| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,414,382 | C→A | 5.8% | S297* (TCA→TAA) | yhdX → | putative amino‑acid transporter subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,414,382 | 0 | C | A | 5.8% | 683.9 / 12.5 | 180 | S297* (TCA→TAA) | yhdX | putative amino‑acid transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (93/76); new base A (5/6); total (98/82) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.51e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 182 total aligned reads displayed.
GCTTTAACTTCCGCGGCGGGATGGTTTTAATTCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCAGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCGGGTGATTATTCCACCGTTAACCAGCCAGTATCTCAACATCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATCCCGATATGGTTTC > CP009273/3414235‑3414529 | gCTTTAACTTCCGCGGCGGGATGGTTTTAATTCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCAGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTc > 1:40496/1‑148 (MQ=255) gtgccGGGGGGGGTTGTTTTTACTTCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCGGGCAGTTTGGGTTTATACATCTGCATTTATCGCGGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCAGTGCCTTATGGTCAACATGACGCGGCTCGGTAACTGGGa < 2:2256026/145‑1 (MQ=255) cgcgGCGGGATGGTTTTAATTCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCAGTGCCTTATGGTCAACATGACGCGGCTCGGTCACTGGGATTAc < 2:2332650/148‑1 (MQ=255) cgcgGCGGGATGGTTTTAATTCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCAGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTAc < 2:1392511/148‑1 (MQ=255) gcggGATGGTTTTAATTCCTGACCTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATAAATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCTGGCAGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCaa < 2:1456606/148‑1 (MQ=255) gATGGTTTTAATTCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCAGTGCCTTATGGTCAAAATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCg < 2:312656/148‑1 (MQ=255) tGGTTTTAATTCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCAGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGt > 1:1657211/1‑148 (MQ=255) ggTTTTAATTCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCCGGCAGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGtt < 1:2176168/148‑1 (MQ=255) ggTTTTAATTCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCAGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGtt > 2:2559390/1‑148 (MQ=255) ttttAATTCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCAGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCaa > 1:1343596/1‑139 (MQ=255) ttttAATTCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCAGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTtac > 1:2092290/1‑148 (MQ=255) ttttAATTCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCAGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTAACTGGGATTACCCAACCCGGTtac > 2:1614916/1‑148 (MQ=255) ttCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCAGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTtacgctacg > 1:1183732/1‑148 (MQ=255) tCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCAGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTtacgctacgc > 2:2422026/1‑148 (MQ=255) ccTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCAGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGcc > 2:1590569/1‑148 (MQ=255) tGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCAGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAg > 2:2578462/1‑148 (MQ=255) aCTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCAGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTc < 2:1657211/148‑1 (MQ=255) cAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCAGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCattat > 1:3310505/1‑148 (MQ=255) gCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGACGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCAGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTc > 1:1525750/1‑148 (MQ=255) 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cGCTGGCAATTTCGTTTTATACATCTGAATTTATCGCCGTTATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCTGTGCCTTATGGTCAAAATCAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGc < 1:860607/148‑1 (MQ=255) cGCTGGAAGTTTGGGTTTATACATCTTCTTTTTTCGCCGAGTTTATCCGCGCGGGGATCCTGGCTGGGCATTTTGTTAAAAATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGc < 1:3203017/148‑1 (MQ=255) ggCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCAGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTg < 2:2058213/148‑1 (MQ=255) ggCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCAGTGCCTTATGGTAAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTg < 1:2439651/148‑1 (MQ=255) gCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCAGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGc > 1:2780984/1‑148 (MQ=255) gCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCAGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGc > 1:6071/1‑148 (MQ=255) cTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCGGGGATCCAGGCAGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCggg < 2:585862/148‑1 (MQ=255) ttCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCAGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCGGGTg > 2:605841/1‑148 (MQ=255) ttCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTAGCCGCGGTGGGATCCAGGCTGTGCCTTATGGTCAACATGACGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCGGGTg < 1:1158104/148‑1 (MQ=255) gTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCAGTGCCTTATGGTCAACATGAGGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCGGGTGatta < 2:914940/148‑1 (MQ=255) gTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCAGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTAACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCGGGTGatta < 1:1582062/148‑1 (MQ=255) ttATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCAGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCGGGTGattatt > 1:2278270/1‑148 (MQ=255) ataCATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCAGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTAACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCGGGTGATTATTcc > 2:1421113/1‑148 (MQ=255) aTCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCAGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCGGGTGATTATTCCACCg < 1:1305536/148‑1 (MQ=255) aTCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCAGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCGGGTGATTATTCCACCg < 2:2966799/148‑1 (MQ=255) aTCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCAGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCGGGTGATTATTCCACCg < 2:1664039/148‑1 (MQ=255) tCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCAGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCGGGTGATTATTCCACCGt < 2:359608/148‑1 (MQ=255) cTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCAGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCGGGTGATTATTCCACCGtt > 2:2433264/1‑148 (MQ=255) tGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCAGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCGGGTGATTATTCCACCGTTa < 2:3175840/148‑1 (MQ=255) cATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCAGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCGGGTGATTATTCCACCGTTAAc > 2:63070/1‑148 (MQ=255) 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agaTTATCCGCGCTGGGATCCAGGCAGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCGGGTGATTATTCCACCGTTAACCAGCCAGTAtct > 2:3306131/1‑148 (MQ=255) gaTTATCCGCGCTGGGATCCAGGCAGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCGGGTGATTATTCCACCGTTAACCAGCCAGTAtctc > 2:3156320/1‑148 (MQ=255) gaTTATCCGCGCTGGGATCCAGGCAGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCGGGTGATTATTCCACCGTTAACCAGCCAGTAtctc > 2:962632/1‑148 (MQ=255) aTTATCCGCGCTGGGATCCAGGCAGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCACTATTCCCCAGGCCTTGCGGGTGATTATTCCACCGTTAACCAGCCAGTATCTCa > 2:3256901/1‑148 (MQ=255) ttATCCGCGCTGGGATCCAGGCAGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCGGGTGATTATTCCACCGTTAACCAGCCAGTATCTCaa > 1:1183379/1‑148 (MQ=255) 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tCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCGGGTGATTATTCCACCGTTAACCAGCCAGTATCTCAACATCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTAtt > 2:367729/1‑148 (MQ=255) tCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCGGGTGATTATTCCACCGTTAACCAGCCAGTATCTCAACATCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTAtt < 1:2359073/148‑1 (MQ=255) cAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCGGGTGATTATTCCACCGTTAACCAGCCAGTATCTCAACATCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTg > 1:2995357/1‑148 (MQ=255) cATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCGGGTGATTATTCCACCGTTAACCAGCCAGTATCTCAACATCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCt > 1:381539/1‑148 (MQ=255) cATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCGGGTGATTATTCCACCGTTAACCAGCCAGTATCTCAACATCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCt > 1:189669/1‑148 (MQ=255) cATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCGGGTGATTATTCCACCGTTAACCAGCCAGTATCTCAACATCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCt > 1:290177/1‑148 (MQ=255) aTGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCGGGTGATTATTCCACCGTTAACCAGCCAGTATCTCAACATCGTCAAAGACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCTa > 1:803041/1‑148 (MQ=255) gAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCGGGTGATTATTCCACCGTTAACCAGCCAGTATCTCAACATCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATc < 2:2699739/148‑1 (MQ=255) gAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCGGGTGATTATTCCACCGTTAACCAGCCAGTATCTCAACATCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATc < 2:2699748/148‑1 (MQ=255) aaGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCGGGTGATTATTCCACCGTTAACCAGCCAGTATCTCAACATCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATcc > 1:2117201/1‑148 (MQ=255) gCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCGGGTGATTATTCCACCGTTAACCAGCCAGTATCTCAACATCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATCCCGata > 1:1905121/1‑148 (MQ=255) cTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCGGGTGATTATTCCACCGTTAACCAGCCAGTATCTCAACATCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATCCCGatat > 1:2856038/1‑148 (MQ=255) cGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCGGGTGATTATTCCACCGTTAACCAGCCAGTATCTCAACATCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATCCCGATATgg > 1:2569417/1‑148 (MQ=255) cGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCGGGTGATTATTCCACCGTTAACCAGCCAGTATCTCAACATCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATCCCGATATgg < 2:1469134/148‑1 (MQ=255) ggTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCGGGTGATTATTCCACCGTTAACCAGCCAGTATCTCAACATCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATCCCGATATGGt > 2:1286515/1‑148 (MQ=255) cACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCGGGTGATTATTCCACCGTTAACCAGCCAGTATCTCAACATCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATCCCGATATGGTTTc > 1:3017527/1‑148 (MQ=255) | GCTTTAACTTCCGCGGCGGGATGGTTTTAATTCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCAGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCGGGTGATTATTCCACCGTTAACCAGCCAGTATCTCAACATCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATCCCGATATGGTTTC > CP009273/3414235‑3414529 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |