Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 4,443,292 | C→A | 14.0% | S302* (TCG→TAG) | ytfT → | inner membrane putative ABC superfamily sugar transporter permease |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 4,443,292 | 0 | C | A | 14.0% | 607.7 / 44.8 | 204 | S302* (TCG→TAG) | ytfT | inner membrane putative ABC superfamily sugar transporter permease |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (89/84); new base A (23/8); total (112/92) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.98e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 205 total aligned reads displayed.
CAACAACGCTGGGTTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTCGCGGTGGTGATTGGCGGCGGATCGCTGATGGGCGGGCGCTTTAACCTGCTACTTTCGGTGGTGGGGGCGCTGATTATTCAGGGGATGAACACCGGAATTTTGCTTTCGGGCTTTCCGCCAGAGATGAACCAGGTGGTGAAAGCGGTGGTGGTGCTTTGCGTGCTGATTGTTCAGTCGCAACGCTTTATCAGTCTGATTAAAGGAGTACGTAGCCGTGATAAAACGTAATTTGCCACTGATGATCACCATCGGCG > CP009273/4443146‑4443439 | caacaaCGCTGGGTTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTCGCGGTGGTGATTGGCGGCGGATCGCTGATGGGCGGGCGCTTTAACCTGCTACTTTCGGTGGTGGGGGCGCTGATTATTCAGGGGATGAACACCGGACTTTTGCTTTCg > 2:3072539/1‑148 (MQ=255) acaacGCTGGGTTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTCGCGGTGGTGATTGGCGGCGGATCGCTGATGGGCGGGCGCTTTAACCTGCTACTTTCGGTGGTGGGGGCGCTGATTATTCAGGGGATGAACACCGGAATTTTGCTTTCggg > 1:889722/1‑148 (MQ=255) acaacGCTGGGTTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTCGCGGTGGTGATTGGCGGCGGATCGCTGATGGGCGGGCGCTTTAACCTGCTACTTTCGGTGGTGGGGGCGCTGATTATTCAGGGGATGAACACCGGAATTTTGCTTTCggg > 1:550104/1‑148 (MQ=255) acaacGCTGGGTTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTCGCGGTGGTGATTGGCGGCGGATCGCTGATGGGCGGGCGCTTTAACCTGCTACTTTCGGTGGTGGGGGCGCTGATTATTCAGGGGATGAACACCGGAATTTTGCTTTAggg < 2:2876787/148‑1 (MQ=255) acaacGCTGGGTTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTCGCGGTGGTGATTGGCGGCGGATCGCTGATGGGCGGGCGCTTTAACCTGCTACTTTAGGGGGTGGGGGCGCTGAGTATTCAGGGGATGAACAACCGACATTTTCTTTAggg > 1:890154/1‑148 (MQ=255) aacGCTGGGTTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTCGCGGTGGTGATTGGCGGCGGATCGCTGATGGGCGGGCGCTTTAACCTGCTACTTTCGGTGGTGGGGGCGCTGATTATTCAGGGGATGAACACCGGAATTTTGCTTTCGGGcg > 1:632403/1‑147 (MQ=255) aacGCTGGGTTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTCGCGGTGGTGATTGGCGGCGGATCGCTGATGGGCGGGCGCTTTAACCTGCTACTTTCGGTGGTGGGGGCGCTGATTATTCAGGGGATGAACACCGGAATTTTGCTTTCGGGCt > 2:714282/1‑148 (MQ=255) cGCTGGGTTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTCGCGGTGGTGATTGGCGGCGGATCGCTGATGGGCGGGCGCTTTAACCTGCTACTTTCGGTGGTGGGGGCGCTGATTATTCAGGGGATGAACACCGGAATTTTGCTTTCGGGCttt > 2:1290678/1‑148 (MQ=255) gggTTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTCGCGGTGGTGATTGGCGGCGGATCGCTGATGGGCGGGCGCTTTAACCTGCTACTTTCGGTGGTGGGGGCGCTGATTATTCAGGGGATGAACACCGGAATTTTGCTTTCGGGCTTTCCGc < 2:58672/148‑1 (MQ=255) gggTTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTCGCGGTGGTGATTGGCGGCGGATCGCTGATGGGCGGGCGCTTTAACCTGCTACTTTCGGTGGTGGGGGCGCTGATTATTCAGGGGATGAACACCGGAATTTTGCTTTCGGGCTTTCCGc > 1:232024/1‑148 (MQ=255) ttATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTCGCGGTGGTGATTGGCGGCGGATCGCTGATGGGCGGGCGCTTTAACCTGCTACTTTCGGTGGTGGGGGCGCTGATTATTCAGGGGATGAACACCGGAATTTTGCTTTCGGGCTTTCCGCCag > 1:2737787/1‑148 (MQ=255) ttATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTCGCGGTGGTGATTGGCGGCGGATCGCTGATGGGCGGGCGCTTTAACCTGCTACTTTCGGTGGTGGGGGCGCTGATTATTCAGGGGATGAACACCGGAATTTTGCTTTCGGGCTTTCCGCCag < 1:1772585/148‑1 (MQ=255) tATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTCGCGGTGGTGATTGGCGGCGGATCGCTGATGGGCGGGCGCTTTAACCTGCTACTTTCGGTGGTGGGGGCGCTGTTTATTAATGGGATGAACACCGGAATTTTGCTTTAGGGCTTTACGCCaga > 1:1472174/1‑148 (MQ=255) tATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTCGCGGTGGTGATTGGCGGCGGATCGCTGATGGGCGGGCGCTTTAACCTGCTACTTTCGGTGGTGGGGGCGCTGATTATTCAGGGGATGAACACCGGAATTTTGCTTTAGGGCTTTCCGCCaga > 1:2334275/1‑148 (MQ=255) tGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTCGCGGTGGTGATTGGCGGCGGATCGCTGATGGGCGGGCGCTTTAACCTGCTACTTTCGGTGGTGGGGGCGCTGATTATTCAGGGGATGAACACCGGAATTTTGCTTTAGGGCTTTCCGCCAgaga < 1:2166399/148‑1 (MQ=255) gctggagctggaCGCCATTCTCGCGGTGGTGATTGGCGGCGGATCGCTGATGGGCGGGCGCTTTAACCTGCTACTTTCGGTGGTGGGGGCGCTGATTATTCAGGGGATGAACACCGGAATTTTGCTTTCGGGCTTTCCGCCAGAGATg > 2:1773265/1‑148 (MQ=255) gctggagctggaCGCCATTCTCGCGGTGGTGATTGGCGGCGGATCGCTGATGGGCGGGCGCTTTAACCTGCTACTTTCGGTGGTGGGGGCGCTGATTATTCAGGGGATGAACACCGGAATTTTGCTTTCGGGCTTTCCGCCAGAGATg > 2:501211/1‑148 (MQ=255) agctggaCGCCATTCTCGCGGTGGTGATTGGCGGCGGATCGCTGATGGGCGGGCGCTTTAACCTGCTACTTTCGGTGGTGGGGGCGCTGATTATTCAGGGGATGAACACCGGAATTTTGCTTTCGGGCTTTCCGCCAGAGATGAACCa < 2:2890939/148‑1 (MQ=255) agctggaCGCCATTCTCGCGGTGGTGATTGGCGGCGGATCGCTGATGGGCGGGCGCTTTAACCTGCTACTTTCGGTGGTGGGGGCGCTGATTATTCAGGGGATGAACACCGGAATTTTGCTTTAGGGCTTTCCGCCAGAGATGAACCa > 2:744251/1‑148 (MQ=255) 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cGGGCTTTCCGCCAGAGATGAACCAGGTGGTGAAAGCGGTGGTGGTGCTTTGCGTGCTGATTGTTCAGTCGCAACGCTTTATCAGTCTGATTAAAGGAGTACGTAGCCGTGATAAAACGTAATTTGCCACTGATGATCACCATCGGCg > 2:1089490/1‑148 (MQ=255) | CAACAACGCTGGGTTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTCGCGGTGGTGATTGGCGGCGGATCGCTGATGGGCGGGCGCTTTAACCTGCTACTTTCGGTGGTGGGGGCGCTGATTATTCAGGGGATGAACACCGGAATTTTGCTTTCGGGCTTTCCGCCAGAGATGAACCAGGTGGTGAAAGCGGTGGTGGTGCTTTGCGTGCTGATTGTTCAGTCGCAACGCTTTATCAGTCTGATTAAAGGAGTACGTAGCCGTGATAAAACGTAATTTGCCACTGATGATCACCATCGGCG > CP009273/4443146‑4443439 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |