Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 3,830,197 | C→A | 100% | intergenic (+281/‑116) | yicT → / → setC | pseudogene/putative arabinose efflux transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,830,197 | 0 | C | A | 100.0% | 739.8 / NA | 226 | intergenic (+281/‑116) | yicT/setC | pseudogene/putative arabinose efflux transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base A (129/97); total (129/97) | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 232 total aligned reads displayed.
TTGTTCATTTAATATATCAAATCAACTTGTTTTATTTTTACTATCAAAAATAGCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGCGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAAGAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAA > CP009273/3830052‑3830340 | ttGTTCATTTAATATATCAAATCAACTTGTTTTATTTTTACTATCAAAAATAGCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTgagc < 2:77555/148‑1 (MQ=255) ttGTTCATTTAATATATCAAATCAACTTGTTTTATTTTTACTATCAAAAATAGCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTgagc > 1:4059/1‑148 (MQ=255) ttGTTCATTTAATATATCAAATCAACTTGTTTTATTTTTACTATCAAAAATAGCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGAGCTCTAATATTgagc > 1:2815091/1‑148 (MQ=255) tCATTTAATATATCAAATCAACTTGTTTTATTTTTACTATCAAAAATAGCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGc > 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TTGTTCATTTAATATATCAAATCAACTTGTTTTATTTTTACTATCAAAAATAGCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGCGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAAGAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAA > CP009273/3830052‑3830340 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |