| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,976,807 | C→A | 13.3% | H164N (CAT→AAT) | aslB → | putative AslA‑specific sulfatase‑maturating enzyme |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,976,807 | 0 | C | A | 13.3% | 514.8 / 38.6 | 161 | H164N (CAT→AAT) | aslB | putative AslA‑specific sulfatase‑maturating enzyme |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (72/67); new base A (6/16); total (78/83) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.94e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 175 total aligned reads displayed.
TGGTGCGCGTTTCTCGCGGAGCATCATTTTCTTGTTGGTTTATCGCTGGATGGCCCGCCTGAGATCCACAATCAATATCGCGTGACTAAAGGTGGCAGACCCACGCATAAGCTGGTGATGCGTGCCCTGACGCTCCTGCAAAAACATCATGTCGACTATAACGTGCTGGTCTGCGTTAATCGCACCAGCGCGCAGCAACCGTTGCAGGTATATGATTTTTTGTGCGATGCGGGAGTCGAATTCATCCAGTTTATTCCGGTGGTCGAGCGCCTGGCTGATGAAACAACTGCCCGCG > CP009273/3976660‑3976954 | tGGTGCGCGTTTCTCGCGGAGCATCATTTTCTTGTTGGTTTATCGCTGGATGGCCCGCCTGAGATCCACAATCAATATCGCGTGACTAAAGGTGGCAGACCCACGCATAAGCTGGTGATGCGTGCCCTGACGCTCCTGCAAAAAcatc < 1:2069308/148‑1 (MQ=255)tGGTGCGCGTTTCTCGCGGAGCATCATTTTCTTGTTGGTTTATCGCTGGATGGCCCGCCTGAGATCCACAATCAATATCGCGTGACTAAAGGTGGCAGACCCACGCATAAGCTGGTGATGCGTGCCCTGACGCTCCTGCAAAAAcatc < 1:2069311/148‑1 (MQ=255)tGGTGCGCGTTTCTCGCGGAGCATCATTTTCTTGTTGGTTTATCGCTGGATGGCCCGCCTGAGATCCACAATCAATATCGCGTGACTAAAGGTGGCAGACCCACGCATAAGCTGGTGATGCGTGCCCTGACGCTCCTGCAAAAAcatc > 2:473875/1‑148 (MQ=255) gTGCGCGTTTCTCGCGGAGCATCATTTTCTTGTTGGTTTATCGCTGGATGGCCCGCCTGAGATCCACAATCAATATCGCGTGACTAAAGGTGGCAGACCCACGCATAAGCTGGTGATGCGTGCCCTGACGCTCCTGCAAAAAcataat < 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ttCTCGCGGAGCATCATTTTCTTGTTGGTTTATCGCTGGATGGCCCGCCTGAGATCCACAATCAATATCGCGTGACTAAAGGTGGCAGACCCACGCATAAGCTGGTGATGCGTGCCCTGACGCTCCTGCAAAAACATCATGTCGACta > 2:2852237/1‑148 (MQ=255) ctcGCGGAGCATCATTTTCTTGTTGGTTTATCGCTGGATGGCCCGCCTGAGATCCACAATCAATATCGCGTGACTAAAGGTGGCAGACCCACGCATAAGCTGGTGATGCGTGCCCTGACGCTCCTGCAAAAACATCATGTCGACtata < 1:3210962/148‑1 (MQ=255) tcGCGGAGCATCATTTTCTTGTTGGTTTATCGCTGGATGGCCCGCCTGAGATCCACAATCAATATCGCGTGACTAAAGGTGGCAGACCCACGCATAAGCTGGTGATGCGTGCCCTGACGCTCCTGCAAAAACATCATGTCGACtatat < 1:3042482/148‑2 (MQ=255) ggAGCATCATTTTCTTGTTGGTTTATCGCTGGATGGCCCGCCTGAGATCCACAATCAATATCGCGTGACTAAAGGTGGCAGACCCACGCATAAGCTGGTGATGCGTGCCCTGACGCTCCTGCAAAAACATCATGTCGACTATAACGTg < 1:136466/148‑1 (MQ=255) catcatTTTCTTGTTGGTTTATCGCTGGATGGCCCGCCTGAGATCCACAATCAATATCGCGTGACTAAAGGTGGCAGACCCACGCATAAGCTGGTGATGCGTGCCCTGACGCTCCTGCAAAAACATCATGTCGACTCTAACGTGCTgg > 2:1687083/1‑148 (MQ=255) atcatTTTCTTGTTGGTTTATCGCTGGATGGCCCGCCTGAGATCCACAATCAATATCGCGTGACTAAAGGTGGCAGACCCACGCATAAGCTGGTGATGCGTGCCCTGACGCTCCTGCAAAAACATCATGTCGACTATAACGTGCTGGt > 2:194663/1‑148 (MQ=255) catTTTCTTGTTGGTTTATCGCTGGATGGCCCGCCTGAGATCCACAATCAATATCGCGTGACTAAAGGTGGCAGACCCACGCATAAGCTGGTGATGAGTGCCCTCACGCTCCTGCAAAAACATCATGTCGACTATAACGTGCTGGTCt > 1:2825789/1‑148 (MQ=255) atTTTCTTGTTGGTTTATCGCTGGATGGCCCGCCTGAGATCCACAATCAATATCGCGTGACTAAAGGTGGCAGACCCACGCATAAGCTGGTGATGCGTGCCCTGACGCTCCTGCAAAAACATCATGTCGACTATAACGTGCTGGTCTg > 2:2325737/1‑148 (MQ=255) ttttCTTGTTGGTTTATCGCTGGATGGCCCGCCTGAGATCCACAATCAATATCGCGTGACTAAAGGTGGCAGACCCACGCATAAGCTGGTGATGCGTGCCCTGACGCTCCTGCAAAAACATCATGTCGACTATAACGTGCTGGTCTGc > 1:2312074/1‑148 (MQ=255) tttCTTGTTGGTTTATCGCTGGATGGCCCGCCTGAGATCCACAATCAATATCGCGTGACTAAAGGTGGCAGACCCACGCATAAGCTGGTGATGCGTGCCCTGACGCTCCTGCAAAAACATCATGTCGACTATAACGTGCTGGTCTGCg > 1:1527894/1‑148 (MQ=255) 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ggTTTATCGCTGGATGGCCCGCCTGAGATCCACAATCAATATCGCGTGACTAAAGGTGGCAGACCCACGCATAAGCTGGTGATGCGTGCCCTGACGCTCCTGCAAAAACATCATGTCGACTATAACGTGCTGGTCTGCGTTAATCGCa > 2:352561/1‑148 (MQ=255) gTTTATCGCTGGATGGCCCGCCTGAGATCCACAATCAATATCGCGTGACTAAAGGTGGCAGACCCACGCATAAGCTGGTGATGCGTGCCCTGACGCTCCTGCAAAAACATCATGTCGACTATAACGTGCTGGTCTGCGTTAATCGCAc > 1:1166585/1‑148 (MQ=255) gTTTATCGCTGGATGGCCCGCCTGAGATCCACAATCAATATCGCGTGACTAAAGGTGGCAGACCCACGCATAAGCTGGTGATGCGTGCCCTGACGCTCCTGCAAAAACATAATGTCGACTATAACGTGCTGGTCTGCGTTAATCGCAc < 2:1807125/148‑1 (MQ=255) tCGCTGGATGGCCCGCCTGAGATCCACAATCAATATCGCGTGACTAAAGGTGGCAGACCCACGCATAAGCTGGTGATGCGTGCCCTGACGCTCCTGCAAAAACATCATGTCGACTATAACGTGCTGGTCTGCGTTAATCGCACCAgcg > 1:51590/1‑148 (MQ=255) aTGGCCCGCCTGAGATCCACAATCAATATCGCGTGACTAAAGGTGGCAGACCCACGCATAAGCTGGTGATGCGTGCCCTGACGCTCCTGCAAAAACATCATGTCGACTATAACGTGCTGGTCTGCGTTAATCGCACCAGCGCgcagca > 2:1478463/1‑148 (MQ=255) 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cTGAGATCCACAATCAATATCGCGTGACTAAAGGTGGCAGACCCACGCATAAGCTGGTGATGCGTGCCCTGACGCTCCTGCAAAAACATCATGTCGACTATAACGTGCTGGTCTGCGTTAATCGCACCAGCGCGCAGCAACCGTTGCa < 2:567911/148‑1 (MQ=255) gagaTCCACAATCAATATCGCGTGACTAAAGGTGGCAGACCCACGCATAAGCTGGTGATGCGTGCCCTGACGCTCCTGCAAAAACATCATGTCGACTATAACGTGCTGGTCTGCGTTAATCGCACCAGCGCGCAGCAACCGTTGCAgg > 1:267093/1‑148 (MQ=255) gagaTCCACAATCAATATCGCGTGACTAAAGGTGGCAGACCCACGCATAAGCTGGTGATGCGTGCCCTGACGCTCCTGCAAAAACATCATGTCGACTATAACGTGCTGGTCTGCGTTAATCGCACCAGCGCGCAGCAACCGTTGCAgg > 1:266351/1‑148 (MQ=255) agaTCCACAATCAATATCGCGTGACTAAAGGTGGCAGACCCACGCATAAGCTGGTGATGCGTGCCCTGACGCTCCTGCAAAAACATCATGTCGACTATAACGTGCTGGTCTGCGTTAATCGCACCAGCGCGCAGCAACCGTTGCAGGt > 2:3012395/1‑148 (MQ=255) aTCCACAATCAATATCGCGTGACTAAAGGTGGCAGACCCACGCATAAGCTGGTGATGCGTGCCCTGACGCTCCTGCAAAAACATCATGTCGACTATAACGTGCTGGTCTGCGTTAATCGCACCAGCGCGCAGCAACCGTTGCAGGtct > 1:956012/1‑146 (MQ=255) 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tGGTGATGCGTGCCCTGACGCTCCTGCAAAAACATCATGTCGACTATAACGTGCTGGTCTGCGTTAATCGCACCAGCGCGCAGCAACCGTTGCAGGTATATGATTTTTTGTGCGATGCGGGAGTCGAATTCATCCAGTTTATTCCggt < 2:1994165/148‑1 (MQ=255) tGGTGATGCGTGCCCTGACGCTCCTGCAAAAACATCATGTCGACTATAACGTGCTGGTCTGCGTTAATCGCACCAGCGCGCAGCAACCGTTGCAGGTATATGATTTTTTGTGCGATGCGGGAGTCGAATTCATCCAGTTTATTCCggt < 2:1819097/148‑1 (MQ=255) tGATGCGTGCCCTGACGCTCCTGCAAAAACATCATGTCGACTATAACGTGCTGGTCTGCGTTAATCGCACCAGCGCGCAGCAACCGTTGCAGGTATATGATTTTTTGTGCGATGCGGGAGTCGAATTCATCCAGTTTATTCCggtggt > 2:2349717/1‑148 (MQ=255) gTGCCCTGACGCTCCTGCAAAAACATCATGTCGACTATAACGTGCTGGTCTGCGTTAATCGCACCAGCGCGCAGCAACCGTTGCAGGTATATGATTTTTTGTGCGATGCGGGAGTCGAATTCATCCAGTTTATTCCGGTGGTCGAgcg < 2:982603/148‑1 (MQ=255) gTGCCCTGACGCTCCTGCAAAAACATCATGTCGACTATAACGTGCTGGTCTGCGTTAATCGCACCAGCGCGCAGCAACCGTTGCAGGTATATGATTTTTTGTGCGATGCGGGAGTCGAATTCATCCAGTTTATTCCGGTGGTCGAgcg < 2:982506/148‑1 (MQ=255) 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tcatGTCGACTATAACGTGCTGGTCTGCGTTAATCGCACCAGCGCGCAGCAACCGTTGCAGGTATATGATTTATTGTGCGATGCGGGAGTCGAATTCATCCAGTTTATTCCGGTGGTCGAGCGCCTGGCTGATTAAACAACTGCCcga > 1:2407113/1‑147 (MQ=255) | TGGTGCGCGTTTCTCGCGGAGCATCATTTTCTTGTTGGTTTATCGCTGGATGGCCCGCCTGAGATCCACAATCAATATCGCGTGACTAAAGGTGGCAGACCCACGCATAAGCTGGTGATGCGTGCCCTGACGCTCCTGCAAAAACATCATGTCGACTATAACGTGCTGGTCTGCGTTAATCGCACCAGCGCGCAGCAACCGTTGCAGGTATATGATTTTTTGTGCGATGCGGGAGTCGAATTCATCCAGTTTATTCCGGTGGTCGAGCGCCTGGCTGATGAAACAACTGCCCGCG > CP009273/3976660‑3976954 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |