| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 4,310,259 | C→A | 21.7% | A74A (GCG→GCT) | phnI ← | ribophosphonate triphosphate synthase complex putative catalytic subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,310,259 | 0 | C | A | 21.7% | 395.0 / 65.5 | 153 | A74A (GCG→GCT) | phnI | ribophosphonate triphosphate synthase complex putative catalytic subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (61/58); new base A (14/20); total (75/78) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.35e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 153 total aligned reads displayed.
GTTGGGCCAAGCAGCTGGCCGCCGGGAATGTCTTTATAAACGGCGGAGATACGGCGTTCGAGACGCATCCCGGTGGTGTCGAGCGGCTCGCTTACCGCCAGCTTCGCCAACGTGGTGCGGTAGGCGCGCAGCAGGAAAATCGCTTCAACGTTATCGCCGCTGGCCTGTTTCAGCGCCAGCGCCGCCAGTTCGCGGTCGGCAATGCCGCCTTCGGTCATCACGCGATCTACCGCGAGGTTAAGCTGCTGTTCAATCTGGGCGACGCTCAGTTCGGGCAAATCGGTAT > CP009273/4310119‑4310404 | gTTGGGCCAAGCAGCTGGCCGCCGGGAATGTCTTTATACACGGCGGAGATACGGCGTTCGAGACGCATCCCGGTGGTGTCGAGCGGCTCGCTTACCGCCAGCTTCGCCAACGTGGTGCGGTAGGCGCGCAGCAGGAAAATCGCTTCaa < 2:1790838/148‑1 (MQ=255)gTTGGGCCAAGCAGCTGGCCGCCGGGAATGTCTTTATAAACGGCGGAGATACGGCGTTCGAGACGCATCCCGGTGGTGTCGAGCGGCTCGCTTACCGCCAGCTTCGCCAACGTGGTGCGGTAGGCGCGCAGCAGGAAAATCGCTTCaa > 2:2234786/1‑148 (MQ=255)gTTGGGCCAAGCAGCTGGCCGCCGGGAATGTCGTTATACACGGCGGAGATACGGCGTTCGAGACGCATCCCGGTGGTGTCGAGCGGCTCGCTTACCGCCAGCTTCGCCAACGTGGTGCGGTAGGCGCGCAGCAGGAAAATCGCTTCaa < 2:1788659/148‑1 (MQ=255) tGGGCCAAGCAGCTGGCCGCCGGGAATGTCTTTATAAACGGCGGAGATACGGCGTTCGAGACGCATCCCGGTGGTGTCGAGCGGCTCGCTTACCGCCAGCTTCGCCAACGTGGTGCGGTAGGCGCGCAGCAGGAAAATCGCTTCAACg < 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cagcTGGCCGCCGGGAATGTCTTTATAAACGGCGGAGATACGGCGTTCGAGACGCATCCCGGTGGTGTCGAGCGGCTCGCTTACCGCCAGCTTCGCCAACGTGGTGCGGTAGGCGCGCAGCAGGAAAATCGCTTCAACGTTATcgccg < 2:1635527/148‑1 (MQ=255) cagcTGGCCGCCGGGAATGTCTTTATAAACGGCGGAGATACGGCGTTCGAGACGCATCCCGGTGGTGTCGAGCGGCTCGCTTACCGCCAGCTTCGCCAACGTGGTGCGGTAGGCGCGCAGCAGGAAAATAGCTTCAACGTTATcgccg < 2:826210/148‑1 (MQ=255) agcTGGCCGCCGGGAATGTCTTTATAAACGGCGGAGATACGGCGTTCGAGACGCATCCCGGTGGTGTCGAGCGGCTCGCTTACCGCCAGCTTCGCCAACGTGGTGCGGTAGGCGCGCAGCAGGAAAATAGCTTCAACGTTATcgccgc < 2:1011965/148‑1 (MQ=255) gcTGGCCGCCGGGAATGTCTTTATAAACGGCGGAGATACGGCGTTCGAGACGCATCCCGGTGGTGTCGAGCGGCTCGCTTACCGCCAGCTTCGCCAACGTGGTGCGGTAGGCGCGCAGCAGGAAAATCGCTTCAACGTTATCGCCGCt > 1:539757/1‑148 (MQ=255) cTGGCCGCCGGGAATGTCTTTATAAACGGCGGAGATACGGCGTTCGAGACGCATCCCGGTGGTGTCGAGCGGCTCGCTTACCGCCAGCTTCGCCAACGTGGTGCGGTAGGCGCGCAGCAGGAAAATCGCTTCAACGTTATCGCCGCTg > 2:103574/1‑148 (MQ=255) 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aaTCGCTTCAACGGTATCGCCGCTGGCCTGTTTCAGCGCCAGCGCCGCCAGTTCGCGGTCGGCAATGCCGCCTTCGGTCATCACGCGATCTACCGCGAGGTTAAGCTGCTGTTCAATCTGGGCGACGCTCAGTTCGGGCAAATCGGTa < 2:2321388/148‑1 (MQ=255) | GTTGGGCCAAGCAGCTGGCCGCCGGGAATGTCTTTATAAACGGCGGAGATACGGCGTTCGAGACGCATCCCGGTGGTGTCGAGCGGCTCGCTTACCGCCAGCTTCGCCAACGTGGTGCGGTAGGCGCGCAGCAGGAAAATCGCTTCAACGTTATCGCCGCTGGCCTGTTTCAGCGCCAGCGCCGCCAGTTCGCGGTCGGCAATGCCGCCTTCGGTCATCACGCGATCTACCGCGAGGTTAAGCTGCTGTTCAATCTGGGCGACGCTCAGTTCGGGCAAATCGGTAT > CP009273/4310119‑4310404 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |