| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 4,225,741 | G→T | 89.1% | intergenic (+406/‑93) | pgi → / → yjbE | glucosephosphate isomerase/extracellular polysaccharide production threonine‑rich protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,225,741 | 0 | G | T | 89.1% | 544.5 / 66.2 | 221 | intergenic (+406/‑93) | pgi/yjbE | glucosephosphate isomerase/extracellular polysaccharide production threonine‑rich protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (15/9); new base T (91/106); total (106/115) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.93e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.27e-01 | |||||||||||
Only 100 of 225 total aligned reads displayed.
AATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGATATTCATTCCAATTATCCTAAAACGCCATCGCTAATTCCCCGCGCCGTAATTCGCATGCTTTAGTTGTGTATACTCGATCCCGCCCGAAATGTTTTTGGGTAAATCTCCATTCATTCAATGAAGGGAAATTGTTATGAAAAAAGTTCTGTATGGCATTTTTGCCATATCTGCGCTTGCGGCGACT > CP009273/4225596‑4225884 | aaTCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGATATTCATTCCAATTATCCTAAAACGCCATCGCTAATTCCCctcg < 2:462119/148‑1 (MQ=255) aTCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGATATTCATTCCAATTATCCTAAAACGCCATCGCTAATTCCCCtcgc > 2:1145725/1‑148 (MQ=255) cGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAATTTGAAACTTATATTTGATATTAATTCCAATTATCCTAAAACGCCATCGCTAATTCCCCTCGCCg > 2:3162833/1‑148 (MQ=255) cGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGATATTCATTCCAATTATCCTAAAACGCCATCGCTAATTCCCCTCGCCg > 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |