Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 3,832,308 | G→C | 8.2% | S234T (AGT→ACT) | yicL → | EamA family inner membrane putative transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,832,308 | 0 | G | C | 8.2% | 497.5 / 37.0 | 159 | S234T (AGT→ACT) | yicL | EamA family inner membrane putative transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (53/86); new base C (5/8); total (65/94) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.86e-01 |
Only 100 of 161 total aligned reads displayed.
CGTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGATTCTGGCGT‑TTTTTTATTTGGTGGTCATTGGTACGTCCCTGACATTTAGTCTGTACCTGAAAGGAGCA‑CAATTAATTGGCGGTCCAAAAGCCAGCATTTTGAGCTGTGCAGAACCATTAAGTAGCGCGCTACTCTCTTTGCTGTTGCTGGGGATCACGTTCACATTACCGGACTGGCTGGGAACGCTGCTGATT > CP009273/3832161‑3832453 | cGTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGATTCTGGCGT‑TTTTTTATTTGGTGGTCATTGGTACGTCCCTGACATTTAg < 2:2150952/148‑1 (MQ=255) gTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGATTCTGGCGT‑TTTTTTATTTGGTGGTCATTGGTACGTCCCTGACATTTAGt < 2:147341/148‑1 (MQ=255) gTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGATTCTGGCGT‑TTTTTTATTTGGTGGTCATTGGTACGTCCCTGACATTTAGt < 1:1950159/148‑1 (MQ=255) gTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGATTCTGGCGT‑TTTTTTATTTGGTGGTCATTGGTACGTCCCTGACATTTAGt < 1:1950145/148‑1 (MQ=255) tACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGATTCTGGCGT‑TTTTTTATTTGGTGGTCATTGGTAAGTCCCAGACATGTAGTCt > 2:281643/1‑148 (MQ=255) cAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGATTCTGGCGT‑TTTTTTATTTGGTGGTCATTGGTACGTCCCTGACATTTAGTCTGTa < 1:3115026/148‑1 (MQ=255) tcgtcgGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGATTCTGGCGT‑TTTTTTATTTGGTGGTCATTGGTACGTCCCTGACATTTAGTCTGTACCt > 1:1214237/1‑148 (MQ=255) tcgtcgGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGATTCTGGCGT‑TTTTTTATTTGGTGGTCATTGGTACGTCCCTGACATTTAGTCTGTACCt < 1:1365398/148‑1 (MQ=255) tcgtcgGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGATTCTGGCGT‑TTTTTTATTTGGTGGTCATTGGTACGTCCCTGACATTTAGTCTGTACCt < 1:1365641/148‑1 (MQ=255) cgGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGATTCTGGCGT‑TTTTTTATTTGGTGGTCATTGGTACGTCCCTGACATTTAGTCTGTACCTGaaa < 2:2851845/148‑1 (MQ=255) gCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGATTCTGGCGT‑TTTTTTATTTGGTGGTCATTGGTACGTCCCTGACATTTAGTCTGTACCTGAAAgg < 2:624285/148‑1 (MQ=255) cTGGAGTATGCTGAGTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGATTCTGGCGT‑TTTTTTATTTGGTGGTCATTGGTACGTCCCTGACATTTAGTCTGTACCTGAAAGGa < 2:1975359/148‑1 (MQ=255) gAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGATTCTGGCGT‑TTTTTTATTTGGTGGTCATTGGTACGTCCCTGACATTTAGTCTGTACCTGAAAGGAGca < 1:1869544/148‑1 (MQ=255) gAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGATTCTGGCGT‑TTTTTTATTTGGTGGTCATTGGTACGTCCCTGACATTTAGTCTGTACCTGAAAGGAGca < 2:1212868/148‑1 (MQ=255) gAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGATTCTGGCGT‑TTTTTTATTTGGTGGTCATTGGTACGTCCCTGAAATTTATTCTGTACCAGAAAGGAGca > 1:2098837/1‑148 (MQ=255) tATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGATTCTGGCGT‑TTTTTTATTTGGTGGTCATTGGTACGTCCCTGACATTTAGTCTGTACCTGAAAGGAGCA‑Caa < 2:667458/148‑1 (MQ=255) gCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTCTGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGATTCTGGCGT‑TTTTTTATTTGGTGGTCATTGGTACGTCCCTGACATTTAGTCTGTACCTGAAAGGAGCA‑Caatta < 1:813445/148‑1 (MQ=255) gCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGATTCTGGCGT‑TTTTTTTTTTGTTGGTGATTGGTAAGTCCCTGACATTTATTGTGTACCTGAAAGGAGCA‑Caaaaa > 1:1446928/1‑145 (MQ=255) 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cTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGATTCTGGCGT‑TTTTTTATTTGGTGGTCATTGGTACGTCCCTGACATTTAGTCTGTACCTGAAAGGAGCA‑Caattaa < 2:3196321/148‑1 (MQ=255) cTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGATTCTGGCGT‑TTTTTTATTTGGTGGTCATTGGTACGTCCCTGACATTTAGTCTGTACCTGAAAGGAGCA‑Caattaa < 1:791118/148‑1 (MQ=255) tGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGATTCTGGCGTGTTTTTTTTTTGTTGGGC‑TTTGTACATCCCCGAAAATTATTCTTTAAAAGAAAAGAGCA‑Caaaaaattttc > 1:1416427/1‑145 (MQ=255) tGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGATTCTGGCGT‑TTTTTTTTTTTGTTGTGATTTGTTCCTCCCAGACAATTATTATTTAACGGAAAAGAGCACCAATAAATTgc > 1:2237006/1‑147 (MQ=255) tGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGATTCTGGCGT‑TTTTTTTTTTTGTGGGGATTTGTTCGTCCCAGACAGTTAGTCTGTTACAGAAAGGAGCC‑CAAATAAATggt > 1:2237469/1‑147 (MQ=255) tGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGATTCTGGCGT‑TTTTTTATTTTGTGGTCATTTGTACGTCCCAGAAATTTAGTATGTACCATAAACGAGCA‑CAAATAATTTGc > 1:2040384/1‑148 (MQ=255) cGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGATTCTGGCGT‑TTTTTTATTTGGTGGTCATTGGTACGTCCCTGTCATTTAGTCTGTACCAGAAAGGAGCA‑CAATTAATTGGCGGt > 2:2325695/1‑148 (MQ=255) cGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGATTCTGGCGT‑TTTTTTATTTGGTGGTCATTGGTACGTCCCTGACATTTAGTCTGTACCTGAAAGGAGCA‑CAATTAATTGGCGGt > 2:1832303/1‑148 (MQ=255) cGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGATTCTGGCGT‑TTTTTTATTTGGTGGTCATTGGTACGTCCCTGACATTTAGTCTGTACCTGAAAGGAGCA‑CAATTAATTGGCGGt < 2:2223675/148‑1 (MQ=255) ggTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGATTCTGGCGT‑TTTTTTATTTGGTGGTCATTGGTACGTCCCTGACATTTAGTCTGTACCTGAAAGGAGCA‑CAATTAATTGGCGGTc < 1:1384552/148‑1 (MQ=255) 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tttGGTGGTCATTGGTACGTCCCTGACATTTAGTCTGTACCTGAAAGGAGCA‑CAATTAATTGGCGGTCCAAAAGCCAGCATTTTGAGCTGTGCAGAACCATTAAGTAGCGCGCTACTCTCTTTGCTGTTGCTGGGGATCACGTTcaca < 1:2511826/148‑1 (MQ=255) gtggtCATTGGTACGTCCCTGACATTTAGTCTGTACCTGAAAGGAGCA‑CAATTAATTGGCGGTCCAAAAGCCAGCATTTTGAGCTGTGCAGAACCATTAAGTAGCGCGCTACTCTCTTTGCTGTTGCTGGGGATCACGTTCACATTAc > 2:1696688/1‑148 (MQ=255) tggtCATTGGTACGTCCCTGACATTTAGTCTGTACCTGAAAGGAGCA‑CAATTAATTGGCGGTCCAAAAGCCAGCATTTTGAGCTGTGCAGAACCATTAAGTAGCGCGCTACTCTCTTTGCTGTTGCTGGGGATCACGTTCACATTAcc > 2:20083/1‑148 (MQ=255) ggtCATTGGTACGTCCCTGACATTTAGTCTGTACCTGAAAGGAGCA‑CAATTAATTGGCGGTCCAAAAGCCAGCATTTTGAGCTGTGCAGAACCATTAAGTAGCGCGCTACTCTCTTTGCTGTTGCTGGGGATCACGTTCACATTACCg > 1:334503/1‑148 (MQ=255) gtCATTGGTACGTCCCTGACATTTAGTCTGTACCTGAAAGGAGCA‑CAATTAATTGGCGGTCCAAAAGCCAGCATTTTGAGCTGTGCAGAACCATTAAGTAGCGCGCTACTCTCTTTGCTGTTGCTGGGGATCACGTTCACATTACCgg < 1:52162/148‑1 (MQ=255) 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aCATTTACTCTGTACCTGAAAGGAGCA‑CAATTAATTGGCGGTCCAAAAGCCAGCATTTTGAGCTGTGCAGAACCATTAAGTAGCGCGCTACTCTCTTTGCTGTTGCTGGGGATCACGTTCACATTACCGGACTGGCTGGGAACgctgc > 2:1151979/1‑148 (MQ=255) ttAGTCTGTACCTGAAAGGAGCA‑CAATTAATTGGCGGTCCAAAAGCCAGCATTTTGAGCTGTGCAGAACCATTAAGTAGCGCGCTACTCTCTTTGCTGTTGCTGGGGATCACGTTCACATTACCGGACTGGCTGGGAACGCTGCTGAt < 1:2950557/148‑1 (MQ=255) | CGTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGATTCTGGCGT‑TTTTTTATTTGGTGGTCATTGGTACGTCCCTGACATTTAGTCTGTACCTGAAAGGAGCA‑CAATTAATTGGCGGTCCAAAAGCCAGCATTTTGAGCTGTGCAGAACCATTAAGTAGCGCGCTACTCTCTTTGCTGTTGCTGGGGATCACGTTCACATTACCGGACTGGCTGGGAACGCTGCTGATT > CP009273/3832161‑3832453 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |