| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,382,851 | C→T | 7.9% | intergenic (‑155/‑28) | aaeX ← / → aaeR | DUF1656 family putative inner membrane efflux pump associated protein/transcriptional regulator for aaeXAB operon |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,382,851 | 0 | C | T | 7.9% | 693.3 / 32.8 | 203 | intergenic (‑155/‑28) | aaeX/aaeR | DUF1656 family putative inner membrane efflux pump associated protein/transcriptional regulator for aaeXAB operon |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (91/95); new base T (10/6); total (102/101) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.35e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.33e-01 | |||||||||||
Only 100 of 208 total aligned reads displayed.
TTGGTTGTAAAGAGAGAGCAGGCGTTATTATTTTCAGCATCTGTCGCCGCAGAGAAGGGCATGGAAAGCCGGGCGAGAGCAACATTGCTGTAGATTGATATTTAATATATTAGCGTAACTGTTATGCTGTTATCTATATTATGTGATCTAAATCACTTTTAAGTCAGAGTGAATAATGGAACGACTAAAACGCATGTCGGTGTTTGCCAAAGTAGTTGAATTTGGCTCTTTTACCGCCGCCGCCAGACAGCTACAGATGAGCGTTTCGTCCATCAGTCAGACGGTATCAAAACTG > CP009273/3382704‑3382998 | ttGGTTGTAAAGAGAGAGCAGGCGTTATTATTTTCAGCATCTGTCGCCGCAGAGAAGGGCATGGAAAGCCGGGCGAGAGCAACATTGCTGTAGATTGATATTTAATATATTAGCGTAACTGTTATGCTGTTATCTATATTATGTGATc > 2:104437/1‑148 (MQ=255) gTTGTAAAGAGAGAGCAGGCGTTATTATTTTCAGCATCTGTCGCCGCAGAGAAGGGCATGGAAAGCCGGGCGAGAGCAACATTGCTGTAGATTGATATTTAATATATTAGCGTAACTGTTATGCTGTTATCTATATTATGTGATCTaa < 1:229936/148‑1 (MQ=255) gTTGTAAAGAGAGAGCAGGCGTTATTATTTTCAGCATCTGTCGCCGCAGAGAAGGGCATGGAAAGCCGGGCGAGAGCAACATTGCTGTAGATTGATATTTAATATATTAGCGTAACTGTTATGCTGTTATCTATATTATGTGATCTaa < 2:560175/148‑1 (MQ=255) tGTAAAGAGAGAGCAGGCGTTATTATTTTCAGCATCTGTCGCCGCCGAGAAGGGCATGGAAAGCCGGGCGAGAGCAACATTGCTGTAGATTGATATTTAATATATTATCGTAAATGTTATTCTGTTATCTATATTATGTGATCTAAAt > 1:680458/1‑148 (MQ=255) gTAAAGAGAGAGCAGGCGTTATTATTTTCAGCATCTGTCGCCGCAGAGAAGGGCATGGAAAGCCGGGCGAGAGCAACATTGCTGTAGATTGATATTTAATATATTAGCGTAACTGTTATGCTGTTATCTATATTATGTGATCTAAATc < 2:2182637/148‑1 (MQ=255) gTAAAGAGAGAGCAGGCGTTATTATTTTCAGCATCTGTCGCCGCAGAGAAGGGCATGGAAAGCCGGGCGAGAGCAACATTGCTGTAGATTGATATTTAATATATTAGCGTAACTGTTATGCTGTTATCTATATTATGTGATCTAAATc < 1:1654063/148‑1 (MQ=255) gagagagCAGGCGTTATTATTTTCAGCATCTGTCGCCGCAGAGAAGGGCATGGAAAGCCGGGCGAGAGCAACATTGCTGTAGATTGATATTTAATATATTATCGTAACTGTTATGCTGTTATCTATATTATTTTATATAAATAACttt > 1:2978983/1‑148 (MQ=255) agagagCAGGCGTTATTATTTTCAGCATCTGTCGCCGCAGAGAAGGGCATGGAAAGCCGGGCGAGAGCAACATTGCTGTAGATTGATATTTAATATATTAGCGTAACTGTTATGCTGTTATCTATATTATGTGATCTAAATCACtttt > 2:412514/1‑148 (MQ=255) agagagCAGGCGTTATTATTTTCAGCATCTGTCGCCGCAGAGAAGGGCATGGAAAGCCGGGCGAGAGCAACATTGCTGTAGATTGATATTTAATATATTAGCGTAACTGTTATGCTGTTATCTATATTATGTGATCTAAATCACtttt > 2:2291289/1‑148 (MQ=255) agagCAGGCGTTATTATTTTCAGCATCTGTCGCCGCAGAGAAGGGCATGGAAAGCCGGGCGAGAGCAACATTGCTGTAGATTGATATTTAATATATTAGCGTAACTGTTATGCTGTTATCTATATTATGTGATTTAAATCACTTTTaa < 1:14985/148‑1 (MQ=255) agCAGGCGTTATTATTTTCAGCATCTGTCGCCGCAGAGAAGGGCATGGAAAGCCGGGCGAGAGCAACATTGCTGTAGATTGATATTTAATATATTAGCGTAACTGTTATGCTGTTATCTATATTATGTGATCTAAATCACTTTTAAGt < 1:502817/148‑1 (MQ=255) agCAGGCGTTATTATTTTCAGCATCTGTCGCCGCAGAGAAGGGCATGGAAAGCCGGGCGAGAGCAACATTGCTGTAGATTGATATTTAATATATTAGCGTAACTGTTATGCTGTTATCTATATTATGTGATCTAAATCACTTTTAAGt > 2:2814059/1‑148 (MQ=255) ggagTTATTATTTTCAGCATCTGTCGCCGCAGAGAAGGGCATGGAAAGCCGGGCGAGAGCAACATTGCTTTAGATTGATATTTAATATATTAGCGTAACTGTTATGCTGTTATCTATATTATGTGATCTAAATCACTTTTAAGTCaga < 2:1117422/145‑1 (MQ=255) ttattaTTTTCAGCATCTGTCGCCGCAGAGAAGGGCATGGAAAGCCGGGCGAGAGCAACATTGCTGTAGATTGATATTTAATATATTAGCGTAACTGTTATGCTGTTATCTATATTATGTGATCTAAATCACTTTTAAGTCAGAGTGa > 1:2583578/1‑148 (MQ=255) ttattaTTTTCAGCATCTGTCGCCGCAGAGAAGGGCATGGAAAGCCGGGCGAGAGCAACATTGCTGTAGATTGATATTTAATATATTAGCGTAACTGTTATGCTGTTATCTATATTATGTGATCTAAATCACTTTTAAGTCAGAGTGa < 2:3151218/148‑1 (MQ=255) ttattaTTTTCAGCATCTGTCGCCGCAGAGAAGGGCATGGAAAGCCGGGCGAGAGCAACATTGCTGTAGATTGATATTTAATATATTAGCGTAACTGTTATGCTGTTATCTATATTATGTGATCTAAATCACTTTTAAGTCAGAGTGa < 1:391784/148‑1 (MQ=255) attattTTCAGCATCTGTCGCCGCAGAGAAGGGCATGGAAAGCCGGGCGAGAGCAACATTGCTGTAGATTGATATTTAATATATTAGCGTAACTGTTATGCTGTTATCTATATTATGTGATCTAAATCACTTTTAAGTCAGAGTGaat < 2:1732433/148‑1 (MQ=255) ttattTTCAGCATCTGTCGCCGCAGAGAAGGGCATGGAAAGCCGGGCGAGAGCAACATTGCTGTAGATTGATATTTAATATATTAGCGTAACTGTTATGCTGTTATCTATATTATGTGATCTAAATCACTTTTAAGTCAGAGTGaata < 1:2925323/148‑1 (MQ=255) ttattTTCAGCATCTGTCGCCGCAGAGAAGGGCATGGAAAGCCGGGCGAGAGCAACATTGCTGTAGATTGATATTTAATATATTAGCGTAACTGTTATGCTGTTATCTATATTATGTGATCTAAATCACTTTTAAGTCAGAGTGaata > 1:1476456/1‑148 (MQ=255) tattTTCAGCATCTGTCGCCGCAGAGAAGGGCATGGAAAGCCGGGCGAGAGCAACATTGCTGTAGATTGATATTTAATATATTAGCGTAACTGTTATGCTGTTATCTATATTATGTGATCTAAATCACTTTTAAGTCAGAGTGaataa < 1:1491810/148‑1 (MQ=255) ttCAGCATCTGTCGCCGCAGAGAAGGGCATGGAAAGCCGGGCGAGAGCAACATTGCTGTAGATTGATATTTAATATATTAGCGTAACTGTTATGCTGTTATCTATATTATGTGATCTAAATCACTTTTAAGTCAGAGTGAATAATGGa < 1:2365734/148‑1 (MQ=255) tCAGCATCTGTCGCCGCAGAGAAGGGCATGGAAAGCCGGGCGAGAGCAACATTGCTGTAGATTGATATTTAATATATTAGCGTAACTGTTATGCTGTTATCTATATTATGTGATCTAAATCACTTTTAAGTCAGAGTGAATAATGGaa < 2:2864394/148‑1 (MQ=255) gCATCTGTCGCCGCAGAGAAGGGCATGGAAAGCCGGGCGAGAGCAACATTGCTGTAGATTGATATTTAATATATTAGCGTAACTGTTATGCTGTTATCTATATTATGTGATCTAAATCACTTTTAAGTCAGAGTGAATAATGGAACGa > 1:1696969/1‑148 (MQ=255) gTCGCCGCAGAGAAGGGCATGGAAAGCCGGGCGAGAGCAACATTGCTGTAGATTGATATTTAATATATTAGCGTAACTGTTATGCTGTTATCTATATTATGTGATTTAAATCACTTTTAAGTCAGAGTGAATAATGGAACGACTaaaa > 2:2520982/1‑148 (MQ=255) tCGCCGCAGAGAAGGGCATGGAAAGCCGGGCGAGAGCAACATTTCTGTAGATTGATATTTAATATATTAGCGTAACTGTTATGCTGTTATCTATATTATGTGATCTAAATCACTTTTAAGTCAGAGTTAATAATGGAACGACAaaaaa > 2:2739027/1‑147 (MQ=255) gccgcAGAGAAGGGCATGGAAAGCCGGGCGAGAGCAACATTGCTGTAGATTGATATTTAATATATTAGCGTAACTGTTATGCTGTTATCTATATTATGTGATCTAAATCACTTTTAAGTCAGAGTGAATAATGGAACGACTAAAACGc < 1:412514/148‑1 (MQ=255) gccgcAGAGAAGGGCATGGAAAGCCGGGCGAGAGCAACATTGCTGTAGATTGATATTTAATATATTAGCGTAACTGTTATGCTGTTATCTATATTATGTGATCTAAATCACTTTTAAGTCAGAGTGAATAATGGAACGACTAAAACGc < 2:2992/148‑1 (MQ=255) cAGAGAAGGGCATGGAAAGCCGGGCGAGAGCAACATTGCTGTAGATTGATATTTAATATATTAGCGTAACTGTTATGCTGTTATCTATATTATGTGATCTAAATCACTTTTAAGTCAGAGTGAATAATGGAACGACTAAAACGCATGt < 1:2782886/148‑1 (MQ=255) cAGAGAAGGGCATGGAAAGCCGGGCGAGAGCAACATTGCTGTAGATTGATATTTAATATATTAGCGTAACTGTTATGCTGTTATCTATATTATGTGATCTAAATCACTTTTAAGTCAGAGTGAATAATGGAACGACTAAAACGCATGt < 2:2122119/148‑1 (MQ=255) agagAAGGGCATGGAAAGCCGGGCGAGAGCAACATTGCTGTAGATTGATATTTAATATATTAGCGTAACTGTTATGCTGTTATCTATATTATGTGATCTAAATCACTTTTAAGTCAGAGTGAATAATGGAACGACTAAAACGCATGTc > 1:1715592/1‑148 (MQ=255) agaAGGGCATGGAAAGCCGGGCGAGAGCAACATTGCTGTAGATTGATATTTAATATATTAGCGTAACTGTTATGCTGTTATCTATATTATGTGATCTAAATCACTTTTAAGTCAGAGTGAATAATGGAACGACTAAAACGCATGTCgg < 2:489575/148‑1 (MQ=255) agaAGGGCATGGAAAGCCGGGCGAGAGCAACATTGCTGTAGATTGATATTTAATATATTAGCGTAACTGTTATGCTGTTATCTATATTATGTGATCTAAATCACTTTTAAGTCAGAGTGAATAATGGAACGACTAAAACGCATGTCgg > 2:1564937/1‑148 (MQ=255) gaAGGGCATGGAAAGCCGGGCGAGAGCAACATTGCTGTAGATTGATATTTAATATATTAGCGTAACTGTTATGCTGTTATCTATATTATGTGATCTAAATCACTTTTAAGTCAGAGTGAATAATGGAACGACTAAAACGCATGTCGgt < 2:229597/148‑1 (MQ=255) aGGGCATGGAAAGCCGGGCGAGAGCAACATTGCTGTAGATTGATATTTAATATATTAGCGTAACTGTTATGCTGTTATCTATATTATGTGATCTAAATCACTTTTAAGTCAGAGTGAATAATGGAACGACTAAAACGCATGTCGgtgt > 2:774321/1‑148 (MQ=255) gggCATGGAAAGCCGGGCGAGAGCAACATTGCTGTAGATTGATATTTAATATATTAGCGTAACTGTTATGCTGTTATCTATATTATGTGATCTAAATCACTTTTAAGTCAGAGTGAATAATGGAACGACTAAAACGCATGTCGGTGtt > 2:1879638/1‑148 (MQ=255) gggCATGGAAAGCCGGGCGAGAGCAACATTGCTGTAGATTGATATTTAATATATTAGCGTAACTGTTATGCTGTTATCTATATTATGTGATCTAAATCACTTTTAAGTCAGAGTGAATAATGGAACGACTAAAACGCATGTCGGTGtt < 2:1032205/148‑1 (MQ=255) gAAAGCCGGGCGAGAGCAACATTGCTGTAGATTGATATTTAATATATTAGCGTAACTGTTATGCTGTTATCTATATTATGTGATCTAAATCACTTTTAAGTCAGAGTGAATAATGGAACGACTAAAACGCATGTCGGTGTTTGCCaaa > 1:768214/1‑148 (MQ=255) aaaGCCGGGCGAGAGCAACATTGCTGTAGATTGATATTTAATATATTAGCGTAACTGTTATGCTGTTATCTATATTATGTGATCTAAATCACTTTTAAGTCAGAGTGAATAATGGAACGACTAAAACGCATGTCGGTGTTTGCCAAag > 1:2652656/1‑148 (MQ=255) aGCCGGGCGAGAGCAACATTGCTGTAGATTGATATTTAATATATTAGCGTAACTGTTATGCTGTTATCTATATTATGTGATCTAAATCACTTTTAAGTCAGAGTGAATAATGGAACGACTAAAACGCATGTCGGTGTTTGCCAAagta < 1:1974595/148‑1 (MQ=255) ccGGGCGAGAGCAACATTGCTGTAGATTGATATTTAATATATTAGCGTAACTGTTATGCTGTTATCTATATTATGTGATCTAAATCACTTTTAAGTCAGAGTGAATAATGGAACGACTAAAACGCATGTCGGTGTTTGCCAAagtagt < 2:1525129/148‑1 (MQ=255) ccGGGCGAGAGCAACATTGCTGTAGATTGATATTTAATATATTAGCGTAACTGTTATGCTGTTATCTATATTATGTGATCTAAATCACTTTTAAGTCAGAGTGAATAATGGAACGACTAAAACGCATGTCGGTGTTTGCCAAagtagt < 2:1659107/148‑1 (MQ=255) gCGAGAGCAACATTGCTGTAGATTGATATTTAATATATTAGCGTAACTGTTATGCTGTTATCTATATTATGTGATCTAAATCACTTTTAAGTCAGAGTGAATAATGGAACGACTAAAACGCATGTCGGTGTTTGCCAAAGTAGTTGaa < 2:1096136/148‑1 (MQ=255) agCAACATTGCTGTAGATTGATATTTAATATATTAGCGTAACTGTTATGCTGTTATCTATATTATGTGATCTAAATCACTTTTAAGTCAGAGTGAATAATGGAACGACTAAAACGCATGTCGGTGTTTGCCAAAGTAGTTGAATTTgg < 1:2885366/148‑1 (MQ=255) cAACATTGCTGTAGATTGATATTTAATATATTAGCGTAACTGTTATGCTGTTATCTATATTATGTGATCTAAATCACTTTTAAGTCAGAGTGAATAATGGAACGACTAAAACGCATGTCGGTGTTTGCCAAAGTAGTTGAATTTGGct > 2:753385/1‑148 (MQ=255) aaCATTGCTGTAGATTGATATTTAATATATTAGCGTAACTGTTATGCTGTTATCTATATTATGTGATCTAAATCACTTTTAAGTCAGAGTGAATAATGGAACGACTAAAACGCATGTCGGTGTTTGCCAAAGTAGTTGAATTTGGctc < 2:84918/148‑1 (MQ=255) cATTGCTGTAGATTGATATTTAATATATTAGCGTAACTGTTATGCTGTTATCTATATTATGTGATCTAAATCACTTTTAAGTCAGAGTGAATAATGGAACGACTAAAACGCATGTCGGTGTTTGCCAAAGTAGTTGAATTTGGCTCtt < 1:2065091/148‑1 (MQ=255) tGCTGTAGATTGATATTTAATATATTAGCGTAACTGTTATGCTGTTATCTATATTATGTGATCTAAATCACTTTTAAGTCAGAGTGAATAATGGAACGACTAAAACGCATGTCGGTGTTTGCCAAAGTAGTTGAATTTGGCTCTTTTa < 1:2935277/148‑1 (MQ=255) tGTAGATTGATATTTAATATATTAGCGTAACTGTTATGCTGTTATCTATATTATGTGATCTAAATCACTTTTAAGTCAGAGTGAATAATGGAACGACTAAAACGCATGTCGGTGTTTGCCAAAGTAGTTGAATTTGGCTCTTTTAccg > 1:2961289/1‑148 (MQ=255) tGTAGATTGATATTTAATATATTAGCGTAACTGTTATGCTGTTATCTATATTATGTGATCTAAATCACTTTTAAGTCAGAGTGAATAATGGAACGACTAAAACGCATGTCGGTGTTTGCCAAAGTAGTTGAATTTGGCTCTTTTAccg < 2:1417391/148‑1 (MQ=255) gTAGATTGATATTTAATATATTAGCGTAACTGTTATGCTGTTATCTATATTATGTGATCTAAATCACTTTTAAGTCAGAGTGAATAATGGAACGACTAAAACGCATGTCGGTGTTTGCCAAAGTAGTTGAATTTGGCTCTTTTAccgc > 2:3003606/1‑148 (MQ=255) aGATTGATATTTAATATATTAGCGTAACTGTTATGCTGTTATCTATATTATGTGATCTAAATCACTTTTAAGTCAGAGTGAATAATGGAACGACTAAAACGCATGTCGGTGTTTGCCAAAGTAGTTGAATTTGGCTCTTTTAccgccg < 1:3313345/148‑1 (MQ=255) aTTGATATTTAATATATTAGCGTAACTGTTATGCTGTTATCTATATTATGTGATCTAAATCACTTTTAAGTCAGAGTGAATAATGGAACGACTAAAACGCATGTCGGTGTTTGCCAAAGTAGTTGAATTTGGCTCTTTTAccgccgcc > 2:39255/1‑148 (MQ=255) aTTGATATTTAATATATTAGCGTAACTGTTATGCTGTTATCTATATTATGTGATCTAAATCACTTTTAAGTCAGAGTGAATAATGGAACGACTAAAACGCATGTCGGTGTTTGCCAAAGTAGTTGAATTTGGCTCTTTTAccgccgcc > 1:1018293/1‑148 (MQ=255) aTTGATATTTAATATATTAGCGTAACTGTTATGCTGTTATCTATATTATGTGATCTAAATCACTTTTAAGTCAGAGTGAATAATGGAACGACTAAAACGCATGTCGGTGTTTGCCAAAGTAGTTGAATTTGGCTCTTTTAccgccgcc > 2:1842032/1‑148 (MQ=255) ttGATATTTAATATATTAGCGTAACTGTTATGCTGTTATCTATATTATGTGATTTAAATCATTTTTAAGTCAGAGTGAATAATGGAACGACTAAAACGCATGTCGGTGTTTGCCAAAGTAGTTGAATTTGGCTCTTTTAccgccgccg > 1:2791302/1‑148 (MQ=255) ttGATATTTAATATATTAGCGTAACTGTTATGCTGTTATCTATATTATGTGATCTAAATCACTTTTAAGTCAGAGTGAATAATGGAACGACTAAAACGCATGTCGGTGTTTGCCAAAGTAGTTGAATTTGGCTCTTTTAccgccgccg > 1:2396370/1‑148 (MQ=255) ttGATATTTAATATATTAGCGTAACTGTTATGCTGTTATCTATATTATGTGATCTAAATCACTTTTAAGTCAGAGTGAATAATGGAACGACTAAAACGCATGTCGGTGTTTGCCAAAGTAGTTGAATTTGGCTCTTTTAccgccgccg > 1:735837/1‑148 (MQ=255) atTTAATATATTAGCGTAACTGTTATGCTGTTATCTATATTATGTGATTTAAATCACTTTTAAGTCAGAGTGAATAATGGAACGACTAAAACGCATGTCGGTGTTTGCCAAAGTAGTTGAATTTGGCTCTTTTACCGCCGCCGCCAGa > 2:3293059/1‑148 (MQ=255) tttAATATATTAGCGTAACTGTTATGCTGTTATCTATATTATGTGATCTAAATCACTTTTAAGTCAGAGTGAATAATGGAACGACTAAAACGCATGTCGGTGTTTGCCAAAGTAGTTGAATTTGGCTCTTTTACCGCCGCCGCCAGAc > 1:1159557/1‑148 (MQ=255) aaTATATTAGCGTAACTGTTATGCTGTTATCTATATTATGTGATCTAAATCACTTTTAAGTCAGAGTGAATAATGGAACGACTAAAACGCATGTCGGTGTTTGCCAAAGTAGTTGAATTTGGCTCTTTTACCGCCGCCGCCAGACAGc < 1:1594417/148‑1 (MQ=255) aaTATATTAGCGTAACTGTTATGCTGTTATCTATATTATGTGATCTAAATCACTTTTAAGTCAGAGTGAATAATGGAACGACTAAAACGCATGTCGGTGTTTGCCAAAGTAGTTGAATTTGGCTCTTTTACCGCCGCCGCCAGACAGc < 1:1879595/148‑1 (MQ=255) atTAGCGTAACTGTTATGCTGTTATCTATATTATGTGATCTAAATCACTTTTAAGTCAGAGTGAATAATGGAACGACTAAAACGCATGTCGGTGTTTGCCAAAGTAGTTGAATTTGGCTCTTTTACCGCCGCCGCCAGACAGCTACAg < 1:820431/148‑1 (MQ=255) atTAGCGTAACTGTTATGCTGTTATCTATATTATGTGATCTAAATCACTTTTAAGTCAGAGTGAATAATGGAACGACTAAAACGCATGTCGGTGTTTGCCAAAGTAGTTGAATTTGGCTCTTTTACCGCCGCCGCCAGACAGCTACAg < 1:2190644/148‑1 (MQ=255) atTAGCGTAACTGTTATGCTGTTATCTATATTATGTGATCTAAATCACTTTTAAGTCAGAGTGAATAATGGAACGACTAAAACGCATGTCGGTGTTTGCCAAAGTAGTTGAATTTGGCTCTTTTACCGCCGCCGCCAGACAGCTACAg > 1:549468/1‑148 (MQ=255) ttAGCGTAACTGTTATGCTGTTATCTATATTATGTGATCTAAATCACTTTTAAGTCAGAGTGAATAATGGAACGACTAAAACGCATGTCGGTGTTTGCCAAAGTAGTTGAATTTGGCTCTTTTACCGCCGCCGCCAGACAGCTACAGa < 2:950044/148‑1 (MQ=255) ttAGCGTAACTGTTATGCTGTTATCTATATTATGTGATCTAAATCACTTTTAAGTCAGAGTGAATAATGGAACGACTAAAACGCATGTCGGTGTTTGCCAAAGTAGTTGAATTTGGCTCTTTTACCGCCGCCGCCAGACAGCTACAGa < 2:272124/148‑1 (MQ=255) tAGCGTAACTGTTATGCTGTTATCTATATTATGTGATCTAAATCACTTTTAAGTCAGAGTGAATAATGGAACGACTAAAACGCATGTCGGTGTTTGCCAAAGTAGTTGAATTTGGCTCTTTTACCGCCGCCGCCAGACAGCTACAGAt > 1:1419569/1‑148 (MQ=255) tAGCGTAACTGTTATGCTGTTATCTATATTATGTGATCTAAATCACTTTTAAGTCAGAGTGAATAATGGAACGACTAAAACGCATGTCGGTGTTTGCCAAAGTAGTTGAATTTGGCTCTTTTACCGCCGCCGCCAGACAGCTACAGAt < 2:611272/148‑1 (MQ=255) gCGTAACTGTTATGCTGTTATCTATATTATGTGATCTAAATCACTTTTAAGTCAGAGTGAATAATGGAACGACTAAAACGCATGTCGGTGTTTGCCAAAGTAGTTGAATTTGGCTCTTTTACCGCCGCCGCCAGACAGCTACAGATGa < 1:1299640/148‑1 (MQ=255) cGTAACTGTTATGCTGTTATCTATATTATGTGATTTAAATCACTTTTAAGTCAGAGTGAATAATGGAACGACTAAAACGCATGTCGGTGTTTGCCAAAGTAGTTGAATTTGGCTCTTTTACCGCCGCCGCCAGACAGCTACAGATGAg < 2:2511388/148‑1 (MQ=255) aaCTGTTATGCTGTTATCTATATTATGTGATCTAAATCACTTTTAAGTCAGAGTGAATAATGGAACGACTAAAACGCATGTCGGTGTTTGCCAAAGTAGTTGAATTTGGCTCTTTTACCGCCGCCGCCAGACAGCTACAGATGAGCGt < 1:505128/148‑1 (MQ=255) aCTGTTATGCTGTTATCTATATTATGTGATCTAAATCACTTTTAAGTCAGAGTGAATAATGGAACGACTAAAACGCATGTCGGTGTTTGCCAAAGTAGTTGAATTTGGCTCTTTTACCGCCGCCGCCAGACAGCTACAGATGAGCGtt < 1:996981/148‑1 (MQ=255) ttATGCTGTTATCTATATTATGTGATCTAAATCACTTTTAAGTCAGAGTGAATAATGGAACGACTAAAACGCATGTCGGTGTTTGCCAAAGTAGTTGAATTTGGCTCTTTTACCGCCGCCGCCAGACAGCTACAGATGAGCGTTTCGt < 1:1161079/148‑1 (MQ=255) ttATGCTGTTATCTATATTATGTGATCTAAATCACTTTTAAGTCAGAGTGAATAATGGAACGACTAAAACGCATGTCGGTGTTTGCCAAAGTAGTTGAATTTGGCTCTTTTACCGCCGCCGCCAGACAGCTACAGATGAGCGTTTCGt > 2:2010692/1‑148 (MQ=255) aTGCTGTTATCTATATTATGTGATCTAAATCACTTTTAAGTCAGAGTGAATAATGGAACGACTAAAACGCATGTCGGTGTTTGCCAAAGTAGTTGAATTTGGCTCTTTTACCGCCGCCGCCAGACAGCTACAGATGAGCGTTTCGTcc < 1:3003606/148‑1 (MQ=255) tGCTGTTATATATATTTTGTGATCTAAATCACTTTTAATTCAGAGTGAATAATGGAACGAATAAAACTCATGTCGGTGTTTGCCAAATTAGTTGTATTTGGCTCTTTTACCTCCGCCGCCAGACAGCTACAGATGAGCGTTTCGTCCa < 1:2739027/148‑1 (MQ=255) gCTGTTATCTATATTATGTGATCTAAATCACTTTTAAGTCAGAGTGAATAATGGAACGACTAAAACGCATGTCGGTGTTTGCCAAAGTAGTTGAATTTGGCTCTTTTACCGCCGCCGCCAGACAGCTACAGATGAGCGTTTCGTCCAt > 1:2522600/1‑148 (MQ=255) cTGTTATCTATATTATGTGATCTAAATCACTTTTAAGTCAGAGTGAATAATGGAACGACTAAAACGCATGTCGGTGTTTGCCAAAGTAGTTGAATTTGGCTCTTTTACCGCCGCCGCCAGACAGCTACAGATGAGCGTTTCGTCCAtc > 2:2395253/1‑148 (MQ=255) tATCTATATTATGTGATCTAAATCACTTTTAAGTCAGAGTGAATAATGGAACGACTAAAACGCATGTCGGTGTTTGCCAAAGTAGTTGAATTTGGCTCTTTTACCGCCGCCGCCAGACAGCTACAGATGAGCGTTTCGTCCAtcagtc < 1:752052/148‑1 (MQ=255) tCTATATTATGTGATCTAAATCACTTTTAAGTCAGAGTGAATAATGGAACGACTAAAACGCATGTCGGTGTTTGCCAAAGTAGTTGAATTTGGCTCTTTTACCGCCGCCGCCAGACAGCTACAGATGAGCGTTTCGTCCAtcagtcag > 1:3166084/1‑148 (MQ=255) cTATATTATGTGATCTAAATCACTTTTAAGTCAGAGTGAATAATGGAACGACTAAAACGCATGTCGGTGTTTGCCAAAGTAGTTGAATTTGGCTCTTTTACCGCCGCCGCCAGACAGCTACAGATGAGCGTTTCGTCCATCAGTCAGa > 2:2631922/1‑148 (MQ=255) cTATATTATGTGATCTAAATCACTTTTAAGTCAGAGTGAATAATGGAACGACTAAAACGCATGTCGGTGTTTGCCAAAGTAGTTGAATTTGGCTCTTTTACCGCCGCCGCCAGACAGCTACAGATGAGCGTTTCGTCCATCAGTCAGa > 1:1790084/1‑148 (MQ=255) tataTTATGTGATTTAAATCACTTTTAAGTCAGAGTGAATAATGGAACGACTAAAACGCATGTCGGTGTTTGCCAAAGTAGTTGAATTTGGCTCTTTTACCGCCGCCGCCAGACAGCTACAGATGAGCGTTTCGTCCATCAGTCAGAc > 1:364989/1‑148 (MQ=255) atatTATGTGATCTAAATCACTTTTAAGTCAGAGTGAATAATGGAACGACTAAAACGCATGTCGGTGTTTGCCAAAGTAGTTGAATTTGGCTCTTTTACCGCCGCCGCCAGACAGCTACAGATGAGCGTTTCGTCCATCAGTCAGACg > 1:2811654/1‑148 (MQ=255) atatTATGTGATCTAAATCACTTTTAAGTCAGAGTGAATAATGGAACGACTAAAACGCATGTCGGTGTTTGCCAAAGTAGTTGAATTTGGCTCTTTTACCGCCGCCGCCAGACAGCTACAGATGAGCGTTTCGTCCATCAGTCAGACg < 1:774321/148‑1 (MQ=255) attatGTGATCTAAATCACTTTTAAGTCAGAGTGAATAATGGAACGACTAAAACGCATGTCGGTGTTTGCCAAAGTAGTTGAATTTGGCTCTTTTACCGCCGCCGCCAGACAGCTACAGATGAGCGTTTCGTCCATCAGTCAGACGGt > 2:2491303/1‑148 (MQ=255) attatGTGATCTAAATCACTTTTAAGTCAGAGTGAATAATGGAACGACTAAAACGCATGTCGGTGTTTGCCAAAGTAGTTGAATTTGGCTCTTTTACCGCCGCCGCCAGACAGCTACAGATGAGCGTTTCGTCCATCAGTCAGACGGt > 2:2030211/1‑148 (MQ=255) attatGTGATCTAAATCACTTTTAAGTCAGAGTGAATAATGGAACGACTAAAACGCATGTCGGTGTTTGCCAAAGTAGTTGAATTTGGCTCTTTTACCGCCGCCGCCAGACAGCTACAGATGAGCGTTTCGTCCATCAGTCAGACGGt > 2:874009/1‑148 (MQ=255) attatGTGATCTAAATCACTTTTAAGTCAGAGTGAATAATGGAACGACTAAAACGCATGTCGGTGTTTGCCAAAGTAGTTGAATTTGGCTCTTTTACCGCCGCCGCCAGACAGCTACAGATGAGCGTTTCGTCCATCAGTCAGACGGt < 1:1564928/148‑1 (MQ=255) ttatGTGATCTAAATCACTTTTAAGTCAGAGTGAATAATGGAACGACTAAAACGCATGTCGGTGTTTGCCAAAGTAGTTGAATTTGGCTCTTTTACCGCCGCCGCCAGACAGCTACAGATGAGCGTTTCGTCCATCAGTCAGACGGTa > 1:2458411/1‑148 (MQ=255) tgATTTAAATCACTTTTAAGTCAGAGTGAATAATGGAACGACTAAAACGCATGTCGGTGTTTGCCAAAGTAGTTGAATTTGGCTCTTTTACCGCCGCCGCCAGACAGCTACAGATGAGCGTTTCGTCCATCAGTCAGACGGTATCaaa < 2:2367461/148‑1 (MQ=255) gATCTAAATCACTTTTAAGTCAGAGTGAATAATGGAACGACTAAAACGCATGTCGGTGTTTGCCAAAGTAGTTGAATTTGGCTCTTTTACCGCCGCCGCCAGACAGCTACAGATGAGCGTTTCGTCCATCAGTCAGACGGTATCaaaa < 2:2782543/148‑1 (MQ=255) gATCTAAATCACTTTTAAGTCAGAGTGAATAATGGAACGACTAAAACGCATGTCGGTGTTTGCCAAAGTAGTTGAATTTGGCTCTTTTACCGCCGCCGCCAGACAGCTACAGATGAGCGTTTCGTCCATCAGTCAGACGGTATCaaaa < 2:549468/148‑1 (MQ=255) gATCTAAATCACTTTTAAGTCAGAGTGAATAATGGAACGACTAAAACGCATGTCGGTGTTTGCCAAAGTAGTTGAATTTGGCTCTTTTACCGCCGCCGCCAGACAGCTACAGATGAGCGTTTCGTCCATCAGTCAGACGGTATCaaaa < 2:162343/148‑1 (MQ=255) aTCTAAATCACTTTTAAGTCAGAGTGAATAATGGAACGACTAAAACGCATGTCGGTGTTTGCCAAAGTAGTTGACTTTGGCTCTTTTACCGCCGCCGCCAGACAGCTACAGATGAGCGTTTCGTCCATCAGTCAGACGGTATCAAAAc > 2:67962/1‑148 (MQ=255) aTCTAAATCACTTTTAAGTCAGAGTGAATAATGGAACGACTAAAACGCATGTCGGTGTTTGCCAAAGTAGTTGAATTTGGCTCTTTTACCGCCGCCGCCAGACAGCTACAGATGAGCGTTTCGTCCATCAGTCAGACGGTATCAAAAc > 2:163401/1‑148 (MQ=255) aTCTAAATCACTTTTAAGTCAGAGTGAATAATGGAACGACTAAAACGCATGTCGGTGTTTGCCAAAGTAGTTGAATTTGGCTCTTTTACCGCCGCCGCCAGACAGCTACAGATGAGCGTTTCGTCCATCAGTCAGACGGTATCAAAAc > 2:2225363/1‑148 (MQ=255) aTCTAAATCACTTTTAAGTCAGAGTGAATAATGGAACGACTAAAACGCATGTCGGTGTTTGCCAAAGTAGTTGAATTTGGCTCTTTTACCGCCGCCGCCAGACAGCTACAGATGAGCGTTTCGTCCATCAGTCAGACGGTATCAAAAc < 2:1476456/148‑1 (MQ=255) cTAAATCACTTTTAAGTCAGAGTGAATAATGGAACGACTAAAACGCATGTCGGTGTTTGCCAAAGTAGTTGAATTTGGCTCTTTTACCGCCGCCGCCAGACAGCTACAGATGAGCGTTTCGTCCATCAGTCAGACGGTATCAAAACTg > 1:2509179/1‑148 (MQ=255) cTAAATCACTTTTAAGTCAGAGTGAATAATGGAACGACTAAAACGCATGTCGGTGTTTGCCAAAGTAGTTGAATTTGGCTCTTTTACCGCCGCCGCCAGACAGCTACAGATGAGCGTTTCGTCCATCAGTCAGACGGTATCAAAACTg > 1:2941135/1‑148 (MQ=255) | TTGGTTGTAAAGAGAGAGCAGGCGTTATTATTTTCAGCATCTGTCGCCGCAGAGAAGGGCATGGAAAGCCGGGCGAGAGCAACATTGCTGTAGATTGATATTTAATATATTAGCGTAACTGTTATGCTGTTATCTATATTATGTGATCTAAATCACTTTTAAGTCAGAGTGAATAATGGAACGACTAAAACGCATGTCGGTGTTTGCCAAAGTAGTTGAATTTGGCTCTTTTACCGCCGCCGCCAGACAGCTACAGATGAGCGTTTCGTCCATCAGTCAGACGGTATCAAAACTG > CP009273/3382704‑3382998 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |