| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 4,372,891 | 0 | A | T | 10.4% | 520.7 / 40.8 | 173 | A144A (GCA→GCT) | epmA | Elongation Factor P Lys34 lysyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (84/71); new base T (6/12); total (90/83) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.34e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 181 total aligned reads displayed.
GCCGCAGCTTCCGTAATGAAGAGATGGGGCGTTATCACAACCCTGAGTTCACTATGCTGGAGTGGTATCGACCGCACTATGATATGTACCGGTTGATGAACGAGGTGGACGATCTCTTACAACAGGTGCTGGACTGCCCGGCAGCAGAAAGCCTTTCTTATCAACAAGCTTTCTTGCGTTATCTGGAAATTGACCCGCTCTCTGCCGACAAAACGCAACTGCGGGAAGTCGCAGCGAAACTGGATTTGAGCAATGTTGCTGATACCGAAGAAGACCGCGACACGCTGCTACAA > CP009273/4372746‑4373038 | ccGCAGCTTCCGTAATGAAGAGATGGGGCGTTATCACAACCCTGAGTTCACTATGCTGGAGTGGTATCGACCGCACTATGATATGTACCGGTTGATGAACGAGGTGGACGATCTCTTACAACAGGTGCTGGACTGCCCGGCAGCTGaa < 1:431969/148‑1 (MQ=255) ccGCAGCTTCCGTAATGAAGAGATGGGGCGTTATCACAACCCTGAGTTCACTATGCTGGAGTGGTATCGACCGCACTATGATATGTACCGGTTGATGAACGAGGTGGACGATCTCTTACAACAGGTGCTGGACTGCCCGGCAGCAGaa > 2:1968975/1‑148 (MQ=255) cGCAGCTTCCGTAATGAAGAGATGGGGCGTTATCACAACCCTGAGTTCACTATGCTGGAGTGGTATCGACCGCACTATGATATGTACCGGTTGATGAACGAGGTGGACGATCTCTTACAACAGGTGCTGGACTGCCCGGCAGCAGaaa < 1:2552778/148‑1 (MQ=255) gCTTCCGTAATGAAGAGATGGGGCGTTATCACAACCCTGAGTTCACTATGCTGGAGTGGTATCGACCGCACTATGATATGTACCGGTTGATGAACGAGGTGGACGATCTCTTACAACAGGTGCTGGACTGCCCGGCAGCTGAAAGCCt < 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caGGTGCTGGACTGCCCGGCAGCAGAAAGCCTTTCTTATCAACAAGCTTTCTTGCGTTATCTGGAAATTGACCCGCTCTCTGCCGACAAAACGCAACTGCGGGAAGTCGCAGCGAAACTGGATTTGAGCAATGTTGCTGATACCgaag < 2:567149/148‑1 (MQ=255) ggTGCTGGACTGCCCGGCAGCAGAAAGCCTTTCTTATCAACAAGCTTTCTTGCGTTATCTGGAAATTGACCCGCTCTCTGCCGACAAAACGCAACTGCGGGAAGTCGCAGCGAAACTGGATTTGAGCAATGTTGCTGATACCgaagaa < 1:2543290/148‑1 (MQ=255) tGCTGGACTGCCCGGCAGCTGAAAGCCTTTCTTATCAACAAGCTTTCTTGCGTTATCTGGAAATTGACCCGCTCTCTGCCGACAAAACGCAACTGCGGGAAGTCGCAGCGAAACTGGATTTGAGCAATGTTGCTGATACCGAagaaga < 1:2326214/148‑1 (MQ=255) gCTGGACTGCCCGGCAGCAGAAAGCCTTTCTTATCAACAAGCTTTCTTGCGTTATCTGGAAATTGACCCGCTCTCTGCCGACAAAACGCAACTGCGGGAAGTCGCAGCGAAACTGGATTTGAGCAATGTTGCTGATACCGAAGAAGAc < 1:441035/148‑1 (MQ=255) cccGGCAGCAGAAAGCCTTTCTTATCAACAAGCTTTCTTGCGTTATCTGGAAATTGACCCGCTCTCTGCCGACAAAACGCAACTGCGGGAAGTCGCAGCGAAACTGGATTTGAGCAATGTTGCTGATACCGAAGAAGACCGCGACACg < 1:1881391/148‑1 (MQ=255) cccGGCAGCAGAAAGCCTTTCTTATCAACAAGCTTTCTTGCGTTATCTGGAAATTGACCCGCTCTCTGCCGACAAAACGCAACTGCGGGAAGTCGCAGCGAAACTGGATTTGAGCAATGTTGCTGATACCGAAGAAGACCGCGACACg < 2:364108/148‑1 (MQ=255) cagcagAAAGCCTTTCTTATCAACAAGCTTTCTTGCGTTATCTGGAAATTGACCCGCTCTCTGCCGACAAAACGCAACTGCGGGAAGTCGCAGCGAAACTGGATTTGAGCAATGTTGCTGATACCGAAGAAGACCGCGACACgctgct > 1:1114207/1‑148 (MQ=255) gcagAAAGCCTTTCTTATCAACAAGCTTTCTTGCGTTATCTGGAAATTGACCCGCTCTCTGCCGACAAAACGCAACTGCGGGAAGTCGCAGCGAAACTGGATTTGAGCAATGTTGCTGATACCGAAGAAGACCGCGACACGCTGCTAc > 1:483356/1‑148 (MQ=255) cagAAAGCCTTTCTTATCAACAAGCTTTCTTGCGTTATCTGGAAATTGACCCGCTCTCTGCCGACAAAACGCAACTGCGGGAAGTCGCAGCGAAACTGGATTTGAGCAATGTTGCTGATACCGAAGAAGACCGCGACACGCTGCTACa > 1:1850538/1‑148 (MQ=255) cagAAAGCCTTTCTTATCAACAAGCTTTCTTGCGTTATCTGGAAATTGACCCGCTCTCTGCCGACAAAACGCAACTGCGGGAAGTCGCAGCGAAACTGGATTTGAGCAATGTTGCTGATACCGAAGAAGACCGCGACACGCTGCTACa > 1:2213638/1‑148 (MQ=255) cagAAAGCCTTTCTTATCAACAAGCTTTCTTGCGTTATCTGGAAATTGACCCGCTCTCTGCCGACAAAACGCAACTGCGGGAAGTCGCAGCGAAACTGGATTTGAGCAATGTTGCTGATACCGAAGAAGACCGCGACACGCTGCTACa > 1:402224/1‑148 (MQ=255) | GCCGCAGCTTCCGTAATGAAGAGATGGGGCGTTATCACAACCCTGAGTTCACTATGCTGGAGTGGTATCGACCGCACTATGATATGTACCGGTTGATGAACGAGGTGGACGATCTCTTACAACAGGTGCTGGACTGCCCGGCAGCAGAAAGCCTTTCTTATCAACAAGCTTTCTTGCGTTATCTGGAAATTGACCCGCTCTCTGCCGACAAAACGCAACTGCGGGAAGTCGCAGCGAAACTGGATTTGAGCAATGTTGCTGATACCGAAGAAGACCGCGACACGCTGCTACAA > CP009273/4372746‑4373038 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |