| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 329,372 | A→T | 91.7% | L258Q (CTG→CAG) | yahB ← | putative DNA‑bindng transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 329,372 | 0 | A | T | 91.7% | 582.2 / 36.2 | 192 | L258Q (CTG→CAG) | yahB | putative DNA‑bindng transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (7/9); new base T (89/87); total (96/96) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.95e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.26e-01 | |||||||||||
Only 100 of 198 total aligned reads displayed.
GCAGTAAATCCTGATAGATCCCCGTTAATATGCCATTTGGCGCAAATTGTTTTTTAATCCACTGCGTCACCTGACCCGTAGCAGAATGCTGAGTCGCCAGTAACATGCGCGAATCCTGGCGCGGATTATGGATTTGTCGGGTAACCAGCAGGGATTGCGTCATCGCCTCACGGACCATGTAATCCGGCAAAAAACCAATTCCTTCACCTAAAATCTGGCACTGACATTTGGTGTTGAAATCTGGCACCAGAATTGACTCCTGCCCGTGCAGCAACCAGCCCACTTTTTTA > CP009273/329226‑329515 | gCAGTAAATCCTGATAGATCCCCGTTAATATGCCATTTGGCGCAAATTGTTTTTTAATCCACTGCGTCACCTGACCCGTAGCAGAATGCTGAGTCGCCAGTAACATGCGCGAATCCTGGCGCGGATTATGGATTTGTCGGGTAACcag < 2:942379/148‑1 (MQ=255) cAGTAAATCCTGATAGATCCCCGTTAATATGCCATTTGGCGCAAATTGTTTTTTAATCCACTGCGTCACCTGACCCGTAGCAGAATGCTGAGTCGCCAGTAACATGCGCGAATCCTGGCGCGGATTATGGATTTGTCGGGTAACctgc < 1:3148917/148‑1 (MQ=255) aGTAAATCCTGATAGATCCCCGTTAATATGCCATTTGGCGCAAATTGTTTTTTAATCCACTGCGTCACCTGACCCGTAGCAGAATGCTGAGTCGCCAGTAACATGCGCGAATCCTGGCGCGGATTATGGATTTGTCGGGTAACctgca < 1:2706491/148‑1 (MQ=255) aGTAAATCCTGATAGATCCCCGTTAATATGCCATTTGGCGCAAATTGTTTTTTAATCCACTGCGTCACCTGACCCGTAGCAGAATGCTGAGTCGCCAGTAACATGCGCGAATCCTGGCGCGGATTATGGATTTGTCGGGTAACctgca < 1:2550154/148‑1 (MQ=255) aaaTCCTGATAGATCCCCGTTAATATGCCATTTGGCGCAAATTGTTTTTTAATCCACTGCGTCACCTGACCCGTAGCAGAATGCTGAGTCGCCAGTAACATGCGCGAATCCTGGCGCGGATTATGGATTTGTCGGGTAACCTGCAggg > 1:1590128/1‑148 (MQ=255) ccTGATAGATCCCCGTTAATATGCCATTTGGCGCAAATTGTTTTTTAATCCACTGCGTCACCTGACCCGTAGCAGAATGCTGAGTCGCCAGTAACATGCGCGAATCCTGGCGCGGATTATGGATTTGTCGGGTAACCTGCAGGGATTg < 1:1075045/148‑1 (MQ=255) tGATAGATCCCCGTTAATATGCCATTTGGCGCAAATTGTTTTTTAATCCACTGCGTCACCTGACCCGTAGCAGAATGCTGAGTCGCCAGTAACATGCGCGAATCCTGGCGCGGATTATGGATTTGTCGGGTAACCTGCAGGGATTGCg > 1:3035594/1‑148 (MQ=255) gATAGATCCCCGTTAATATGCCATTTGGCGCAAATTGTTTTTTAATCCACTGCGTCACCTGACCCGTAGCAGAATGCTGAGTCGCCAGTAACATGCGCGAATCCTGGCGCGGATTATGGATTTGTCGGGTAACCTGCAGGGATTGCGt < 2:928559/148‑1 (MQ=255) aTAGATCCCCGTTAATATGCCATTTGGCGCAAATTGTTTTTTAATCCACTGCGTCACCTGACCCGTAGCAGAATGCTGAGTCGCCAGTAACATGCGCGAATCCTGGCGCGGATTATGGATTTGTCGGGTAACCTGCAGGGATTGCGTc > 2:2908630/1‑148 (MQ=255) tAGATCCCCGTTAATATGCCATTTGGCGCAAATTGTTTTTTAATCCACTGCGTCACCTGACCCGTAGCAGAATGCTGAGTCGCCAGTAACATGCGCGAATCCTGGCGCGGATTATGGATTTGTCGGGTAACCTGCAGGGATTGCGTCa < 1:832809/148‑1 (MQ=255) tAGATCCCCGTTAATATGCCATTTGGCGCAAATTGTTTTTTAATCCACTGCGTCACCTGACCCGTAGCAGAATGCTGAGTCGCCAGTAACATGCGCGAATCCTGGCGCGGATTATGGATTTGTCGGGTAACCTGCAGGGATTGCGTCa < 2:825522/148‑1 (MQ=255) tAGATCCCCGTTAATATGCCATTTGGCGCAAATTGTTTTTTAATCCACTGCGTCACCTGACCCGTAGCAGAATGCTGAGTCGCCAGTAACATGCGCGAATCCTGGCGCGGATTATGGATTTGTCGGGTAACCTGCAGGGATTGCGTCa > 2:218741/1‑148 (MQ=255) aGATCCCCGTTAATATGCCATTTGGCGCAAATTGTTTTTTAATCCACTGCGTCACCTGACCCGTAGCAGAATGCTGAGTCGCCAGTAACATGCGCGAATCCTGGCGCGGATTATGGATTTGTCGGGTAACCTGCAGGGATTGCGTCAt > 2:2009877/1‑148 (MQ=255) aGATCCCCGTTAATATGCCATTTGGCGCAAATTGTTTTTTAATCCACTGCGTCACCTGACCCGTAGCAGAATGCTGAGTCGCCAGTAACATGCGCGAATCCTGGCGCGGATTATGGATTTGTCGGGTAACCTGCAGGGATTGCGTCAt < 1:2341241/148‑1 (MQ=255) gATCCCCGTTAATATGCCATTTGGCGCAAATTGTTTTTTAATCCACTGCGTCACCTGACCCGTAGCAGAATGCTGAGTCGCCAGTAACATGCGCGAATCCTGGCGCGGATTATGGATTTGTCGGGTAACCTGCAGGGATTGCGTCATc > 1:2433591/1‑148 (MQ=255) ccccGTTAATATGCCATTTGGCGCAAATTGTTTTTTAATCCACTGCGTCACCTGACCCGTAGCAGAATGCTGAGTCGCCAGTAACATGCGCGAATCCTGGCGCGGATTATGGATTTGTCGGGTAACCTGCAGGGATTGCGTCATCGcc > 2:2006429/1‑148 (MQ=255) ccccGTTAATATGCCATTTGGCGCAAATTGTTTTTTAATCCACTGCGTCACCTGACCCGTAGCAGAATGCTGAGTCGCCAGTAACATGCGCGAATCCTGGCGCGGATTATGGATTTGTCGGGTAACCTGCAGGGATTGCGTCATCGcc < 1:2868877/148‑1 (MQ=255) ccccGTTAATATGCCATTTGGCGCAAATTGTTTTTTAATCCACTGCGTCACCTGACCCGTAGCAGAATGCTGAGTCGCCAGTAACATGCGCGAATCCTGGCGCGGATTATGGATTTGTCGGGTAACCTGCAGGGATTGCGTCATCGcc > 2:340028/1‑148 (MQ=255) cccGTTAATATGCCATTTGGCGCAAATTGTTTTTTAATCCACTGCGTCACCTGACCCGTAGCAGAATGCTGAGTCGCCAGTAACATGCGCGAATCCTGGCGCGGATTATGGATTTGTCGGGTAACCTGCAGGGATTGCGTCATCGCCt > 2:2939635/1‑148 (MQ=255) 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gCCATTTGGCGCAAATTGTTTTTTAATCCACTGCGTCACCTGACCCGTAGCAGAATGCTGAGTCGCCAGTAACATGCGCGAATCCTGGCGCGGATTATGGATTTGTCGGGTAACCTGCAGGGATTGCGTCATCGCCTCACGGACCATg > 2:2515487/1‑148 (MQ=255) cATTTGGCGCAAATTGTTTTTTAATCCACTGCGTCACCTGACCCGTAGCAGAATGCTGAGTCGCCAGTAACATGCGCGAATCCTGGCGCGGATTATGGATTTGTCGGGTAACCTGCAGGGATTGCGTCATCGCCTCACGGACCATGTa < 1:1393164/148‑1 (MQ=255) cATTTGGCGCAAATTGTTTTTTAATCCACTGCGTCACCTGACCCGTAGCAGAATGCTGAGTCGCCAGTAACATGCGCGAATCCTGGCGCGGATTATGGATTTGTCGGGTAACCTGCAGGGATTGCGTCATCGCCTCACGGACCATGTa < 1:344265/148‑1 (MQ=255) cATTTGGCGCAAATTGTTTTTTAATCCACTGCGTCACCTGACCCGTAGCAGAATGCTGAGTCGCCAGTAACATGCGCGAATCCTGGCGCGGATTATGGATTTGTCGGGTAACCTGCAGGGATTGCGTCATCGCCTCACGGACCATGTa < 1:1721804/148‑1 (MQ=255) aTTTGGCGCAAATTGTTTTTTAATCCACTGCGTCACCTGACCCGTAGCAGAATGCTGAGTCGCCAGTAACATGCGCGAATCCTGGCGCGGATTATGGATTTGTCGGGTAACCTGCAGGGATTGCGTCATCGCCTCACGGACCATGTaa < 1:1272003/148‑1 (MQ=255) tttGGCGCAAATTGTTTTTTAATCCACTGCGTCACCTGACCCGTAGCAGAATGCTGAGTCGCCAGTAACATGCGCGAATCCTGGCGCGGATTATGGATTTGTCGGGTAACCTGCAGGGATTGCGTCATCGCCTCACGGACCATGTAAt < 1:1076806/148‑1 (MQ=255) ggCGCAAATTGTTTTTTAATCCACTGCGTCACCTGACCCGTAGCAGAATGCTGAGTCGCCAGTAACATGCGCGAATCCTGGCGCGGATTATGGATTTGTCGGGTAACCAGCAGGGATTGCGTCATCGCCTCACGGACCATGTAATCCg < 1:1205905/148‑1 (MQ=255) cAAATTGTTTTTTAATCCACTGCGTCACCTGACCCGTAGCAGAATGCTGAGTCGCCAGTAACATGCGCGAATCCTGGCGCGGATTATGGATTTGTCGGGTAACCTGCAGGGATTGCGTCATCGCCTCACGGACCATGTAATCCGGCaa > 2:3094224/1‑148 (MQ=255) aaTTGTTTTTTAATCCACTGCGTCACCTGACCCGTAGCAGAATGCTGAGTCGCCAGTAACATGCGCGAATCCTGGCGCGGATTATGGATTTGTCGGGTAACCTGCAGGGATTGCGTCATCGCCTCACGGACCATGTAATCCGGCaaaa > 1:959701/1‑148 (MQ=255) aaTTGTTTTTTAATCCACTGCGTCACCTGACCCGTAGCAGAATGCTGAGTCGCCAGTAACATGCGCGAATCCTGGCGCGGATTATGGATTTGTCGGGTAACCTGCAGGGATTGCGTCATCGCCTCACGGACCATGTAATCCGGCaaaa > 2:841886/1‑148 (MQ=255) 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tGTTTTTTAATCCACTGCGTCACCTGACCCGTAGCAGAATGCTGAGTCGCCAGTAACATGCGCGAATCCTGGCGCGGATTATGGATTTGTCGGGTAACCTGCAGGGATTGCGTCATCGCCTCACGGACCATGTAATCCGGCAAAAAAc < 2:2080170/148‑1 (MQ=255) tttttAATCCACTGCGTCACCTGACCCGTAGCAGAATGCTGAGTCGCCAGTAACATGCGCGAATCCTGGCGCGGATTATGGATTTGTCGGGTAACCTGCAGGGATTGCGTCATCGCCTCACGGACCATGTAATCCGGCAAAAAACCaa > 2:1107322/1‑148 (MQ=255) tttttAATCCACTGCGTCACCTGACCCGTAGCAGAATGCTGAGTCGCCAGTAACATGCGCGAATCCTGGCGCGGATTATGGATTTGTCGGGTAACCTGCAGGGATTGCGTCATCGCCTCACGGACCATGTAATCCGGCAAAAAACCaa < 2:1752582/148‑1 (MQ=255) tttttAATCCACTGCGTCACCTGACCCGTAGCAGAATGCTGAGTCGCCAGTAACATGCGCGAATCCTGGCGCGGATTATGGATTTGTCGGGTAACCTGCAGGGATTGCGTCATCGCCTCACGGACCATGTAATCCGGCAAAAAACCaa < 2:1218958/148‑1 (MQ=255) tAATCCACTGCGTCACCTGACCCGTAGCAGAATGCTGAGTCGCCAGTAACATGCGCGAATCCTGGCGCGGATTATGGATTTGTCGGGTAACCTGCAGGGATTGCGTCATCGCCTCACGGACCATGTAATCCGGCAAAAAACCAATTcc < 2:1723613/148‑1 (MQ=255) 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cGTCACCTGACCCGTAGCAGAATGCTGAGTCGCCAGTAACATGCGCGAATCCTGGCGCGGATTATGGATTTGTCGGGTAACCTGCAGGGATTGCGTCATCGCCTCACGGACCATGTAATCCGGCAAAAAACCAATTCCTTCACCTaaa < 2:342023/148‑1 (MQ=255) gTCACCTGACCCGTAGCAGAATGCTGAGTCGCCAGTAACATGCGCGAATCCTGGCGCGGATTATGGATTTGTCGGGTAACCAGCAGGGATTGCGTCATCGCCTCACGGACCATGTAATCCGGCAAAAAACCAATTCCTTCACCTaaaa < 1:1731944/148‑1 (MQ=255) tCACCTGACCCGTAGCAGAATGCTGAGTCGCCAGTAACATGCGCGAATCCTGGCGCGGATTATGGATTTGTCGGGTAACCTGCAGGGATTGCGTCATCGCCTCACGGACCATGTAATCCGGCAAAAAACCAATTCCTTCACCTAAAAt > 2:2710357/1‑148 (MQ=255) tCACCTGACCCGTAGCAGAATGCTGAGTCGCCAGTAACATGCGCGAATCCTGGCGCGGATTATGGATTTGTCGGGTAACCTGCAGGGATTGCGTCATCGCCTCACGGACCATGTAATCCGGCAAAAAACCAATTCCTTCACCTAAAAt > 2:909623/1‑148 (MQ=255) ccTGACCCGTAGCAGAATGCTGAGTCGCCAGTAACATGCGCGAATCCTGGCGCGGATTATGGATTTGTCGGGTAACCTGCAGGGATTGCGTCATCGCCTCACGGACCATGTAATCCGGCAAAAAACCAATTCCTTCACCTAAAATCTg > 2:2747965/1‑148 (MQ=255) ccTGACCCGTAGCAGAATGCTGAGTCGCCAGTAACATGCGCGAATCCTGGCGCGGATTATGGATTTGTCGGGTAACCTGCAGGGATTGCGTCATCGCCTCACGGACCATGTAATCCGGCAAAAAACCAATTCCTTCACCTAAAATCTg < 1:2678914/148‑1 (MQ=255) ccTGACCCGTAGCAGAATGCTGAGTCGCCAGTAACATGCGCGAATCCTGGCGCGGATTATGGATTTGTCGGGTAACCTGCAGGGATTGCGTCATCGCCTCACGGACCATGTAATCCGGCAAAAAACCAATTCCTTCACCTAAAATCTg < 1:209033/148‑1 (MQ=255) cTGACCCGTAGCAGAATGCTGAGTCGCCAGTAACATGCGCGAATCCTGGCGCGGATTATGGATTTGTCGGGTAACCTGCAGGGATTGCGTCATCGCCTCACGGACCATGTAATCCGGCAAAAAACCAATTCCTTCACCTAAAATCTgg < 1:1351110/148‑1 (MQ=255) tGACCCGTAGCAGAATGCTGAGTCGCCAGTAACATGCGCGAATCCTGGCGCGGATTATGGATTTGTCGGGTAACCTGCAGGGATTGCGTCATCGCCTCACGGACCATGTAATCCGGCAAAAAACCAATTCCTTCACCTAAAATCTGGc < 1:1662531/148‑1 (MQ=255) gACCCGTAGCAGAATGCTGAGTCGCCAGTAACATGCGCGAATCCTGGCGCGGATTATGGATTTGTCGGGTAACCTGCAGGGATTGCGTCATCGCCTCACGGACCATGTAATCCGGCAAAAAACCAATTCCTTCACCTAAAATCTGGCa < 1:2476531/148‑1 (MQ=255) 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aTCCTGGCGCGGATTATGGATTTGTCGGGTAACCTGCAGGGATTGCGTCATCGCCTCACGGACCATGTAATCCGGCAAAAAACCAATTCCTTCACCTAAAATCTGGCACTGACATTTGGTGTTGAAATCTGGCACCAGAATTGACTcc > 2:2536914/1‑148 (MQ=255) tGGCGCGGATTATGGATTTGTCGGGTAACCTGCAGGGATTGCGTCATCGCCTCACGGACCATGTAATCCGGCAAAAAACCAATTCCTTCACCTAAAATCTGGCACTGACATTTGGTGTTGAAATCTGGCACCAGAATTGACTCCTGcc > 2:2283170/1‑148 (MQ=255) gATTATGGATTTGTCGGGTAACCTGCAGGGATTGCGTCATCGCCTCACGGACCATGTAATCCGGCAAAAAACCAATTCCTTCACCTAAAATCTGGCACTGACATTTGGTGTTGAAATCTGGCACCAGAATTGACTCCTGCCCGTgcag > 2:370401/1‑148 (MQ=255) ttATGGATTTGTCGGGTAACCAGCAGGGATTGCGTCATCGCCTCACGGACCATGTAATCCGGCAAAAAACCAATTCCTTCACCTAAAATCTGGCACTGACATTTGGTGTTGAAATCTGGCACCAGAATTGACTCCTGCCCGTgcagca > 1:2605480/1‑148 (MQ=255) tGGATTTGTCGGGTAACCTGCAGGGATTGCGTCATCGCCTCACGGACCATGTAATCCGGCAAAAAACCAATTCCTTCACCTAAAATCTGGCACTGACATTTGGTGTTGAAATCTGGCACCAGAATTGACTCCTGCCCGTGCAGCAAcc > 1:143064/1‑148 (MQ=255) 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ggTAACCTGCAGGGATTGCGTCATCGCCTCACGGACCATGTAATCCGGCAAAAAACCAATTCCTTCACCTAAAATCTGGCACTGACATTTGGTGTTGAAATCTGGCACCAGAATTGACTCCTGCCCGTGCAGCAACCAGCCCACtttt < 1:1301337/148‑1 (MQ=255) ggTAACCTGCAGGGATTGCGTCATCGCCTCACGGACCATGTAATCCGGCAAAAAACCAATTCCTTCACCTAAAATCTGGCACTGACATTTGGTGTTGAAATCTGGCACCAGAATTGACTCCTGCCCGTGCAGCAACCAGCCCACtttt < 1:860395/148‑1 (MQ=255) gTAACCTGCAGGGATTGCGTCATCGCCTCACGGACCATGTAATCCGGCAAAAAACCAATTCCTTCACCTAAACTCTGGCACTGACATTTGGTGTTGAAATCTGGCACCAGAATTGACTCCTGCCCGTGCAGCAACCAGCCCACttttt < 1:1700924/148‑1 (MQ=255) gTAACCTGCAGGGATTGCGTCATCGCCTCACGGACCATGTAATCCGGCAAAAAACCAATTCCTTCACCTAAAATCTGGCACTGACATTTGGTGTTGAAATCTGGCACCAGAATTGACTCCTGCCCGTGCAGCAACCAGCCCACttttt > 1:418445/1‑148 (MQ=255) gTAACCTGCAGGGATTGCGTCATCGCCTCACGGACCATGTAATCCGGCAAAAAACCAATTCCTTCACCTAAAATCTGGCACTGACATTTGGTGTTGAAATCTGGCACCAGAATTGACTCCTGCCCGTGCAGCAACCAGCCCACttttt > 1:2083148/1‑148 (MQ=255) tAACCAGCAGGGATTGCGTCATCGCCTCACGGACCATGTAATCCGGCAAAAAACCAATTCCTTCACCTAAAATCTGGCACTGACATTTGGTGTTGAAATCTGGCACCAGAATTGACTCCTGCCCGTGCAGCAACCAGCCCACtttttt > 1:2849994/1‑148 (MQ=255) | GCAGTAAATCCTGATAGATCCCCGTTAATATGCCATTTGGCGCAAATTGTTTTTTAATCCACTGCGTCACCTGACCCGTAGCAGAATGCTGAGTCGCCAGTAACATGCGCGAATCCTGGCGCGGATTATGGATTTGTCGGGTAACCAGCAGGGATTGCGTCATCGCCTCACGGACCATGTAATCCGGCAAAAAACCAATTCCTTCACCTAAAATCTGGCACTGACATTTGGTGTTGAAATCTGGCACCAGAATTGACTCCTGCCCGTGCAGCAACCAGCCCACTTTTTTA > CP009273/329226‑329515 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |