| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 3,835,154 | G→A | 7.5% | intergenic (‑55/+156) | nepI ← / ← yicN | putative transporter/DUF1198 family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,835,154 | 0 | G | A | 7.5% | 698.7 / 30.1 | 201 | intergenic (‑55/+156) | nepI/yicN | putative transporter/DUF1198 family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (72/114); new base A (7/8); total (79/122) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.89e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.23e-01 | |||||||||||
Only 100 of 213 total aligned reads displayed.
CAGGCGACACAAAACGCCACCGAGAAAACGGCTGACCAGTTCGGTCGGGTGATGGCATCCGCGCCGCGGTTTTCGGCAATAAATTCACTCATGGTGTTACCCGTGGCATGTTTCAGGGGAAAAGCCGACCACTTTAACATTGAAATGTGTGACGCATTTAACGTTTTTGCAACTTTTACGGTGTTGCTTGAGCTGGAGTTAAGATCGAAACGGAACAGGGCAAAGATTACCGGATGCGGCGTGAACGTCTTATCCACCCGACAGGTCAGGCGCGGTCTGTAGGCTGATAAG > CP009273/3835008‑3835298 | cAGGCGACACAAAACGCCACCGAGAAAACGGCTGACCAGTTCGGTCGGGTGATGGCATCCGCGCCGCGGTTTTCGGCAATAAATTCACTCATGGTGTTACCCGTGGCATGTTTCAGGGGAAAAGCCGACCACTTTAACATTGAAAtgt > 1:1456740/1‑148 (MQ=255)cAGGCGACACAAAACGCCACCGAGAAAACGGCTGACCAGTTCGGTCGGGTGATGGCATCCGCGCCGCGGTTTTCGGCAATAAATTCACTCATGGTGTTACCCGTGGCATGTTTCAGGGGAAAAGCCGACCACTTTAACATTGAAAtgt > 1:137640/1‑148 (MQ=255) aGGCGACACAAAACGCCACCGAGAAAACGGCTGACCAGTTCGGTCGGGTGATGGCATCCGCGCCGCGGTTTTCGGCAATAAATTCACTCATGGTGTTACCCGTGGCATGTTTCAGGGGAAAAGCCGACCACTTTAACATTGAAAtgtg < 1:2317648/148‑1 (MQ=255) ggCGACACAAAACGCCACCGAGAAAACGGCTGACCAGTTCGGTCGGGTGATGGCATCCGCGCCGCGGTTTTCGGCAATAAATTCACTCATGGTGTTACCCGTGGCATGTTTCAGGGGAAAAGCCGACCACTTTAACATTGAAAtatgt > 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ttAACATTGAAATATGTGACGCATTTAACGTTTTTGCAACTTTTACGGTGTTGCTTGAGCTGGAGTTAAGATCGAAACGGAACAGGGCAAAGATTACCGGATGCGGCGTGAACGTCTTATCCACCCGACAGGTCAGGCGCGGTCTGTa > 1:2084622/1‑148 (MQ=255) aaCATTGAAATGTGTGACGCATTTAACGTTTTTGCAACTTTTACGGTGTTGCTTGAGCTGGAGTTAAGATCGAAACGGAACAGGGCAAAGATTACCGGATGCGGCGTGAACGTCTTATCCACCCGACAGGTCAGGCGCGGTCTGTAgg < 2:2111162/148‑1 (MQ=255) aCATTGAAATGTGTGACGCATTTAACGTTTTTGCAGCTTTTACGGTGTTGCTTGAGCTGGAGTTAAGATCGAAACGGAACAGGGCAAAGATTACCGGATGCGGCGTGAACGTCTTATCCACCCGACAGGTCAGGCGCGGTCTGTAGGc > 1:2494072/1‑148 (MQ=255) aaaTGTGTGACGCATTTAACGTTTTTGCAACTTTTACGGTGTTGCTTGAGCTGGAGTTAAGATCGAAACGGAACAGGGCAAAGATTACCGGATGCGGCGTGAACGTCTTATCCACCCGACAGGTCAGGCGCGGTCTGTAGGCTGATaa > 1:2521203/1‑148 (MQ=255) aaTGTGTGACGCATTTAACGTTTTTGCAACTTTTACGGTGTTGCTTGAGCTGGAGTTAAGATCGAAACGGAACAGGGCAAAGATTACCGGATGCGGCGTGAACGTCTTATCCACCCGACAGGTCAGGCGCGGTCTGTAGGCTGATAAg < 2:362882/148‑1 (MQ=255) aaTGTGTGACGCATTTAACGTTTTTGCAACTTTTACGGTGTTGCTTGAGCTGGAGTTAAGATCGAAACGGAACAGGGCAAAGATTACCGGATGCGGCGTGAACGTCTTATCCACCCGACAGGTCAGGCGCGGTCTGTAGGCTGATAAg < 2:2509570/148‑1 (MQ=255) | CAGGCGACACAAAACGCCACCGAGAAAACGGCTGACCAGTTCGGTCGGGTGATGGCATCCGCGCCGCGGTTTTCGGCAATAAATTCACTCATGGTGTTACCCGTGGCATGTTTCAGGGGAAAAGCCGACCACTTTAACATTGAAATGTGTGACGCATTTAACGTTTTTGCAACTTTTACGGTGTTGCTTGAGCTGGAGTTAAGATCGAAACGGAACAGGGCAAAGATTACCGGATGCGGCGTGAACGTCTTATCCACCCGACAGGTCAGGCGCGGTCTGTAGGCTGATAAG > CP009273/3835008‑3835298 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |