Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 3,407,007 | G→A | 88.0% | intergenic (‑183/‑216) | acrS ← / → acrE | acrAB operon transcriptional repressor/cytoplasmic membrane lipoprotein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,407,007 | 0 | G | A | 88.0% | 649.2 / 67.8 | 224 | intergenic (‑183/‑216) | acrS/acrE | acrAB operon transcriptional repressor/cytoplasmic membrane lipoprotein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (15/12); new base A (108/89); total (123/101) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 225 total aligned reads displayed.
GTGAGAAAATAGCGAAGGTTAATCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACATCGACGAATGATAATTTGTAGGATAGCGAACTGTATTTT > CP009273/3406862‑3407154 | gTGAGAAAATAGCGAAGGTTAATCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGt > 1:1925270/1‑148 (MQ=255) tGAGAAAATAGCGAAGGTTAATCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGtt < 2:2293959/148‑1 (MQ=255) tGAGAAAATAGCGAAGGTTAATCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGtg > 2:3170777/1‑147 (MQ=255) gagaAAATATCGAATGTTTATCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGttt < 2:446812/148‑1 (MQ=255) gagaAAATAGCGAAGGTTAATCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGttt < 2:2625122/148‑1 (MQ=255) gagaAAATAGCGAAGGTTAATCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGttt > 1:1871648/1‑148 (MQ=255) cGAAGGTTAATCTATCACCTAATGTGTATTTATACGATAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGcc > 2:2158937/1‑148 (MQ=255) cGAAGGTTAATCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGcc < 2:2182005/148‑1 (MQ=255) gAAGGTTAATCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCct < 1:16057/148‑1 (MQ=255) aGGTTAATCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCctct < 1:35629/148‑1 (MQ=255) gTTAATCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCttt > 1:2729770/1‑148 (MQ=255) gTTAATCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCttt < 2:2990418/148‑1 (MQ=255) tAATCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCa < 2:2529503/148‑1 (MQ=255) aTCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAAc > 1:2918288/1‑148 (MQ=255) aTCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAAc > 2:1486285/1‑148 (MQ=255) tCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCcgcg < 1:2219194/148‑1 (MQ=255) tAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCaaa < 1:30264/148‑1 (MQ=255) aTGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAAt > 1:2324324/1‑148 (MQ=255) aTGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAAt > 1:2324333/1‑148 (MQ=255) gtgtATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATaa > 2:2662071/1‑148 (MQ=255) tgtATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATaaa > 2:639131/1‑148 (MQ=255) gtATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATaaaa < 1:148622/148‑1 (MQ=255) tATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAAc < 1:1296561/148‑1 (MQ=255) ttATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGt > 1:1069274/1‑148 (MQ=255) tataCGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTa < 1:1141979/148‑1 (MQ=255) taCGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGa < 2:692923/148‑1 (MQ=255) aCGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGaa > 2:2798558/1‑148 (MQ=255) aCGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGaa > 1:505705/1‑148 (MQ=255) agagGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAatct > 2:984067/1‑146 (MQ=255) agagGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAatat < 1:594332/148‑1 (MQ=255) agagGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAatat > 2:1692285/1‑148 (MQ=255) agagGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAatat < 1:2548807/148‑1 (MQ=255) tAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACATTAGAATATTAATCt < 2:3074129/148‑1 (MQ=255) aaTATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCtt > 2:2596943/1‑148 (MQ=255) atatTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCttt < 2:1854883/148‑1 (MQ=255) tatTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCtttt > 2:3042472/1‑148 (MQ=255) tGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCttttttt < 1:2145850/148‑1 (MQ=255) aGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTtgt < 2:720022/148‑1 (MQ=255) aGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTtgt < 1:1029402/148‑1 (MQ=255) ttGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTgtgt > 1:3148480/1‑148 (MQ=255) ttGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTgtgt > 2:38859/1‑148 (MQ=255) ataAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTAtg > 1:3215207/1‑148 (MQ=255) ataAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTAtg > 2:2347755/1‑148 (MQ=255) tCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCt < 1:326201/148‑1 (MQ=255) cGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCtt > 2:1509783/1‑148 (MQ=255) cGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGGTTATGTGCCtt > 2:1509851/1‑148 (MQ=255) cGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATAAATTTCAATTTACGAAGTTTTTATTCTTACTCTTTCTACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGACTATTAATATTTTTTTGTGTTTATGTGGCtt > 2:1334907/1‑148 (MQ=255) ttAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTga > 2:184676/1‑148 (MQ=255) ttAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTga < 2:3244982/148‑1 (MQ=255) aaataaatAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTgaga < 1:1490994/148‑1 (MQ=255) aaataaatAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTgaga < 1:417936/148‑1 (MQ=255) ataaataaTATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATg < 2:3255313/148‑1 (MQ=255) ataaataaTATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATg < 1:120278/148‑1 (MQ=255) ataaataaTATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATg > 1:2615018/1‑148 (MQ=255) taaataaTATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCGGGGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGc > 2:277877/1‑148 (MQ=255) aataTATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTATAATATTAATATTTTTTTGTGTTTATTTGAATTTAGATGCATGTa > 2:2711870/1‑148 (MQ=255) aataTATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTa > 2:751690/1‑148 (MQ=255) tatatatTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTAtt < 2:3148480/148‑1 (MQ=255) atatatTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTc < 1:1362115/148‑1 (MQ=255) atatatTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTc < 1:3009919/148‑1 (MQ=255) tattatTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATa > 2:16608/1‑148 (MQ=255) tattatTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATa > 2:1771949/1‑148 (MQ=255) attattTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATaa > 2:3187650/1‑148 (MQ=255) attattTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATaa < 1:44898/148‑1 (MQ=255) ttattTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAAc < 1:3121100/148‑1 (MQ=255) attTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTa < 1:792075/148‑1 (MQ=255) ttACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTAtt > 2:3089036/1‑148 (MQ=255) ccTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCt < 2:588846/148‑1 (MQ=255) tAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTa > 1:1343770/1‑148 (MQ=255) tAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTa < 2:1557801/148‑1 (MQ=255) aaGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTAc > 2:2916091/1‑148 (MQ=255) aaGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTAc < 1:2374937/148‑1 (MQ=255) aGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACa > 2:1223136/1‑148 (MQ=255) gATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACAt > 1:2821003/1‑148 (MQ=255) gATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACAt < 2:664326/148‑1 (MQ=255) gATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACAt > 2:532813/1‑148 (MQ=255) gATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACAt > 2:2973152/1‑148 (MQ=255) gATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACAt > 2:2434521/1‑148 (MQ=255) aTACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATCTTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACATc > 2:2419226/1‑148 (MQ=255) cATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACATcgac > 1:2490607/1‑148 (MQ=255) ttCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACATcgacga < 1:2179740/148‑1 (MQ=255) tCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACATCGACGaa < 1:2086109/148‑1 (MQ=255) tCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACATCGACGaa < 2:1473228/148‑1 (MQ=255) cTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCGATGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACATCGACGAATGa > 1:1181834/1‑148 (MQ=255) aCATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACATCGACGAATGATa < 2:1974664/148‑1 (MQ=255) aCATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACATCGACGAATGATa > 2:1286791/1‑148 (MQ=255) cATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACATCGACGAATGATaa > 1:1419284/1‑148 (MQ=255) aTCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACATCGACGAATGATAAt > 2:2053657/1‑148 (MQ=255) cAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACATCGACGAATGATAAttt < 1:639131/148‑1 (MQ=255) cAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACATCGACGAATGATAAttt < 1:2798558/148‑1 (MQ=255) cAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACATCGACGAATGAGAAttt > 1:2439222/1‑148 (MQ=255) tatatatTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACATCGACGAATGATAATTTGTa > 1:924203/1‑148 (MQ=255) tatatTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACATCGACGAATGATAATTTGTAgg > 2:522521/1‑148 (MQ=255) tatatTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTGTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACATCGACGAATGATAATTTGTAgg > 1:3055866/1‑148 (MQ=255) atatTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACATCGACGAATGATAATTTGTAGGa < 2:779701/148‑1 (MQ=255) tCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACATCGACGAATGATAATTTGTAGGATAGCg > 1:3167814/1‑148 (MQ=255) tACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACATCGACGAATGATAATTTGTAGGATAGCGAACTGt > 2:820330/1‑148 (MQ=255) aCGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACATCGACGAATGATAATTTGTAGGATAGCGAACTGTa < 2:562287/148‑1 (MQ=255) gAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACATCGACGAATGATAATTTGTAGGATAGCGAACTGTAtt > 2:188699/1‑148 (MQ=255) aGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACATCGACGAATGATAATTTGTAGGATAGCGAACTGTAttt > 2:160230/1‑148 (MQ=255) | GTGAGAAAATAGCGAAGGTTAATCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACATCGACGAATGATAATTTGTAGGATAGCGAACTGTATTTT > CP009273/3406862‑3407154 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |