| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,944,000 | T→A | 5.5% | pseudogene (81/984 nt) | ilvG → | pseudogene, acetolactate synthase 2 large subunit, valine‑insensitive; acetolactate synthase II, large subunit, cryptic, interrupted |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,944,000 | 0 | T | A | 5.5% | 571.1 / 18.6 | 180 | pseudogene (81/984 nt) | ilvG | pseudogene, acetolactate synthase 2 large subunit, valine‑insensitive; acetolactate synthase II, large subunit, cryptic, interrupted |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (87/83); new base A (6/4); total (93/87) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.48e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.84e-01 | |||||||||||
Only 100 of 188 total aligned reads displayed.
CCGAGGAGCAGACAATGAATAACAGCACAAAATTCTGTTTCTCAAGATTCAGGACGGGGAACTAACTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGAGCAGGGTGCGGCAATGGCGGCTATCGGTTATGCTCGTGCTACCGGCAAAACTGGCGTATGTATCGCCACGTCTGGTCCGGGCGCAACC > CP009273/3943853‑3944147 | ccGAGGAGCAGACAATGAATAACAGCACAAAATTCTGTTTCTCAAGATTCAGGACGGGGAACTAACTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAAtt > 2:361254/1‑148 (MQ=255) cGAGGAGCAGACAATGAATAACAGCACAAAATTCTGTTTCTCAAGATTCAGGACGGGGAACTAACTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTa < 2:2447735/148‑1 (MQ=255) aggagCAGACAATGAATAACAGCACAAAATTCTGTTTCTCAAGATTCAGGACGGGGAACTAACTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATg > 2:1433402/1‑148 (MQ=255) aggagCAGACAATGAATAACAGCACAAAATTCTGTTTCTCAAAATTCAGGACGGGGAACTAACTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATg < 1:877482/148‑1 (MQ=255) gagCAGACAATGAATAACAGCACAAAATTCTGTTTCTCAAGATTCAGGACGGGGAACTAACTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGcc < 2:790304/148‑1 (MQ=255) gagCAGACAATGAATAACAGCACAAAATTCTGTTTCTCAAGATTCAGGACGGGGAACTAACTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGcc > 1:308140/1‑148 (MQ=255) gagCAGACAATGAATAACAGCACAAAATTCTGTTTCTCAAGATTCAGGACGGGGAACTAACTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGcc > 1:2503844/1‑148 (MQ=255) gagCAGACAATGAATAACAGCACAAAATTCTGTTTCTCAAGATTCAGGACGGGGAACTAACTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGcc < 2:2903433/148‑1 (MQ=255) gagCAGACAATGAATAACAGCACAAAATTCTGTTTCTCAAGATTCAGGACGGGGAACTAACTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGcc < 2:3094873/148‑1 (MQ=255) gCAGACAATGAATAACAGCACAAAATTCTGTTTCTCAAGATTCAGGACGGGGAACTAACTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCgg < 1:270727/148‑1 (MQ=255) cAGACAATGAATAACAGCACAAAATTCTGTTTCTCAAGATTCAGGACGGGGAACTAACTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGt > 1:500997/1‑148 (MQ=255) cAGACAATGAATAACAGCACAAAATTCTGTTTCTCAAGATTCAGGACGGGGAACTAACTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGt > 2:322706/1‑148 (MQ=255) aGACAATGAATAACAGCACAAAATTCTGTTTCTCAAGATTCAGGACGGGGAACTAACTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGtt < 1:2290968/148‑1 (MQ=255) aCAATGAATAACAGCACAAAATTCTGTTTCTCAAGATTCAGGACGGGGAACTAACTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTa > 1:2008583/1‑148 (MQ=255) aCAATGAATAACAGCACAAAATTCTGTTTCTCAAGATTCAGGACGGGGAACTAACTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTa > 2:935712/1‑148 (MQ=255) tGAATAACAGCACAAAATTCTGTTTCTCAAGATTCAGGACGGGGAACTAACTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGAt > 2:2238435/1‑148 (MQ=255) aTAACAGCACAAAATTCTGTTTCTCAAAATTCAGGACGGGGAACTAACTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCa < 1:2026390/148‑1 (MQ=255) aTAACAGCACAAAATTCTGTTTCTCAAAATTCAGGACGGGGAACTAACTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCa < 1:2103633/148‑1 (MQ=255) tAACAGCACAAAATTCTGTTTCTCAAGATTCAGGACGGGGAACTAACTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCAt < 2:1074908/148‑1 (MQ=255) cAGCACAAAATTCTGTTTCTCAAGATTCAGGACGGGGAACTAACTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGt < 2:1935239/148‑1 (MQ=255) cAGCACAAAATTCTGTTTCTCAAGATTCAGGACGGGGAACTAACTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGt < 1:912881/148‑1 (MQ=255) cAGCACAAAATTCTGTTTCTCAAGATTCAGGACGGGGAACTAACTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATAATGCCGGTTTACGATGCATTGt > 2:1325424/1‑148 (MQ=255) aGCACAAAATTCTGTTTCTCAAGATTCAGGACGGGGAACTAACTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTa < 1:3051889/148‑1 (MQ=255) aGCACAAAAGTCTGTTTCTCAAGATTCAGGACGGGGAACTAACTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTa < 1:2334614/148‑1 (MQ=255) cacaAAATTCTGTTTCTCAAGATTCAGGACGGGGAACTAACTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATg > 2:2329013/1‑148 (MQ=255) acaAAATTCTGTTTCTCAAGATTCAGGACGGGGAACTAACTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGa < 2:1816197/148‑1 (MQ=255) acaAAATTCTGTTTCTCAAGATTCAGGACGGGGAACTAACTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGa < 2:2863555/148‑1 (MQ=255) aaaTTCTGTTTCTCAAGATTCAGGACGGGGAACTAACTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGAcgg < 2:843000/148‑1 (MQ=255) aaaTTCTGTTTCTCAAGATTCAGGACGGGGAACTAACTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATAATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGAcgg > 2:2980870/1‑148 (MQ=255) aTTCTGTTTCTCAAAATTCAGGACGGGGAACTAACTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGAcggcg > 1:670422/1‑148 (MQ=255) ttCTGTTTCTCAAGATTCAGGACGGGGAACTAACTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGAcggcgg > 2:3245400/1‑148 (MQ=255) tCTGTTTCTCAAGATTCAGGACGGGGAACTAACTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACggcggc > 1:1705241/1‑148 (MQ=255) cTGTTTCTCAAGATTCAGGACGGGGAACTAACTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGgcggcg < 1:1444956/148‑1 (MQ=255) tttCTCAAGATTCAGGACGGGGAACTAACTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATAATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTgg < 2:3156608/148‑1 (MQ=255) tctcAAGATTCAGGACGGGGAACTAACTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATAATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAg < 1:1330753/148‑1 (MQ=255) cAAAATTCAGGACGGGGAACTAACTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCAc > 2:2710723/1‑148 (MQ=255) gATTCAGGACGGGGAACTAACTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTg > 2:1929163/1‑148 (MQ=255) gATTCAGGACGGGGAACTAACTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTg > 2:2610419/1‑148 (MQ=255) aTTCAGGACGGGGAACTAACTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGc < 2:2697975/148‑1 (MQ=255) aTTCAGGACGGGGAACTAACTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGc > 1:1276558/1‑148 (MQ=255) ttCAGGACGGGGAACTAACTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGGCGGCGGCGTGGAGCACTTGCt < 2:308140/148‑1 (MQ=255) tCAGGACGGGGAACTAACTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTa < 1:2473972/148‑1 (MQ=255) ggACGGGGAACTAACTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGc > 2:548877/1‑148 (MQ=255) gACGGGGAACTAACTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGcc > 2:2088476/1‑148 (MQ=255) aCGGGGAACTAACTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCg > 2:253792/1‑148 (MQ=255) gAACTAACTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATg > 2:682209/1‑148 (MQ=255) aactaactATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGa < 1:3044037/148‑1 (MQ=255) ctaactaTGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGAGc > 2:1779771/1‑148 (MQ=255) ctaactaTGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGAGc > 2:280160/1‑148 (MQ=255) ctaactaTGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGAGc < 1:1051744/148‑1 (MQ=255) ctaactaTGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGAGc < 1:1371791/148‑1 (MQ=255) ctaactaTGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGAGc < 1:3001140/148‑1 (MQ=255) actaTGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGAGCAgg < 1:543313/148‑1 (MQ=255) taTGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGAGCAGGGt > 2:2615659/1‑148 (MQ=255) aaTGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATAATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTCTGCCGACATGAGCAGGGTGCgg > 2:1761798/1‑148 (MQ=255) ggCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGAGCAGGGTGCGGCaa < 2:1212489/148‑1 (MQ=255) cgcACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGAGCAGGGTGCGGCAATg < 2:3253787/148‑1 (MQ=255) cgcACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGAGCAGGGTGCGGCAATg > 2:2427896/1‑148 (MQ=255) gcACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGAGCAGGGTGCGGCAATgg < 1:566406/148‑1 (MQ=255) caGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGAGCAGGGTGCGGCAATggcgg < 1:1704273/148‑1 (MQ=255) tgggtggTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGAGCAGGGTGCGGCAATGGCGGCTa < 2:652070/148‑1 (MQ=255) tgggtggTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTAAGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGAGCAGGGTGCGGCAATGGCGGCTa > 1:1989184/1‑148 (MQ=255) gggtggTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGAGCAGGGTGCGGCAATGGCGGCTAt < 1:273352/148‑1 (MQ=255) ggtggtACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGAGCAGGGTGCGGCAATGGCGGCTATc > 2:1644302/1‑148 (MQ=255) ggtACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGAGCAGGGTGCGGCAATGGCGGCTATCGGt < 2:500997/148‑1 (MQ=255) gtACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGAGCAGGGTGCGGCAATGGCGGCTATCGGtt < 1:3172486/148‑1 (MQ=255) cGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGAGCAGGGTGCGGCAATGGCGGCTATCGGTTATGCTCg > 1:1664188/1‑148 (MQ=255) ttGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGAGCAGGGTGCGGCAATGGCGGCTATCGGTTATGCTCGTg > 2:3203909/1‑148 (MQ=255) tGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGAGCAGGGTGCGGCAATGGCGGCTATCGGTTATGCTCGTGc < 1:849608/148‑1 (MQ=255) caGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATAATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGAGCAGGGTGCGGCAATGGCGGCTATCGGTTATGCTCGTGCTACCGGCa > 1:2615147/1‑148 (MQ=255) gggTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGAGCAGGGTGCGGCAATGGCGGCTATCTGTTATGCTCGTGCTACCGGCaaa > 1:1993630/1‑148 (MQ=255) gggTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGAGCAGGGTGCGGCAATGGCGGCTATCGGTTATGCTCGTGCTACCGGCaaa > 1:1993626/1‑148 (MQ=255) gggTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGAGCAGGGTGCGGCAATGGCGGCTATCGGTTATGCTCGTGCTACCGGCaaa < 2:2986338/148‑1 (MQ=255) gggTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATCGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGAGCAGGGTGCGGCAATGGCGGCTATCGGTTATGCTCGTGCTACCGGCaaa > 2:1170238/1‑148 (MQ=255) ggTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGAGCAGGGTGCGGCAATGGCGGCTATCGGTTATGCTCGTGCTACCGGCaaaa > 1:735684/1‑148 (MQ=255) tgtgAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGAGCAGGGTGCGGCAATGGCGGCTATCGGTTATGCTCGTGCTACCGGCAAAACt < 2:2012534/148‑1 (MQ=255) gtgAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGAGCAGGGTGCGGCAATGGCGGCTATCGGTTATGCTCGTGCTACCGGCAAAACTg > 1:1399813/1‑148 (MQ=255) gtgAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGAGCAGGGTGCGGCAATGGCGGCTATCGGTTATGCTCGTGCTACCGGCAAAACTg < 2:1992244/148‑1 (MQ=255) tgAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGAGCAGGGTGCGGCAATGGCGGCTATCGGTTATGCTCGTGCTACCGGCAAAACTgg < 1:336077/148‑1 (MQ=255) acacCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGAGCAGGGTGCGGCAATGGCGGCTATCGGTTATGCTCGTGCTACCGGCAAAACTGGCgt < 1:935712/148‑1 (MQ=255) acacCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGAGCAGGGTGCGGCAATGGCGGCTATCGGTTATGCTCGTGCTACCGGCAAAACTGGCgt > 1:873882/1‑148 (MQ=255) cacCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGAGCAGGGTGCGGCAATGGCGGCTATCGGTTATGCTCGTGCTACCGGCAAAACTGGCgta < 1:969902/148‑1 (MQ=255) gTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGAGCAGGGTGCGGCAATGGCGGCTATCGGTTATGCTCGTGCTACCGGCAAAACTGGCgtatgta < 2:3044731/148‑1 (MQ=255) ttttCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGAGCAGGGTGCGGCAATGGCGGCTATCGGTTATGCTCGTGCTACCGGCAAAACTGGCgtatgtat > 2:1330859/1‑148 (MQ=255) ttttCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGAGCAGGGTGCGGCAATGGCGGCTATCGGTTATGCTCGTGCTACCGGCAAAACTGGCgtatgtat > 2:1330782/1‑148 (MQ=255) ttttCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGAGCAGGGTGCGGCAATGGCGGCTATCGGTTATGCTCGTGCTACCGGCAAAACTGGCgtatgtat > 2:364895/1‑148 (MQ=255) tttCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGAGCAGGGTGCGGCAATGGCGGCTATCGGTTATGCTCGTGCTACCGGCAAAACTGGCGTATGTATc > 1:1207030/1‑148 (MQ=255) ttCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGAGCAGGGTGCGGCAATGGCGGCTATCGGTTATGCTCGTGCTACCGGCAAAACTGGCGTATGTATCg > 2:1125786/1‑148 (MQ=255) ttCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGAGCAGGGTGCGGCAATGGCGGCTATCGGTTATGCTCGTGCTACCGGCAAAACTGGCGTATGTATCg > 1:1359727/1‑148 (MQ=255) ttATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGAGCAGGGTGCGGCAATGGCGGCTATCGGTTATGCTCGTGCTACCGGCAAAACTGGCGTATGTATCGCCACg > 2:972428/1‑148 (MQ=255) gggTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGAGCAGGGTGCGGCAATGGCGGCTATCGGTTATGCTCGTGCTACCGGCAAAACTGGCGTATGTATCGCCACGTCTGGt < 2:2174080/148‑1 (MQ=255) gggTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGAGCAGGGTGCGGCAATGGCGGCTATCGGTTATGCTCGTGCTACCGGCAAAACTGGCGTATGTATCGCCACGTCTGGt < 2:151124/148‑1 (MQ=255) ggTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGAGCAGGGTGCGGCAATGGCGGCTATCGGTTATGCTCGTGCTACCGGCAAAACTGGCGTATGTATCGCCACGTCTGGTc > 1:1542503/1‑148 (MQ=255) ggTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGAGCAGGGTGCGGCAATGGCGGCTATCGGTTATGCTCGTGCTACCGGCAAAACTGGCGTATGTATCGCCACGTCTGGTc > 1:2577515/1‑148 (MQ=255) gcAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGAGCAGGGTGCGGCAATGGCGGCTATCGGTTATGCTCGTGCTACCGGCAAAACTGGCGTATGTATCGCCACGTCTGGTCCGGgcg < 1:1940891/148‑1 (MQ=255) cAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGAGCAGGGTGCGGCAATGGCGGCTATCGGTTATGCTCGTGCTACCGGCAAAACTGGCGTATGTATCGCCACGTCTGGTCCGGgcgc > 1:1123825/1‑148 (MQ=255) cAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGAGCAGGGTGCGGCAATGGCGGCTATCGGTTATGCTCGTGCTACCGGCAAAACTGGCGTATGTATCGCCACGTCTGGTCCGGgcgc > 1:3132107/1‑148 (MQ=255) ttATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGAGCAGGGTGCGGCAATGGCGGCTATCGGTTATGCTCGTGCTACCGGCAATACTGGCGTATGTATCGCCACGTCTGGTCCGGGCGcaac < 1:1277327/148‑1 (MQ=255) tATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGAGCAGGGTGCGGCAATGGCGGCTATCGGTTATGCTCGTGCTACCGGCAAAACTGGCGTATGTATCGCCACGTCTGGTCCGGGCGcaacc > 2:1185458/1‑148 (MQ=255) tATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGAGCAGGGTGCGGCAATGGCGGCTATCGGTTATGCTCGTGCTACCGGCAAAACTGGCGTATGTATCGCCACGTCTGGTCCGGGCGcaacc > 2:963842/1‑148 (MQ=255) | CCGAGGAGCAGACAATGAATAACAGCACAAAATTCTGTTTCTCAAGATTCAGGACGGGGAACTAACTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGAGCAGGGTGCGGCAATGGCGGCTATCGGTTATGCTCGTGCTACCGGCAAAACTGGCGTATGTATCGCCACGTCTGGTCCGGGCGCAACC > CP009273/3943853‑3944147 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |