| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 4,109,426 | T→A | 14.3% | E284D (GAA→GAT) | menA ← | 1,4‑dihydroxy‑2‑naphthoate octaprenyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,109,426 | 0 | T | A | 14.3% | 598.9 / 79.6 | 216 | E284D (GAA→GAT) | menA | 1,4‑dihydroxy‑2‑naphthoate octaprenyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (101/84); new base A (20/11); total (121/95) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.34e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.37e-01 | |||||||||||
Only 100 of 219 total aligned reads displayed.
GCGAGAATTTTCAGTATATCGCGCTATGTGGGCTGTTGGCAAAATCATCAATTGTTAATTGATATTTGTCAGTTATGCTGCCCACTGGCTTAGGAATATCCCTAAAACAAACAGCAGGTTAGTCAGTAACGCTCCCTTGACAGTACGTTCCAGCATTGGTCGCATCGCCACCGGGTCCATTTCCCGCATCACATAACGGGCTTGCTTCACCAGTAATGGTGCCGCCAGCAGGAACAGCCAGCCCCACAGGCTATGCAGCGAAAAGAGATTAAACAGCGCCAGACACACCAGCGA > CP009273/4109279‑4109572 | gcGAGAATTTTCAGTATATCGCGCTATGTGGGCTGTTGGCAAAATCATCAATTGTTAATTGATATTTGTCAGTTATGCTGCCCACTGGCTTAGGAATATCCCTAAAACAAACAGCAGGTTAGTCAGTAACGCTCCCTTGACAGTACGt < 1:923889/148‑1 (MQ=255) gagaATTTTCAGTATATCGCGCTATGTGGGCTGTTGGCAAAATCATCAATTGTTAATTGATATTTGTCAGTTATGCTGCCCACTGGCTTAGGAATATCCCTAAAACAAACAGCAGGTTAGTCAGTAACGCTCCCTTGACAGTACGTTc < 1:1993480/148‑1 (MQ=255) gaATTTTCAGTATATCGCGCTATGTGGGCTGTTGGCAAAATCATCAATTGTTAATTGATATTTGTCAGTTATGCTGCCCACTGGCTTAGGAATATCCCTAAAACAAACAGCAGGTTAGTCAGTAACGCTCCCTTGACAGTACGTTCCa > 1:2340207/1‑148 (MQ=255) aaTTTTCAGTATATCGCGCTATGTGGGCTGTTGGCAAAATCATCAATTGTTAATTGATATTTGTCAGTTATGCTGCCCACTGGCTTAGGAATATCCCTAAAACAAACAGCAGGTTAGTCAGTAACGCTCCCTTGACAGTACGTTCCAg 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |