| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 4,481,249 | A→T | 6.8% | V365E (GTG→GAG) | idnT ← | L‑idonate and D‑gluconate transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 4,481,249 | 0 | A | T | 6.8% | 539.9 / 24.4 | 176 | V365E (GTG→GAG) | idnT | L‑idonate and D‑gluconate transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (76/88); new base T (3/9); total (79/97) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.30e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.87e-01 | |||||||||||
Only 100 of 183 total aligned reads displayed.
CAACGTTTCACCAACCGTCAGATTAAAATACCCTTTAAATAGCCAGAAGCCAGGGTCGTTTACGTGTGACGCGATCACGCTGCCCGCACCGGTTGCCAGTACCATTAAAGCGGGATCGGCATGGGTAACGTTGATAATCGGCAACACCACACCCGCGGTGGTAATGGCCGCGACGGTGGCAGAGCCCAGAGCGATACGCAACAGCGCCGCAACAGTCCAGCACATCAATAACGGCGAAAGTGTAGTTCCGGTCATTAAGTGTGAAATATAGTGCCCGACACCGCTATCTACTA > CP009273/4481104‑4481396 | cAACGTTTCACCAACCGTCAGATTAAAATACCCTTTAAATAGCCAGAAGCCAGGGTCGTTTACGTGTGACGCGATCACGCTGCCCGCACCGGTTGCCAGTACCATTAAAGCGGGATCGGCATGGGTAACGTTGATAATCGGCAacacc < 1:2166272/148‑1 (MQ=255) aaCGTTTCACCAACCGTCAGATTAAAATACCCTTTAAATAGCCAGAAGCCAGGGTCGTGTAAGTGTGGCGCGATCACCCAGCCCCCACCCGTTGCCACGACCAATAAATCGGGATCGGCATGGGTAACGTTGATAATAGGCAacacca > 1:1204075/1‑148 (MQ=255) cGTTTCACCAACCGTCAGATTAAAATACCCTTTAAATAGCCAGAAGCCAGGGTCGTTTACGTGTGACGCGATCACGCTGCCCGCACCGGTTGCCAGTACCATTAAAGCGGGATCGGCATGGGTAACGTTGATAATCGGCAacaccaca < 2:1665481/148‑1 (MQ=255) aCCAACCGTCAGATTAAAATACCCTTTAAATAGCCAGAAGCCAGGGTCGTGTTAGTGTGTCGCGATCACGCGGCCCGCACCCGGTGCCACTACCAATAAAGCCGGATCGGGATGGGTAAAGTTGATAAAAGGCAACACCACAcccccc 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |