Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 3,607,110 | C→A | 92.4% | I28I (ATC→ATA) | nikA → | nickel‑binding, heme‑binding periplasmic protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,607,110 | 0 | C | A | 92.4% | 618.8 / 41.0 | 223 | I28I (ATC→ATA) | nikA | nickel‑binding, heme‑binding periplasmic protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (9/8); new base A (97/109); total (106/117) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.01e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 |
Only 100 of 229 total aligned reads displayed.
TGACGAATACTTAAAATCGTCATACTTATTTCCGCCATCTATTTTAATCCATTGGGGTTACCATGCTCTCCACACTCCGCCGCACTCTATTTGCGCTGCTGGCTTGTGCGTCTTTTATCGTCCATGCCGCTGCACCAGATGAAATCACCACCGCCTGGCCGGTGAATGTCGGGCCACTAAACCCGCACCTTTACACGCCTAACCAGATGTTCGCCCAGAGCATGGTTTATGAACCATTGGTGAAATATCAGGCAGACGGTTCGGTGATCCCGTGGCTGGCAAAAAGCTGGA > CP009273/3606965‑3607255 | cGAATACTTAAAATCGTCATACTTATTTCCGCCATCTATTTTAATCCATTGGGGTTACCATGCTCTCCACACTCCGCCGCACTCTATTTGCGCTGCTGGCTTGTGCGTCTTTTATCGTCCATGCCGCTGCACCAGATGAAATaaccac > 1:1057072/1‑148 (MQ=255) cGAATACTTAAAATCGTCATACTTATTTCCGCCATCTATTTTAATCCATTGGGGTTACCATGCTCTCCACACTCCGCCGCACTCTATTTGCGCTGCTGGCTTGTGCGTCTTTTATCGTCCATGCCGCTGCACCAGATGAAATaaccac > 2:807285/1‑148 (MQ=255) aCTTAAAATCGTCATACTTATTTCCGCCATCTATTTTAATCCATTGGGGTTACCATGCTCTCCACACTCCGCCGCACTCTATTTGCGCTGCTGGCTTGTGCGTCTTTTATCGTCCATGCCGCTGCACCAGATGAAATAACCACCGCCt > 2:1565943/1‑148 (MQ=255) aaaTCGTCATACTTATTTCCGCCATCTATTTTAATCCATTGGGGTTACCATGCTCTCCACACTCCGCCGCACTCTATTTGCGCTGCTGGCTTGTGCGTCTTTTATCGTCCATGCCGCTGCACCAGATGAAATAACCACCGCCTGGCCg > 1:1761139/1‑148 (MQ=255) aaTCGTCATACTTATTTCCGCCATCTATTTTAATCCATTGGGGTTACCATGCTCTCCACACTCCGCCGCACTCTATTTGCGCTGCTGGCTTGTGCGTCTTTTATCGTCCATGCCGCTGCACCAGATGAAATAACCACCGCCTGGCCgg > 2:209643/1‑148 (MQ=255) tCGTCATACTTATTTCCGCCATCTATTTTAATCCATTGGGGTTACCATGCTCTCCACACTCCGCCGCACTCTATTTGCGCTGCTGGCTTGTGCGTCTTTTATCGTCCATGCCGCTGCACCAGATGAAATAACCACCGCCTGGCCGGTg < 1:881246/148‑1 (MQ=255) tCGTCATACTTATTTCCGCCATCTATTTTAATCCATTGGGGTTACCATGCTCTCCACACTCCGCCGCACTCTATTTGCGCTGCTGGCTTGTGCGTCTTTTATCGTCCATGCCGCTGCACCAGATGAAATAACCACCGCCTGGCCGGTg > 1:2948872/1‑148 (MQ=255) tCGTCATACTTATTTCCGCCATCTATTTTAATCCATTGGGGTTACCATGCTCTCCACACTCCGCCGCACTCTATTTGCGCTGCTGGCTTGTGCGTCTTTTATCGTCCATGCCGCTGCACCAGATGAAATAACCACCGCCTGGCCGGTg > 2:1174672/1‑148 (MQ=255) tCATACTTATTTCCGCCATCTATTTTAATCCATTGGGGTTACCATGCTCTCCACACTCCGCCGCACTCTATTTGCGCTGCTGGCTTGTGCGTCTTTTATCGTCCATGCCGCTGCACCAGATGAAATCACCACCGCCTGGCCGGTGAAt > 1:2274322/1‑148 (MQ=255) cATACTTATTTCCGCCATCTATTTTAATCCATTGGGGTTACCATGCTCTCCACACTCCGCCGCACTCTATTTGCGCTGCTGGCTTGTGCGTCTTTTATCGTCCATGCCGCTGCACCAGATGAAATAACCACCGCCTGGCCGGTGAATg < 2:175529/148‑1 (MQ=255) aTACTTATTTCCGCCATCTATTTTAATCCATTGGGGTTACCATGCTCTCCACACTCCGCCGCACTCTATTTGCGCTGCTGGCTTGTGCGTCTTTTATCGTCCATGCCGCTGCACCAGATGAAATAACCACCGCCTGGCCGGTGAATGt < 2:1858238/148‑1 (MQ=255) tACTTATTTCCGCCATCTATTTTAATCCATTGGGGTTACCATGCTCTCCACACTCCGCCGCACTCTATTTGCGCTGCTGGCTTGTGCGTCTTTTATCGTCCATGCCGCTGCACCAGATGAAATAACCACCGCCTGGCCGGTGAATGTc > 1:1271768/1‑148 (MQ=255) aCTTATTTCCGCCATCTATTTTAATCCATTGGGGTTACCATGCTCTCCACACTCCGCCGCACTCTATTTGCGCTGCTGGCTTGTGCGTCTTTTATCGTCCATGCCGCTGCACCAGATGAAATAACCACCGCCTGGCCGGTGAATGTCg < 2:1408051/148‑1 (MQ=255) tATTTCCGCCATCTATTTTAATCCATTGGGGTTACCATGCTCTCCACACTCCGCCGCACTCTATTTGCGCTGCTGGCTTGTGCGTCTTTTATCGTCCATGCCGCTGCACCAGATGAAATCACCACCGCCTGGCCGGTGAATGTCGGGc > 2:295119/1‑148 (MQ=255) tATTTCCGCCATCTATTTTAATCCATTGGGGTTACCATGCTCTCCACACTCCGCCGCACTCTATTTGCGCTGCTGGCTTGTGCGTCTTTTATCGTCCATGCCGCTGCACCAGATGAAATAACCACCGCCTGGCCGGTGAATGTCGGGc < 2:2165967/148‑1 (MQ=255) tttCCGCCATCTATTTTAATCCATTGGGGTTACCATGCTCTCCACACTCCGCCGCACTCTATTTGCGCTGCTGGCTTGTGCGTCTTTTATCGTCCATGCCGCTGCACCAGATGAAATAACCACCGCCTGGCCGGTGAATGTCGGGCCa < 1:2840144/148‑1 (MQ=255) ccATCTATTTTAATCCATTGGGGTTACCATGCTCTCCACACTCCGCCGCACTCTATTTGCGCTGCTGGCTTGTGCGTCTTTTATCGTCCATGCCGCTGCACCAGATGAAATCACCACCGCCTGGCCGGTGAATGTCGGGCCACTAAAc > 2:3084548/1‑148 (MQ=255) ccATCTATTTTAATCCATTGGGGTTACCATGCTCTCCACACTCCGCCGCACTCTATTTGCGCTGCTGGCTTGTGCGTCTTTTATCGTCCATGCCGCTGCACCAGATGAAATAACCACCGCCTGGCCGGTGAATGTCGGGCCACTAAAc < 2:3213144/148‑1 (MQ=255) cATCTATTTTAATCCATTGGGGTTACCATGCTCTCCACACTCCGCCGCACTCTATTTGCGCTGCTGGCTTGTGCGTCTTTTATCGTCCATGCCGCTGCACCAGATGAAATAACCACCGCCTGGCCGGTGAATGTCGGGCCACTAAAcc > 1:2773039/1‑148 (MQ=255) aTCTATTTTAATCCATTGGGGTTACCATGCTCTCCACACTCCGCCGCACTCTATTTGCGCTGCTGGCTTGTGCGTCTTTTATCGTCCATGCCGCTGCACCAGATGAAATAACCACCGCCTGGCCGGTGAATGTCGGGCCACTAAAccc > 1:3262275/1‑148 (MQ=255) aTTTTAATCCATTGGGGTTACCATGCTCTCCACACTCCGCCGCACTCTATTTGCGCTGCTGGCTTGTGCGTCTTTTATCGTCCATGCCGCTGCACCAGATGAAATAACCACCGCCTGGCCGGTGAATGTCGGGCCACTAAACCCGCAc > 1:1014102/1‑148 (MQ=255) ttttAATCCATTGGGGTTACCATGCTCTCCACACTCCGCCGCACTCTATTTGCGATGCTGGCTTGTGCGTCTTTTATCGTCCATGCCGCTGCACCAGATGAAATAACCACCGCCTGGCCGGTGAATGTCGGGCCACTAAACCCGCAcc > 2:2284311/1‑148 (MQ=255) ttAATCCATTGGGGTTACCATGCTCTCCACACTCCGCCGCACTCTATTTGCGCTGCTGGCTTGTGCGTCTTTTATCGTCCATGCCGCTGCACCAGATGAAATAACCACCGCCTGGCCGGTGAATGTCGGGCCACTAAACCCGCACCtt < 1:2316758/148‑1 (MQ=255) ttAATCCATTGGGGTTACCATGCTCTCCACACTCCGCCGCACTCTATTTGCGCTGCTGGCTTGTGCGTCTTTTATCGTCCATGCCGCTGCACCAGATGAAATAACCACCGCCTGGCCGGTGAATGTCGGGCCACTAAACCCGCACCtt < 1:2314713/148‑1 (MQ=255) ttAATCCATTGGGGTTACCATGCTCTCCACACTCCGCCGCACTCTATTTGCGCTGCTGGCTTGTGCGTCTTTTATCGTCCATGCCGCTGCACCAGATGAAATAACCACCGCCTGGCCGGTGAATGTCGGGCCACTAAACCCGCACCtt < 1:822873/148‑1 (MQ=255) ttAATCCATTGGGGTTACCATGCTCTCCACACTCCGCCGCACTCTATTTGCGCTGCTGGCTTGTGCGTCTTTTATCGTCCATGCCGCTGCACCAGATGAAATAACCACCGCCTGGCCGGTGAATGTCGGGCCACTAAACCCGCACCtt > 1:2118487/1‑148 (MQ=255) tAATCCATTGGGGTTACCATGCTCTCCACACTCCGCCGCACTCTATTTGCGCTGCTGGCTTGTGCGTCTTTTATCGTCCATGCCGCTGCACCAGATGAAATAACCACCGCCTGGCCGGTGAATGTCGGGCCACTAAACCCGCACCttt < 2:1284233/148‑1 (MQ=255) aaTCCATTGGGGTTACCATGCTCTCCACACTCCGCCGCACTCTATTTGCGCTGCTGGCTTGTGCGTCTTTTATCGTCCATGCCGCTGCACCAGATGAAATCACCACCGCCTGGCCGGTGAATGTCGGGCCACTAAACCCGCACCTTTa < 2:2744712/148‑1 (MQ=255) tCCATTGGGGTTACCATGCTCTCCACACTCCGCCGCACTCTATTTGCGCTGCTGGCTTGTGCGTCTTTTATCGTCCATGCCGCTGCACCAGATGAAATAACCACCGCCTGGCCGGTGAATGTCGGGCCACTAAACCCGCACCTTTaca > 2:2696636/1‑148 (MQ=255) cATTGGGGTTACCATGCTCTCCACACTCCGCCGCACTCTATTTGCGCTGCTGGCTTGTGCGTCTTTTATCGTCCATGCCGCTGCACCAGATGAAATCACCACCGCCTGGCCGGTGAATGTCGGGCCACTAAACCCGCACCTTTACACg > 2:1505592/1‑148 (MQ=255) aTTGGGGTTACCATGCTCTCCACACTCCGCCGCACTCTATTTGCGCTGCTGGCTTGTGCGTCTTTTATCGTCCATGCCGCTGCACCAGATGAAATAACCACCGCCTGGCCGGTGAATGTCGGGCCACTAAACCCGCACCTTTACACGc > 2:683878/1‑148 (MQ=255) tGGGGTTACCATGCTCTCCACACTCCGCCGCACTCTATTTGCGCTGCTGGCTTGTGCGTCTTTTATCGTCCATGCCGCTGCACCAGATGAAATAACCACCGCCTGGCCGGTGAATGTCGGGCCACTCAACCCGCACCTTTACACGCCt > 2:1507667/1‑148 (MQ=255) tGGGGTTACCATGCTCTCCACACTCCGCCGCACTCTATTTGCGCTGCTGGCTTGTGCGTCTTTTATCGTCCATGCCGCTGCACCAGATGAAATAACCACCGCCTGGCCGGTGAATGTCGGGCCACTAAACCCGCACCTTTACACGCCt > 1:774342/1‑148 (MQ=255) gggTTACCATGCTCTCCACACTCCGCCGCACTCTATTTGCGCTGCTGGCTTGTGCGTCTTTTATCGTCCATGCCGCTGCACCAGATGAAATAACCACCGCCTGGCCGGTGAATGTCGGGCCACTAAACCCGCACCTTTACACGCCTaa > 2:916272/1‑148 (MQ=255) 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aCCATGCTCTCCACACTCCGCCGCACTCTATTTGCGCTGCTGGCTTGTGCGTCTTTTATCGTCCATGCCGCTGCACCAGATGAAATAACCACCGCCTGGCCGGTGAATGTCGGGCCACTAAACCCGCACCTTTACACGCCTAACCAGa < 2:2643875/148‑1 (MQ=255) cATGCTCTCCACACTCCGCCGCACTCTATTTGCGCTGCTGGCTTGTGCGTCTTTTATCGTCCATGCCGCTGCACCAGATGAAATAACCACCGCCTGGCCGGTGAATGTCGGGCCACTAAACCCGCACCTTTACACGCCTAACCAGATg > 2:3236437/1‑148 (MQ=255) ctctCCACACTCCGCCGCACTCTATTTGCGCTGCTGGCTTGTGCGTCTTTTATCGTCCATGCCGCTGCACCAGATGAAATCACCACCGCCTGGCCGGTGAATGTCGGGCCACTAAACCCGCACCTTTACACGCCTAACCAGATGTTCg > 2:2873815/1‑148 (MQ=255) ctctCCACACTCCGCCGCACTCTATTTGCGCTGCTGGCTTGTGCGTCTTTTATCGTCCATGCCGCTGCACCAGATGAAATAACCACCGCCTGGCCGGTGAATGTCGGGCCACTAAACCCGCACCTTTACACGCCTAACCAGATGTTCg > 2:2313236/1‑148 (MQ=255) cTCCGCCGCACTCTATTTGCGCTGCTGGCTTGTGCGTCTTTTATCGTCCATGCCGCTGCACCAGATGAAATAACCACCGCCTGGCCGGTGAATGTCGGGCCACTAAACCCGCACCTTTACACGCCTAACCAGATGTTCGCCCAGAGCa < 2:197141/148‑1 (MQ=255) 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gCACCAGATGAAATAACCACCGCCTGGCCGGTGAATGTCGGGCCACTAAACCCGCACCTTTACACGCCTAACCAGATGTTCGCCCAGAGCATGGTTTATGAACCATTGGTGAAATATCAGGCAGACGGTTCGGTGATCCCGtggctgg < 1:807039/148‑1 (MQ=255) ccAGATGAAATAACCACCGCCTGGCCGGTGAATGTCGGGCCACTAAACCCGCACCTTTACACGCCTAACCAGATGTTCGCCCAGAGCATGGTTTATGAACCATTGGTGAAATATCAGGCAGACGGTTCGGTGATCCCGTGGCTGGCaa > 2:2879614/1‑148 (MQ=255) aGATGAAATAACCACCGCCTGGCCGGTGAATGTCGGGCCACTAAACCCGCACCTTTACACGCCTAACCAGATGTTCGCCCAGAGCATGGTTTATGAACCATTGGTGAAATATCAGGCAGACGGTTCGGTGATCCCGTGGCTGGCaaaa < 2:3189700/148‑1 (MQ=255) gATGAAATAACCACCGCCTGGCCGGTGAATGTCGGGCCACTAAACCCGCACCTTTACACGCCTAACCAGATGTTCGCCCAGAGCATGGTTTATGAACCATTGGTGAAATATCAGGCAGACGGTTCGGTGATCCCGTGGCTGGCaaaaa < 1:1464647/148‑1 (MQ=255) gATGAAATAACCACCGCCTGGCCGGTGAATGTCGGGCCACTAAACCCGCACCTTTACACGCCTAACCAGATGTTCGCCCAGAGCATGGTTTATGAACCATTGGTGAAATATCAGGCAGACGGTTCGGTGATCCCGTGGCTGGCaaaaa < 1:683873/148‑1 (MQ=255) gATGAAATAACCACCGCCTGGCCGGTGAATGTCGGGCCACTAAACCCGCACCTTTACACGCCTAACCAGATGTTCGCCCAGAGCATGGTTTATGAACCATTGGTGAAATATCAGGCAGACGGTTCGGTGATCCCGTGGCTGGCaaaaa < 1:684432/148‑1 (MQ=255) aTGAAATAACCACCGCCTGGCCGGTGAATGTCGGGCCACTAAACCCGCACCTTTACACGCCTAACCAGATGTTCGCCCAGAGCATGGTTTATGAACCATTGGTGAAATATCAGGCAGACGGTTCGGTGATCCCGTGGCTGGCAAAAAg > 1:3077888/1‑148 (MQ=255) aaaTAACCACCGCCTGGCCGGTGAATGTCGGGCCACTAAACCCGCACCTTTACACGCCTAACCAGATGTTCGCCCAGAGCATGGTTTATGAACCATTGGTGAAATATCAGGCAGACGGTTCGGTGATCCCGTGGCTGGCAAAAAGCTg > 1:3057861/1‑148 (MQ=255) aaaTAACCACCGCCTGGCCGGTGAATGTCGGGCCACTAAACCCGCACCTTTACACGCCTAACCAGATGTTCGCCCAGAGCATGGTTTATGAACCATTGGTGAAATATCAGGCAGACGGTTCGGTGATCCCGTGGCTGGCAAAAAGCTg > 1:2934383/1‑148 (MQ=255) aaTAACCACCGCCTGGCCGGTGAATGTCGGGCCACTAAACCCGCACCTTTACACGCCTAACCAGATGTTCGCCCAGAGCATGGTTTATGAACCATTGGTGAAATATCAGGCAGACGGTTCGGTGATCCCGTGGCTGGCAAAAAGCTgg < 1:723092/148‑1 (MQ=255) aaTAACCACCGCCTGGCCGGTGAATGTCGGGCCACTAAACCCGCACCTTTACACGCCTAACCAGATGTTCGCCCAGAGCATGGTTTATGAACCATTGGTGAAATATCAGGCAGACGGTTCGGTGATCCCGTGGCTGGCAAAAAGCTgg < 1:1167914/148‑1 (MQ=255) | TGACGAATACTTAAAATCGTCATACTTATTTCCGCCATCTATTTTAATCCATTGGGGTTACCATGCTCTCCACACTCCGCCGCACTCTATTTGCGCTGCTGGCTTGTGCGTCTTTTATCGTCCATGCCGCTGCACCAGATGAAATCACCACCGCCTGGCCGGTGAATGTCGGGCCACTAAACCCGCACCTTTACACGCCTAACCAGATGTTCGCCCAGAGCATGGTTTATGAACCATTGGTGAAATATCAGGCAGACGGTTCGGTGATCCCGTGGCTGGCAAAAAGCTGGA > CP009273/3606965‑3607255 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |