Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP009273 | 4,350,570 | T→A | 14.9% | E394D (GAA→GAT) | cadC ← | cadBA operon transcriptional activator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 4,350,570 | 0 | T | A | 14.9% | 620.4 / 88.3 | 222 | E394D (GAA→GAT) | cadC | cadBA operon transcriptional activator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (83/106); new base A (24/9); total (107/115) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.47e-03 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.04e-01 |
Only 100 of 232 total aligned reads displayed.
GCCAGTATTTATCGCCTGGTAAGACTCATCTGTTTTACCTTTTACCAGAGCACTGACCGCTTTTATTTGATATATAATGGACAGGTTGTTCAATTCCGGCAGTGTAACAATGTTATCTATTTCTGTGTTCAGTGCTGCTAATTGTTTTTCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGTAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCACGGTTCAATGATTTATCATCGCCATGCAGTAAAT > CP009273/4350423‑4350715 | gCCAGTATTTATCGCCTGGTAAGACTCATCTGTTTTACCTTTTACCAGAGCACTGACCTCTTTTATTTGATATATAATGGACAGGTTGTTCAATTCCGGCAGTGTAACAATGTTATCTATTTCTGTGTTCAGTGCTGCTAATTGtttt < 1:1857232/148‑1 (MQ=255) gCCAGTATTTATCGCCTGGTAAGACTCATCTGTTTTACCTTTTACCAGAGCACTGACCGCTTTTATTTGATATATAATGGACAGGTTGTTCAATTCCGGCAGTGTAACAATGTTATCTATTTCTGTGTTCAGTGCTGCTAATTGtttt < 2:1718505/148‑1 (MQ=255) gCCAGTATTTATCGCCTGGTAAGACTCATCTGTTTTACCTTTTACCAGAGCACTGACCGCTTTTATTTGATATATAATGGACAGGTTGTTCAATTCCGGCAGTGTAACAATGTTATCTATTTCTGTGTTCAGTGCTGCTAATTGtttt < 1:1168918/148‑1 (MQ=255) gCCAGTATTTATCGCCTGGTAAGACTCATCTGTTTTACCTTTTACCAGAGCACTGACCGCTTTTATTTGATATATAATGGACAGGTTGTTCAATTCCGGCAGTGTAACAATGTTATCTATTTCTGTGTTCAGTGCTGCTAATTGtttt > 2:224700/1‑148 (MQ=255) cAGTATTTATCGCCTGGTAAGACTCATCTGTTTTACCTTTTACCAGAGCACTGACCGCTTTTATTTGATATATAATGGACAGGTTGTTCAATTCCGGCAGTGTAACAATGTTATCTATTTCTGTGTTCAGTGCTGCTCATTGTTTTTc > 2:87807/1‑148 (MQ=255) tATTTATCGCCTGGTAAGACTCATCTGTTTTACCTTTTACCAGAGCACTGACCGCTTTTATTTGATATATAATGGACAGGTTGTTCAATTCCGGCAGTGTAACAATGTTATCTATTTCTGTGTTCAGTGCTGCTAATTGTTTTTCATc > 2:1885160/1‑148 (MQ=255) aTTTATCGCCTGGTAAGACTCATCTGTTTTACCTTTTACCAGAGCACTGACCGCTTTTATTTGATATATAATGGACAGGTTGTTCAATTCCGGCAGTGTAACAATGTTATCTATTTCTGTGTTCAGTGCTGCTAATTGTTTTTCATCt > 1:2963939/1‑148 (MQ=255) aTTTATCGCCTGGTAAGACTCATCTGTTTTACCTTTTACCAGAGCACTGACCGCTTTTATTTGATATATAATGGACAGGTTGTTCAATTCCGGCAGTGTAACAATGTTATCTATTTCTGTGTTCAGTGCTGCTAATTGTTTTTCATCt > 2:208971/1‑148 (MQ=255) tttATCGCCTGGTAAGACTCATCTGTTTTACCTTTTACCAGAGCACTGACCGCTTTTATTTGATATATAATGGACAGGTTGTTCAATTCCGGCAGTGTAACAATGTTATCTATTTCTGTGTTCAGTGCTGCTAATTGTTTTTCATCTa > 1:387203/1‑148 (MQ=255) 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aCTCATCTGTTTTACCTTTTACCAGAGCACTGACCGCTTTTATTTGATATATAATGGACAGGTTGTTCAATTCCGGCAGTGTAACAATGTTATCTATTTCTGTGTTCAGTGCTGCTAATTGTTTTTCATCTAAAGGATGTTGAGAATg < 1:3000034/148‑1 (MQ=255) cTGTTTTACCTTTTACCAGAGCACTGACCGCTTTTATTTGATATATAATGGACAGGTTGTTCAATTCCGGCAGTGTAACAATGTTATCTATTTCTGTGTTCAGTGCTGCTAATTGTTTATCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCAc > 2:1010216/1‑148 (MQ=255) cTGTTTTACCTTTTACCAGAGCACTGACCGCTTTTATTTGATATATAATGGACAGGTTGTTCAATTCCGGCAGTGTAAAAATGTTATCTATTTCTGTGTTCAGTGCTGCTAATTGTTTTTCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCAc > 2:1957363/1‑148 (MQ=255) gTTTTACCTTTTACCAGAGCACTGACCGCTTTTATTTGATATATAATGGACAGGTTGTTCAATTCCGGCAGTGTAACAATGTTATCTATTTCTGTGTTCAGTGCTGCTAATTGTTTTTCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGa < 2:592177/148‑1 (MQ=255) tttaccttttaccAGAGCACTGACCGCTTTTATTTGATATATAATGGACAGGTTGTTCAATTCCGGCAGTGTAACAATGTTATCTATTTCTGTGTTCAGTGCTGCTAATTGTTTTTCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGata > 2:1258377/1‑148 (MQ=255) 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ttttCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGTAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCACGGTTCAATGATTTATCATCGCCATGCAGTAaat > 1:2270070/1‑148 (MQ=255) | GCCAGTATTTATCGCCTGGTAAGACTCATCTGTTTTACCTTTTACCAGAGCACTGACCGCTTTTATTTGATATATAATGGACAGGTTGTTCAATTCCGGCAGTGTAACAATGTTATCTATTTCTGTGTTCAGTGCTGCTAATTGTTTTTCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGTAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCACGGTTCAATGATTTATCATCGCCATGCAGTAAAT > CP009273/4350423‑4350715 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |