| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 3,375,707 | C→T | 5.1% | A50V (GCG→GTG) | degS → | serine endoprotease, periplasmic |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,375,707 | 0 | C | T | 5.1% | 715.9 / 16.7 | 195 | A50V (GCG→GTG) | degS | serine endoprotease, periplasmic |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (101/84); new base T (5/5); total (106/89) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.80e-01 | |||||||||||
Only 100 of 202 total aligned reads displayed.
TGTTTGTGAAGCTCTTACGTTCCGTTGCGATTGGATTAATTGTCGGCGCTATTCTGCTGGTTGCCATGCCTTCGCTGCGCAGCCTTAACCCGCTTTCCACTCCGCAATTTGACAGTACCGATGAGACGCCTGCCAGCTATAATCTGGCGGTTCGCCGCGCCGCGCCAGCGGTGGTTAACGTTTACAACCGTGGTTTGAACACCAACTCTCACAACCAGCTTGAGATCCGCACCCTGGGATCCGGTGTAATCATGGATCAACGCGGTTATATCATCACCAATAAACACGTCATCAA > CP009273/3375560‑3375854 | tGTTTGTGAAGCTCTTACGTTCCGTTGCGATTGGATTAATTGTCGGCGCTATTCTGCTGGTTGCCATGCCTTCGCTGCGCAGCCTTAACCCGCTTTCCACTCCGCAATTTGACAGTACCGATGAGACGCCTGCCAGCTATAATCTGGc > 1:489617/1‑148 (MQ=255)tGTTTGTGAAGCTCTTACGTTCCGTTGCGATTGGATTAATTGTCGGCGCTATTCTGCTGGTTGCCATGCCTTCGCTGCGCAGCCTTAACCCGCTTTCCACTCCGCAATTTGACAGTACCGATGAGACGCCTGCCAGCTATAATCTGGc > 2:1130062/1‑148 (MQ=255)tGTTTGTGAAGCTCTTACGTTCCGTTGCGATTGGATTAATTGTCGGCGCTATTCTGCTGGTTGCCATGCCTTCGCTGCGCAGCCTTAACCCGCTTTCCACTCCGCAATTTGACAGTACCGATGAGACGCCTGCCAGCTATAATCTGGc > 2:2733109/1‑148 (MQ=255) aaGCTCTTACGTTCCGTTGCGATTGGATTAATTGTCGGCGCTATTCTGCTGGTTGCCATGCCTTCGCTGCGCAGCCTTAACCCGCTTTCCACTCCGCAATTTGACAGTACCGATGAGACGCCTGCCAGCTATAATCTGGCGGTTcgcc > 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tACGTTCCGTTGCGATTGGATTAATTGTCGGCGCTATTCTGCTGGTTGCCATGCCTTCGCTGCGCAGCCTTAACCCGCTTTCCACTCCGCAATTTGACAGTACCGATGAGACGCCTGCCAGCTATAATCTGGCGGTTCgccgcgccgc > 2:1002147/1‑148 (MQ=255) cGTTCCGTTGCGATTGGATTAATTGTCGGCGCTATTCTGCTGGTTGCCATGCCTTCGCTGCGCAGCCTTAACCCGCTTTCCACTCCGCAATTTGACAGTACCGATGAGACGCCTGCCAGCTATAATCTGGTGGTTCGCcgcgccgcgc > 2:1784464/1‑148 (MQ=255) cGTTCCGTTGCGATTGGATTAATTGTCGGCGCTATTCTGCTGGTTGCCATGCCTTCGCTGCGCAGCCTTAACCCGCTTTCCACTCCGCAATTTGACAGTACCGATGAGACGCCTGCCAGCTATAATCTGGTGGTTCGCcgcgccgcgc > 2:1784847/1‑148 (MQ=255) tCCGTTGCGATTGGATTAATTGTCGGCGCTATTCTGCTGGTTGCCATGCCTTCGCTGCGCAGCCTTAACCCGCTTTCCACTCCGCAATTTGACAGTACCGATGAGACGCCTGCCAGCTATAATCTGGCGGTTCGCCGCGCCGCGCCAg < 2:2195174/148‑1 (MQ=255) ttGCGATTGGATTAATTGTCGGCGCTATTCTGCTGGTTGCCATGCCTTCGCTGCGCAGCCTTAACCCGCTTTCCACTCCGCAATTTGACAGTACCGATGAGACGCCTGCCAGCTATAATCTGGCGGTTCGCCGCGCCGCGCCAGCggt > 2:3263981/1‑148 (MQ=255) ttGCGATTGGATTAATTGTCGGCGCTATTCTGCTGGTTGCCATGCCTTCGCTGCGCAGCCTTAACCCGCTTTCCACTCCGCAATTTGACAGTACCGATGAGACGCCTGCCAGCTATAATCTGGCGGTTCGCCGCGCCGCGCCAGCggt > 1:681150/1‑148 (MQ=255) ttGCGATTGGATTAATTGTCGGCGCTATTCTGCTGGTTGCCATGCCTTCGCTGCGCAGCCTTAACCCGCTTTCCACTCCGCAATTTGACAGTACCGATGAGACGCCTGCCAGCTATAATCTGGCGGTTCGCCGCGCCGCGCCAGCggt > 1:680755/1‑148 (MQ=255) ttGCGATTGGATTAATTGTCGGCGCTATTCTGCTGGTTGCCATGCCTTCGCTGCGCAGCCTTAACCCGCTTTCCACTCCGCAATTTGACAGTACCGATGAGACGCCTGCCAGCTATAATCTGGCGGTTCGCCGCGCCGCGCCAGCggt > 1:2341314/1‑148 (MQ=255) tGCGATTGGATTAATTGTCGGCGCTATTCTGCTGGTTGCCATGCCTTCGCTGCGCAGCCTTAACCCGCTTTCCACTCCGCAATTTGACAGTACCGATGAGACGCCTGCCAGCTATAATCTGGCGGTTCGCCGCGCCGCGCCAGCggtg < 2:620268/148‑1 (MQ=255) tGCGATTGGATTAATTGTCGGCGCTATTCTGCTGGTTGCCATGCCTTCGCTGCGCAGCCTTAACCCGCTTTCCACTCCGCAATTTGACAGTACCGATGAGACGCCTGCCAGCTATAATCTGGCGGTTCGCCGCGCCGCGCCAGCggtg > 1:3152447/1‑148 (MQ=255) 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tGTCGGCGCTATTCTGCTGGTTGCCATGCCTTCGCTGCGCAGCCTTAACCCGCTTTCCACTCCGCAATTTGACAGTACCGATGAGACGCCTGCCAGCTATAATCTGGCGGTTCGCCGCGCCGCGCCAGCGGTGGTTAACGTTTACAAc > 1:2923092/1‑148 (MQ=255) cgcTATTCTGCTGGTTGCCATGCCTTCGCTGCGCAGCCTTAACCCGCTTTCCACTCCGCAATTTGACAGTACCGATGAGACGCCTGCCAGCTATAATCTGGCGGTTCGCCGCGCCGCGCCAGCGGTGGTTAACGTTTACAACCGTGGt < 2:3210093/148‑1 (MQ=255) cgcTATTCTGCTGGTTGCCATGCCTTCGCTGCGCAGCCTTAACCCGCTTTCCACTCCGCAATTTGACAGTACCGATGAGACGCCTGCCAGCTATAATCTGGCGGTTCGCCGCGCCGCGCCAGCGGTGGTTAACGTTTACAACCGTGGt < 1:2529811/148‑1 (MQ=255) cgcTATTCTGCTGGTTGCCATGCCTTCGCTGCGCAGCCTTAACCCGCTTTCCACTCCGCAATTTGACAGTACCGATGAGACGCCTGCCAGCTATAATCTGGCGGTTCGCCGCGCCGCGCCAGCGGTGGTTAACGTTTACAACCGTGGt < 2:2901453/148‑1 (MQ=255) cgcTATTCTGCTGGTTGCCATGCCTTCGCTGCGCAGCCTTAACCCGCTTTCCACTCCGCAATTTGACAGTACCGATGAGACGCCTGCCAGCTATAATCTGGCGGTTCGCCGCGCCGCGCCAGCGGTGGTTAACGTTTACAACCGTGGt < 1:3012725/148‑1 (MQ=255) cgcTATTCTGCTGGTTGCCATGCCTTCGCTGCGCAGCCTTAACCCGCTTTCCACTCCGCAATTTGACAGTACCGATGAGACGCCTGCCAGCTATAATCTGGCGGTTCGCCGCGCCGCGCCAGCGGTGGTTAACGTTTACAACCGTGGt < 2:1712601/148‑1 (MQ=255) gcTATTCTGCTGGTTGCCATGCCTTCGCTGCGCAGCCTTAACCCGCTTTCCACTCCGCAATTTGACAGTACCGATGAGACGCCTGCCAGCTATAATCTGGCGGTTCGCCGCGCCGCGCCAGCGGTGGTTAACGTTTACAACCGTGGtt < 1:28477/148‑1 (MQ=255) tATTCTGCTGGTTGCCATGCCTTCGCTGCGCAGCCTTAACCCGCTTTCCACTCCGCAATTTGACAGTACCGATGAGACGCCTGCCAGCTATAATCTGGCGGTTCGCCGCGCCGCGCCAGCGGTGGTTAACGTTTACAACCGTGGTTTg > 2:418619/1‑148 (MQ=255) aTTCTGCTGGTTGCCATGCCTTCGCTGCGCAGCCTTAACCCGCTTTCCACTCCGCAATTTGACAGTACCGATGAGACGCCTGCCAGCTATAATCTGGCGGTTCGCCGCGCCGCGCCAGCGGTGGTTAACGTTTACAACCGTGGTTTGa > 2:55521/1‑148 (MQ=255) ttCTGCTGGTTGCCATGCCTTCGCTGCGCAGCCTTAACCCGCTTTCCACTCCGCAATTTGACAGTACCGATGAGACGCCTGCCAGCTATAATCTGGCGGTTCGCCGCGCCGCGCCAGCGGTGGTTAACGTTTACAACCGTGGTTTGaa < 2:1061904/148‑1 (MQ=255) tCTGCTGGTTGCCATGCCTTCGCTGCGCAGCCTTAACCCGCTTTCCACTCCGCAATTTGACAGTACCGATGAGACGCCTGCCAGCTATAATCTGGCGGTTCGCCGCGCCGCGCCAGCGGTGGTTAACGTTTACAACCGTGGTTTGAac > 1:1786962/1‑148 (MQ=255) gTTGCCATGCCTTCGCTGCGCAGCCTTAACCCGCTTTCCACTCCGCAATTTGACAGTACCGATGAGACGCCTGCCAGCTATAATCTGGCGGTTCGCCGCGCCGCGCCAGCGGTGGTTAACGTTTACAACCGTGGTTTGAACACCAAct > 1:1854835/1‑148 (MQ=255) gTTGCCATGCCTTCGCTGCGCAGCCTTAACCCGCTTTCCACTCCGCAATTTGACAGTACCGATGAGACGCCTGCCAGCTATAATCTGGCGGTTCGCCGCGCCGCGCCAGCGGTGGTTAACGTTTACAACCGTGGTTTGAACACCAAct > 1:166958/1‑148 (MQ=255) ttGCCATGCCTTCGCTGCGCAGCCTTAACCCGCTTTCCACTCCGCAATTTGACAGTACCGATGAGACGCCTGCCAGCTATAATCTGGCGGTTCGCCGCGCCGCGCCAGCGGTGGTTAACGTTTACAACCGTGGTTTGAACACCAActc > 2:737717/1‑148 (MQ=255) gCCATGCCTTCGCTGCGCAGCCTTAACCCGCTTTCCACTCCGCAATTTGACAGTACCGATGAGACGCCTGCCAGCTATAATCTGGCGGTTCGCCGCGCCGCGCCAGCGGTGGTTAACGTTTACAACCGTGGTTTGAACACCAACtctc < 1:2385677/148‑1 (MQ=255) 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gATGAGACGCCTGCCAGCTATAATCTGGCGGTTCGCCGCGCCGCGCCAGCGGTGGTTAACGTTTACAACCGTGGTTTGAACACCAACTCTCACAACCAGCTTGAGATCCGCACCCTGGGATCCGGTGTAATCATGGATCAACGCGGtt < 1:197272/148‑1 (MQ=255) tGAGACGCCTGCCAGCTATAATCTGGCGGTTCGCCGCGCCGCGCCAGCGGTGGTTAACGTTTACAACCGTGGTTTGAACACCAACTCTCACAACCAGCTTGAGATCCGCACCCTGGGATCCGGTGTAATCATGGATCAACGCGGTtat < 1:1002147/148‑1 (MQ=255) tGAGACGCCTGCCAGCTATAATCTGGCGGTTCGCCGCGCCGCGCCAGCGGTGGTTAACGTTTACAACCGTGGTTTGAACACCAACTCTCACAACCAGCTTGAGATCCGCACCCTGGGATCCGGTGTAATCATGGATCAACGCGGTtat > 1:1088301/1‑148 (MQ=255) agaCGCCTGCCAGCTATAATCTGGCGGTTCGCCGCGCCGCGCCAGCGGTGGTTAACGTTTACAACCGTGGTTTGAACACCAACTCTCACAACCAGCTTGAGATCCGCACCCTGGGATCCGGTGTAATCATGGATCAACGCGGTTatat < 1:2175934/148‑1 (MQ=255) agaCGCCTGCCAGCTATAATCTGGCGGTTCGCCGCGCCGCGCCAGCGGTGGTTAACGTTTACAACCGTGGTTTGAACACCAACTCTCACAACCAGCTTGAGATCCGCACCCTGGGATCCGGTGTAATCATGGATCAACGCGGTTatat > 1:500343/1‑148 (MQ=255) gaCGCCTGCCAGCTATAATCTGGCGGTTCGCCGCGCCGCGCCAGCGGTGGTTAACGTTTACAACCGTGGTTTGAACACCAACTCTCACAACCAGCTTGAGATCCGCACCCTGGGATCCGGTGTAATCATGGATCAACGCGGTTATatc < 1:357411/148‑1 (MQ=255) gaCGCCTGCCAGCTATAATCTGGCGGTTCGCCGCGCCGCGCCAGCGGTGGTTAACGTTTACAACCGTGGTTTGAACACCAACTCTCACAACCAGCTTGAGATCCGCACCCTGGGATCCGGTGTAATCATGGATCAACGCGGTTATatc < 1:357318/148‑1 (MQ=255) gCCTGCCAGCTATAATCTGGCGGTTCGCCGCGCCGCGCCAGCGGTGGTTAACGTTTACAACCGTGGTTTGAACACCAACTCTCACAACCAGCTTGAGATCCGCACCCTGGGATCCGGTGTAATCATGGATCAACGCGGTTATatcatc < 1:1765938/148‑1 (MQ=255) ccagCCAGCTAAAATCTGGCGGTTCGCCGCGCCGCGCCAGCGGTGGTTAACGTTTACAACCGTGGTTTGAACACCAACTCTCACAACCAGCTTGAGATCCGCACCCTGGGATCCGGTGTAATCATGGATCAACGCGGTTATAtcatca < 2:489617/145‑1 (MQ=255) aGCTATAATCTGGCGGTTCGCCGCGCCGCGCCAGCGGTGGTTAACGTTTACAACCGTGGTTTGAACACCAACTCTCACAACCAGCTTGAGATCCGCACCCTGGGATCCGGTGTAATCATGGATCAACGCGGTTATATCATCACCAATa < 2:3152447/148‑1 (MQ=255) 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cGGTTCGCCGCGCCGCGCCAGCGGTGGTTAACGTTTACAACCGTGGTTTGAACACCAACTCTCACAACCAGCTTGAGATCCGCACCCTGGGATCCGGTGTAATCATGGATCAACGCGGTTATATCATCACCAATAAACACGTCATCaa < 2:1176009/148‑1 (MQ=255) | TGTTTGTGAAGCTCTTACGTTCCGTTGCGATTGGATTAATTGTCGGCGCTATTCTGCTGGTTGCCATGCCTTCGCTGCGCAGCCTTAACCCGCTTTCCACTCCGCAATTTGACAGTACCGATGAGACGCCTGCCAGCTATAATCTGGCGGTTCGCCGCGCCGCGCCAGCGGTGGTTAACGTTTACAACCGTGGTTTGAACACCAACTCTCACAACCAGCTTGAGATCCGCACCCTGGGATCCGGTGTAATCATGGATCAACGCGGTTATATCATCACCAATAAACACGTCATCAA > CP009273/3375560‑3375854 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |