| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 4,470,017 | G→A | 100% | M157I (ATG→ATA) | yjgN → | DUF898 family inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,470,017 | 0 | G | A | 100.0% | 795.2 / NA | 239 | M157I (ATG→ATA) | yjgN | DUF898 family inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (113/126); total (113/126) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 247 total aligned reads displayed.
TTTTGCTTATATTTATGGCAGCAAAAGGACTGCGTCATCAGGCCTTAATGACCAGTCTCAACGGCGTAAGATTTAGTTTTAATTGCTCTATGAAAGGGTTCTGGTGGGTGACCTTTTTCTTGCCGATTTTAATGGCCATTGGGATGGGGACTGTTTTCTTTATCTCGACAAAGATGCTACCTGCCAATAGTTCAAGTAGTGTTATTATATCCATGGTTCTGATGGCAATAGTTGGTATTGTTTCCATTGGTATTTTTAATGGTACTTTATATAGTCTGGTAATGAGTTTT > CP009273/4469872‑4470161 | ttttGCTTATATTTATGGCAGCAAAAGGACTGCGTCATCAGGCCTTAATGACCAGTCTCAACGGCGTAAGATTTAGTTTTAATTGCTCTATGAAAGGGTTCTGGTGGGTGACCTTTTTCTTGCCGATTTTAATGGCCATTGGGATagg > 1:2230220/1‑148 (MQ=255) tttGCTTATATTTATGGCAGCAAAAGGACTGCGTCATCAGGCCTTAATGACCAGTCTCAACGGCGTAAGATTTAGTTTTAATTGCTCTATGAAAGGGTTCTGGTGGGTGACCTTTTTCTTGCCGATTTTAATGGCCATTGGGATaggg > 2:1688603/1‑148 (MQ=255) ttGCTTATATTTATGGCAGCAAAAGGACTGCGTCATCAGGCCTTAATGACCAGTCTCAACGGCGTAAGATTTAGTTTTAATTGCTCTATGAAAGGGTTCTGGTGGGTGACCTTTTTCTTGCCGATTTTAATGGCCATTGGGATAGGGa < 2:1553662/148‑1 (MQ=255) ttATATTTATGGCAGCAAAAGGACTGCGTCATCAGGCCTTAATGACCAGTCTCAACGGCGTAAGATTTAGTTTTAATTGCTCTATGAAAGGGTTCTGGTGGGTGACCTTTTTCTTGCCGATTTTAATGGCCATTGGGATAGGGACTGt > 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |