| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 284,851 | T→A | 18.5% | E8V (GAA→GTA) | yagI ← | CP4‑6 prophage; putative DNA‑binding transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 284,851 | 0 | T | A | 18.5% | 332.0 / 67.6 | 135 | E8V (GAA→GTA) | yagI | CP4‑6 prophage; putative DNA‑binding transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (50/60); new base A (11/14); total (61/74) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.87e-01 | |||||||||||
Only 100 of 135 total aligned reads displayed.
TTCTGATCGATATAGCCGTGAAGCTGCAGGGTTTTTAGCAGCGAGTGGAGGGTACTCTTGCTCAGCCCCATCAGTTTGCTGATGTCGGTGATCTTAAGCTCGGTGGCCTGCTCGTTGAACAGGTCGAGGATCTGCAACGCACGTTCAACAGACTGAATAATCGGCATAATGCTGGCATGTCCACGCTGGAATTAAGGCGAAAACGTACCTTTTTCGGGATGAAAAATCAATGAAATGGAGCCGGTGTTCTCCCTCTCCCTGTGGGAGAGGGCCGGGGTGAGGGCACCAA > CP009273/284707‑284995 | tCTGATCGATATAGCCGTGAAGCTGCAGGGTTTTTAGCAGCGAGTGGAGGGTACTCTTGCTCAGCCCCATCAGTTTGCTGATGTCGGTGATCTTAAGCTCGGTGGCCTGCTCGTTGAACAGGTCGAGGATCTGCAACGCACGTTCAAc < 2:1808189/148‑1 (MQ=255) tCTGATCGATATAGCCGTGAAGCTGCAGGGTTTTTAGCAGCGAGTGGAGGGTACTCTTGCTCAGCCCCATCAGTTTGCTGATGTCGGTGATCTTAAGCTCGGTGGCCTGCTCGTTGAACAGGTCGAGGATCTGCAACGCACGTACAAc < 2:448733/148‑1 (MQ=255) gATCGATATAGCCGTGAAGCTGCAGGGTTTTTAGCAGCGAGTGGAGGGTACTCTTGCTCAGCCCCATCAGTTTGCTGATGTCTGTGATCTTAAGCTCGGTGGCCTGCTCGTTGAACAGGTCGAGGATCTGCAACGCACGTACAACAGa < 2:1182310/148‑1 (MQ=255) gATCGATATAGCCGTGAAGCTGCAGGGTTTTTAGCAGCGAGTGGAGGGTACTCTTGCTCAGCCCCATCAGTTTGCTGATGTCGGTGATCTTAAGCTCGGTGGCCTGCTCGTTGAACAGGTCGAGGATCTGCAACGCACGTTCAACAGa < 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atatAGCCGTGAAGCTGCAGGGTTTTTAGCAGCGAGTGGAGGGTACTCTTGCTCAGCCCCATCAGTTTGCTGATGTCGGTGATCTTAAGCTCGGTGGCCTGCTCGTTGAACAGGTCGAGGATCTGCAACGCACGTTCAACAGACTGaa < 1:2314598/148‑1 (MQ=255) atatAGCCGTGAAGCTGCAGGGTTTTTAGCAGCGAGTGGAGGGTACTCTTGCTCAGCCCCATCAGTTTGCTGATGTCGGTGATCTTAAGCTCGGTGGCCTGCTCGTTGAACAGGTCGAGGATCTGCAACGCACGTACAACAGACTGaa > 1:1760819/1‑148 (MQ=255) atatAGCCGTGAAGCTGCAGGGTTTTTAGCAGCGAGTGGAGGGAACTCTTGCTCAGCCCCATCAGTTTGCTGATGTCGGTGATCTTAAGCTCGGTGGCCTGCTCGTTGAACAGGTCGAGGATCTGCAACGCACGTTCAACAGACTGaa > 1:3243279/1‑148 (MQ=255) ataGCCGTGAAGCTGCAGGGTTTTTAGCAGCGAGTGGAGGGTACTCTTGCTCAGCCCCATCAGTTTGCTGATGTCGGTGATCTTAAGCTCGGTGGCCTGCTCGTTGAACAGGTCGAGGATCTGCAACGCACGTTCAACAGACTGaata < 2:2514422/148‑1 (MQ=255) gCCGTGAAGCTGCAGGGTTTTTAGCAGCGAGTGGAGGGTACTCTTGCTCAGCCCCATCAGTTTGCTGATGTCGGTGATCTTAAGCTCGGTGGCCTGCTCGTTGAACAGGTCGAGGATCTGCAACGCACGTTCAACAGACTGAATAATc < 1:1049621/148‑1 (MQ=255) 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cGTTCAACAGACTGAATAATCGGCATAATGCTGGCATGTCCACGCTGGAATTAAGGCGAAAACGTACCTTTTTCGGGATGAAAAATCAATGAAATGGAGCCGGTGTTCTCCCTCTCCCTGTGGGAGAGGGCCGGGGTGAGGGCACCaa > 2:1877443/1‑148 (MQ=255) | TTCTGATCGATATAGCCGTGAAGCTGCAGGGTTTTTAGCAGCGAGTGGAGGGTACTCTTGCTCAGCCCCATCAGTTTGCTGATGTCGGTGATCTTAAGCTCGGTGGCCTGCTCGTTGAACAGGTCGAGGATCTGCAACGCACGTTCAACAGACTGAATAATCGGCATAATGCTGGCATGTCCACGCTGGAATTAAGGCGAAAACGTACCTTTTTCGGGATGAAAAATCAATGAAATGGAGCCGGTGTTCTCCCTCTCCCTGTGGGAGAGGGCCGGGGTGAGGGCACCAA > CP009273/284707‑284995 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |