| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 3,911,254 | C→A | 17.2% | S124S (TCG→TCT) | atpG ← | F1 sector of membrane‑bound ATP synthase, gamma subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,911,254 | 0 | C | A | 17.2% | 528.0 / 65.3 | 180 | S124S (TCG→TCT) | atpG | F1 sector of membrane‑bound ATP synthase, gamma subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (71/78); new base A (14/17); total (85/95) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.45e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 181 total aligned reads displayed.
TTGCTGACAATGTAAAGCTTGTCCAGACGGCCTTCGTCGTAGGCCTGCAACATCACTTTTACCGGACCGATCAGTTCGGACAGGGAAGGGTTATCCCCCATGCCGGTGACCTGGGCAACAACATTGCCGCCCACGGAGTTGAAGAACGACACGCCTTTCGAGCCGATCATTGCGAGGTCGCATTGAACGCCTTTGTCGGTCCAGGTCTTCATTTCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGTAGCCCACG > CP009273/3911108‑3911401 | cTGACAATGTAAAGCTTGTCCAGACGGCCTTCGTCGTAGGCCTGCAACATCACTTTTACCGGACCGATCAGTTCGGACAGGGAAGGGTTATCCCCCATGCCGGTGACCTGGGCAACAACATTGCCGCCCACGGAGTTGAAGAACGaca < 2:601654/148‑1 (MQ=255) gACAATGTAAAGCTTGTCCAGACGGCCTTCGTCGTAGGCCTGCAACATCACTTTTACCGGACCGATCAGTTCGGACAGGGAAGGGTTATCCCCCATGCCGGTGACCTGGGCAACAACATTGCCGCCCACGGAGTTGAAGAACGACACg > 1:1159820/1‑148 (MQ=255) gACAATGTAAAGCTTGTCCAGACGGCCTTCGTCGTAGGCCTGCAACATCACTTTTACCGGACCGATCAGTTCGGACAGGGAAGGGTTATCCCCCATGCCGGTGACCTGGGCAACAACATTGCCGCCCACGGAGTTGAAGAAAGACACg > 2:804130/1‑148 (MQ=255) gACAATGTAAAGCTTGTCCAGACGGCCTTCGTCGTAGGCCTGCAACATCACTTTTACCGGACCGATCAGTTCGGACAGGGAAGGGTTATCCCCCATGCCGGTGACCTGGGCAACAACATTGCCGCCCACGGAGTTGAAGAAAGACACg > 2:2461950/1‑148 (MQ=255) gTAAAGCTTGTCCAGACGGCCTTCGTCGTAGGCCTGCAACATCACTTTTACCGGACCGATCAGTTCGGACAGGGAAGGGTTATCCCCCATGCCGGTGACCTGGGCAACAACATTGCCGCCCACGGAGTTGAAGAACGACACGCCTTTc > 1:2352129/1‑148 (MQ=255) tAAAGCTTGTCCAGACGGCCTTCGTCGTAGGCCTGCAACATCACTTTTACCGGACCGATCAGTTCGGACAGGGAAGGGTTATCCCCCATGCCGGTGACCTGGGCAACAACATTGCCGCCCACGGAGTTGAAGAACGACACGCCTTTCg > 2:2365309/1‑148 (MQ=255) aaGCTTGTCCAGACGGCCTTCGTCGTAGGCCTGCAACATCACTTTTACCGGACCGATCAGTTCGGACAGGGAAGGGTTATCCCCCATGCCGGTGACCTGGGCAACAACATTGCCGCCCACGGAGTTGAAGAACGACACGCCTTTCGAg < 2:2647673/148‑1 (MQ=255) gCTTGTCCAGACGGCCTTCGTCGTAGGCCTGCAACATCACTTTTACCGGACCGATCAGTTCGGACAGGGAAGGGTTATCCCCCATGCCGGTGACCTGGGCAACAACATTGCCGCCCACGGAGTTGAAGAACGACACGCCTTTCGAGcc > 1:2344270/1‑148 (MQ=255) gTCCAGACGGCCTTCGTCGTAGGCCTGCAACATCACTTTTACCGGACCGATCAGTTCGGACAGGGAAGGGTTATCCCCCATGCCGGTGACCTGGGCAACAACATTGCCGCCCACGGAGTTGAAGAACGACACGCCTTTCGAGCCGATc < 1:1463344/148‑1 (MQ=255) tCCAGACGGCCTTCGTCGTAGGCCTGCAACATCACTTTTACCGGACCGATCAGTTCGGACAGGGAAGGGTTATCCCCCATGCCGGTGACCTGGGCAACAACATTGCCGCCCACGGAGTTGAAGAACGACACGCCTTTCGAGCCGATCa < 1:675525/148‑1 (MQ=255) gACGGCCTTCGTCGTAGGCCTGCAACATCACTTTTACCGGACCGATCAGTTCGGACAGGGAAGGGTTATCCCCCATGCCGGTGACCTGGGCAACAACATTGCCGCCCACGGAGTTGAAGAACGACACGCCTTTCGAGCCGATCATTGc < 1:3143324/148‑1 (MQ=255) gACGGCCTTCGTCGTAGGCCTGCAACATCACTTTTACCGGACCGATCAGTTCGGACAGGGAAGGGTTATCCCCCATGCCGGTGACCTGGGCAACAACATTGCCGCCCACGGAGTTGAAGAAAGACACGCCTTTCGAGCCGATCATTGc > 1:2354712/1‑148 (MQ=255) aCGGCCTTCGTCGTAGGCCTGCAACATCACTTTTACCGGACCGATCAGTTCGGACAGGGAAGGGTTATCCCCCATGCCGGTGACCTGGGCAACAACATTGCCGCCCACGGAGTTGAAGAACGACACGCCTTTCGAGCCGATCATTGCg > 2:1403708/1‑148 (MQ=255) aCGGCCTTCGTCGTAGGCCTGCAACATCACTTTTACCGGACCGATCAGTTCGGACAGGGAAGGGTTATCCCCCATGCCGGTGACCTGGGCAACAACATTGCCGCCCACGGAGTTGAAGAACGACACGCCTGTCGAGCCGATCATTGCg > 2:2995468/1‑148 (MQ=255) 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ttATCCCCCATGCCGGTGACCTGGGCAACAACATTGCCGCCCACGGAGTTGAAGAAAGACACGCCTTTCGAGCCGATCATTGCGAGGTCGCATTGAACGCCTTTGTCGGTCCAGGTCTTCATTTCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGt < 1:2722865/148‑1 (MQ=255) aTCCCCCATGCCGGTGACCTGGGCAACAACATTGCCGCCCACGGAGTTGAAGAACGACACGCCTTTCGAGCCGATCATTGCGAGGTCGCATTGAACGCCTTTGTCGGTCCAGGTCTTCATTTCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTa > 2:1852806/1‑148 (MQ=255) aTCCCCCATGCCGGTGACCTGGGCAACAACATTGCCGCCCACGGAGTTGAAGAAAGACACGCCTTTCGAGCCGATCATTGCGAGGTCGCATTGAACGCCTTTGTCGGTCCAGGTCTTCATTTCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTa > 2:122864/1‑148 (MQ=255) aTCCCCCATGCCGGTGACCTGGGCAACAACATTGCCGCCCACGGAGTTGAAGAAAGACACGCCTTTCGAGCCGATCATTGCGAGGTCGCATTGAACGCCTTTGTCGGTCCAGGTCTTCATTTCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTa < 2:73914/148‑1 (MQ=255) tCCCCCATGCCGGTGACCTGGGCAACAACATTGCCGCCCACGGAGTTGAAGAACGACACGCCTTTCGAGCCGATCATTGCGAGGTCGCATTGAACGCCTTTGTCGGTCCAGGTCTTCATTTCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTaa < 2:2907306/148‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |