| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 4,142,718 | C→A | 7.8% | V103V (GTG→GTT) | ppc ← | phosphoenolpyruvate carboxylase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,142,718 | 0 | C | A | 7.8% | 707.8 / 21.1 | 192 | V103V (GTG→GTT) | ppc | phosphoenolpyruvate carboxylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (102/74); new base A (7/9); total (109/83) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.01e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 193 total aligned reads displayed.
ACCATTTTGTGGATCAGTGTACGACGGGTAATTTCGGTTGGGTGAGCCGTGAGGACCAGTTCCAGCGACAGCGATTCCACTGCTTTTTTGATGGTGTCTTCGCTCAGTTCCGGCTGGTTTTTCAGTTTACGCAGGGTGCGGGCGATCACTTCCGGGTTGCTGGCAGCTTCGCCTTTCGGCGAAATGCTGTGGTATTGCTCGGCGGTGTTGGCCAGGTTCAGGAACTGACTAAACGCACGCGCAACGGGCAGCAGCTCGTCGTTCGACAAATTTTGTAAGGTGGTGAGCAACTCC > CP009273/4142572‑4142865 | ttttGTGGATCAGTGTACGACGGGTAATTTCGGTTGGGTGAGCCGTGAGGACCAGTTCCAGCGACAGCGATTCCACTGCTTTTTTGATGGTGTCTTCGCTCAGTTCCGGCTGGTTTTTCAGTTTACGCAGGGTGCGGGCGATCACTTc > 1:552166/1‑148 (MQ=255) ttttGTGGATCAGTGTACGACGGGTAATTTCGGTTGGGTGAGCCGTGAGGACCAGTTCCAGCGACAGCGATTCCACTGCTTTTTTGATGGTGTCTTCGCTCAGTTCCGGCTGGTTTTTCAGTTTACGCAGGGTGCGGGCGATCACTTc > 2:2727676/1‑148 (MQ=255) ttttGTGGATCAGTGTACGACGGGTAATTTCGGTTGGGTGAGCCGTGAGGACCAGTTCCAGCGACAGCGATTCCACTGCTTTTTTGATGGTGTCTTCGCTCAGTTCCGGCTGGTTTTTCAGTTTACGCAGGGTGCGGGCGATCACTTc > 1:3135048/1‑148 (MQ=255) tttGTGGATCAGTGTACGACGGGTAATTTCGGTTGGGTGAGCCGTGAGGACCAGTTCCAGCGACAGCGATTCCACTGCTTTTTTGATGGTGTCTTCGCTCAGTTCCGGCTGGTTTTTCAGTTTACGCAGGGTGCGGGCGATCACTTcc 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cACTTCCGGGTTGCTGGCAGCTTCGCCTTTCGGCGAAATGCTGTGGTATTGCTCGGCGGTGTTGGCCAGGTTCAGGAACTGACTAAACGCACGCGCAACGGGCAGCAGCTCGTCGTTCGACAAATTTTGTAAGGTGGTGAGCAACTcc < 2:376359/148‑1 (MQ=255) | ACCATTTTGTGGATCAGTGTACGACGGGTAATTTCGGTTGGGTGAGCCGTGAGGACCAGTTCCAGCGACAGCGATTCCACTGCTTTTTTGATGGTGTCTTCGCTCAGTTCCGGCTGGTTTTTCAGTTTACGCAGGGTGCGGGCGATCACTTCCGGGTTGCTGGCAGCTTCGCCTTTCGGCGAAATGCTGTGGTATTGCTCGGCGGTGTTGGCCAGGTTCAGGAACTGACTAAACGCACGCGCAACGGGCAGCAGCTCGTCGTTCGACAAATTTTGTAAGGTGGTGAGCAACTCC > CP009273/4142572‑4142865 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |