Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 3,285,085 | G→T | 7.3% | R129L (CGA→CTA) | yraK → | putative fimbrial‑like adhesin protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,285,085 | 0 | G | T | 7.3% | 728.0 / 23.4 | 204 | R129L (CGA→CTA) | yraK | putative fimbrial‑like adhesin protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (108/81); new base T (8/7); total (116/88) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.92e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.77e-01 |
Only 100 of 204 total aligned reads displayed.
TGTCTATATGGTCAGCCCCGTACTTACCACCACTGGACATCAGACAGGATATTACAAACTCAATGACAGCCTGGATATTAAAACCACATTACAGGCAAACGACATTCCAGGACTCACAACCGACCAGGTTGTCTCTGTTAACACCCGATTCACACAGATAAAAAACAACACGGTATATTCTGCTGCAACCCAAACGGGTGTTTGCCAGGGTGATACGTCTCGTTATGGACCCGTTAATATTGGTGCGAACACCACCTTTACCCTGTATGTCACCAAGCCATTTCTCGGCTCGA > CP009273/3284939‑3285231 | tGTCTATATGGTCAGCCCCGTACTTACCACCACTGGACATCAGACAGGATATTACAAACTCAATGACAGCCTGGATATTAAAACCACATTACAGGCAAACGACATTCCAGGACTCACAACCGACCAGGTTGTCTCTGTTAACACCCGa < 2:422395/148‑1 (MQ=255) gTCTTTCTGGCCCGCCCCTTACTTACCACCAATGTACATAAGACTGTATATAACAAACACAATGACAGCCTGGATATTAAAACCACATTCCAGCAAAACGACATTCCAGGACTCACAACCGACCAGGTTGTCTCTGTTAACACCCTAt < 1:1509263/148‑1 (MQ=255) tataTGGTCAGCCCCGTACTTACCACCACTGGACATCAGACAGGATATTACAAACTCAATGACAGCCTGGATATTAAAACCACATTACAGGCAAACGACATTCCAGGACTCACAACCGACCAGGTTGTCTCTGTTAACACCCGATTca < 2:501680/148‑1 (MQ=255) atGGTCAGCCCCGTACTTACCACCACTGGACATCAGACAGGATATTACAAACTCAATGACAGCCTGGATATTAAAACCACATTACAGGCAAACGACATTCCAGGACTCACAACCGACCAGGTTGTCTCTGTTAACACCCGATTcacac > 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |