Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 307,479 | G→A | 92.8% | intergenic (‑432/‑344) | ecpR ← / → ykgL | putative transcriptional regulator for the ecp operon/uncharacterized protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 307,479 | 0 | G | A | 92.8% | 792.1 / 41.0 | 251 | intergenic (‑432/‑344) | ecpR/ykgL | putative transcriptional regulator for the ecp operon/uncharacterized protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (11/7); new base A (93/140); total (104/147) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.75e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 |
Only 100 of 252 total aligned reads displayed.
TTACTTGCATTTTATATTGGTCAGGAACTTTGCCCTGAAGTGTTAGGAATAGTCTTAATGCGCTGTGTGATGGACTAGTAAAAAAACAAGTTTTAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTGCCAATCAGTAAGATATTTTAATGGATTAACATGCCGCACAAAATGGTTACAGGTGTTCATTCCAATAAGTAATGGAAAATTGAACGGGCGTATGTACGTCATCTGTTCGGTAAGCCCCCAAGAGCCAGATTAAGTGAAGTTAAA > CP009273/307332‑307623 | cTTGCATTTTATATTGGTCAGGAACTTTGCCCTGAAGTGTTAGGAATAGTCTTAATGCGCTGTGTGATGGACTAGTAAAAAAACAAGTTTTAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCa < 1:1088810/148‑1 (MQ=255) ttGCATTTTATATTGGTCAGGAACTTTGCCCTGAAGTGTTAGGAATAGTCTTAATGCGCTGTGTGATGGACTAGTAAAAAAACAAGTTTTAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTGCCaa > 1:1645223/1‑148 (MQ=255) tGCATTTTATATTGGTCAGGAACTTTGCCCTGAAGTGTTAGTAATAGTCTTAATGCGCTGTGTGATGGACTAGTAAAAAAACAAGTTTTAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTGCCAAt < 2:2438516/148‑1 (MQ=255) gCATTTTATATTGGTCAGGAACTTTGCCCTGAAGTGTTAGGAATAGTCTTAATGCGCTGTGTGATGGACTAGTAAAAAAACAAGTTTTAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATc < 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |