| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 4,163,303 | C→A | 14.3% | I98I (ATC→ATA) | birA → | bifunctional biotin‑[acetylCoA carboxylase] holoenzyme synthetase/ DNA‑binding transcriptional repressor, bio‑5'‑AMP‑binding |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP009273 | 4,163,303 | 0 | C | A | 14.3% | 574.9 / 50.3 | 181 | I98I (ATC→ATA) | birA | bifunctional biotin‑[acetylCoA carboxylase] holoenzyme synthetase/ DNA‑binding transcriptional repressor, bio‑5'‑AMP‑binding |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (83/72); new base A (11/15); total (94/87) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.99e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 182 total aligned reads displayed.
TGTCTTTACCGTTCCGGGTAAAGGATACAGCCTGCCTGAGCCTATCCAGTTACTTAATGCTAAACAGATATTGGGTCAGCTGGATGGCGGTAGTGTAGCCGTGCTGCCAGTGATTGACTCCACGAATCAGTACCTTCTTGATCGTATCGGAGAGCTTAAATCGGGCGATGCTTGCATTGCAGAATACCAGCAGGCTGGCCGTGGTCGCCGGGGTCGGAAATGGTTTTCGCCTTTTGGCGCAAACTTATATTTGTCGATGTTCTGGCGTCTGGAACAAGGCCCGGCGGCGGCGA > CP009273/4163156‑4163448 | tGTCTTTACCGTTCCGGGTAAAGGATACAGCCTGCCTGAGCCTATCCAGTTACTTAATGCTAAACAGATATTGGGTCAGCTGGATGGCGGTAGTGTAGCCGTGCTGCCAGTGATTGACTCCACGAATCAGTACCTTCTTGATCGTATc > 2:2238944/1‑148 (MQ=255) gTCTTTACCGTTCCGGGTAAAGGATACAGCCTGCCTGAGCCTATCCAGTTACTTAATGCTAAACAGATATTGGGTCAGCTGGATGGCGGTAGTGTAGCCGTGCTGCCAGTGATTGACTCCACGAATCAGTACCTTCTTGATCGTATCg > 2:1053809/1‑148 (MQ=255) gTCTTTACCGTTCCGGGTAAAGGATACAGCCTGCCTGAGCCTATCCAGTTACTTAATGCTAAACAGATATTGGGTCAGCTGGATGGCGGTAGTGTAGCCGTGCTGCCAGTGATTGACTCCACGAATCAGTACCTTCTTGATCGTATCg > 2:1619723/1‑148 (MQ=255) cTTTACCGTTCCGGGTAAAGGATACAGCCTGCCTGAGCCTATCCAGTTACTTAATGCTAAACAGATATTGGGTCAGCTGGATGGCGGTAGTGTAGCCGTGCTGCCAGTGATTGACTCCACGAATCAGTACCTTCTTGATCGTATCGga 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cTCCACGAATCAGTACCTTCTTGATCGTATCGGAGAGCTTAAATCGGGCGATGCTTGCATTGCAGAATACCAGCAGGCTGGCCGTGGTCGCCGGGGTCGGAAATGGTTTTCGCCTTTTGGCGCAAACTTATATTTGTCGATGTTCTgg > 1:3230990/1‑148 (MQ=255) ccACGAATCAGTACCTTCTTGATCGTATCGGAGAGCTTAAATCGGGCGATGCTTGCATTGCAGAATACCAGCAGGCTGGCCGTGGTCGCCGGGGTCGGAAATGGTTTTCGCCTTTTGGCGCAAACTTATATTTGTCGATGTTCTGGCg > 1:1158615/1‑148 (MQ=255) tCAGTACCTTCTTGATCGTATCGGAGAGCTTAAATCGGGCGATGCTTGCATTGCAGAATACCAGCAGGCTGGCCGTGGTCGCCGGGGTCGGAAATGGTTTTCGCCTTTTGGCGCAAACTTATATTTGTCGATGTTCTGGCGTCTGGaa > 1:1587907/1‑148 (MQ=255) tACCTTCTTGATCGTATCGGAGAGCTTAAATCGGGCGATGCTTGCATTGCAGAATACCAGCAGGCTGGCCGTGGTCGCCGGGGTCGGAAATGGTTTTCGCCTTTTGGCGCAAACTTATATTTGTCGATGTTCTGGCGTCTGGAACAAg > 2:95111/1‑148 (MQ=255) tACCTTCTTGATCGTATCGGAGAGCTTAAATCGGGCGATGCTTGCATTGCAGAATACCAGCAGGCTGGCCGTGGTCGCCGGGGTCGGAAATGGTTTTCGCCTTTTGGCGCAAACTTATATTTGTCGATGTTCTGGCGTCTGGAACAAg > 1:3217504/1‑148 (MQ=255) tACCTTCTTGATCGTATCGGAGAGCTTAAATCGGGCGATGCTTGCATTGCAGAATACCAGCAGGCTGGCCGTGGTCGCCGGGGTCGGAAATGGTTTTCGCCTTTTGGCGCAAACTTATATTTGTCGATGTTCTGGCGTCTGGAACAAg > 1:1045357/1‑148 (MQ=255) aCCTTCTTGATCGTATCGGAGAGCTTAAATCGGGCGATGCTTGCATTGCAGAATACCAGCAGGCTGGCCGTGGTCGCCGGGGTCGGAAATGGTTTTCGCCTTTTGGCGCAAACTTATATTTGTCGATGTTCTGGCGTCTGGAACAAgg < 2:841245/148‑1 (MQ=255) cttcttGATCGTATCGGAGAGCTTAAATCGGGCGATGCTTGCATTGCAGAATACCAGCAGGCTGGCCGTGGTCGCCGGGGTCGGAAATGGTTTTCGCCTTTTGGCGCAAACTTATATTTGTCGATGTTCTGGCGTCTGGAACAAGGcc > 2:1165109/1‑148 (MQ=255) cttcttGATCGTATCGGAGAGCTTAAATCGGGCGATGCTTGCATTGCAGAATACCAGCAGGCTGGCCGTGGTCGCCGGGGTCGGAAATGGTTTTCGCCTTTTGGCGCAAACTTATATTTGTCGATGTTCTGGCGTCTGGAACAAGGcc < 1:1872614/148‑1 (MQ=255) cttcttGATCGTATCGGAGAGCTTAAATCGGGCGATGCTTGCATTGCAGAATACCAGCAGGCTGGCCGTGGTCGCCGGGGTCGGAAATGGTTTTAGCCTGTTGGCGCAAACTTATATTTGTCGATGTTCTGGCGTCTGTAACAAGGcc > 1:2626540/1‑148 (MQ=255) ttcttGATCGTATCGGAGAGCTTAAATCGGGCGATGCTTGCATTGCAGAATACCAGCAGGCTGGCCGTGGTCGCCGGGGTCGGAAATGGTTTTCGCCTTTTGGCGCAAACTTATATTTGTCGATGTTCTGGCGTCTGGAACAAGGccc > 1:767838/1‑148 (MQ=255) aTCGTATCGGAGAGCTTAAATCGGGCGATGCTTGCATTGCAGAATACCAGCAGGCTGGCCGTGGTCGCCGGGGTCGGAAATGGTTTTCGCCTTTTGGCGCAAACTTATATTTGTCGATGTTCTGGCGTCTGGAACAAGGCCcggcggc > 2:500503/1‑148 (MQ=255) tCGTATCGGAGAGCTTAAATCGGGCGATGCTTGCATTGCAGAATACCAGCAGGCTGGCCGTGGTCGCCGGGGTCGGAAATGGTTTTCGCCTTTTGGCGCAAACTTATATTTGTCGATGTTCTGGCGTCTGGAACAAGGCCcggcggcg > 2:2888521/1‑148 (MQ=255) tCGTATCGGAGAGCTTAAATCGGGCGATGCTTGCATTGCAGAATACCAGCAGGCTGGCCGTGGTCGCCGGGGTCGGAAATGGTTTTCGCCTTTTGGCGCAAACTTATATTTGTCGATGTTCTGGCGTCTGGAACAAGGCCcggcggcg > 1:367069/1‑148 (MQ=255) cGTATCGCAGAGCTTAAATCGGGCGATGCTTGCATTGCAGAATACCAGCAGGCTGGCCGTGGTCGCCGGGGTCGGAAATGGTTTTCGCCTTTTGGCGCAAACTTATATTTGTCGATGTTCTGGCGTCTGGAACAAGGCCcggcggcgg > 2:219693/1‑148 (MQ=255) aTCGGAGAGCTTAAATCGGGCGATGCTTGCATTGCAGAATACCAGCAGGCTGGCCGTGGTCGCCGGGGTCGGAAATGGTTTTCGCCTTTTGGCGCAAACTTATATTTGTCGATGTTCTGGCGTCTGGAACAAGGCCCGGCGGCGGCGa < 1:3084943/148‑1 (MQ=255) | TGTCTTTACCGTTCCGGGTAAAGGATACAGCCTGCCTGAGCCTATCCAGTTACTTAATGCTAAACAGATATTGGGTCAGCTGGATGGCGGTAGTGTAGCCGTGCTGCCAGTGATTGACTCCACGAATCAGTACCTTCTTGATCGTATCGGAGAGCTTAAATCGGGCGATGCTTGCATTGCAGAATACCAGCAGGCTGGCCGTGGTCGCCGGGGTCGGAAATGGTTTTCGCCTTTTGGCGCAAACTTATATTTGTCGATGTTCTGGCGTCTGGAACAAGGCCCGGCGGCGGCGA > CP009273/4163156‑4163448 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |