| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 3,292,017 | G→T | 6.8% | I63I (ATC→ATA) | yraR ← | putative nucleoside‑diphosphate‑sugar epimerase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,292,017 | 0 | G | T | 6.8% | 761.3 / 19.8 | 204 | I63I (ATC→ATA) | yraR | putative nucleoside‑diphosphate‑sugar epimerase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (112/78); new base T (10/4); total (122/82) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.12e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
Only 100 of 206 total aligned reads displayed.
CATCGCACTGACTACCAACATATGCTGCGCGCCCAGTCGCCGCCCGGTTAATGCGGTATCCACTACCAGCGTGTAATCGGCATGAATAAACGCCTCTTTGCTCCCCGCTTCTCGCCGCGTGGTGCCGAGACAACAAAACACAATGTCGATGGGATCGGTGACCTGCGCCAACGCGTCACTCAGTTGCGGATCATGGGGATTAAACACCCCGGGCATATCGCCCAACGGACGTCGCGTCGGCGCAGCAATGGCGTTAACTTTCGGTTCGTTAATCAACATCCGCAGCAGGTGACC > CP009273/3291870‑3292163 | cATCGCACTGACTACCAACATATGCGGCGCGCCCAGTCGCCGCCCGGTTAATGCGGTATCCACTACCAGCGTGTAATCGGCATGAATAAACGCCTCTTTGCTCCCCGCTTCTCGCCGCGTGGTGCCGAGACAACAAAACACAATGTCg < 1:2682291/148‑1 (MQ=255) aTCGCACTGACTACCAACATATGCTGCGCGCCCAGTCGCCGCCCGGTTAATGCGGTATCCACTACCAGCGTGTAATCGGCATGAATAAACGCCTCTTTGCTCCCCGCTTCTCGCCGCGTGGTGCCGAGACAACAAAACACAATGTCGa > 2:2967982/1‑148 (MQ=255) cACTGACTACCAACATATGCTGCGCGCCCAGTCGCCGCCCGGTTAATGCGGTATCCACTACCAGCGTGTAATCGGCATGAATAAACGCCTCTTTGCTCCCCGCTTCTCGCCGCGTGGTGCCGAGACAACAAAACACAATGTCGATggg < 1:2156346/148‑1 (MQ=255) aCTGACTACCAACATATGCTGCGCGCCCAGTCGCCGCCCGGTTAATGCGGTATCCACTACCAGCGTGTAATCGGCATGAATAAACGCCTCTTTGCTCCCCGCTTCTCGCCGCGTGGTGCCGAGACAACAAAACACAATGTCGATGGGa 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cGATGGGATCGGTGACCTGCGCCAACGCGTCACTCAGTTGCGGATCATGGGGATTAAACACCCCGGGCATATCGCCCAACGGACGTCGCGTCGGCGCAGCAATGGCGTTAACTTTCGGTTCGTTAATCAACATCCGCAGCAGGTGAcc > 1:1059639/1‑148 (MQ=255) | CATCGCACTGACTACCAACATATGCTGCGCGCCCAGTCGCCGCCCGGTTAATGCGGTATCCACTACCAGCGTGTAATCGGCATGAATAAACGCCTCTTTGCTCCCCGCTTCTCGCCGCGTGGTGCCGAGACAACAAAACACAATGTCGATGGGATCGGTGACCTGCGCCAACGCGTCACTCAGTTGCGGATCATGGGGATTAAACACCCCGGGCATATCGCCCAACGGACGTCGCGTCGGCGCAGCAATGGCGTTAACTTTCGGTTCGTTAATCAACATCCGCAGCAGGTGACC > CP009273/3291870‑3292163 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |