| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,401,574 | A→C | 5.6% | V203V (GTA→GTC) | panF → | pantothenate:sodium symporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,401,574 | 0 | A | C | 5.6% | 668.9 / 28.9 | 232 | V203V (GTA→GTC) | panF | pantothenate:sodium symporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (122/97); new base C (11/2); total (133/99) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.61e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
Only 100 of 240 total aligned reads displayed.
GGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTTGGTATCAGCATTGCGTTATATACCGCCTTTGGTGGCTTTCGCGCCAGCGTGCTGAACGACACCATGCAAGGGCTTGTGATGCTGATTGGCACCGTTGTGCTGCTTATTGGCGTAGTACATGCCGCTGGCGGCTTAAGTAACGCAGTACAGACCTTGCAAACCATCGATCCGCAACTGGTTACGCCACAAGGCGCTGACGATATTCTGTCGCCTGCCTTTATGACGTCGTTCTGGGTACTGGTGTGTTTTGGCGTGATTGGC > CP009273/3401428‑3401721 | ggTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTTGGTATCAGCATTGCGTTATATACCGCCTTTGGTGGCTTTCGCGCCAGCGTGCTGAACGACACCATGCAAGGGCTTGTGATGCTGATTGGCACCGTTGTGCTGCTTATTGGCgtag > 1:1405195/1‑148 (MQ=255) tATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTTGGTATCAGCATTGCGTTATATACCGCCTTTGGTGGCTTTCGCGCCAGCGTGCTGAACGACACCATGCAAGGGCTTGTGATGCTGATTGGCACCGTTGTGCTGCTTATTGGCgtagta > 2:2914785/1‑148 (MQ=255) tCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTTGGTATCAGCATTGCGTTATATACCGCCTTTGGTGGCTTTCGCGCCAGCGTGCTGAACGACACCATGCAAGGGCTTGTGATGCTGATTGGCACCGTTGTGCTGCTTATTGGCGTAGTACAt > 2:2111033/1‑148 (MQ=255) ttATGAAACCGGGCTGCTGATTTTTGGTATCAGCATTGCGTTATATACCGCCTTTGGTGGCTTTCGCGCCAGCGTGCTGAACGACACCATGCAAGGGCTTGTGATGCTGATTGGCACCGTTGTGCTGCTTATTGGCGTAGTACATGcc > 1:2946594/1‑148 (MQ=255) tGAAACCGGGCTGCTGATTTTTGGTATCAGCATTGCGTTATATACCGCCTTTGGTGGCTTTCGCGCCAGCGTGCTGAACGACACCATGCAAGGGCTTGTGATGCTGATTGGCACCGTTGTGCTGCTTATTGGCGTAGTACATGCCGCt > 1:765124/1‑148 (MQ=255) aCCGGGCTGCTGATTTTTGGTATCAGCATTGCGTTATATACCGCCTTTGGTGGCTTTCGCGCCAGCGTGCTGAACGACACCATGCAAGGGCTTGTGATGCTGATTGGCACCGTTGTGCTGCTTATTGGCGTAGTACATGCCGCTggcg > 1:3015566/1‑148 (MQ=255) aCCGGGCTGCTGATTTTTGGTATCAGCATTGCGTTATATACCGCCTTTGGTGGCTTTCGCGCCAGCGTGCTGAACGACACCATGCAAGGGCTTGTGATGCTGATTGGCACCGTTGTGCTGCTTATTGGCGTAGTACATGCCGCTggcg > 1:3015586/1‑148 (MQ=255) ccGGGCTGCTGATTTTTGGTATCAGCATTGCGTTATATACCGCCTTTGGTGGCTTTCGCGCCAGCGTGCTGAACGACACCATGCAAGGGCTTGTGATGCTGATTGGCACCGTTGTGCTGCTTATTGGCGTAGTACATGCCGCTggcgg > 1:1092876/1‑148 (MQ=255) ccGGGCTGCTGATTTTTGGTATCAGCATTGCGTTATATACCGCCTTTGGTGGCTTTCGCGCCAGCGTGCTGAACGACACCATGCAAGGGCTTGTGATGCTGATTGGCACCGTTGTGCTGCTTATTGGCGTAGTACATGCCGCTggcgg > 1:713941/1‑148 (MQ=255) cGGGCTGCTGATTTTTGGTATCAGCATTGCGTTATATACCGCCTTTGGTGGCTTTCGCGCCAGCGTGCTGAACGACACCATGCAAGGGCTTGTGATGCTGATTGGCACCGTTGTGCTGCTTATTGGCGTAGTACATGCCGCTggcggc < 2:2155935/148‑1 (MQ=255) cGGGCTGCTGATTTTTGGTATCAGCATTGCGTTATATACCGCCTTTGGTGGCTTTCGCGCCAGCGTGCTGAACGACACCATGCAAGGGCTTGTGATGCTGATTGGCACCGTTGTGCTGCTTATTGGCGTAGTACATGCCGCTggcggc < 1:1227790/148‑1 (MQ=255) gggCTGCTGATTTTTGGTATCAGCATTGCGTTATATACCGCCTTTGGTGGCTTTCGCGCCAGCGTGCTGAACGACACCATGCAAGGGCTTGTGATGCTGATTGGCACCGTTGTGCTGCTTATTGGCGTAGTACATGCCGCTGGCGGCt < 1:2462869/148‑1 (MQ=255) gctgctGATTTTTGGTATCAGCATTGCGTTATATACCGCCTTTGGTGGCTTTCGCGCCAGCGTGCTGAACGACACCATGCAAGGGCTTGTGATGCTGATTGGCACCGTTGTGCTGCTTATTGGCGTAGTACATGCCGCTGGCGGCTTa > 1:2523475/1‑148 (MQ=255) gctgctGATTTTTGGTATCAGCATTGCGTTATATACCGCCTTTGGTGGCTTTCGCGCCAGCGTGCTGAACGACACCATGCAAGGGCTTGTGATGCTGATTGGCACCGTTGTGCTGCTTATTGGCGTAGTACATGCCGCTGGCGGCTTa < 1:1609244/148‑1 (MQ=255) ctgctgATTTTTGGTATCAGCATTGCGTTATATACCGCCTTTGGTGGCTTTCGCGCCAGCGTGCTGAACGACACCATGCAAGGGCTTGTGATGCTGATTGGCACCGTTGTGCTGCTTATTGGCGTAGTACATGCCGCTGGCGGCTTaa < 1:400902/148‑1 (MQ=255) gctgATTTTTGGTATCAGCATTGCGTTATATACCGCCTTTGGTGGCTTTCGCGCCAGCGTGCTGAACGACACCATGCAAGGGCTTGTGATGCTGATTGGCACCGTTGTGCTGCTTATTGGCGTAGTACATGCCGCTGGCGGCTTAAGt < 1:1409874/148‑1 (MQ=255) gctgATTTTTGGTATCAGCATTGCGTTATATACCGCCTTTGGTGGCTTTCGCGCCAGCGTGCTGAACGACACCATGCAAGGGCTTGTGATGCTGATTGGCACCGTTGTGCTGCTTATTGGCGTAGTACATGCCGCTGGCGGCTTAAGt > 1:1967539/1‑148 (MQ=255) ctgATTTTTGGTATCAGCATTGCGTTATATACCGCCTTTGGTGGCTTTCGCGCCAGCGTGCTGAACGACACCATGCAAGGGCTTGTGATGCTGATTGGCACCGTTGTGCTGCTTATTGGCGTAGTACATGCCGCTGGCGGCTTAAGTa > 2:387917/1‑148 (MQ=255) tgATTTTTGGTATCAGCATTGCGTTATATACCGCCTTTGGTGGCTTTCGCGCCAGCGTGCTGAACGACACCATGCAAGGGCTTGTGATGCTGATTGGCACCGTTGTGCTGCTTATTGGCGTAGTACATGCCGCTGGCGGCTTAAGTaa < 2:171382/148‑1 (MQ=255) gATTTTTGGTATCAGCATTGCGTTATATACCGCCTTTGGTGGCTTTCGCGCCAGCGTGCTGAACGACACCATGCAAGGGCTTGTGATGCTGATTGGCACCGTTGTGCTGCTTATTGGCGTAGTACATGCCGCTGGCGGCTTAAGTAAc > 1:3106946/1‑148 (MQ=255) aTTTTTGGTATCAGCATTGCGTTATATACCGCCTTTGGTGGCTTTCGCGCCAGCGTGCTGAACGACACCATGCAAGGGCTTGTGATGCTGATTGGCACCGTTGTGCTGCTTATTGGCGTAGTACATGCCGCTGGCGGCTTAAGTAACg > 1:3185667/1‑148 (MQ=255) ttttGGTATCAGCATTGCGTTATATACCGCCTTTGGTGGCTTTCGCGCCAGCGTGCTGAACGACACCATGCAAGGGCTTGTGATGCTGATTGGCACCGTTGTGCTGCTTATTGGCGTAGTACATGCCGCTGGCGGCTTAAGTAACGCa > 2:3230178/1‑148 (MQ=255) tATCAGCATTGCGTTATATACCGCCTTTGGTGGCTTTCGCGCCAGCGTGCTGAACGACACCATGCAAGGGCTTGTGATGCTGATTGGCACCGTTGTGCTGCTTATTGGCGTAGTACATGCCGCTGGCGGCTTAAGTAACGCAGTACAg > 2:1489023/1‑148 (MQ=255) tATCAGCATTGCGTTATATACCGCCTTTGGTGGCTTTCGCGCCAGCGTGCTGAACGACACCATGCAAGGGCTTGTGATGCTGATTGGCACCGTTGTGCTGCTTATTGGCGTAGTACATGCCGCTGGCGGCTTAAGTAACGCAGTACAg > 2:48595/1‑148 (MQ=255) 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aTTGCGTTATATACCGCCTTTGGTGGCTTTCGCGCCAGCGTGCTGAACGACACCATGCAAGGGCTTGTGATGCTGATTGGCACCGTTGTGCTGCTTATTGGCGTAGTACATGCCGCTGGCGGCTTAAGTAACGCAGTACAGACCTTGc > 1:520439/1‑148 (MQ=255) aTTGCGTTATATACCGCCTTTGGTGGCTTTCGCGCCAGCGTGCTGAACGACACCATGCAAGGGCTTGTGATGCTGATTGGCACCGTTGTGCTGCTTATTGGCGTAGTACATGCCGCTGGCGGCTTAAGTAACGCAGTACAGACCTTGc > 1:520422/1‑148 (MQ=255) ttGCGTTATATACCGCCTTTGGTGGCTTTCGCGCCAGCGTGCTGAACGACACCATGCAAGGGCTTGTGATGCTGATTGGCACCGTTGTGCTGCTTATTGGCGTAGTACATGCCGCTGGCGGCTTAAGTAACGCAGTACAGACCTTGCa > 1:287549/1‑148 (MQ=255) ttGCGTTATATACCGCCTTTGGTGGCTTTCGCGCCAGCGTGCTGAACGACACCATGCAAGGGCTTGTGATGCTGATTGGCACCGTTGTGCTGCTTATTGGCGTAGTACATGCCGCTGGCGGCTTAAGTAACGCAGTACAGACCTTGCa > 2:2962800/1‑148 (MQ=255) tGCGTTATATACCGCCTTTGGTGGCTTTCGCGCCAGCGTGCTGAACGACACCATGCAAGGGCTTGTGATGCTGATTGGCACCGTTGTGCTGCTTATTGGCGTAGTACATGCCGCTGGCGGCTTAAGTAACGCAGTACAGACCTTGCaa > 2:1273712/1‑148 (MQ=255) tGCGTTATATACCGCCTTTGGTGGCTTTCGCGCCAGCGTGCTGAACGACACCATGCAAGGGCTTGTGATGCTGATTGGCACCGTTGTGCTGCTTATTGGCGTAGTACATGCCGCTGGCGGCTTAAGTAACGCAGTACAGACCTTGCaa > 1:966400/1‑148 (MQ=255) gCGTTATATACCGCCTTTGGTGGCTTTCGCGCCAGCGTGCTGAACGACACCATGCAAGGGCTTGTGATGCTGATTGGCACCGTTGTGCTGCTTATTGGCGTAGTACATGCCGCTGGCGGCTTAAGTAACGCAGTACAGACCTTGCaaa < 1:1582889/148‑1 (MQ=255) cGTTATATACCGCCTTTGGTGGCTTTCGCGCCAGCGTGCTGAACGACACCATGCAAGGGCTTGTGATGCTGATTGGCACCGTTGTGCTGCTTATTGGCGTAGTACATGCCGCTGGCGGCTTAAGTAACGCAGTACAGACCTTGCAAAc > 1:2814016/1‑148 (MQ=255) tatataCCGCCTTTGGTGGCTTTCGCGCCAGCGTGCTGAACGACACCATGCAAGGGCTTGTGATGCTGATTGGCACCGTTGTGCTGCTTATTGGCGTAGTACATGCCGCTGGCGGCTTAAGTAACGCAGTACAGACCTAGCAAACCAt > 1:2902601/1‑148 (MQ=255) atataCCGCCTTTGGTGGCTTTCGCGCCAGCGTGCTGAACGACACCATGCAAGGGCTTGTGATGCTGATTGGCACCGTTGTGCTGCTTATTGGCGTAGTACATGCCGCTGGCGGCTTAAGTAACGCAGTACAGACCTTGCAAACCATc > 1:233794/1‑148 (MQ=255) 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ttGGTGGCTTTCGCGCCAGCGTGCTGAACGACACCATGCAAGGGCTTGTGATGCTGATTGGCACCGTTGTGCTGCTTATTGGCGTAGTACATGCCGCTGGCGGCTTAAGTAACGCAGTACAGACCTTGCAAACCATCGATCCGCAACt > 2:63928/1‑148 (MQ=255) ttGGTGGCTTTCGCGCCAGCGTGCTGAACGACACCATGCAAGGGCTTGTGATGCTGATTGGCACCGTTGTGCTGCTTATTGGCGTAGTACATGCCGCTGGCGGCTTAAGTAACGCAGTACAGACCTTGCAAACCATCGATCCGCAACt < 1:528037/148‑1 (MQ=255) ggtggCTTTCGCGCCAGCGTGCTGAACGACACCATGCAAGGGCTTGTGATGCTGATTGGCACCGTTGTGCTGCTTATTGGCGTAGTACATGCCGCTGGCGGCTTAAGTAACGCAGTACAGACCTTGCAAACCATCGATCCGCAACTgg < 2:765124/148‑1 (MQ=255) ggtggCTTTCGCGCCAGCGTGCTGAACGACACCATGCAAGGGCTTGTGATGCTGATTGGCACCGTTGTGCTGCTTATTGGCGTAGTACATGCCGCTGGCGGCTTAAGTAACGCAGTACAGACCTTGCAAACCATCGATCCGCAACTgg < 1:180593/148‑1 (MQ=255) gtggCTTTCGCGCCAGCGTGCTGAACGACACCATGCAAGGGCTTGTGATGCTGATTGGCACCGTTGTGCTGCTTATTGGCGTAGTACATGCCGCTGGCGGCTTAAGTAACGCAGTACAGACCTTGCAAACCATCGATCCGCAACTGGt > 2:2015943/1‑148 (MQ=255) 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agtaCATGCCGCTGGCGGCTTAAGTAACGCAGTACAGACCTTGCAAACCATCGATCCGCAACTGGTTACGCCACAAGGCGCTGACGATATTCTGTCGCCTGCCTTTATGACGTCGTTCTGGGTACTGGTGTGTTTTGGCGTGATTGGc < 2:2127299/148‑1 (MQ=255) | GGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTTGGTATCAGCATTGCGTTATATACCGCCTTTGGTGGCTTTCGCGCCAGCGTGCTGAACGACACCATGCAAGGGCTTGTGATGCTGATTGGCACCGTTGTGCTGCTTATTGGCGTAGTACATGCCGCTGGCGGCTTAAGTAACGCAGTACAGACCTTGCAAACCATCGATCCGCAACTGGTTACGCCACAAGGCGCTGACGATATTCTGTCGCCTGCCTTTATGACGTCGTTCTGGGTACTGGTGTGTTTTGGCGTGATTGGC > CP009273/3401428‑3401721 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |