| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 3,626,589 | T→A | 8.1% | pseudogene (37/414 nt) | yhiL ← | pseudogene, DUF4049 family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 3,626,589 | 0 | T | A | 8.1% | 792.1 / 49.0 | 258 | pseudogene (37/414 nt) | yhiL | pseudogene, DUF4049 family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (136/101); new base A (8/13); total (144/114) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.09e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.46e-01 | |||||||||||
Only 100 of 267 total aligned reads displayed.
TGTTATCAAAATAATTAGCATATACAGGTGTGGGTTTCAAAGTATTGCTTCGGATTAGATGGAATAGAGGATCATCCATGTGTTCTTTATGTTTTTTATTAAAAATATTGGCTAATTCCTCAGGATCAGTAGGATTTTTCATCTGATTAAATGGAACCTGCAAAGCACCGAGACAATAACATTTTTTTCTTCATCTCTTATTATTCCGTGATGACTGGTTAAAACTTGCCTTTCTGAGTCATAATTACAAACATCGAGCGTTTTAATTAAGTTATACGTATCACCGGCAGAGAGT > CP009273/3626442‑3626736 | tATCAAAATAATTAGCATATACAGGTGTGGGTTTCAAAGTATTGCTTCGGATTAGATGGAATAGAGGATCATCCATGTGTTCTTTATGTTTTTTATTAAAAATATTGGCTAATTCCTCAGGATCAGTAGGATTTTTCATCTGATaaaa < 1:1957774/148‑1 (MQ=255) tATCAAAATAATTAGCATATACAGGTGTGGGTTTCAAAGTATTGCTTCGGATTAGATGGAATAGAGGATCATCCATGTGTTCTTTATGTTTTTTATTAAAAATATTGGCTAATTCCTCAGGATCAGTAGGATTTTTCATCTGATaaaa > 2:3289065/1‑148 (MQ=255) tATCAAAATAATTAGCATATACAGGTGTGGGTTTCAAAGTATTGCTTCGGATTAGATGGAATAGAGGATCATCCATGTGTTCTTTATGTTTTTTATTAAAAATATTGGCTAATTCCTCAGGATCAGTAGGATTTTTCATCTGATTaaa < 2:1372629/148‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |