Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 4,279,816 | G→T | 45.1% | A27A (GCG→GCT) | nrfC → | formate‑dependent nitrite reductase, 4Fe4S subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 4,279,816 | 0 | G | T | 45.1% | 131.3 / 185.5 | 159 | A27A (GCG→GCT) | nrfC | formate‑dependent nitrite reductase, 4Fe4S subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (45/42); new base T (37/35); total (82/77) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 159 total aligned reads displayed.
CAGCGATCAGCGCACCAATCCGAACTTTAACCCGGCGTCTGTTCCGTTGCTTAAGGAGCAGCCATGACCTGGTCTCGTCGCCAGTTTCTCACCGGCGTCGGCGTGCTGGCAGCCGTCAGCGGCACCGCAGGGCGCGTGGTGGCGAAAACGTTGAATATCAATGGGGTGCGTTACGGCATGGTGCATGACGAGTCGTTATGCATCGGCTGTACCGCCTGTATGGATGCTTGTCGGGAAGTGAACAAGGTGCCGGAAGGCGTCTCGCGCCTGACGATTATTCGTAGCGAGC > CP009273/4279673‑4279961 | aGCGATCAGCGCACCAATCCGAACTTTAACCCGGCGTCTGTTCCGTTGCTTAAGGAGCAGCCATGACCTGGTCTCGTCGCCAGTTTCTCACCGGCGTCGGCGTGCTGGCAGCCGTCAGCGGCACCGCAGGGCGCGTGGTGGCGAAAAc > 1:177628/1‑148 (MQ=255) tCAGCGCACCAATCCGAACTTTAACCCGGCGTCTGTTCCGTTGCTTAAGGAGCAGCCATGACCTGGTCTCGTCGCCAGTTTCTCACCGGCGTCGGCGTGCTGGCAGCCGTCAGCGGCACCGCAGGGCGCGTGGTGGCGAAAACGTTGa > 2:1635448/1‑148 (MQ=255) tCAGCGCACCAATCCGAACTTTAACCCGGCGTCTGTTCCGTTGCTTAAGGAGCAGCCATGACCTGGTCTCGTCGCCAGTTTCTCACCGGCGTCGGCGTGCTGGCAGCCGTCAGCGGCACCGCAGGGCGCGTGGTGGCGAAAACGTTGa < 2:1415894/148‑1 (MQ=255) cAGCGCACCAATCCGAACTTTAACCCGGCGTCTGTTCCGTTGCTTAAGGAGCAGCCATGACCTGGTCTCGTCGCCAGTTTCTCACCGGCGTCGGCGTGCTGGCAGCCGTCAGCGGCACCGCAGGGCGCGTGGTGGCTAAAACGTTGaa < 2:2110897/148‑1 (MQ=255) cAGCGCACCAATCCGAACTTTAACCCGGCGTCTGTTCCGTTGCTTAAGGAGCAGCCATGACCTGGTCTCGTCGCCAGTTTCTCACCGGCGTCGGCGTGCTGGCAGCCGTCAGCGGCACCGCAGGGCGCGTGGTGGCGAAAACGTTGaa > 2:2390945/1‑148 (MQ=255) gcgcACCAATCCGAACTTTAACCCGGCGTCTGTTCCGTTGCTTAAGGAGCAGCCATGACCTGGTCTCGTCGCCAGTTTCTCACCGGCGTCGGCGTGCTGGCAGCCGTCAGCGGCACCGCAGGGCGCGTGGTGGCTAAAACGTTGAata < 2:1842535/148‑1 (MQ=255) gcgcACCAATCCGAACTTTAACCCGGCGTCTGTTCCGTTGCTTAAGGAGCAGCCATGACCTGGTCTCGTCGCCAGTTTCTCACCGGCGTCGGCGTGCTGGCAGCCGTCAGCGGCACCGCAGGGCGCGTGGTGGCTAAAACGTTGAata < 2:170688/148‑1 (MQ=255) cgcACCAATCCGAACTTTAACCCGGCGTCTGTTCCGTTGCTTAAGGAGCAGCCATGACCTGGTCTCGTCGCCAGTTTCTCACCGGCGTCGGCGTGCTGGCAGCCGTCAGCGGCACCGCAGGGCGCGTGGTGGCTAAAACGTTGAatat < 2:2627625/148‑1 (MQ=255) cgcACCAATCCGAACTTTAACCCGGCGTCTGTTCCGTTGCTTAAGGAGCAGCCATGACCTGGTCTCGTCGCCAGTTTCTCACCGGCGTCGGCGTGCTGGCAGCCGTCAGCGGCACCGCAGGGCGCGTGGTGGCTAAAACGTTGAatat > 2:2150949/1‑148 (MQ=255) cgcACCAATCCGAACTTTAACCCGGCGTCTGTTCCGTTGCTTAAGGAGCAGCCATGACCTGGTCTCGTCGCCAGTTTCTCACCGGCGTCGGCGTGCTGGCAGCCGTCAGCGGCACCGCAGGGCGCGTGGTGGCTAAAACGTTGAatat < 1:1295945/148‑1 (MQ=255) cgcACCAATCCGAACTTTAACCCGGCGTCTGTTCCGTTGCTTAAGGAGCAGCCATGACCTGGTCTCGTCGCCAGTTTCTCACCGGCGTCGGCGTGCTGGCAGCCGTCAGCGGCACCGCAGGGCGCGTGGTGGCTAAAACGTTGAatat > 2:1286917/1‑148 (MQ=255) cgcACCAATCCGAACTTTAACCCGGCGTCTGTTCCGTTGCTTAAGGAGCAGCCATGACCTGGTCTCGTCGCCAGTTTCTCACCGGCGTCGGCGTGCTGGCAGCCGTCAGCGGCACCGCAGGGCGCGTGGTGGCGAAAACGTTGAatat > 1:1041357/1‑148 (MQ=255) cgcACCAATCCGAACTTTAACCCGGCGTCTGTTCCGTTGCTTAAGGAGCAGCCATGACCTGGTCTCGTCGCCAGTTTCTCACCGGCGTCGGCGTGCTGGCAGCCGTCAGCGGCACCGCAGGGCGCGTGGTGGCGAAAACGTTGAatat > 2:437888/1‑148 (MQ=255) aCCAATCCGAACTTTAACCCGGCGTCTGTTCCGTTGCTTAAGGAGCAGCCATGACCTGGTCTCGTCGCCAGTTTCTCACCGGCGTCGGCGTGCTGGCAGCCGTCAGCGGCACCGCAGGGCGCGTGGTGGCTAAAACGTTGAATATCaa > 2:1636330/1‑148 (MQ=255) aCCAATCCGAACTTTAACCCGGCGTCTGTTCCGTTGCTTAAGGAGCAGCCATGACCTGGTCTCGTCGCCAGTTTCTCACCGGCGTCGGCGTGCTGGCAGCCGTCAGCGGCACCGCAGGGCGCGTGGTGGCTAAAACGTTGAATATCaa < 1:252995/148‑1 (MQ=255) aCCAATCCGAACTTTAACCCGGCGTCTGTTCCGTTGCTTAAGGAGCAGCCATGACCTGGTCTCGTCGCCAGTTTCTCACCGGCGTCGGCGTGCTGGCAGCCGTCAGCGGCACCGCAGGGCGCGTGGTGGCGAAAACGTTGAATATCaa < 2:1512011/148‑1 (MQ=255) cAATCCGAACTTTAACCCGGCGTCTGTTCCGTTGCTTAAGGAGCAGCCATGACCTGGTCTCGTCGCCAGTTTCTCACCGGCGTCGGCGTGCTGGCAGCCGTCAGCGGCACCGCAGGGCGCGTGGTGGCTAAAACGTTGAATATCAATg > 2:3109240/1‑148 (MQ=255) cAATCCGAACTTTAACCCGGCGTCTGTTCCGTTGCTTAAGGAGCAGCCATGACCTGGTCTCGTCGCCAGTTTCTCACCGGCGTCGGCGTGCTGGCAGCCGTCAGCGGCACCGCAGGGCGCGTGGTGGCGAAAACGTTGAATATCAATg < 2:2693154/148‑1 (MQ=255) cAATCCGAACTTTAACCCGGCGTCTGTTCCGTTGCTTAAGGAGCAGCCATGACCTGGTCTCGTCGCCAGTTTCTCACCGGCGTCGGCGTGCTGGCAGCCGTCAGCGGCACCGCAGGGCGCGTGGTGGCGAAAACGTTGAATATCAATg > 1:717606/1‑148 (MQ=255) cAATCCGAACTTTAACCCGGCGTCTGTTCCGTTGCTTAAGGAGCAGCCATGACCTGGTCTCGTCGCCAGTTTCTCACCGGCGTCGGCGTGCTGGCAGCCGTCAGCGGCACCGCAGGGCGCGTGGTGGCGAAAACGTTGAATATCAATg > 1:717804/1‑148 (MQ=255) aTCCGAACTTTAACCCGGCGTCTGTTCCGTTGCTTAAGGAGCAGCCATGACCTGGTCTCGTCGCCAGTTTCTCACCGGCGTCGGCGTGCTGGCAGCCGTCAGCGGCACCGCAGGGCGCGTGGTGGCGAACACGTTGAATCTCAATggg > 2:2508629/1‑148 (MQ=255) tCCGAACTTTAACCCGGCGTCTGTTCCGTTGCTTAAGGAGCAGCCATGACCTGGTCTCGTCGCCAGTTTCTCACCGGCGTCGGCGTGCTGGCAGCCGTCAGCGGCACCGCAGGGCGCGTGGTGGCGAAAACGTTGAATATCAATgggg > 2:243823/1‑148 (MQ=255) aaCTTTAACCCGGCGTCTGTTCCGTTGCTTAAGGAGCAGCCATGACCTTTTCTCGTCGCCAGTTTCTCACCGGAGTCGGCGTGCTTGCAGCCGTCAGCGGCACCGCAGGGCGCGTGGTGGAGAAAAAGTTGAATATCAATGGGGAGCg > 2:282288/1‑148 (MQ=255) aaCTTTAACCCGGCGTCTGTTCCGTTGCTTAAGGAGCAGCCATGACCTGGTCTCGTCGCCAGTTTCTCACCGGCGTCGGCGTGCTGGCAGCCGTCAGCGGCACCGCAGGGCGCGTGGTGGCTAAAACGTTGAATATCAATGGGGTGCg < 2:1818492/148‑1 (MQ=255) aaCTTTAACCCGGCGTCTGTTCCGTTGCTTAAGGAGCAGCCATGACCTGGTCTCGTCGCCAGTTTCTCACCGGCGTCGGCGTGCTGGCAGCCGTCAGCGGCACCGCAGGGCGCGTGGTGGCGAAAACGTTGAATATCAATGGGGTGCg > 2:2695098/1‑148 (MQ=255) aCTTTAACCCGGCGTCTGTTCCGTTGCTTAAGGAGCAGCCATGACCTGGTCTCGTCGCCAGTTTCTCACCGGCGTCGGCGTGCTGGCAGCCGTCAGCGGCACCGCAGGGCGCGTGGTGGCTAAAACGTTGAATATCAATGGGGTGCGt < 1:2878812/148‑1 (MQ=255) aCTTTAACCCGGCGTCTGTTCCGTTGCTTAAGGAGCAGCCATGACCTGGTCTCGTCGCCAGTTTCTCACCGGCGTCGGCGTGCTGGCAGCCGTCAGCGGCACCGCAGGGCGCGTGGTGGCGAAAACGTTGAATATCAATGGGGTGCGt > 1:303038/1‑148 (MQ=255) ttAACCCGGCGTCTGTTCCGTTGCTTAAGGAGCAGCCATGACCTGGTCTCGTCGCCAGTTTCTCACCGGCGTCGGCGTGCTGGCAGCCGTCAGCGGCACCGCAGGGCGCGTGGTGGCGAAAACGTTGAATATCAATGGGGTGCGTTAc > 2:680220/1‑148 (MQ=255) cccGGCGTCTGTTCCGTTGCTTAAGGAGCAGCCATGACCTGGTCTCGTCGCCAGTTTCTCACCGGCGTCGGCGTGCTGGCAGCCGTCAGCGGCACCGCAGGGCGCGTGGTGGCGAAAACGTTGAATATCAATGGGGTGCGTTACGGCa < 1:901476/148‑1 (MQ=255) 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gTCTCGTCGCCAGTTTCTCACCGGCGTCGGCGTGCTGGCAGCCGTCAGCGGCACCGCAGGGCGCGTGGTGGCTAAAACGTTGAATATCAATGGGGTGCGTTACGGCATGGTGCATGACGAGTCGTTATGCATCGGCTGTACCGCCTGt < 1:608454/148‑1 (MQ=255) tcgtcgCCAGTTTCTCACCGGCGTCGGCGTGCTGGCAGCCGTCAGCGGCACCGCAGGGCGCGTGGTGGCGAAAACGTTGAATATCAATGGGGTGCGTTACGGCATGGTGCATGACGAGTCGTTATGCATCGGCTGTACCGCCTGTATg < 1:3157507/148‑1 (MQ=255) tcgtcgCCAGTTTCTCACCGGCGTCGGCGTGCTGGCAGCCGTCAGCGGCACCGCAGGGCGCGTGGTGGCGAAAACGTTGAATATCAATGGGGTGCGTTACGGCATGGTGCATGACGAGTCGTTATGCATCGGCTGTACCGCCTGTATg < 1:3160554/148‑1 (MQ=255) cgtcgCCAGTTTCTCACCGGCGTCGGCGTGCTGGCAGCCGTCAGCGGCACCGCAGGGCGCGTGGTGGCGAAAACGTTGAATATCAATGGGGTGCGTTACGGCATGGTGCATGACGAGTCGTTATGCATCGGCTGTACCGCCTGTATgg < 2:1459629/148‑1 (MQ=255) tcgCCAGTTTCTCACCGGCGTCGGCGTGCTGGCAGCCGTCAGCGGCACCGCAGGGCGCGTGGTGGCGAAAACGTTGAATATCAATGGGGTGCGTTACGGCATGGTGCATGACGAGTCGTTATGCATCGGCTGTACCGCCTGTATGGAt < 2:2613184/148‑1 (MQ=255) 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ttCTCACCGGCGTCGGCGTGCTGGCAGCCGTCAGCGGCACCGCAGGGCGCGTGGTGGAGAAAACGTTGAATATCAATGGGGTGCGTTACGGCATGGTGCATGACGAGTCGTTATGCATCGGCTGTACCGCCTGTATGGATGCTTGTCg < 1:2611453/148‑1 (MQ=255) tcACCGGCGTCGGCGTGCTGGCAGCCGTCAGCGGCACCGCAGGGCGCGTGGTGGCGAAAACGTTGAATATCAATGGGGTGCGTTACGGCATGGTGCATGACGAGTCGTTATGCATCGGCTGTACCGCCTGTATGGATGCTTGTCGGGa < 2:1600846/148‑1 (MQ=255) ccGGCGTCGGCGTGCTGGCAGCCGTCAGCGGCACCGCAGGGCGCGTGGTGGCGAAAACGTTGAATATCAATGGGGTGCGTTACGGCATGGTGCATGACGAGTCGTTATGCATCGGCTGTACCGCCTGTATGGATGCTTGTCGGGAAGt > 1:550605/1‑148 (MQ=255) cggcgtcggcgtGCTGGCAGCCGTCAGCGGCACCGCAGGGCGCGTGGTGGCGAAAACGTTGAATATCAATGGGGTGCGTTACGGCATGGTGCATGACGAGTCGTTATGCATCGGTTGTACCGCCTGTATGGATGCTTGTCGGGAAGTg < 2:420257/148‑1 (MQ=255) tcggcgtGCTGGCAGCCGTCAGCGGCACCGCAGGGCGCGTGGTGGCTAAAACGTTGAATATCAATGGGGTGCGTTACGGCATGGTGCATGACGAGTCGTTATGCATCGGCTGTACCGCCTGTATGGATGCTTGTCGGGAAGTGAACaa < 2:450623/148‑1 (MQ=255) 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cACCGCAGGGCGCGTGGTGGCTAAAACGTTGAATATCAATGGGGTGCGTTACGGCATGGTGCATGACGAGTCGTTATGCATCGGCTGTACCGCCTGTATGGATGCTTGTCGGGAAGTGAACAAGGTGCCGGAAGGCGTCTCGCGCCTg < 1:1286917/148‑1 (MQ=255) cACCGCAGGGCGCGTGGTGGCGAAAACGTTGAATATCAATGGGGTGCGTTACGGCATGGTGCATGACGAGTCGTTATGCATCGGCTGTACCGCCTGTATGGATGCTTGTCGGGAAGTGAACAAGGTGCCGGAAGGCGTCTCGCGCCTg > 2:2895815/1‑148 (MQ=255) aCCGCAGGGCGCGTGGTGGCTAAAACGTTGAATATCAATGGGGTGCGTTACGGCATGGTGCATGACGAGTCGTTATGCATCGGCTGTACCGCCTGTATGGATGCTTGTCGGGAAGTGAACAAGGTGCCGGAAGGCGTCTCGCGCCTGa > 2:990630/1‑148 (MQ=255) cGCAGGGCGCGTGGTGGCTAAAACGTTGAATATCAATGGGGTGCGTTACGGCATGGTGCATGACGAGTCGTTATGCATCGGCTGTACCGCCTGTATGGATGCTTGTCGGGAAGTGAACAAGGTGCCGGAAGGCGTCTCGCGCCTGACg < 2:3185443/148‑1 (MQ=255) cGCAGGGCGCGTGGTGGCGAAAACGTTGAATATCAATGGGGTGCGTTACGGCATGGTGCATGACGAGTCGTTATGCATCGGCAGTACAGCCTGTATGGATGCTTGTCGGGAAGTGAACAAGGTGCCGGAAGGCGTCTCGCGCCTGACg > 1:1937312/1‑148 (MQ=255) 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ggCGCGTGGTGGCGAAAACGTTGAATATCAATGGGGTGCGTTACGGCATGGTGCATGACGAGTCGTTATGCATCGGCTGTACCGCCTGTATGGATGCTTGTCGGGAAGTGAACAAGGTGCCGGAAGGCGTCTCGCGCCTGACGattat > 2:2691703/1‑148 (MQ=255) gcgTGGTGGCGAAAACGTTGAATATCAATGGGGTGCGTTACGGCATGGTGCATGACGAGTCGTTATGCATCGGCTGTACCGCCTGTATGGATGCTTGTCGGGAAGTGAACAAGGTGCCGGAAGGCGTCTCGCGCCTGACGATTATTCg < 2:2300653/148‑1 (MQ=255) cgTGGTTGCGAAAACGTTGAATATCAATGGGGTGCGTTACGGCATGGTGCATGACGAGTCGTTATGCATCGGCTGTACCGCCTGTATGGATGCTTGTCGGGAAGTGAACAAGGTGCCGGAAGGCGTCTCGCGCCTGACGATTATTCGt > 1:1070985/1‑148 (MQ=255) cgTGGTGGCTAAAACGTTGAATATCAATGGGGTGCGTTACGGCATGGTGCATGACGAGTCGTTATGCATCGGCTGTACCGCCTGTATGGATGCTTGTCGGGAAGTGAACAAGGTGCCGGAAGGCGTCTCGCGCCTGACGATTATTAGt > 1:853397/1‑148 (MQ=255) gtggtgGCTAAAACGTTGAATATCAATGGGGTGCGTTACGGCATGGTGCATGACGAGTCGTTATGCATCGGCTGTACCGCCTGTATGGATGCTTGTCGGGAAGTGAACAAGGTGCCGGAAGGCGTCTCGCGCCTGACGATTATTCGTa < 2:1518671/148‑1 (MQ=255) gtggtgGATAAAACGTTGAATATCAATGGGGTGCGTTACGGCTTGGTGCATGACGAGTCGTTATGCATCGGCTGTACCGCCTGTATGGATGCTTGTCGGGAAGTGAACAAGGTGCCGGAAGGCGTCTCGCGCCTGACGATTATTCGTa < 2:1518782/148‑1 (MQ=255) tggtggCTAAAACGTTGAATATCAATGGGGTGCGTTACGGCATGGTGCATGACGAGTCGTTATGCATCGGCTGTACCGCCTGTATGGATGCTTGTCGGGAAGTGAACAAGGTGCCGGAAGGCGTCTCGCGCCTGACGATTATTCGTAg < 1:513932/148‑1 (MQ=255) tggtggCGAAAACGTTGAATATCAATGGGGTGCGTTACGGCATGGTGCATGACGAGTCGTTATGCATCGGCTGTACCGCCTGTATGGATGCTTGTCGGGAAGTGAACAAGGTGCCGGAAGGCGTCTCGCGCCTGACGATTATTCGTAg > 2:1817914/1‑148 (MQ=255) tggCGAAAACGTTGAATATCAATGGGGTGCGTTACGGCATGGTGCATGACGAGTCGTTATGCATCGGCTGTACCGCCTGTATGGATGCTTGTCGGGAAGTGAACAAGGTGCCGGAAGGCGTCTCGCGCCTGACGATTATTCGTAGCGa < 2:303038/148‑1 (MQ=255) ggCGAAAACGTTGAATATCAATGGGGTGCGTTACGGCATGGTGCATGACGAGTCGTTATGCATCGGCTGTACCGCCTGTATGGATGCTTGTCGGGAAGTGAACAAGGTGCCGGAAGGCGTCTCGCGCCTGACGATTATTCGTAGCGAg < 2:3161606/148‑1 (MQ=255) gCGAAAACGTTGAATATCAATGGGGTGCGTTACGGCATGGTGCATGACGAGTCGTTATGCATCGGCTTTACCGCCTGTATGGATGCTTGTCGGGAAGTGAACAACGTGCCGGAAGGCGTCTCGCGCCTGACGATTATTCGtagctagc > 1:1493555/1‑148 (MQ=255) | CAGCGATCAGCGCACCAATCCGAACTTTAACCCGGCGTCTGTTCCGTTGCTTAAGGAGCAGCCATGACCTGGTCTCGTCGCCAGTTTCTCACCGGCGTCGGCGTGCTGGCAGCCGTCAGCGGCACCGCAGGGCGCGTGGTGGCGAAAACGTTGAATATCAATGGGGTGCGTTACGGCATGGTGCATGACGAGTCGTTATGCATCGGCTGTACCGCCTGTATGGATGCTTGTCGGGAAGTGAACAAGGTGCCGGAAGGCGTCTCGCGCCTGACGATTATTCGTAGCGAGC > CP009273/4279673‑4279961 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |