| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 3,238,170 | T→A | 10.1% | intergenic (‑70/‑293) | uxaC ← / → exuT | uronate isomerase/hexuronate transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 3,238,170 | 0 | T | A | 10.1% | 659.8 / 56.5 | 227 | intergenic (‑70/‑293) | uxaC/exuT | uronate isomerase/hexuronate transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (104/99); new base A (8/15); total (112/115) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.86e-01 | |||||||||||
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Only 100 of 233 total aligned reads displayed.
GTCTTTTGCGTAGTCGTGATACAGACGGCGGGCAAATTCGGTATCTAACAGGAAATCTTCAGTCATAAACGGAGTCATTTTCGTCTTCCTCTCAACGAGTGAGCTAGCTTGCTTATGGTGCGATGCTGACAAAGTTATCACACCAATTTCCAGAGTCCGAAGATATTTTCGTGAGTTAGATCAATAAACGTAGTTAAAAAAATTACTCTCAAAGTGGTAAATCTCGCTGCAGGCCGCGCCAGTACTGGCCTTGCTGTCGTCAGGTAATGTCCCTACAAATATTCCCACATTTGTG > CP009273/3238023‑3238317 | gTCTTTTGCGTAGTCGTGATACAGACGGCGGGCAAATTCGGTATCTAACAGGAAATCTTCAGTCCTAAACGGAGTCATTTTCGTCTTCCTCTCAACGAGTGAGCTAGCTTGCTTATGGTGCGATGCTGACCAAGTGATCACACCAAtt > 1:389006/1‑148 (MQ=255) tCTTTTGCGTAGTCGTGATACAGACGGCGGGCAAATTCGGTATCTAACAGGAAATCTTCAGTCATAAACGGAGTCATTTTCGTCTTCCTCTCAACGAGTGAGCTAGCTTGCTTATGGTGCGATGCTGACAAAGTTATCACACCAAttt < 2:2459722/148‑1 (MQ=255) ttttGCGTAGTCGTGATACAGACGGCGGGCAAATTCGGTATCTAACAGGAAATCTTCAGTCATAAACGGAGTCATTTTCGTCTTCCTCTCAACGAGTGAGCTAGCTTGCTTATGGTGCGATGCTGACAAAGTTATCACACCAATTTcc < 1:738394/148‑1 (MQ=255) tttGCGTAGTCGTGATACAGACGGCGGGCAAATTCGGTATCTAACAGGAAATCTTCAGTCATAAACGGAGTCATTTTCGTCTTCCTCTCAACGAGTGAGCTAGCTTGCTTATGGTGCGATGCTGACAAAGTTATCACACCAATTTCCa 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |