCATTGGCATAAGCGTTATAAGTTTGCGTCATGGTTTATGTTAGTAATTCGAGTTGATCGTCAGAGATGGTGAAGACCAAg < 2:3132405/148‑1 (MQ=255) ttAGGGCGAGTGGTATCGGTATACATCCCCGGACGGCGGCGAACCGGCTCAAGCCCGGTGAGTACCTCAATGGCATCAGCGTTATAAGTTTGCGTCATGGTTTAAGTTAGTAATTCGAGTTGATCGTCAGAGATGGTGCAGACCAAGa > 2:828572/1‑148 (MQ=255) aGGGCGAGTGGTATCGGTATACATCCCCGGACGGCGGCGAACCGGCTCAAGCCCGGTGAGTACCTCAATGGCATCAGCGTTATAAGTTTGCGTCATGGTTTAAGTTAGTAATTCGAGTTGATCGTCAGAGATGGTGCAGACCAAGaaa < 1:1731434/148‑1 (MQ=255) gggCGAGTGGTATCGGTATACATCCCCGGACGGCGGCGAACCGGCTCAAGCCCGGTGAGTACCTCAATGGCATCAGCGTTATAAGTTTGCGTCATGGTTTAAGTTAGTAATTCGAGTTGATCGTCAGAGATGGTGCAGACCAAGaaaa > 1:2243817/1‑148 (MQ=255) gggCGAGAGGTATCGGTATACATCCCCGGACGGCGGCGAACCGGCTCAAGCCCGGTGAGTACCTCAATGGCATCAGCGTTATAAGTTTGCGTCATGGTTTAAGTTAGTAATTCGAGTTGATCGTCAGAGATGGTGCAGACCAAGaaaa < 1:2522951/148‑1 (MQ=255) ggCGAGTGGTATCGGTATACATCCCCGGACGGCGGCGAACCGGCTCAAGCCCGGTGAGTACCTCAATGGCATCAGCGTTATAAGTTTGCGTCATGGTTTAAGTTAGTAATTCGAGTTGATCGTCAGAGATGGTGCAGACCAAGAAAAt > 2:2170830/1‑148 (MQ=255) cGAGTGGTATCGGTATACATCCCCGGACGGCGGCGAACCGGCTCAAGCCCGGTGAGTACCTCAATGGCATCAGCGTTATAAGTTTGCGTCATGGTTTAAGTTAGTAATTCGAGTTGATCGTCAGAGATGGTGCAGACCAAGAAAATcg < 2:422185/148‑1 (MQ=255) gAGTGGTATCGGTATACATCCCCGGACGGCGGCGAACCGGCTCAAGCCCGGTGAGTACCTCAATGGCATCAGCGTTATAAGTTTGCGTCATGGTTTAAGTTAGTAATTCGAGTTGATCGTCAGAGATGGTGCAGACCAAGAAAATcga < 2:1485639/148‑1 (MQ=255) | ATCCACCGGCATCCCGCGCCCATCGTCAATAACTTCTAACGACTGGTCAGCATGTAAAATAACGTCCACGCGTTTTGCGTGACCCGCCAGTGCTTCATCCACACTGTTATCAATGACTTCTTGCCCCAAATGGTTAGGGCGAGTGGTATCGGTATACATCCCCGGACGGCGGCGAACCGGCTCAAGCCCGGTGAGTACCTCAATGGCATCAGCGTTATAAGTTTGCGTCATGGTTTAAGTTAGTAATTCGAGTTGATCGTCAGAGATGGTGCAGACCAAGAAAATCGA > CP009273/3168525‑3168812 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |