| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 3,268,357 | C→A | 90.8% | intergenic (‑91/‑284) | garP ← / → garD | putative (D)‑galactarate transporter/(D)‑galactarate dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,268,357 | 0 | C | A | 90.8% | 534.4 / 50.4 | 206 | intergenic (‑91/‑284) | garP/garD | putative (D)‑galactarate transporter/(D)‑galactarate dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (11/8); new base A (97/90); total (108/98) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.40e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.46e-01 | |||||||||||
Only 100 of 206 total aligned reads displayed.
TTAAATAGCGGGTATGCACGCCTTTCTTTTTTTCGTCAACGGTGTCCAGAATCATTTTATTTACCTCGGGTACTTATGCTGATTTTTATTATTATGGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTCGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCTAATTTAATTAATACTATTTAAATATTATTTTGAGCATATGCACATAAGGTTGCGCGCTAAAGCACAGATTTGCGCTTTACCTTACCGGGCGGCACTG > CP009273/3268212‑3268502 | ttAAATAGCGGGTATGCACGCCTTTCTTTTTTTCGTCAACGGTGTCCAGAATCATTTTATTTACCTCGGGTACTTATGCTGATTTTTATTATTATGGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTAgg > 2:329249/1‑148 (MQ=255) gCGGGTATGCACGCCTTTCTTTTTTTCGTCAACGGTGTCCAGAATCATTTTATTTACCTCGGGTACTTATGCTGATTTTTATTATTATGGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTCGGGAATTAg > 1:2328743/1‑148 (MQ=255) gCGGGTATGCACGCCTTTCTTTTTTTCGTCAACGGTGTCCAGAATCATTTTATTTACCTCGGGTACTTATGCTGATTTTTATTATTATGGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAg < 2:1582042/148‑1 (MQ=255) gTATGCACGCCTTTCTTTTTTTCGTCAACGGTGTCCAGAATCATTTTATTTACCTCGGGTACTTATGCTGATTTTTATTATTATGGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAGtata < 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ttttATTTACCTCGGGTACTTATGCTGATTTTTATTATTATGGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCtaatttaat < 1:2795739/148‑1 (MQ=255) ttttATTTACCTCGGGTACTTATGCTGATTTTTATTATTATGGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCtaatttaat > 1:2169603/1‑148 (MQ=255) ttatttaCCTCGGGTACTTATGCTGATTTTTATTATTATGGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCTAATttaatta < 2:698564/148‑1 (MQ=255) atttaCCTCGGGTACTTATGCTGATTTTTATTATTATGGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTATGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCTAATTtaattaat < 2:2296443/148‑1 (MQ=255) ccTCGGGTACTTATGCTGATTTTTATTATTATGGGGACTGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCTAATTTAATTAATACTAt < 1:2903992/148‑1 (MQ=255) 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tCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCTAATTTAATTAATACTATTTAAATATTATTTTGAGCATATGCACATAAGGTTGCGCGCTAAAGCACAGATTTg < 1:1280724/148‑1 (MQ=255) cATTTATGCCGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCTAATTTAATTAATACTATTTAAATATTATTTTGAGCATATGCACATAAGGTTGCGCGCTAAAGCACAGATTTgc > 1:249810/1‑148 (MQ=255) tATGCCGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCTAATTTAATTAATACTATTTAAATATTATTTTGAGCATATGCACATAAGGTTGCGCGCTAAAGCACAGATTTGCGCtt > 2:147465/1‑148 (MQ=255) aTGCCGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCTAATTTAATTAATACTATTTAAATATTATTTTGAGCATATGCACATAAGGTTGCGCGCTAAAGCACAGATTTGCGCttt < 2:3241895/148‑1 (MQ=255) tGCCGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCTAATTTAATTAATACTATTTAAATATTATTTTGAGCATATGCACATAAGGTTGCGCGCTAAAGCACAGATTTGCGCTtta < 2:43630/148‑1 (MQ=255) cGTAACGACAATGAACTAGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCTAATTTAATTAATACTATTTAAATATTATTTTGAGCATATGCACATAAGGTTGCGCGCTAAAGCACAGATTTGCGCTttacct < 1:2301961/148‑1 (MQ=255) aaCGACAATGAACTAGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCTAATTTAATTAATACTATTTAAATATTATTTTGAGCATATGCACATAAGGTTGCGCGCTAAAGCACAGATTTGCGCTttaccttac < 2:2979348/148‑1 (MQ=255) aCAATGAACTAGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCTAATTTAATTAATACTATTTAAATATTATTTTGAGCATATGCACATAAGGTTGCGCGCTAAAGCACAGATTTGCGCTTTACCTTACCggg < 1:66202/148‑1 (MQ=255) aTGAACTAGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCTAATTTAATTAATACTATTTAAATATTATTTTGAGCATATGCACATAAGGTTGCGCGCTAAAGCACAGATTTGCGCTTTACCTTACCGggcgg > 1:376770/1‑148 (MQ=255) aaCTAGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCTAATTTAATTAATACTATTTAAATATTATTTTGAGCATATGCACATAAGGTTGCGCGCTAAAGCACAGATTTGCGCTTTACCTTACCGGGCGGCAc < 1:2938280/148‑1 (MQ=255) cTCGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCTAATTTAATTAATACTATTTAAATATTATTTTGAGCATATGCACATAAGGTTGCGCGCTAAAGCACAGATTTGCGCTTTACCTTACCGGGCGGCACTg > 2:2125847/1‑148 (MQ=255) | TTAAATAGCGGGTATGCACGCCTTTCTTTTTTTCGTCAACGGTGTCCAGAATCATTTTATTTACCTCGGGTACTTATGCTGATTTTTATTATTATGGGGAAGGTGTTATTTATGAGTTTCATTTATGCCGTAACGACAATGAACTCGGGAATTAGTATAAGCAGCGCGAGAATAATAATCATTGTGCAAATGCTAATTTAATTAATACTATTTAAATATTATTTTGAGCATATGCACATAAGGTTGCGCGCTAAAGCACAGATTTGCGCTTTACCTTACCGGGCGGCACTG > CP009273/3268212‑3268502 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |