| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 4,347,399 | T→A | 8.7% | K346* (AAA→TAA) | cadA ← | lysine decarboxylase, acid‑inducible |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 4,347,399 | 0 | T | A | 8.7% | 644.9 / 41.6 | 216 | K346* (AAA→TAA) | cadA | lysine decarboxylase, acid‑inducible |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (98/99); new base A (6/13); total (104/112) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.54e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 219 total aligned reads displayed.
TGTAGGCTTCGTTAAAGGTTTCTTCGTTTACGTCACCTTTAACGTGGATCATGGAAGCCTGAGAGAACGCCGCCAGCAGTTTGTGAGTGGACTGGGTTTCGTAAATCACTTTCCCTTCTACACGGCCACCGCTCATACCGCATTTACCTTCGTAAATCGGTGAGAAGTTGGTGTAAGGCACCCACGCGGAGTCAAAGTGGATGGATTTCACATCCAGTGTTTTCTTGATGAAGTCGGTGTTGTACAGCAGACCATCATAGGTAGAGTTGGTAATTACAGCATGTACCGGCC > CP009273/4347255‑4347545 | tGTAGGCTTCGTTAAAGGTTTCTTCGTTTACGTCACCTTTAACGTGGATCATGGAAGCCTGAGAGAACGCCGCCAGCAGTTTGTGAGTGGACTGGGTTTCGTAAATCACTTTCCCTTCTACACGGCCACCGCTCATACCGCATTTAcc > 2:484827/1‑148 (MQ=255) gCTTCGTTAAAGGTTTCTTCGTTTACGTCACCTTTAACGTGGATCATGGAAGCCTGAGAGAACGCCGCCAGCAGTTTGTGAGTGGACTGGGTTTCGTAAATCACTTTCCCTTCTACACGGCCACCGCTCATACCGCATTTACCTTCGt > 2:731079/1‑148 (MQ=255) ttCGTTAAAGGTTTCTTCGTTTACGTCACCTTTAACGTGGATCATGGAAGCCTGAGAGAACGCCGCCAGCAGTTTGTGAGTGGACTGGGTTTCGTAAATCACTTTCCCTTCTACACGGCCACCGCTCATACCGCATTTACCTTCGTaa < 1:203693/148‑1 (MQ=255) tCGTTAAAGGTTTCTTCGTTTACGTCACCTTTAACGTGGATCATGGAAGCCTGAGAGAACGCCGCCAGCAGTTTGTGAGTGGACTGGGTTTCGTAAATCACTTTCCCTTCTACACGGCCACCGCTCATACCGCATTTACCTTCGTaaa < 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aGGTTTCTTCGTTTACGTCACCTTTAACGTGGATCATGGAAGCCTGAGAGAACGCCGCCAGCAGTTTGTGAGTGGACTGGGTTTCGTAAATCACTTTCCCTTCTACACGGCCACCGCTCATACCGCATTTACCTTCGTAAATCGGTga > 1:2194142/1‑148 (MQ=255) ggTTTCTTCGTTTACGTCACCTTTAACGTGGATCATGGAAGCCTGAGAGAACGCCGCCAGCAGTTTGTGAGTGGACTGGGTTTCGTAAATCACTTTCCCTTCTACACGGCCACCGCTCATACCGCATTTACCTTCGTAAATCGGTgag > 2:1665765/1‑148 (MQ=255) cttcGTTTACGTCACCTTTAACGTGGATCATGGAAGCCTGAGAGAACGCCGCCAGCAGTTTGTGAGTGGACTGGGTTTCGTAAATCACTTTCCCTTCTACACGGCCACCGCTCATACCGCATTTACCTTCGTAAATCGGTGAGAAGtt > 1:913044/1‑148 (MQ=255) cttcGTTTACGTCACCTTTAACGTGGATCATGGAAGCCTGAGAGAACGCCGCCAGCAGTTTGTGAGTGGACTGGGTTTCGTAAATCACTTTCCCTTCTACACGGCCACCGCTCATACCGCATTTACCTTCGTAAATCGGTGAGAAGtt < 1:3121051/148‑1 (MQ=255) tcGTTTACGTCACCTTTAACGTGGATCATGGAAGCCTGAGAGAACGCCGCCAGCAGTTTGTGAGTGGACTGGGTTTCGTAAATCACTTTCCCTTCTACACGGCCACCGCTCATACCGCATTTACCTTCGTAAATCGGTGAGAAGTTgg < 2:3105144/148‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |