| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 4,045,302 | G→T | 88.8% | intergenic (+86/‑103) | yihI → / → hemN | activator of Der GTPase/coproporphyrinogen III oxidase, SAM and NAD(P)H dependent, oxygen‑independent |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,045,302 | 0 | G | T | 88.8% | 509.7 / 63.2 | 205 | intergenic (+86/‑103) | yihI/hemN | activator of Der GTPase/coproporphyrinogen III oxidase, SAM and NAD(P)H dependent, oxygen‑independent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (14/9); new base T (99/82); total (114/91) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.59e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.83e-01 | |||||||||||
Only 100 of 209 total aligned reads displayed.
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tgtgGTTATTCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCAACCGGCTGATGACCCGAAACGGGCATCCGCCGGTACGCCGTAGCCGCCAGAGACGCCATCGGAAGGAGTGAGCATGTCTGTACAGCAAATCGAc < 1:1144431/148‑1 (MQ=255) gtgGTTATTCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCAACCGGCTGATGACCCGAAACGGGCATCCGCCGGTACGCCGTAGCCGCCAGAGACGCCATCGGAAGGAGTGAGCATGTCTGTACAGCAAATCGACt < 2:735865/148‑1 (MQ=255) tgGTTATTCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCAACCGGCTGATGACCCGAAACGGGCATCCGCCGGTACGCCGTAGCCGCCAGAGACGCCATCGGAAGGAGTGAGCATGTCTGTACAGCAAATCGACTg > 2:2909910/1‑148 (MQ=255) tgGTTATTCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCAACCGGCTGATGACCCGAAACGGGCATCCGCCGGTACGCCGTAGCCGCCAGAGACGCCATCGGAAGGAGTGAGCATGTCTGTACAGCAAATCGACTg > 2:1260296/1‑148 (MQ=255) ggTTATTCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCAACCGGCTGATGACCCGAAACGGGCATCCGCCGGTACGCCGTAGCCGCCAGAGACTCCATCGGAAGGAGTGAGCATGTCTGTACAGCAAATCGACTgg > 2:1707600/1‑148 (MQ=255) ttATTGTTTAAACTACAGCTGTTGGCGCGGCTACAAATGTGGCTGCGCAACCGGCTGATGACCCGAAACGGGCATCCGCGGGTACGCCGTAGCCGCCAGAGACTCCATCGGATGGTGTGTGCTTGTCTGTACAGCAAATCGACTGGGa < 1:1426816/148‑1 (MQ=255) ttATTCGTTAAACTACAGCGGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCAACCGGCTGATGACCCGAAACGGGCATCCGCCGGTACGCCGTAGCCGCCAGAGACGCCATCGGAAGGAGTGAGCATGTCTGTACAGCAAATCGACTGGGa < 1:525141/148‑1 (MQ=255) tCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCAACCGGCTGATGACCCGAAACGGGCATCCGCCGGTACGCCGTAGCCGCCAGAGACGCCATCGGAAGGAGTGAGCAGGTCTGTACAGCAAATCGACTGGGATCTg > 2:1713330/1‑148 (MQ=255) ttAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCAACCGGCTGATGACCCGAAACGGGCATCCGCCGGTACGCCGTAGCCGCCAGAGACGCCATCGGAAGGAGTGAGCATGTCTGTACAGCAAATCGACTGGGATCTGGcc < 2:3117573/148‑1 (MQ=255) tAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCAACCGGCTGATGACCCGAAACGGGCATCCGCCGGTACGCCGTAGCCGCCAGAGACGCCATCGGAAGGAGTGAGCATGTCTGTACAGCAAATCGACTGGGATCTGGccc < 2:103842/148‑1 (MQ=255) tAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCAACCGGCTGATGACCCGAAACGGGCATCCGCCGGTACGCCGTAGCCGCCAGAGACGCCATCGGAAGGAGTGAGCATGTCTGTACAGCAAATCGACTGGGATCTGGccc > 2:2408332/1‑148 (MQ=255) tAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCGGCGCAACCGGCTGATGACCCGAAACGGGCATCCGCCGGTACGCCGTAGCCGCCAGAGACGCCATCGGAAGGAGTGAGCATGTCTGTACAGCAAATCGACTGGGATCTGGccc < 2:102326/148‑1 (MQ=255) aCTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCAACCGGCTGATGACCCGAAACGGGCATCCGCCGGTACGCCGTAGCCGCCAGAGACGCCATCGGAAGGAGTGAGCATGTCTGTACAGCAAATCGACTGGGATCTGGCCCTGa > 2:1059138/1‑148 (MQ=255) aCTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCAACCGGCTGATGACCCGAAACGGGCATCCGCCGGTACGCCGTAGCCGCCAGAGACGCCATCGGAAGGAGTGAGCATGTCTGTACAGCAAATCGACTGGGATCTGGCCCTGa > 1:2723923/1‑148 (MQ=255) cTACAGCGGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCAACCGGCTGATGACCCGAAACGGGCATCCGCCGGTACGCCGTAGCCGCCAGAGACGCCATCGGAAGGAGTGAGCATGTCTGTACAGCAAATCGACTGGGATCTGGCCCTGAt < 2:3021446/148‑1 (MQ=255) tccAGCTGTTGTCGCGGCGACAAATGTGGCTGCGCAACCGGCTGATGACCCGAAACGGGCATCCGCCGGTACGCCGTAGCCGCCAGAGACGCCATCGGAAGGAGTGAGCATGTCTGTACAGCAAATCGACTGGGATCTGGCCCTGATc < 1:1198272/146‑1 (MQ=255) | GAAGAAGAGGAAGAAGACGAGAAGCAAGAAGACATGATGCGTCTGCTGCGGGGCAACTAACGGATTGCCGCCGTGGGCCTTCCCGTTCTGCTGATAACCCTTCCGGTTATATGTTATCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCGGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCAACCGGCTGATGACCCGAAACGGGCATCCGCCGGTACGCCGTAGCCGCCAGAGACGCCATCGGAAGGAGTGAGCATGTCTGTACAGCAAATCGACTGGGATCTGGCCCTGATC > CP009273/4045157‑4045443 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |