| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,411,250 | G→T | 94.3% | E953D (GAG→GAT) | acrF → | multidrug efflux system protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,411,250 | 0 | G | T | 94.3% | 520.6 / 20.8 | 186 | E953D (GAG→GAT) | acrF | multidrug efflux system protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (4/7); new base T (111/64); total (115/71) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.08e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 186 total aligned reads displayed.
TAGGGATTGTCGGCGTGCTGCTGGCGGCGACACTCTTTAATCAAAAAAATGACGTCTACTTTATGGTGGGCTTGCTAACGACAATTGGCTTGTCGGCCAAAAACGCTATTTTGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGAGAAAGAGGGTAAAGGTGTTGTTGAAGCGACACTGATGGCAGTACGTATGCGTCTGCGTCCTATCCTGATGACCTCTCTCGCCTTTATTCTCGGCGTATTACCGCTAGCTATCAGTAACGGTGCCGGCAGTGGCGCGCAGAACGCT > CP009273/3411108‑3411394 | tAGGGATTGTCGGCGTGCTGCTGGCGGCGACACTCTTTAATCAAAAAAATGACGTCTACTTTATGGTGGGCTTGCTAACGACAATTGGCTTGTCGGCCAAAAACGCTATTTTGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGATAAaga > 1:1006960/1‑148 (MQ=255)tAGGGATTGTCGGCGTGCTGCTGGCGGCGACACTCTTTAATCAAAAAAATGACGTCTACTTTATGGTGGGCTTGCTAACGACAATTGGCTTGTCGGCCAAAAACGCTATTTTGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGATAAaga > 2:998032/1‑148 (MQ=255)tAGGGATTGTCGGCGTGCTGCTGGCGGCGACACTCTTTAATCAAAAAAATGACGTCTACTTTATGGTGGGCTTGCTAACGACAATTGGCTTGTCGGCCAAAAACGCTATTTTGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGATAAaga > 1:3298207/1‑148 (MQ=255)tAGGGATTGTCGGCGTGCTGCTGGCGGCGACACTCTTTAATCAAAAAAATGACGTCTACTTTATGGTGGGCTTGCTAACGACAATTGGCTTGTCGGCCAAAAACGCTATTTTGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGATAAaga > 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tGGATAAAGAGGGTAAAGGTGTTGTTGAAGCGACACTGATGGCAGTACGTATGCGTCTCCGTCCTATCCTGATGACCTCTCTCGCCTTTATTCTCTGCGTATTACCGATAGCTATCAGTAACGGTGCCGGCAGTGGCGCGCAGAACGc > 2:2367053/1‑148 (MQ=255) | TAGGGATTGTCGGCGTGCTGCTGGCGGCGACACTCTTTAATCAAAAAAATGACGTCTACTTTATGGTGGGCTTGCTAACGACAATTGGCTTGTCGGCCAAAAACGCTATTTTGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGAGAAAGAGGGTAAAGGTGTTGTTGAAGCGACACTGATGGCAGTACGTATGCGTCTGCGTCCTATCCTGATGACCTCTCTCGCCTTTATTCTCGGCGTATTACCGCTAGCTATCAGTAACGGTGCCGGCAGTGGCGCGCAGAACGCT > CP009273/3411108‑3411394 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |