| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 4,166,017 | A→T | 19.0% | Q49L (CAG→CTG) | tufB → | translation elongation factor EF‑Tu 2 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,166,017 | 0 | A | T | 19.0% | 502.7 / 112.6 | 211 | Q49L (CAG→CTG) | tufB | translation elongation factor EF‑Tu 2 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (87/84); new base T (15/25); total (102/109) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.60e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.11e-01 | |||||||||||
Only 100 of 213 total aligned reads displayed.
GATGTCTAAAGAAAAGTTTGAACGTACAAAACCGCACGTTAACGTCGGTACTATCGGCCACGTTGACCATGGTAAAACAACGCTGACCGCTGCAATCACTACCGTACTGGCTAAAACCTACGGCGGTGCTGCTCGCGCATTCGACCAGATCGATAACGCGCCGGAAGAAAAAGCTCGTGGTATCACCATCAACACTTCTCACGTTGAATACGACACCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGACTGCCCGGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCGCA > CP009273/4165871‑4166164 | aTGTCTAAAGAAAAGTTTGAACGTACAAAACCGCACGTTAACGTCGGTACTATCGGCCACGTTGACCATGGTAAAACAACGCTGACCGCTGCAATCACTACCGTACTGGCTAAAACCTACGGCGGTGCTGCTCGCGCATTCGACCAGa > 1:438046/1‑148 (MQ=255) aTGTCTAAAGAAAAGTTTGAACGTACAAAACCGCACGTTAACGTCGGTACTATCGGCCACGTTGACCATGGTAAAACAACGCTGACCGCTGCAATCACTACCGTACTGGCTAAAACCTACGGCGGTGCTGCTCGCGCATTCGACCAGa > 2:2096470/1‑148 (MQ=255) aTGTCTAAAGAAAAGTTTGAACGTACAAAACCGCACGTTAACGTCGGTACTATCGGCCACGTTGACCATGGTAAAACAACGCTGACCGCTGCAATCACTACCGTACTGGCTAAAACCTACGGCGGTGCTGCTCGCGCATTCGACCAGa > 1:1288414/1‑148 (MQ=255) aTGTCTAAAGAAAAGTTTGAACGTACAAAACCGCACGTTAACGTCGGTACTATCGGCCACGTTGACCATGGTAAAACAACGCTGACCGCTGCAATCACTACCGTACTGGCTAAAACCTACGGCGGTGCTGCTCGCGCATTCGACCAGa > 2:1562595/1‑148 (MQ=255) tCTAAAGAAAAGTTTGAACGTACAAAACCGCACGTTAACGTCGGTACTATCGGCCACGTTGACCATGGTAAAACAACGCTGACCGCTGCAATCACTACCGTACTGGCTAAAACCTACGGCGGTGCTGCTCGCGCATTCGACCAGATCg > 2:1653970/1‑148 (MQ=255) cTAAAGAAAAGTTTGAACGTACAAAACCGCACGTTAACGTCGGTACTATCGGCCACGTTGACCATGGTAAAACAACGCTGACCGCTGCAATCACTACCGTACTGGCTAAAACCTACGGCGGTGCTGCTCGCGCATTCGACCAGATCGa < 1:46057/148‑1 (MQ=255) aaaGAAAAGTTTGAACGTACAAAACCGCACGTTAACGTCGGTACTATCGGCCACGTTGACCATGGTAAAACAACGCTGACCGCTGCAATCACTACCGTACTGGCTAAAACCTACGGCGGTGCTGCTCGCGCATTCGACCTGATCGATa > 2:2500097/1‑148 (MQ=255) aaaGAAAAGTTTGAACGTACAAAACCGCACGTTAACGTCGGTACTATCGGCCACGTTGACCATGGTAAAACAACGCTGACCGCTGCAATCACTACCGTACTGGCTAAAACCTACGGCGGTGCTGCTCGCGCATTCGACCAGATCGATa < 1:814595/148‑1 (MQ=255) aaGAAAAGTTTGAACGTACAAAACCGCACGTTAACGTCGGTACTATCGGCCACGTTGACCATGGTAAAACAACGCTGACCGCTGCAATCACTACCGTACTGGCTAAAACCTACGGCGGTGCTGCTCGCGCATTCGACCAGATCGATaa < 1:3130552/148‑1 (MQ=255) gAAAAGTTTGAACGTACAAAACCGCACGTTAACGTCGGTACTATCGGCCACGTTGACCATGGTAAAACAACGCTGACCGCTGCAATCACTACCGTACTGGCTAAAACCTACGGCGGTGCTGCTCGCGCATTCGACCTGATCGATAAcg > 1:1542842/1‑148 (MQ=255) gAAAAGTTTGAACGTACAAAACCGCACGTTAACGTCGGTACTATCGGCCACGTTGACCATGGTAAAACAACGCTGACCGCTGCAATCACTACCGTACTGGCTAAAACCTACGGCGGTGCTGCTCGCGCATTCGACCAGATCGATAAcg < 1:1337387/148‑1 (MQ=255) gAAAAGTTTGAACGTACAAAACCGCACGTTAACGTCGGTACTATCGGCCACGTTGACCATGGTAAAACAACGCTGACCGCTGCAATCACTACCGTACTGGCTAAAACCTACGGCGGTGCTGCTCGCGCATTCGACCAGATCGATAAcg < 1:2608138/148‑1 (MQ=255) aaaGTTTGAACGTACAAAACCGCACGTTAACGTCGGTACTATCGGCCACGTTGACCATGGTAAAACAACGCTGACCGCTGCAATCACTACCGTACTGGCTAAAACCTACGGCGGTGCTGCTCGCGCATTCGACCAGATCGATAAcgcg > 2:2260605/1‑148 (MQ=255) aaaGTTTGAACGTACAAAACCGCACGTTAACGTCGGTACTATCGGCCACGTTGACCATGGTAAAACAACGCTGACCGCTGCAATCACTACCGTACTGGCTAAAACCTACGGCGGTGCTGCTCGCGCATTCGACCAGATCGATAAcgcg > 1:1383220/1‑148 (MQ=255) aaCGTACAAAACCGCACGTTAACGTCGGTACTATCGGCCACGTTGACCATGGTAAAACAACGCTGACCGCTGCAATCACTACCGTACTGGCTAAAACCTACGGCGGTGCTGCTCGCGCATTCGACCAGATCGATAACGCGCCGgaaga > 1:3222445/1‑148 (MQ=255) cGTACAAAACCGCACGTTAACGTCGGTACTATCGGCCACGTTGACCATGGTAAAACAACGCTGACCGCTGCAATCACTACCGTACTGGCTAAAACCTACGGCGGTGCTGCTCGCGCATTCGACCAGATCGATAACGCGCCGGAAGaaa < 1:1728132/148‑1 (MQ=255) gTACAAAACCGCACGTTAACGTCGGTACTATCGGCCACGTTGACCATGGTAAAACAACGCTGACCGCTGCAATCACTACCGTACTGGCTAAAACCTACGGCGGTGCTGCTCGCGCATTCGACCAGATCGATAACGTGCCGGAAGaaaa < 1:932945/148‑1 (MQ=255) tACAAAACCGCACGTTAACGTCGGTACTATCGGCCACGTTGACCATGGTAAAACAACGCTGACCGCTGCAATCACTACCGTACTGGCTAAAACCTACGGCGGTGCTGCTCGCGCATTCGACCAGATCGATAACGCGCCGGAAGaaaaa > 2:2203102/1‑148 (MQ=255) tACAAAACCGCACGTTAACGTCGGTACTATCGGCCACGTTGACCATGGTAAAACAACGCTGACCGCTGCAATCACTACCGTACTGGCTAAAACCTACGGCGGTGCTGCTCGCGCATTCGACCAGATCGATAACGCGCCGGAAGaaaaa < 2:2299117/148‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |