| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 306,686 | C→T | 8.5% | R121H (CGT→CAT) | ecpR ← | putative transcriptional regulator for the ecp operon |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 306,686 | 0 | C | T | 8.5% | 836.2 / 45.6 | 246 | R121H (CGT→CAT) | ecpR | putative transcriptional regulator for the ecp operon |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (118/107); new base T (12/9); total (130/116) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.20e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.96e-01 | |||||||||||
Only 100 of 247 total aligned reads displayed.
TTTCAATTCTGGCAATCGATTTAGGTTGCATTCCCTGGGCCGTCATGCGGATAATTTCCATTTCCCGGTCCGTGATTTTATCTTTCTTAATATCTTTTCTCAGGAACCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGTCCAGCGTATACCACGCCCCTAATATTGCTATTGTAATACCAATAATTTGCTAAGGCCTCTGACTTTCTGGCCGCAATCAATACGACCTGTTTCCCCTTTACCGCGGATAACCATTCATTATCACGGTTTATAAATTCAG > CP009273/306540‑306833 | tttCAATTCTGGCAATCGATTTAGGTTGCATTCCCTGGGCCGTCATGCGGATAATTTCCATTTCCCGGTCCGTGATTTTATCTTTCTTAATATCTTTTCTCAGGAACCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACg < 1:807918/148‑1 (MQ=255) cAATTCTGGCAATCGATTTAGGTTGCATTCCCTGGGCCGTCATGCGGATAATTTCCATTTCCCGGTCCGTGATTTTATCTTTCTTAATATCTTTTCTCAGGAACCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACt < 2:1355495/148‑1 (MQ=255) aTTCTGGCAATCGATTTAGGTTGCATTCCCTGGGCCGTCATGCGGATAATTTCCATTTCCCGGTCCGTGATTTTATCTTTCTTAATATCTTTTCTCAGGAACCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCa < 1:909491/148‑1 (MQ=255) tCTGGCAATCGATTTAGGTTGCATTCCCTGGGCCGTCATGCGGATAATTTCCATTTCCCGGTCCGTGATTTTATCTTTCTTAATATCTTTTCTCAGGAACCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCATGACTCAGt < 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cACGACTCAGTCCAGCGTATACCACGCCCCTAATATTGCTATTGTAATACCAATAATTTGCTAAGGCCTCTGACTTTCTGGCCGCAATCAATACGACCTGTTTCCCCTTTACCGCGGATAACCATTCATTATCACGGTTTATAAATTc > 1:3110205/1‑148 (MQ=255) | TTTCAATTCTGGCAATCGATTTAGGTTGCATTCCCTGGGCCGTCATGCGGATAATTTCCATTTCCCGGTCCGTGATTTTATCTTTCTTAATATCTTTTCTCAGGAACCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGTCCAGCGTATACCACGCCCCTAATATTGCTATTGTAATACCAATAATTTGCTAAGGCCTCTGACTTTCTGGCCGCAATCAATACGACCTGTTTCCCCTTTACCGCGGATAACCATTCATTATCACGGTTTATAAATTCAG > CP009273/306540‑306833 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |