| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 3,238,283 | C→A | 88.0% | intergenic (‑183/‑180) | uxaC ← / → exuT | uronate isomerase/hexuronate transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,238,283 | 0 | C | A | 88.0% | 551.7 / 76.7 | 225 | intergenic (‑183/‑180) | uxaC/exuT | uronate isomerase/hexuronate transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (12/15); new base A (107/91); total (119/106) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.13e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.81e-01 | |||||||||||
Only 100 of 229 total aligned reads displayed.
TGGTGCGATGCTGACAAAGTTATCACACCAATTTCCAGAGTCCGAAGATATTTTCGTGAGTTAGATCAATAAACGTAGTTAAAAAAATTACTCTCAAAGTGGTAAATCTCGCTGCAGGCCGCGCCAGTACTGGCCTTGCTGTCGTCAGGTAATGTCCCTACAAATATTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGACAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAGTCGACGGAATGCAAATTGCCGATTCATTCATTTGTTAGATGAATCGGGTT > CP009273/3238138‑3238427 | ggTGCGATGCTGACAAAGTTATCACACCAATTTCCAGAGTCCGAAGATATTTTCGTGAGTTAGATCAATAAACGTAGTTAAAAAAATTACTCTCAAAGTGGTAAATCTCGCTGCAGGCCGCGCCAGTACTGGCCTTGCTGTCGTAAgg < 2:614031/148‑1 (MQ=255) ggTGCGATGCTGACAAAGTTATCACACCAATTTCCAGAGTCCGAAGATATTTTCGTGAGTTAGATCAATAAACGTAGTTAAAAAAATTACTCTCAAAGTGGTAAATCTCGCTGCAGGCCGCGCCAGTACTGGCCTTGCTGTCGTAAgg < 2:3232018/148‑1 (MQ=255) ggTGCGATGCTGACAAAGTTATCACACCAATTTCCAGAGTCCGAAGATATTTTCGTGAGTTAGATCAATAAACGTAGTTAAAAAAATTACTCTCAAAGTGGTAAATCTCGCTGCAGGCCGCGCCAGTACTGGCCTTGCTGTCGTAAgg < 2:2093878/148‑1 (MQ=255) gCGATGCTGACAAAGTTATCACACCAATTTCCAGAGTCCGAAGATATTTTCGTGAGTTAGATCAATAAACGTAGTTAAAAAAATTACTCTCAAAGTGGTAAATCTCGCTGCAGGCCGCGCCAGTACTGGCCTTGCTGTCGTAAGGTaa < 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cTGTCGTAAGGTAATGTCCCTACAAATATTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGACAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAGTCGACGGAATGCAAATTGCCGATTCATTCATTTGTTAGATGAATCg > 2:292846/1‑148 (MQ=255) | TGGTGCGATGCTGACAAAGTTATCACACCAATTTCCAGAGTCCGAAGATATTTTCGTGAGTTAGATCAATAAACGTAGTTAAAAAAATTACTCTCAAAGTGGTAAATCTCGCTGCAGGCCGCGCCAGTACTGGCCTTGCTGTCGTCAGGTAATGTCCCTACAAATATTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGACAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAGTCGACGGAATGCAAATTGCCGATTCATTCATTTGTTAGATGAATCGGGTT > CP009273/3238138‑3238427 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |