| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,448,742 | C→A | 91.0% | E6* (GAA→TAA) | gspA ← | general secretory pathway component, cryptic |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,448,742 | 0 | C | A | 91.0% | 645.6 / 57.6 | 244 | E6* (GAA→TAA) | gspA | general secretory pathway component, cryptic |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (14/8); new base A (97/125); total (111/133) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.14e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.81e-01 | |||||||||||
Only 100 of 258 total aligned reads displayed.
ACAACGAGGCTTAAAGTAATCACACGGCGATGTTTATCTTTTTGCAGTTGCTGCGCCAGCCAGGTTTTTCCACTTCCAGCCTCACCCAACAAATAGCATAGACGCCAGGTTTGACGTTTCTCACACAACCAGGAAAGAATAACTTCTCTTCTCGTAGACATAGAACTTCCTGTTTTAATTATTGATTATCCTTAATCATAAAAATAATGTATGTATTTATTAATTAAATACATATTACTAATATAAATAAATTTTGCTTGATTCATGCAAGCGGCATTAATACTATTTAT > CP009273/3448597‑3448886 | acaacGAGGCTTAAAGTAATCACACGGCGATGTTTATCTTTTTGCAGTTGCTGCGCCAGCCAGGTTTTTCCACTTCCAGCCTCACCCAACAAATAGCATAGACGCCAGGTTTGACGTTTCTCACACAACCAGGAAAGAATAActtatc > 1:2019657/1‑148 (MQ=255) cGAGGCTTAAAGTAATCACACGGCGATGTTTATCTTTTTGCAGTTGCTGCGCCAGCCAGGTTTTTCCACTTCCAGCCTCACCCAACAAATAGCATAGACGCCAGGTTTGACGTTTCTCACACAACCAGGAAAGAATAActtatcttct < 1:1205967/148‑1 (MQ=255) cGAGGCTTAAAGTAATCACACGGCGATGTTTATCTTTTTGCAGTTGCTGCGCCAGCCAGGTTTTTCCACTTCCAGCCTCACCCAACAAATAGCATAGACGCCAGGTTTGACGTTTCTCACACAACCAGGAAAGAATAActtatcttct < 2:2012779/148‑1 (MQ=255) ttAAAGTAATCACACGGCGATGTTTATCTTTTTGCAGTTGCTGCGCCAGCCAGGTTTTTCCACTTCCAGCCTCACCCAACAAATAGCATAGACGCCAGGTTTGACGTTTCTCACACAACCAGGAAAGAATAACTTATCTTCTCGTAGa > 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aaTCACACGGCGATGTTTATATTTTTGCAGTTGCTGCGCCAGCCAGGTTTTTCCACTTCCAGCCTCACCCAACAAATAGCATAGACGCCAGGTTTGACGTTTCTCACACAACCAGGAAAGAATAACTTCTCTTCTCGTAGACATAGaa < 1:2624584/148‑1 (MQ=255) aTCACACGGCGATGTTTATCTTTTTGCAGTTGCTGCGCCAGCCAGGTTTTTCCACTTCCAGCCTCACCCAACAAATAGCATAGACGCCAGGTTTGACGTTTCTCACACAACCAGGAAAGAATAACTTATCTTCTCGTAGACATAGAAc > 1:1153572/1‑148 (MQ=255) tCACACGGCGATGTTTATCTTTTTGCAGTTGCTGCGCCAGCCAGGTTTTTCCACTTCCAGCCTCACCCAACAAATAGCATAGACGCCAGGTTTGACGTTTCTCACACAACCAGGAAAGAATAACTTATCTTCTCGTAGACATAGAACt > 2:1898659/1‑148 (MQ=255) tCACACGGCGATGTTTATCTTTTTGCAGTTGCTGCGCCAGCCAGGTTTTTCCACTTCCAGCCTCACCCAACAAATAGCATAGACGCCAGGTTTGACGTTTCTCACACAACCAGGAAAGAATAACTTATCTTCTCGTAGACATAGAACt > 1:1346393/1‑148 (MQ=255) acacGGCGATGTTTATCTTTTTGCAGTTGCTGCGCCAGCCAGGTTTTTCCACTTCCAGCCTCACCCAACAAATAGCATAGACGCCAGGTTTGACGTTTCTCACACAACCAGGAAAGAATAACTTATCTTCTCGTAGACATAGAACTTc < 2:646428/148‑1 (MQ=255) cacGGCGATGTTTATCTTTTTGCAGTTGCTGCGCCAGCCAGGTTTTTCCACTTCCAGCCTCACCCAACAAATAGCATAGACGCCAGGTTTGACGTTTCTCACACAACCAGGAAAGAATAACTTATCTTCTCGTAGACATAGAACTTcc > 2:478912/1‑148 (MQ=255) cacGGCGATGTTTATCTTTTTGCAGTTGCTGCGCCAGCCAGGTTTTTCCACTTCCAGCCTCACCCAACAAATAGCATAGACGCCAGGTTTGACGTTTCTCACACAACCAGGAAAGAATAACTTATCTTCTCGTAGACATAGAACTTcc < 2:2542071/148‑1 (MQ=255) cGGCGATGTTTATCTTTTTGCAGTTGCTGCGCCAGCCAGGTTTTTCCACTTCCAGCCTCACCCAACAAATAGCATAGACGCCAGGTTGGACGTTTCTCACACAACCAGGAAAGAATAACTTATCTTCTCGTAGACATAGAACTTCCTg < 2:2480971/148‑1 (MQ=255) cGGCGATGGTTATCTTTTTGCAGTTGCTGCGCCAGCCAGGTTTTTCCACTTCCAGCCTCACCCAACAAATAGCATAGACGCCAGGTTTGACGTTTCTCACACAACCAGGAAAGAATAACTTCTCTTCTCGTAGACATAGAACTTCCTg > 2:2210268/1‑148 (MQ=255) ggCTATGTTTATCTTTTTGCAGTTGCTGCGCCAGCCAGGTTTTTCCACTTCCAGCCTCACCCAACAAATAGAATAGACGCCAGGTTTGACGTTTCTCACACAACCAGGAAAGAATAACTTATCTTCTCGTAGACATAGAACTTCCTGt < 1:842180/148‑1 (MQ=255) 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tgcGCCAGCCAGGTTTTTCCACTTCCAGCCTCACCCAACAAATAGCATAGACGCCAGGTTTGACGTTTCTCACACAACCAGGAAAGAATAACTTATCTTCTCGTAGACATAGAACTTCCTGTTTTAATTATTGATTATCCTTAATCAt < 1:321005/148‑1 (MQ=255) cagccagGTTTTTCCACTTCCAGCCTCACCCAACAAATAGCATAGACGCCAGGTTTGACGTTTCTCACACAACCAGGAAAGAATAACTTATCTTCTCGTAGACATAGAACTTCCTGTTTTAATTATTGATTATCCTTAATCATaaaaa < 2:11732/148‑1 (MQ=255) agccagGTTTTTCCACTTCCAGCCTCACCCAACAAATAGCATAGACGCCAGGTTTGACGTTTCTCACACAACCAGGAAAGAATAACTTATCTTCTCGTAGACATAGAACTTCCTGTTTTAATTATTGATTATCCTTAATCATAAAaat < 2:330941/148‑1 (MQ=255) gccagGTTTTTCCACTTCCAGCCTCACCCAACAAATAGCATAGACGCCAGGTTTGACGTTTCTCACACAACCAGGAAAGAATAACTTATCTTCTCGTAGACATAGAACTTCCTGTTTTAATTATTGATTATCCTTAATCATAAAaata < 2:2338937/148‑1 (MQ=255) gccagGTTTTTCCACTTCCAGCCTCACCCAACAAATAGCATAGACGCCAGGTTTGACGTTTCTCACACAACCAGGAAAGAATAACTTATCTTCTCGTAGACATAGAACTTCCTGTTTTAATTATTGATTATCCTTAATCATAAAaata < 1:1023139/148‑1 (MQ=255) ccagGTTTTTCCACTTCCAGCCTCACCCAACAAATAGCATAGACGCCAGGTTTGACGTTTCTCACACAACCAGGAAAGAATAACTTATCTTCTCGTAGACATAGAACTTCCTGTTTTAATTATTGATTATCCTTAATCATAAAaataa > 2:1576838/1‑148 (MQ=255) ccagGTTTTTCCACTTCCAGCCTCACCCAACAAATAGCATAGACGCCAGGTTTGACGTTTCTCACACAACCAGGAAAGAATAACTTATCTTCTCGTAGACATAGAACTTCCTGTTTTAATTATTGATTATCCTTAATCATAAAaataa > 1:715858/1‑148 (MQ=255) agGTTTTTCCACTTCCAGCCTCACCCAACAAATAGCATAGACGCCAGGTTTGACGTTTCTCACACAACCAGGAAAGAATAACTTATCTTCTCGTAGACATAGAACTTCCTGTTTTAATTATTGATTATCCTTAATCATAAAAATAatg < 1:3004917/148‑1 (MQ=255) agGTTTTTCCACTTCCAGCCTCACCCAACAAATAGCATAGACGCCAGGTTTGACGTTTCTCACACAACCAGGAAAGAATAACTTATCTTCTCGTAGACATAGAACTTCCTGTTTTAATTATTGATTATCCTTAATCATAAAAATAatg > 2:1301376/1‑148 (MQ=255) agGTTTTTCCACTTCCAGCCTCACCCAACAAATAGCATAGACGCCAGGTTTGACGTTTCTCACACAACCAGGAAAGAATAACTTATCTTCTCGTAGACATAGAACTTCCTGTTTTAATTATTGATTATCCTTAATCATAAAAATAatg > 2:1740603/1‑148 (MQ=255) 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ttttCCACTTCCAGCCTCACCCAACAAATAGCATAGACGCCAGGTTTGACGTTTCTCACACAACCAGGAAAGAATAACTTATCTTCTCGTAGACATAGAACTTCCTGTTTTAATTATTGATTATCCTTAATCATAAAAATAatgtatg < 2:2895921/148‑1 (MQ=255) tttCCACTTCCAGCCTCACCCAACAAATAGCATAGACGCCAGGTTTGACGTTTCTCACACAACCAGGAAAGAATAACTTATCTTCTCGTAGACATAGAACTTCCTGTTTTAATTATTGATTATCCTTAATCATAAAAATAatgtatgt < 2:2785414/148‑1 (MQ=255) tttCCACTTCCAGCCTCACCCAACAAATAGCATAGACGCCAGGTTTGACGTTTCTCACACAACCAGGAAAGAATAACTTATCTTCTCGTAGACATAGAACTTCCTGTTTTAATTATTGATTATCCTTAATCATAAAAATAatgtatgt > 2:774189/1‑148 (MQ=255) tttCCACTTCCAGCCTCACCCAACAAATAGCATAGACGCCAGGTTTGACGTTTCTCACACAACCAGGAAAGAATAACTTATCTTCTCGTAGACATAGAACTTCCTGTTTTAATTATTGATTATCCTTAATCATAAAAATAatgtatgt < 2:1346393/148‑1 (MQ=255) cACTTCCAGCCTCACCCAACAAATAGCATAGACGCCAGGTTTGACGTTTCTCACACAACCAGGAAAGAATAACTTATCTTCTCGTAGACATAGAACTTCCTGTTTTAATTATTGATTATCCTTAATCATAAAAATAATGTATGtattt > 2:1404079/1‑148 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |