| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,888,535 | A→T | 7.1% | Q175L (CAA→CTA) | chrR → | chromate reductase, Class I, flavoprotein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,888,535 | 0 | A | T | 7.1% | 556.4 / 26.6 | 183 | Q175L (CAA→CTA) | chrR | chromate reductase, Class I, flavoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (75/95); new base T (5/8); total (80/103) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.78e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.70e-01 | |||||||||||
Only 100 of 187 total aligned reads displayed.
GTCAGTATCACCTGCGCCAGATTCTGGTTTTCCTCGATGCAATGGTGATGAACAAGCCGGAATTTATGGGCGGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCTAAATAAAAAACCCGCCAGCAATCATGCATGGCGGGTTTTTAACGCGCTATCGATTTTAGTGAGCGTCGATAAAGACAATCTTCAGGATAAACAGCAGCGCAACGAT > CP009273/3888388‑3888682 | gTCAGTATCACCTGCGCCAGATTCTGGTTTTCCTCGATGCAATGGTGATGAACAAGCCGGAATTTATGGGCGGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGACGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCa > 1:1002247/1‑148 (MQ=255) cAGTATCACCTGCGCCAGATTCTGGTTTTCCTCGATGCAATGGTGATGAACAAGCCGGAATTTATGGGCGGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAAt < 1:727362/148‑1 (MQ=255) cAGTATCACCTGCGCCAGATTCTGGTTTTCCTCGATGCAATGGTGATGAACAAGCCGGAATTTATGGGCGGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAAt < 1:280944/148‑1 (MQ=255) gTATCACCTGCGCCAGATTCTGGTTTTCCTCGATGCAATGGTGATGAACAAGCCGGAATTTATGGGCGGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTg 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GTCAGTATCACCTGCGCCAGATTCTGGTTTTCCTCGATGCAATGGTGATGAACAAGCCGGAATTTATGGGCGGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCTAAATAAAAAACCCGCCAGCAATCATGCATGGCGGGTTTTTAACGCGCTATCGATTTTAGTGAGCGTCGATAAAGACAATCTTCAGGATAAACAGCAGCGCAACGAT > CP009273/3888388‑3888682 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |