| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 4,105,186 | C→A | 10.2% | D108Y (GAT→TAT) | glpX ← | fructose 1,6‑bisphosphatase II |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,105,186 | 0 | C | A | 10.2% | 609.0 / 31.2 | 176 | D108Y (GAT→TAT) | glpX | fructose 1,6‑bisphosphatase II |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (87/71); new base A (12/6); total (99/77) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.54e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.68e-01 | |||||||||||
Only 100 of 177 total aligned reads displayed.
TTCGCTCAACGGTTTGCCGAGCGCCGCCGCTACATTGCGCAGGTTATCCGCCAGCGGCAGGTTCAGATCAATGGTGCCTTTGGCTCCCGGCCCGACAATCAGCTTCTCCATATACATATCCGGCGCATTGAGGAAGCAGCCTTTATCGCCTACTGCCAGCACCGCCAGCGCGTTAGCCTGGCCCATCGCCGTCATGCGCGTGCCTTCAATCGGATCAACAGCAATATCTACCGCGTCGCCGCGACCAGTACCGACTTTTTCACCAATGTAGAGCATCGGTGCTTCGTCGATTTC > CP009273/4105040‑4105333 | ttCGCTCAACGGTTTGCCGAGCGCCGCCGCTACATTGCGCAGGTTATCCGCCAGCGGCAGGTTCAGATCAATGGTGCCTTTGGCTCCCGGCCCGACAATCAGCTTCTCCATATACATATCCGGCGCATTGAGGAAGCAGCCTTTATCg > 1:2773546/1‑148 (MQ=255) tCGCTCAACGGTTTGCCGAGCGCCGCCGCTACATTGCGCAGGTTATCCGCCAGCGGCAGGTTCAGATCAATGGTGCCTTTGGCTCCCGGCCCGACAATCAGCTTCTCCATATACATATCCGGCGCATTGAGGAAGCAGCCTTTATCGc > 1:2012666/1‑148 (MQ=255) cAACGGTTTGCCGAGCGCCGCCGCTACATTGCGCAGGTTATCCGCCAGCGGCAGGTTCAGATCAATGGTGCCTTTGGCTCCCGGCCCGACAATCAGCTTCTCCATATACATATCCGGCGCATTGAGGAAGCAGCCTTTATCGCCTACt > 2:791676/1‑148 (MQ=255) aCGGTTTGCCGAGCGCCGCCGCTACATTGCGCAGGTTATCCGCCAGCGGCAGGTTCAGATCAATGGTGCCTTTGGCTCCCGGCCCGACAATCAGCTTCTCCATATACATATCCGGCGCATTGAGGAAGCAGCCTTTATCGCCTACTGc < 1:34945/148‑1 (MQ=255) gTTTGCCGAGCGCCGCCGCTACATTGCGCAGGTTATCCGCCAGCGGCAGGTTCAGATCAATGGTGCCTTTGGCTCCCGGCCCGACAATCAGCTTCTCCATATACATATCCGGCGCATTGAGGAAGCAGCCTTTATCGCCTACTGCCAg > 2:233991/1‑148 (MQ=255) ttGCCGAGCGCCGCCGCTACATTGCGCAGGTTATCCGCCAGCGGCAGGTTCAGATCAATGGTGCCTTTGGCTCCCGGCCCGACAATCAGCTTCTCCATATACATATCCGGCGCATTGAGGAAGCAGCCTTTATCGCCTACTGCCAGCa > 1:2195567/1‑148 (MQ=255) cGAGCGCCGCCGCTACATTGCGCAGGTTATCCGCCAGCGGCAGGTTCAGATCAATGGTGCCTTTGGCTCCCGGCCCGACAATCAGCTTCTCCATATACATATCCGGCGCATTGAGGAAGCAGCCTTTATCGCCTACTGCCAGCACCGc < 2:303983/148‑1 (MQ=255) aGCGCCGCCGCTACATTGCGCAGGTTATCCGCCAGCGGCAGGTTCAGATCAATGGTGCCTTTGGCTCCCGGCCCGACAATCAGCTTCTCCATATACATATCCGGCGCATTGAGGAAGCAGCCTTTATCGCCTACTGCCAGCACCGCCa > 1:630371/1‑148 (MQ=255) gccgccgcTACATTGCGCAGGTTATCCGCCAGCGGCAGGTTCAGATCAATGGTGCCTTTGGCTCCCGGCCCGACAATCAGCTTCTCCATATACATATCCGGCGCATTGAGGAAGCAGCCTTTATCGCCTACTGCCAGCACCGCCAgcg < 1:939546/148‑1 (MQ=255) gccgccgcTACATTGCGCAGGTTATCCGCCAGCGGCAGGTTCAGATCAATGGTGCCTTTGGCTCCCGGCCCGACAATCAGCTTCTCCATATACATATCCGGCGCATTGAGGAAGCAGCCTTTATCGCCTACTGCCAGCACCGCCAgcg < 1:882457/148‑1 (MQ=255) gccgccgcTACATTGCGCAGGTTATCCGCCAGCGGCAGGTTCAGATCAATGGTGCCTTTGGCTCCCGGCCCGACAATCAGCTTCTCCATATACATATCCGGCGCATTGAGGAAGCAGCCTTTATCGCCTACTGCCAGCACCGCCAgcg < 1:658611/148‑1 (MQ=255) gccgccgcTACATTGCGCAGGTTATCCGCCAGCGGCAGGTTCAGATCAATGGTGCCTTTGGCTCCCGGCCCGACAATCAGCTTCTCCATATACATATCCGGCGCATTGAGGAAGCAGCCTTTATCGCCTACTGCCAGCACCGCCAgcg < 1:3253058/148‑1 (MQ=255) cgccgcTACATTGCGCAGGTTATCCGCCAGCGGCAGGTTCAGATCAATGGTGCCTTTGGCTCCCGGCCCGACAATCAGCTTCTCCATATACATATCCGGCGCATTGAGGAAGCAGCCTTTATCGCCTACTGCCAGCACCGCCAGcgcg < 1:1490431/148‑1 (MQ=255) ccgcTACATTGCGCAGGTTATCCGCCAGCGGCAGGTTCAGATCAATGGTGCCTTTGGCTCCCGGCCCGACAATCAGCTTCTCCATATACATATCCGGCGCATTGAGGAAGCAGCCTTTATCGCCTACTGCCAGCACCGCCAGCGCGtt > 2:3250323/1‑148 (MQ=255) 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cATTGAGGAAGCAGCCTTTATCGCCTACTGCCAGCACCGCCAGCGCGTTAGCCTGGCCCATCGCCGTCATGCGCGTGCCTTCAATCGGATCAACAGCAATATCTACCGCGTCGCCGCGACCAGTACCGACTTTTTCACCAATGTagag < 1:1330101/148‑1 (MQ=255) ttGAGGAAGCAGCCTTTATCGCCTACTGCCAGCACCGCCAGCGCGTTAGCCTGGCCCATCGCCGTCATGCGCGTGCCTTCAATCGGATCAACAGCAATATCTACCGCGTCGCCGCGACCAGTACCGACTTTTTCACCAATGTAGAGCa > 1:3157625/1‑148 (MQ=255) ttGAGGAAGCAGCCTTTATCGCCTACTGCCAGCACCGCCAGCGCGTTAGCCTGGCCCATCGCCGTCATGCGCGTGCCTTCAATCGGATCAACAGCAATATCTACCGCGTCGCCGCGACCAGTACCGACTTTTTCACCAATGTAGAGCa > 2:1333175/1‑148 (MQ=255) tGAGGAAGCAGCCTTTATCGCCTACTGCCAGCACCGCCAGCGCGTTAGCCTGGCCCATCGCCGTCATGCGCGTGCCTTCAATCGGATCAACAGCAATATCTACCGCGTCGCCGCGACCAGTACCGACTTTTTCACCAATGTAGAGCAt > 2:971889/1‑148 (MQ=255) tGAGGAAGCAGCCTTTATCGCCTACTGCCAGCACCGCCAGCGCGTTAGCCTGGCCCATCGCCGTCATGCGCGTGCCTTCAATCGGATCAACAGCAATATCTACCGCGTCGCCGCGACCAGTACCGACTTTTTCACCAATGTAGAGCAt < 1:216915/148‑1 (MQ=255) 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gcagcCTTTATCGCCTACTGCCAGCACCGCCAGCGCGTTAGCCTGGCCCATCGCCGTCATGCGCGTGCCTTCAATCGGATCAACAGCAATATCTACCGCGTCGCCGCGACCAGTACCGACTTTTTCACCAATGTAGAGCATCGGTGCt < 2:2814835/148‑1 (MQ=255) gcagcCTTTATCGCCTACTGCCAGCACCGCCAGCGCGTTAGCCTGGCCCATCGCCGTCATGCGCGTGCCTTCAATCGGATCAACAGCAATATCTACCGCGTCGCCGCGACCAGTACCGACTTTTTCACCAATGTAGAGCATCGGTGCt > 1:3131584/1‑148 (MQ=255) gcCTTTATCGCCTACTGCCAGCACCGCCAGCGCGTTAGCCTGGCCCATCGCCGTCATGCGCGTGCCTTCAATCGGATCAACAGCAATATCTACCGCGTCGCCGCGACCAGTACCGACTTTTTCACCAATGTAGAGCATCGGTGCTtcg > 1:1781064/1‑148 (MQ=255) ccTTTATCGCCTACTGCCAGCACCGCCAGCGCGTTAGCCTGGCCCATCGCCGTCATGCGCGTGCCTTCAATCGGATCAACAGCAATATCTACCGCGTCGCCGCGACCAGTACCGACTTTTTCACCAATGTAGAGCATCGGTGCTtcgt < 1:292650/148‑1 (MQ=255) ccTTTATCGCCTACTGCCAGCACCGCCAGCGCGTTAGCCTGGCCCATCGCCGTCATGCGCGTGCCTTCAATCGGATCAACAGCAATATCTACCGCGTCGCCGCGACCAGTACCGACTTTTTCACCAATGTAGAGCATCGGTGCTtcgt < 1:2561279/148‑1 (MQ=255) ccTTTATAGCCTACTGCCAGCACCGCCAGCGCGTTAGCCTGGCCCATCGCCGTCATGCGCGTGCCTTCAATCGGATCAACAGCAATATCTACCGCGTCGCCGCGACCAGTACCGACTTTTTCACCAATGTAGAGCATCGGTGCTtcgt < 2:3204764/148‑1 (MQ=255) tCGCCTACTGCCAGCACCGCCAGCGCGTTAGTCTGGCCCATCGCCGTCATGCGCGTGCCTTCAATCGGATCAACAGCAATATCTACCGCGTCGCCGCGACCAGTACCGACTTTTTCACCAATGTAGAGCATCGGTGCTTCGTCGAttt > 2:1960110/1‑148 (MQ=255) tCGCCTACTGCCAGCACCGCCAGCGCGTTAGCCTGGCCCATCGCCGTCATGCGCGTGCCTTCAATCGGATCAACAGCAATATCTACCGCGTCGCCGCGACCAGTACCGACTTTTTCACCAATGTAGAGCATCGGTGCTTCGTCGAttt < 1:248181/148‑1 (MQ=255) tCGCCTACTGCCAGCACCGCCAGCGCGTTAGCCTGGCCCATCGCCGTCATGCGCGTGCCTTCAATCGGATCAACAGCAATATCTACCGCGTCGCCGCGACCAGTACCGACTTTTTCACCAATGTAGAGCATCGGTGCTTCGTCGAttt < 2:948330/148‑1 (MQ=255) tCGCCTACTGCCAGCACCGCCAGCGCGTTAGCCTGGCCCATCGCCGTCATGCGCGTGCCTTCAATCGGATCAACAGCAATATCTACCGCGTCGCCGCGACCAGTACCGACTTTTTCACCAATGTAGAGCATCGGTGCTTCGTCGAttt < 2:948353/148‑1 (MQ=255) cGCCTACTGCCAGCACCGCCAGCGCGTTAGCCTGGCCCATCGCCGTCATGCGCGTGCCTTCAATCGGATCAACAGCAATATCTACCGCGTCGCCGCGACCAGTACCGACTTTTTCACCAATGTAGAGCATCGGTGCTTCGTCGATttc < 2:1343448/148‑1 (MQ=255) | TTCGCTCAACGGTTTGCCGAGCGCCGCCGCTACATTGCGCAGGTTATCCGCCAGCGGCAGGTTCAGATCAATGGTGCCTTTGGCTCCCGGCCCGACAATCAGCTTCTCCATATACATATCCGGCGCATTGAGGAAGCAGCCTTTATCGCCTACTGCCAGCACCGCCAGCGCGTTAGCCTGGCCCATCGCCGTCATGCGCGTGCCTTCAATCGGATCAACAGCAATATCTACCGCGTCGCCGCGACCAGTACCGACTTTTTCACCAATGTAGAGCATCGGTGCTTCGTCGATTTC > CP009273/4105040‑4105333 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |