| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 3,836,230 | G→T | 21.4% | A307E (GCG→GAG) | yicO ← | putative adenine permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 3,836,230 | 0 | G | T | 21.4% | 534.1 / 99.0 | 206 | A307E (GCG→GAG) | yicO | putative adenine permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (61/101); new base T (19/25); total (80/126) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.01e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.45e-01 | |||||||||||
Only 100 of 208 total aligned reads displayed.
GGAGGAACTATCGCCACCAGCGGTGAGAAGAACATAACCAACAGGAACATAACGCCAACCACAACCGCAGTCAGCCCCGTGCGGCCACCGACTGCCACACCAGAAGTACTTTCAATATAGGCAGTAACAGACGAGGTGCCGATAAACGCACCCGCCACCGAACTGACGCTATCAACATACAGCGCCTTATTCATATTGGGGAATTTACCGTTACCATCTATTAAGCCCGCTTTATCAGTTACACCAATTAATGTTCCTGATGAATCAAATAGGTTGATCAGCATAAAGGAGAAA > CP009273/3836083‑3836376 | ggaggaACTATCGCCACCAGCGGTGAGAAGAACATAACCAACAGGAACATAACGCCAACCACAACCGCAGTCAGCCCCGTGCGGCCACCGACTGCCACACCAGAAGTACTTTCAATATAGGCAGTAACAGACGAGGTGCCGATAAACg > 2:2878791/1‑148 (MQ=255) gaggaACTATCGCCACCAGCGGTGAGAAGAACATAACCAACAGGAACATAACGCCAACCACAACCGCAGTCAGCCCCGTGCGGCCACCGACTGCCACACCAGAAGTACTTTCAATATAGGCAGTAACAGACGAGGTGCCGATAAACGc < 1:1920058/148‑1 (MQ=255) gaggaACTATCGCCACCAGCGGTGAGAAGAACATAACCAACAGGAACATAACGCCAACCACAACCGCAGTCAGCCCCGTGCGGCCACCGACTGCCACACCAGAAGTACTTTCAATATAGGCAGTAACAGACGAGGTGCCGATAAACGc < 1:2457727/148‑1 (MQ=255) aaCTATCGCCACCAGCGGTGAGAAGAACATAACCAACAGGAACATAACGCCAACCACAACCGCAGTCAGCCCCGTGCGGCCACCGACTGCCACACCAGAAGTACTTTCAATATAGGCAGTAACAGACGAGGTGCCGATAAACGCAccc 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |