Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 4,406,553 | C→A | 91.0% | R12L (CGG→CTG) | bsmA ← | bioflm peroxide resistance protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 4,406,553 | 0 | C | A | 91.0% | 654.5 / 57.8 | 245 | R12L (CGG→CTG) | bsmA | bioflm peroxide resistance protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (9/13); new base A (92/131); total (101/144) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.23e-01 |
Only 100 of 245 total aligned reads displayed.
CTTACGCTACCTATTCGCTGTAACCCTTGCGTCTGGTCGCGGCGAATCTCTTGCGGATGGTCCGTTACTGGCGGTGCTGGCTGTGGCGTACCTTGCAGTGCGCTACAGGCACTTAACATCAACACCAATAATAAACTGGCAAACCGGTAAATAACGCTATTACGTTTCCTGCTAACCATAGTGTAGTGCCTTATTAATTTAACTTTGGGGGAATGTTCCCGAATTGTTACCTGGTACGCGATTTTCGAATGAAAACGTGACGAAAGCGTAACCCACATCTCAACATTAT > CP009273/4406409‑4406697 | tACGCTACCTATTCGCTGTAACCCTTGCGTCTGGTCGCGGCGAATCTCTTGCGGATGGTCCGTTACTGGCGGTGCTGGCTGTGGCGTACCTTGCAGTGCGCTACAGGCACTTAACATCAACACCAATAATAAACTGGCAAACAGGTaa > 1:2054548/1‑148 (MQ=255) tACGCTACCTATTCGCTGTAACCCTTGCGTCTGGTCGCGGCGAATCTCTTGCGGATGGTCCGTTACTGGCGGTGCTGGCTGTGGCGTACCTTGCAGTGCGCTACAGGCACTTAACATCAACACCAATAATAAACTGGCAAACAGGTaa > 1:1975178/1‑148 (MQ=255) tACGCTACCTATTCGCTGTAACCCTTGCGTCTGGTCGCGGCGAATCTCTTGCGGATGGTCCGTTACTGGCGGTGCTGGCTGTGGCGTACCTTGCAGTGCGCTACAGGCACTTAACATCAACACCAATAATAAACTGGCAAACAGGTaa < 2:3130286/148‑1 (MQ=255) cTACCTATTCGCTGTAACCCTTGCGTCTGGTCGCGGCGAATCTCTTGCGGATGGTCCGTTACTGGCGGTGCTGGCTGTGGCGTACCTTGCAGTGCGCTACAGGCACTTAACATCAACACCAATAATAAACTGGCAAACAGGTAAATaa > 2:2115111/1‑148 (MQ=255) ccTATTCGCTGTAACCCTTGCGTCTGGTCGCGGCGAATCTCTTGCGGATGGTCCGTTACTGGCGGTGCTGGCTGTGGCGTACCTTGCAGTGCGCTACAGGCACTTAACATCAACACCAATAATAAACTGGCAAACAGGTAAATAACGc < 2:2173641/148‑1 (MQ=255) tATTCGCTGTAACCCTTGCGTCTGGTCGCGGCGAATCTCTTGCGGATGGTCCGTTACTGGCGGTGCTGGCTGTGGCGTACCTTGCAGTGCGCTACAGGCACTTAACATCAACACCAATAATAAACTGGCAAACAGGTAAATAACGCTa < 2:1132168/148‑1 (MQ=255) tATTCGCTGTAACCCTTGCGTCTGGTCGCGGCGAATCTCTTGCGGATGGTCCGTTACTGGCGGTGCTGGCTGTGGCGTACCTTGCAGTGCGCTACAGGCACTTAACATCAACACCAATAATAAACTGGCAAACAGGTAAATAACGCTa > 2:2026926/1‑148 (MQ=255) aTTCGCTGTAACCCTTGCGTCTGGTCGCGGCGAATCTCTTGCGGATGGTCCGTTACTGGCGGTGCTGGCTGTGGCGTACCTTGCAGTGCGCTACAGGCACTTAACATCAACACCAATAATAAACTGGCAAACAGGTAAATAACGCTAt < 1:3115128/148‑1 (MQ=255) aTTCGCTGTAACCCTTGCGTCTGGTCGCGGCGAATCTCTTGCGGATGGTCCGTTACTGGCGGTGCTGGCTGTGGCGTACCTTGCAGTGCGCTACAGGCACTTAACATCAACACCAATAATAAACTGGCAAACAGGTAAATAACGCTAt < 1:1212154/148‑1 (MQ=255) ttCGCTGTAACCCTTGCGTCTGGTCGCGGCGAATCTCTTGCGGATGGTCCGTTACTGGCGGTGCTGGCTGTGGCGTACCTTGCAGTGCGCTACAGGCACTTAACATCAACACCAATAATAAACTGGCAAACAGGTAAATAACGCTAtt < 1:1470386/148‑1 (MQ=255) tCGCTGTAACCCTTGCGTCTGGTCGCGGCGAATCTCTTGCGGATGGTCCGTTACTGGCGGTGCTGGCTGTGGCGTACCTTGCAGTGCGCTACAGGCACTTAACATCAACACCAATAATAAACTGGCAAACAGGTAAATAACGCTATTa < 1:460849/148‑1 (MQ=255) tCGCTGTAACCCTTGCGTCTGGTCGCGGCGAATCTCTTGCGGATGGTCCGTTACTGGCGGTGCTGGCTGTGGCGTACCTTGCAGTGCGCTACAGGCACTTAACATCAACACCAATAATAAACTGGCAAACAGGTAAATAACGCTATTa > 2:1278764/1‑148 (MQ=255) tCGCTGTAACCCTTGCGTCTGGTCGCGGCGAATCTCTTGCGGATGGTCCGTTACTGGCGGTGCTGGCTGTGGCGTACCTTGCAGTGCGCTACAGGCACTTAACATCAACACCAATAATAAACTGGCAAACAGGTAAATAACGCTATTa > 1:1799526/1‑148 (MQ=255) gCTGTAACCCTTGCGTCTGGTCGCGGCGAATCTCTTGCGGATGGTCCGTTACTGGCGGTGCTGGCTGTGGCGTACCTTGCAGTGCGCTACAGGCACTTAACATCAACACCAATAATAAACTGGCAAACAGGTAAATAACGCTATTACg < 2:25982/148‑1 (MQ=255) tGTAACCCTTGCGTCTGGTCGCGGCGAATCTCTTGCGGATGGTCCGTTACTGGCGGTGCTGGCTGTGGCGTACCTTGCAGTGCGCTACAGGCACTTAACATCAACACCAATAATAAACTGGCAAACAGGTAAATAACGCTATTACGtt < 2:195448/148‑1 (MQ=255) tAACCCTTGCGTCTGGTCGCGGCGAATCTCTTGCGGATGGTCCGTTACTGGCGGTGCTGGCTGTGGCGTACCTTGCAGTGCGCTACAGGCACTTAACATCAACACCAATAATAAACTGGCAAACAGGTAAATAACGCTATTACGTTTc < 1:1352922/148‑1 (MQ=255) aCCCTTGCGTCTGGTCGCGGCGAATCTCTTGCGGATGGTCCGTTACTGGCGGTGCTGGCTGTGGCGTACCTTGCAGTGCGCTACAGGCACTTAACATCAACACCAATAATAAACTGGCAAACAGGTAAATAACGCTATTACGTTTCCt > 2:3169134/1‑148 (MQ=255) aCCCTTGCGTCTGGTCGCGGCGAATCTCTTGCGGATGGTCCGTTACTGGCGGTGCTGGCTGTGGCGTACCTTGCAGTGCGCTACAGGCACTTAACATCAACACCAATAATAAACTGGCAAACAGGTAAATAACGCTATTACGTTTCCt > 1:3008030/1‑148 (MQ=255) cccTTGCGTCTGGTCGCGGCGAATCTCTTGCGGATGGTCCGTTACTGGCGGTGCTGGCTGTGGCGTACCTTGCAGTGCGCTACAGGCACTTAACATCAACACCAATAATAAACTGGCAAACAGGTAAATAACGCTATTACGTTTCCTg < 2:2469872/148‑1 (MQ=255) cccTTGCGTCTGGTCGCGGCGAATCTCTTGCGGATGGTCCGTTACTGGCGGTGCTGGCTGTGGCGTACCTTGCAGTGCGCTACAGGCACTTAACATCAACACCAATAATAAACTGGCAAACAGGTAAATAACGCTATTACGTTTCCTg < 1:649174/148‑1 (MQ=255) ccTTGCGTCTGGTCGCGGCGAATCTCTTGCGGATGGTCCGTTACTGGCGGTGCTGGCTGTGGCGTACCTTGCAGTGCGCTACAGGCACTTAACATCAACACCAATAATAAACTGGCAAACAGGTAAATAACGCTATTACGTTTCCTGc < 2:969659/148‑1 (MQ=255) ccTTGCGTCTGGTCGCGGCGAATCTCTTGCGGATGGTCCGTTACTGGCGGTGCTGGCTGTGGCGTACCTTGCAGTGCGCTACAGGCACTTAACATCAACACCAATAATAAACTGGCAAACAGGTAAATAACGCTATTACGTTTCCTGc < 2:2501673/148‑1 (MQ=255) cTTGCGTCTGGTCGCGGCGAATCTCTTGCGGATGGTCCGTTACTGGCGGTGCTGGCTGTGGCGTACCTTGCAGTGCGCTACAGGCACTTAACATCAACACCAATAATAAACTGGCAAACAGGTAAATAACGCTATTACGTTTCCTGCt > 1:2469048/1‑148 (MQ=255) ttGCGTCTGGTCGCGGCGAATCTCTTGCGGATGGTCCGTTACTGGCGGTGCTGGCTGTGGCGTACCTTGCAGTGCGCTACAGGCACTTAACATCAACACCAATAATAAACTGGCAAACAGGTAAATAACGCTATTACGTTTCCTGCTa < 2:2242151/148‑1 (MQ=255) gCGTCTGGTCGCGGCGAATCTCTTGCGGATGGTCCGTTACTGGCGGTGCTGGCTGTGGCGTACCTTGCAGTGCGCTACAGGCACTTAACATCAACACCAATAATAAACTGGCAAACAGGTAAATAACGCTATTACGTTTCCTGCTAAc > 2:641403/1‑148 (MQ=255) tGGTCGCGGCGAATCTCTTGCGGATGGTCCGTTACTGGCGGTGCTGGCTGTGGCGTACCTTGCAGTGCGCTACAGGCACTTAACATCAACACCAATAATAAACTGGCAAACAGGTAAATAACGCTATTACGTTTCCTGCTAACCAtag < 1:2663762/148‑1 (MQ=255) tCGCGGCGAATCTCTTGCGGATGGTCCGTTACTGGCGGTGCTGGCTGTGGCGTACCTTGCAGTGCGCTACAGGCACTTAACATCAACACCAATAATAAACTGGCAAACAGGTAAATAACGCTATTACGTTTCCTGCTAACCAtagtgt < 1:744914/148‑1 (MQ=255) gcggcgAATCTCTTGCGGATGGTCCGTTACTGGCGGTGCTGGCTGTGGCGTACCTTGCAGTGCGCTACAGGCACTTAACATCAACACCAATAATAAACTGGCAAACAGGTAAATAACGCTATTACGTTTCCTGCTAACCAtagtgtag < 2:875534/148‑1 (MQ=255) aaTCTCTTGCGGATGGTCCGTTACTGGCGGTGCTGGCTGTGGCGTACCTTGCAGTGCGCTACAGGCACTTAACATCAACACCAATAATAAACTGGCAAACAGGTAAATAACGCTATTACGTTTCCTGCTAACCATAGTGTAGTGCCtt > 2:1077566/1‑148 (MQ=255) aTCTCTTGCGGATGGTCCGTTACTGGCGGTGCTGGCTGTGGCGTACCTTGCAGTGCGCTACAGGCACTTAACATCAACACCAATAATAAACTGGCAAACAGGTAAATAACGCTATTACGTTTCCTGCTAACCATAGTGTAGTGCCtta < 2:1095291/148‑1 (MQ=255) tctcTTGCGGATGGTCCGTTACTGGCGGTGCTGGCTGTGGCGTACCTTGCAGTGCGCTACAGGCACTTAACATCAACACCAATAATAAACTGGCAAACCGGTAAATAACGCTATTACGTTTCCTGCTAACCATAGTGTAGTGCCttat > 2:504197/1‑148 (MQ=255) tctcTTGCGGATGGTCCGTTACTGGCGGTGCTGGCTGTGGCGTACCTTGCAGTGCGCTACAGGCACTTAACATCAACACCAATAATAAACTGGCAAACAGGTAAATAACGCTATTACGTTTCCTGCTAACCATAGTGTAGTGCCttat > 2:2014215/1‑148 (MQ=255) tctcTTGCGGATGGTCCGTTACTGGCGGTGCTGGCTGTGGCGTACCTTGCAGTGCGCTACAGGCACTTAACATCAACACCAATAATAAACTGGCAAACAGGTAAATAACGCTATTACGTTTCCTGCTAACCATAGTGTAGTGCCttat > 2:73543/1‑148 (MQ=255) tctTGCGGATGGTCCGTTACTGGCGGTGCTGGCTGTGGCGTACCTTGCAGTGCGCTACAGGCACTTAACATCAACACCAATAATAAACTGGCAAACAGGTAAATAACGCTATTACGTTTCCTGCTAACCATAGTGTAGTGCCttatta < 1:1486987/148‑1 (MQ=255) ctTGCGGATGGTCCGTTACTGGCGGTGCTGGCTGTGGCGTACCTTGCAGTGCGCTACAGGCACTTAACATCAACACCAATAATAAACTGGCAAACAGGTAAATAACGCTATTACGTTTCCTGCTAACCATAGTGTAGTGCCTTATTaa < 1:883866/148‑1 (MQ=255) ctTGCGGATGGTCCGTTACTGGCGGTGCTGGCTGTGGCGTACCTTGCAGTGCGCTACAGGCACTTAACATCAACACCAATAATAAACTGGCAAACAGGTAAATAACGCTATTACGTTTCCTGCTAACCATAGTGTAGTGCCTTATTaa < 1:1278764/148‑1 (MQ=255) ttGCGGATGGTCCGTTACTGGCGGTGCTGGCTGTGGCGTACCTTGCAGTGCGCTACAGGCACTTAACATCAACACCAATAATAAACTGGCAAACCGGTAAATAACGCTATTACGTTTCCTGCTAACCATAGTGTAGTGCCTTATTAAt < 2:894325/148‑1 (MQ=255) ttGCGGATGGTCCGTTACTGGCGGTGCTGGCTGTGGCGTACCTTGCAGTGCGCTACAGGCACTTAACATCAACACCAATAATAAACTGGCAAACAGGTAAATAACGCTATTACGTTTCCTGCTAACCATAGTGTAGTGCCTTATTAAt < 1:1369981/148‑1 (MQ=255) tGCGGATGGTCCGTTACTGGCGGTGCTGGCTGTGGCGTACCTTGCAGTGCGCTACAGGCACTTAACATCAACACCAATAATAAACTGGCAAACAGGTAAATAACGCTATTACGTTTCCTGCTAACCATAGTGTAGTGCCTTATTAAtt > 1:10970/1‑148 (MQ=255) tGCGGATGGTCCGTTACTGGCGGTGCTGGCTGTGGCGTACCTTGCAGTGCGCTACAGGCACTTAACATCAACACCAATAATAAACTGGCAAACAGGTAAATAACGCTATTACGTTTCCTGCTAACCATAGTGTAGTGCCTTATTAAtt > 1:1625284/1‑148 (MQ=255) ggATGGTCCGTTACTGGCGGTGCTGGCTGTGGCGTACCTTGCAGTGCGCTACAGGCACTTAACATCAACACCAATAATAAACTGGCAAACAGGTAAATAACGCTATTACGTTTCCTGCTAACCATAGTGTAGTGCCTTATTAATTTaa < 2:2792446/148‑1 (MQ=255) gATGGTCCGTTACTGGCGGTGCTGGCTGTGGCGTACCTTGCAGTGCGCTACAGGCACTTAACATCAACACCAATAATAAACTGGCAAACAGGTAAATAACGCTATTACGTTTCCTGCTAACCATAGTGTAGTGCCTTATTAATTTAAc < 2:541399/148‑1 (MQ=255) aTGGTCCGTTACTGGCGGTGCTGGCTGTGGCGTACCTTGCAGTGCGCTACAGGCACTTAACATCAACACCAATAATAAACTGGCAAACAGGTAAATAACGCTATTACGTTTCCTGCTAACCATAGTGTAGTGCCTTATTAATTTAACt < 2:2503365/148‑1 (MQ=255) aTGGTCCGTTACTGGCGGTGCTGGCTGTGGCGTACCTTGCAGTGCGCTACAGGCACTTAACATCAACACCAATAATAAACTGGCAAACAGGTAAATAACGCTATTACGTTTCCTGCTAACCATAGTGTAGTGCCTTATTAATTTAACt > 2:1892346/1‑148 (MQ=255) aTGGTCCGTTACTGGCGGTGCTGGCTGTGGCGTACCTTGCAGTGCGCTACAGGCACTTAACATCAACACCAATAATAAACTGGCAAACAGGTAAATAACGCTATTACGTTTCCTGCTAACCATAGTGTAGTGCCTTATTAATTTAACt < 2:847344/148‑1 (MQ=255) tGGTCCGTTACTGGCGGTGCTGGCTGTGGCGTACCTTGCAGTGCGCTACAGGCACTTAACATCAACACCAATAATAAACTGGCAAACCGGTAAATAACGCTATTACGTTTCCTGCTAACCATAGTGTAGTGCCTTATTAATTTAACtt < 2:1697915/148‑1 (MQ=255) ggTCCGTTACTGGCGGTGCTGGCTGTGGCGTACCTTGCAGTGCGCTACAGGCACTTAACATCAACACCAATAATAAACTGGCAAACAGGTAAATAACGCTATTACGTTTCCTGCTAACCATAGTGTAGTGCCTTATTAATTTAACttt < 2:2881389/148‑1 (MQ=255) tCCGTTACTGGCGGTGCTGGCTGTGGCGTACCTTGCAGTGCGCTACAGGCACTTAACATCAACACCAATAATAAACTGGCAAACAGGTAAATAACGCTATTACGTTTCCTGCTAACCATAGTGTAGTGCCTTATTAATTTAACTTTgg > 1:518852/1‑148 (MQ=255) tCCGTTACTGGCGGTGCTGGCTGTGGCGTACCTTGCAGTGCGCTACAGGCACTTAACATCAACACCAATAATAAACTGGCAAACAGGTAAATAACGCTATTACGTTTCCTGCTAACCATAGTGTAGTGCCTTATTAATTTAACTTTgg > 1:517499/1‑148 (MQ=255) tCCGTTACTGGCGGTGCTGGCTGTGGCGTACCTTGCAGTGCGCTACAGGCACTTAACATCAACACCAATAATAAACTGGCAAACAGGTAAATAACGCTATTACGTTTCCTGCTAACCATAGTGTAGTGCCTTATTAATTTAACTTTgg > 1:302133/1‑148 (MQ=255) cGTTACTGGCGGTGCTGGCTGTGGCGTACCTTGCAGTGCGCTACAGGCACTTAACATCAACACCAATAATAAACTGGCAAACAGGTAAATAACGCTATTACGTTTCCTGCTAACCATAGTGTAGTGCCTTATTAATTTAACTTTgggg < 2:2329289/148‑1 (MQ=255) ttACTGGCGGTGCTGGCTGTGGCGTACCTTGCAGTGCGCTACAGGCACTTAACATCAACACCAATAATAAACTGGCAAACAGGTAAATAACGCTATTACGTTTCCTGCTAACCATAGTGTAGTGCCTTATTAATTTAACTTTGGGGGa < 2:415966/148‑1 (MQ=255) ttACTGGCGGTGCTGGCTGTGGCGTACCTTGCAGTGCGCTACAGGCACTTAACATCAACACCAATAATAAACTGGCAAACAGGTAAATAACGCTATTACGTTTCCTGCTAACCATAGTGTAGTGCCTTATTAATTTAACTTTGGGGGa < 1:1074364/148‑1 (MQ=255) ttACTGGCGGTGCTGGCTGTGGCGTACCTTGCAGTGCGCTACAGGCACTTAACATCAACACCAATAATAAACTGGCAAACAGGTAAATAACGCTATTACGTTTCCTGCTAACCATAGTGTAGTGCCTTATTAATTTAACTTTGGGGGa < 1:641403/148‑1 (MQ=255) 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aaCTGGCAAACAGGTAAATAACGCTATTACGTTTCCTGCTAACCATAGTGTAGTGCCTTATTAATTTAACTTTGGGGGAATGTTCCCGAATTGTTACCTGGTACGCGATTTTCGAATGAAAACGTGACGAAAGCGTAACCCACAtctc > 2:2848342/1‑148 (MQ=255) tGGCAAACAGGTAAATAACGCTATTACGTTTCCTGCTAACCATAGTGTAGTGCCTTATTAATTTAACTTTGGGGGAATGTTCCCGAATTGTTACCTGGTACGCGATTTTCGAATGAAAACGTGACGAAAGCGTAACCCACATCTCAAc < 2:1975178/148‑1 (MQ=255) gaaaaCAGGTAAATAACGCTATTACGTTTCCTGCTAACCATAGTGTAGTGCCTTATTAATTTAACTTTGGGGGAATGTTCCCGAATTGTTACCTGGTACGCGATTTTCGAATGAAAACGTGACGAAAGCGTAACACACATCTCAACAt > 2:878370/3‑148 (MQ=255) cAAACAGGTAAATAACGCTATTACGTTTCCTGCTAACCATAGTGTAGTGCCTTATTAATTTAACTTTGGGGGAATGTTCCCGAATTGTTACCTGGTACGCGATTTTCGAATGAAAACGTGACGAAAGCGTAACCCACATCTCAACAtt > 1:332140/1‑148 (MQ=255) aaaCAGGTAAATAACGCTATTACGTTTCCTGCTAACCATAGTGTAGTGCCTTATTAATTTAACTTTGGGGGAATGTTCCCGAATTGTTACCTGGTACGCGATTTTCGAATGAAAACGTGACGAAAGCGTAACCCACATCTCAACATTa > 1:2287379/1‑148 (MQ=255) aaCAGGTAAATAACGCTATTACGTTTCCTGCTAACCATAGTGTAGTGCCTTATTAATTTAACTTTGGGGGAATGTTCCCGAATTGTTACCTGGTACGCGATTTTCGAATGAAAACGTGACGAAAGCGTAACCCACATCTCAACATTAt < 1:3250722/148‑1 (MQ=255) | CTTACGCTACCTATTCGCTGTAACCCTTGCGTCTGGTCGCGGCGAATCTCTTGCGGATGGTCCGTTACTGGCGGTGCTGGCTGTGGCGTACCTTGCAGTGCGCTACAGGCACTTAACATCAACACCAATAATAAACTGGCAAACCGGTAAATAACGCTATTACGTTTCCTGCTAACCATAGTGTAGTGCCTTATTAATTTAACTTTGGGGGAATGTTCCCGAATTGTTACCTGGTACGCGATTTTCGAATGAAAACGTGACGAAAGCGTAACCCACATCTCAACATTAT > CP009273/4406409‑4406697 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |