| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 4,241,633 | C→T | 8.6% | pseudogene (745/1323 nt) | yjbI → | pseudogene, SopA‑related, pentapeptide repeats‑containing |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 4,241,633 | 0 | C | T | 8.6% | 906.0 / 50.4 | 267 | pseudogene (745/1323 nt) | yjbI | pseudogene, SopA‑related, pentapeptide repeats‑containing |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (140/104); new base T (14/9); total (154/113) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.28e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.71e-01 | |||||||||||
Only 100 of 271 total aligned reads displayed.
TTGCCAGATAATGCAATGATATTGAAATCCGTTCTGGCCGTAAAACTGGTGATGCAATTAAAAATACTTAATATTGTTAATAAAAACTTTATTGAGAATATGAAGAAAATATTTAGCCATTGTCCTTATATAAAAGATCCCATTATACGCAGTTATATCCATTCTGATGAAGATAACAAGTTCGATGATTTTATGCGTCAACATCGATTCAGTGAGGTGAATTTCGATACCCAACAGATGATCGATTTTATTAACAGATTTAATACGAATAAATGGCTAATTGATAAAAATAACA > CP009273/4241486‑4241780 | ttGCCAGATAATGCAATGATATTGAAATCCGTTCTGGCCGTAAAACTGGTGATGCAATTAAAAATACTTAATATTGTTAATAAAAACTTTATTGAGAATATGAAGAAAATATTTAGCCATTGTCCTTATATAAAAGATCCCATTATAc > 2:2950978/1‑148 (MQ=255) aGATAATGCAATGATATTGAAATCCGTTCTGGCCGTAAAACTGGTGATGCAATTAAAAATACTTAATATTGTTAATAAAAACTTTATTGAGAATATGAAGAAAATATTTAGCCATTGTCCTTATATAAAAGATCCCATTATACGCAGt < 1:2459382/148‑1 (MQ=255) aGATAATGCAATGATATTGAAATCCGTTCTGGCCGTAAAACTGGTGATGCAATTAAAAATACTTAATATTGTTAATAAAAACTTTATTGAGAATATGAAGAAAATATTTAGCCATTGTCCTTATATAAAAGATCCCATTATACGCAGt < 2:3222476/148‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |